SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:his-1858"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:his-1858" > Deriving pathway ma...

  • Olsson, BjörnHögskolan i Skövde,Institutionen för kommunikation och information (författare)

Deriving pathway maps from automated text analysis using a grammar-based approach

  • Artikel/kapitelEngelska2006

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • World Scientific,2006
  • printrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:his-1858
  • urn:nbn:se:his:diva-1858urn
  • https://doi.org/10.1142/S0219720006002041DOI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • We demonstrate how automated text analysis can be used to support the large-scale analysis of metabolic and regulatory pathways by deriving pathway maps from textual descriptions found in the scientific literature. The main assumption is that correct syntactic analysis combined with domain-specific heuristics provides a good basis for relation extraction. Our method uses an algorithm that searches through the syntactic trees produced by a parser based on a Referent Grammar formalism, identifies relations mentioned in the sentence, and classifies them with respect to their semantic class and epistemic status (facts, counterfactuals, hypotheses). The semantic categories used in the classification are based on the relation set used in KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes), so that pathway maps using KEGG notation can be automatically generated. We present the current version of the relation extraction algorithm and an evaluation based on a corpus of abstracts obtained from PubMed. The results indicate that the method is able to combine a reasonable coverage with high accuracy. We found that 61% of all sentences were parsed, and 97% of the parse trees were judged to be correct. The extraction algorithm was tested on a sample of 300 parse trees and was found to produce correct extractions in 90.5% of the cases.

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Gawronska, BarbaraHögskolan i Skövde,Institutionen för kommunikation och information(Swepub:his)gawb (författare)
  • Erlendsson, BjörnHögskolan i Skövde,Institutionen för kommunikation och information(Swepub:his)erlb (författare)
  • Högskolan i SkövdeInstitutionen för kommunikation och information (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Journal of Bioinformatics and Computational Biology: World Scientific4:2, s. 483-5010219-72001757-6334

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Sök utanför SwePub

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy