SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:his-2333"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:his-2333" > Gene Ontology-based...

Gene Ontology-based Semantic Alignment of Biological Pathways by Evolutionary Search

Gamalielsson, Jonas (författare)
Högskolan i Skövde,Institutionen för kommunikation och information
Olsson, Björn, 1962- (författare)
Högskolan i Skövde,Forskningscentrum för Systembiologi,Institutionen för vård och natur
 (creator_code:org_t)
World Scientific Publishing, 2008
2008
Engelska.
Ingår i: Journal of Bioinformatics and Computational Biology. - : World Scientific Publishing. - 0219-7200 .- 1757-6334. ; 6:4, s. 825-842
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • A large number of biological pathways have been elucidated recently, and there is a need for methods to analyze these pathways. One class of methods compares pathways semantically in order to discover parts that are evolutionarily conserved between species or to discover intraspecies similarities. Such methods usually require that the topologies of the pathways being compared are known, i.e. that a query pathway is being aligned to a model pathway. However, sometimes the query only consists of an unordered set of gene products. Previous methods for mapping sets of gene products onto known pathways have not been based on semantic comparison of gene products using ontologies or other abstraction hierarchies. Therefore, we here propose an approach that uses a similarity function defined in Gene Ontology (GO) terms to find semantic alignments when comparing paths in biological pathways where the nodes are gene products. A known pathway graph is used as a model, and an evolutionary algorithm (EA) is used to evolve putative paths from a set of experimentally determined gene products. The method uses a measure of GO term similarity to calculate a match score between gene products, and the fitness value of each candidate path alignment is derived from these match scores. A statistical test is used to assess the significance of evolved alignments. The performance of the method has been tested using regulatory pathways for S. cerevisiae and M. musculus.

Ämnesord

NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)
NATURVETENSKAP  -- Biologiska vetenskaper -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
NATURVETENSKAP  -- Biologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences (hsv//eng)

Nyckelord

Bioinformatics
Bioinformatik

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...
Gamalielsson, Jo ...
Olsson, Björn, 1 ...
Om ämnet
NATURVETENSKAP
NATURVETENSKAP
och Biologiska veten ...
och Bioinformatik oc ...
NATURVETENSKAP
NATURVETENSKAP
och Biologi
Artiklar i publikationen
Journal of Bioin ...
Av lärosätet
Högskolan i Skövde

Sök utanför SwePub

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy