SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:kth-121044"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:kth-121044" > A variational bayes...

A variational bayes beta mixture model for feature selection in DNA methylation studies

Ma, Zhanyu, 1982- (författare)
KTH,Kommunikationsteori
Teschendorff, Andrew E. (författare)
Statistical Genomics Group, Paul O'Gorman Building, UCL Cancer Institute, University College London
 (creator_code:org_t)
2013
2013
Engelska.
Ingår i: Journal of Bioinformatics and Computational Biology. - 0219-7200 .- 1757-6334. ; 11:4, s. 1350005-
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • An increasing number of studies are using beadarrays to measure DNA methylation on a genome-wide basis. The purpose is to identify novel biomarkers in a wide range of complex genetic diseases including cancer. A common difficulty encountered in these studies is distinguishing true biomarkers from false positives. While statistical methods aimed at improving the feature selection step have been developed for gene expression, relatively few methods have been adapted to DNA methylation data, which is naturally beta-distributed. Here we explore and propose an innovative application of a recently developed variational Bayesian beta-mixture model (VBBMM) to the feature selection problem in the context of DNA methylation data generated from a highly popular beadarray technology. We demonstrate that VBBMM offers significant improvements in inference and feature selection in this type of data compared to an Expectation-Maximization (EM) algorithm, at a significantly reduced computational cost. We further demonstrate the added value of VBBMM as a feature selection and prioritization step in the context of identifying prognostic markers in breast cancer. A variational Bayesian approach to feature selection of DNA methylation profiles should thus be of value to any study undergoing large-scale DNA methylation profiling in search of novel biomarkers.

Ämnesord

NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)
NATURVETENSKAP  -- Biologiska vetenskaper -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
ENGINEERING AND TECHNOLOGY  -- Electrical Engineering, Electronic Engineering, Information Engineering -- Signal Processing (hsv//eng)
TEKNIK OCH TEKNOLOGIER  -- Elektroteknik och elektronik -- Signalbehandling (hsv//swe)
NATURVETENSKAP  -- Biologi (hsv//swe)
TEKNIK OCH TEKNOLOGIER  -- Elektroteknik och elektronik (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences (hsv//eng)
ENGINEERING AND TECHNOLOGY  -- Electrical Engineering, Electronic Engineering, Information Engineering (hsv//eng)

Nyckelord

Feature selection
beta mixture
DNA methylation
variational Bayes
SRA - Molekylär biovetenskap
SRA - Molecular Bioscience
SRA - ICT
SRA - Informations- och kommunikationsteknik

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...
Ma, Zhanyu, 1982 ...
Teschendorff, An ...
Om ämnet
NATURVETENSKAP
NATURVETENSKAP
och Biologiska veten ...
och Bioinformatik oc ...
TEKNIK OCH TEKNOLOGIER
TEKNIK OCH TEKNO ...
och Elektroteknik oc ...
och Signalbehandling
NATURVETENSKAP
NATURVETENSKAP
och Biologi
TEKNIK OCH TEKNOLOGIER
TEKNIK OCH TEKNO ...
och Elektroteknik oc ...
Artiklar i publikationen
Journal of Bioin ...
Av lärosätet
Kungliga Tekniska Högskolan

Sök utanför SwePub

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy