SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:oru-32438"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:oru-32438" > Deep Resequencing o...

Deep Resequencing of GWAS Loci Identifies Rare Variants in CARD9, IL23R and RNF186 That Are Associated with Ulcerative Colitis

Beaudoin, Melissa (författare)
Research Center, Montreal Heart Institute, Montreal QC, Canada
Goyette, Philippe (författare)
Research Center, Montreal Heart Institute, Montreal QC, Canada
Boucher, Gabrielle (författare)
Research Center, Montreal Heart Institute, Montreal QC, Canada
visa fler...
Lo, Ken Sin (författare)
Research Center, Montreal Heart Institute, Montreal QC, Canada
Rivas, Manuel A. (författare)
Center for the Study of IBD (CSIBD) Genetics, The Broad Institute, Cambridge MA, United States
Stevens, Christine (författare)
Center for the Study of IBD (CSIBD) Genetics, The Broad Institute, Cambridge MA, United States
Alikashani, Azadeh (författare)
Research Center, Montreal Heart Institute, Montreal QC, Canada
Ladouceur, Martin (författare)
Research Center, Montreal Heart Institute, Montreal QC, Canada
Ellinghaus, David (författare)
Christian-Albrechts-University, Kiel, Germany
Törkvist, Leif (författare)
Karolinska Institutet, Stockholm, Sweden
Goel, Gautam (författare)
Harvard School of Medicine, Boston MA, USA
Lagace, Caroline (författare)
Research Center, Montreal Heart Institute, Montreal QC, Canada
Annese, Vito (författare)
Ospedale Casa Sollievo della Sofferenza, San Giovanni Rotondo, Italy; Unit of Gastroenterology SOD2, Azienda Ospedaliero Universitaria (AOU) Careggi, Florence, Italy
Bitton, Alain (författare)
McGill University Health Centre, Royal Victoria Hospital, Montreal QC, Canada
Begun, Jakob (författare)
Harvard School of Medicine, Boston MA, USA
Brant, Steve R. (författare)
Johns Hopkins University, Baltimore MD, USA
Bresso, Francesca (författare)
Karolinska University Hospital, Solna, Sweden
Cho, Judy H. (författare)
Yale University, New Haven CT, USA
Duerr, Richard H. (författare)
Graduate School of Public Health, University of Pittsburgh, Pittsburgh PA, USA
Halfvarson, Jonas (författare)
Örebro universitet,Institutionen för hälsovetenskap och medicin,Region Örebro län
McGovern, Dermot P. B. (författare)
Cedars-Sinai Medical Center, Los Angeles CA, USA
Radford-Smith, Graham (författare)
University of Queensland, Brisbane, Australia
Schreiber, Stefan (författare)
Christian-Albrechts-University, Kiel, Germany
Schumm, Philip L. (författare)
University of Chicago, Chicago ILL, USA
Sharma, Yashoda (författare)
Yale University, New Haven CT, USA
Silverberg, Mark S. (författare)
University of Toronto, Toronto ON, Canada
Weersma, Rinse K. (författare)
University Medical Center Groningen, University of Groningen, Groningen, The Netherlands
D'Amato, Mauro (författare)
Karolinska Institutet, Stockholm, Sweden
Vermeire, Severine (författare)
University Hospital Gasthuisberg, Leuven, Belgium
Franke, Andre (författare)
Christian-Albrechts-University, Kiel, Germany
Lettre, Guillaume (författare)
Research Center, Montreal Heart Institute, Montreal QC, Canada; Universite de Montreal, Montreal QC, Canada
Xavier, Ramnik J. (författare)
Harvard School of Medicine, Boston MA, USA; Broad Institute of MIT and Harvard University, Cambridge MA, USA
Daly, Mark J. (författare)
Massachusetts General Hospital, Harvard Medical School, Boston MA, USA
Rioux, John D. (författare)
Research Center, Montreal Heart Institute, Montreal QC, Canada; Universite de Montreal, Montreal QC, Canada
Cho, JH (författare)
Rivas, MA (författare)
Duerr, RH (författare)
Brant, SR (författare)
Xavier, RJ (författare)
Lettre, G (författare)
Franke, A (författare)
McGovern, DPB (författare)
Vermeire, S (författare)
Sharma, Y (författare)
Rioux, JD (författare)
Goyette, P (författare)
Schumm, PL (författare)
Annese, V (författare)
Beaudoin, M (författare)
D'Amato, M (författare)
Karolinska Institutet
Weersma, RK (författare)
Alikashani, A (författare)
Ladouceur, M (författare)
Lo, KS (författare)
Schreiber, S (författare)
Bitton, A (författare)
Halfvarson, J (författare)
Radford-Smith, G (författare)
Bresso, F (författare)
Karolinska Institutet
Begun, J (författare)
Stevens, C (författare)
Boucher, G (författare)
Goel, G (författare)
Ellinghaus, D (författare)
Torkvist, L (författare)
Karolinska Institutet
Silverberg, MS (författare)
Daly, MJ (författare)
Lagace, C (författare)
visa färre...
 (creator_code:org_t)
Public Library of Science (PLoS), 2013
2013
Engelska.
Ingår i: PLOS Genetics. - : Public Library of Science (PLoS). - 1553-7390 .- 1553-7404. ; 9:9
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • Genome-wide association studies and follow-up meta-analyses in Crohn's disease (CD) and ulcerative colitis (UC) have recently identified 163 disease-associated loci that meet genome-wide significance for these two inflammatory bowel diseases (IBD). These discoveries have already had a tremendous impact on our understanding of the genetic architecture of these diseases and have directed functional studies that have revealed some of the biological functions that are important to IBD (e.g. autophagy). Nonetheless, these loci can only explain a small proportion of disease variance (similar to 14% in CD and 7.5% in UC), suggesting that not only are additional loci to be found but that the known loci may contain high effect rare risk variants that have gone undetected by GWAS. To test this, we have used a targeted sequencing approach in 200 UC cases and 150 healthy controls (HC), all of French Canadian descent, to study 55 genes in regions associated with UC. We performed follow-up genotyping of 42 rare non-synonymous variants in independent case-control cohorts (totaling 14,435 UC cases and 20,204 HC). Our results confirmed significant association to rare non-synonymous coding variants in both IL23R and CARD9, previously identified from sequencing of CD loci, as well as identified a novel association in RNF186. With the exception of CARD9 (OR = 0.39), the rare non-synonymous variants identified were of moderate effect (OR = 1.49 for RNF186 and OR = 0.79 for IL23R). RNF186 encodes a protein with a RING domain having predicted E3 ubiquitin-protein ligase activity and two transmembrane domains. Importantly, the disease-coding variant is located in the ubiquitin ligase domain. Finally, our results suggest that rare variants in genes identified by genome-wide association in UC are unlikely to contribute significantly to the overall variance for the disease. Rather, these are expected to help focus functional studies of the corresponding disease loci.

Ämnesord

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Klinisk medicin -- Gastroenterologi (hsv//swe)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Medicinsk genetik (hsv//swe)

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Sök utanför SwePub

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy