SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:su-140321"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:su-140321" > Comparison of HapMa...

Comparison of HapMap and 1000 Genomes Reference Panels in a Large-Scale Genome-Wide Association Study

de Vries, Paul S. (författare)
Sabater-Lleal, Maria (författare)
Chasman, Daniel I. (författare)
visa fler...
Trompet, Stella (författare)
Ahluwalia, Tarunveer S. (författare)
Teumer, Alexander (författare)
Kleber, Marcus E. (författare)
Chen, Ming-Huei (författare)
Wang, Jie Jin (författare)
Attia, John R. (författare)
Marioni, Riccardo E. (författare)
Steri, Maristella (författare)
Weng, Lu-Chen (författare)
Pool, Rene (författare)
Grossmann, Vera (författare)
Brody, Jennifer A. (författare)
Venturini, Cristina (författare)
Tanaka, Toshiko (författare)
Rose, Lynda M. (författare)
Oldmeadow, Christopher (författare)
Mazur, Johanna (författare)
Basu, Saonli (författare)
Frånberg, Mattias, (författare)
Stockholms universitet, Numerisk analys och datalogi (NADA), Karolinska Institutet, Sweden
Yang, Qiong (författare)
Ligthart, Symen (författare)
Hottenga, Jouke J. (författare)
Rumley, Ann (författare)
Mulas, Antonella (författare)
de Craen, Anton J. M. (författare)
Grotevendt, Anne (författare)
Taylor, Kent D. (författare)
Delgado, Graciela E. (författare)
Kifley, Annette (författare)
Lopez, Lorna M. (författare)
Berentzen, Tina L. (författare)
Mangino, Massimo (författare)
Bandinelli, Stefania (författare)
Morrison, Alanna C. (författare)
Hamsten, Anders (författare)
Tofler, Geoffrey (författare)
de Maat, Moniek P. M. (författare)
Draisma, Harmen H. M. (författare)
Lowe, Gordon D. (författare)
Zoledziewska, Magdalena (författare)
Sattar, Naveed (författare)
Lackner, Karl J. (författare)
Voelker, Uwe (författare)
McKnight, Barbara (författare)
Huang, Jie (författare)
Holliday, Elizabeth G. (författare)
McEvoy, Mark A. (författare)
Starr, John M. (författare)
Hysi, Pirro G. (författare)
Hernandez, Dena G. (författare)
Guan, Weihua (författare)
Rivadeneira, Fernando (författare)
McArdle, Wendy L. (författare)
Slagboom, P. Eline (författare)
Zeller, Tanja (författare)
Psaty, Bruce M. (författare)
Uitterlinden, Andre G. (författare)
de Geus, Eco J. C. (författare)
Stott, David J. (författare)
Binder, Harald (författare)
Hofman, Albert (författare)
Franco, Oscar H. (författare)
Rotter, Jerome I. (författare)
Ferrucci, Luigi (författare)
Spector, Tim D. (författare)
Deary, Ian J. (författare)
Maerz, Winfried (författare)
Greinacher, Andreas (författare)
Wild, Philipp S. (författare)
Cucca, Francesco (författare)
Boomsma, Dorret I. (författare)
Watkins, Hugh (författare)
Tang, Weihong (författare)
Ridker, Paul M. (författare)
Jukema, Jan W. (författare)
Scott, Rodney J. (författare)
Mitchell, Paul (författare)
Hansen, Torben (författare)
O'Donnell, Christopher J. (författare)
Smith, Nicholas L. (författare)
Strachan, David P. (författare)
Dehghan, Abbas (författare)
Franberg, M (författare)
Volker, U (författare)
Marz, W (författare)
visa färre...
Stockholms universitet Naturvetenskapliga fakulteten. Numerisk analys och datalogi (NADA). (creator_code:org_t)
2017
Engelska.
Ingår i: PLoS ONE. - 1932-6203. ; 12:1
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • An increasing number of genome-wide association (GWA) studies are now using the higher resolution 1000 Genomes Project reference panel (1000G) for imputation, with the expectation that 1000G imputation will lead to the discovery of additional associated loci when compared to HapMap imputation. In order to assess the improvement of 1000G over HapMap imputation in identifying associated loci, we compared the results of GWA studies of circulating fibrinogen based on the two reference panels. Using both HapMap and 1000G imputation we performed a meta-analysis of 22 studies comprising the same 91,953 individuals. We identified six additional signals using 1000G imputation, while 29 loci were associated using both HapMap and 1000G imputation. One locus identified using HapMap imputation was not significant using 1000G imputation. The genome-wide significance threshold of 5x10(-8) is based on the number of independent statistical tests using HapMap imputation, and 1000G imputation may lead to further independent tests that should be corrected for. When using a stricter Bonferroni correction for the 1000G GWA study (P-value < 2.5x10(-8)), the number of loci significant only using HapMap imputation increased to 4 while the number of loci significant only using 1000G decreased to 5. In conclusion, 1000G imputation enabled the identification of 20% more loci than HapMap imputation, although the advantage of 1000G imputation became less clear when a stricter Bonferroni correction was used. More generally, our results provide insights that are applicable to the implementation of other dense reference panels that are under development.

Ämnesord

NATURVETENSKAP  -- Annan naturvetenskap (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Other Natural Sciences (hsv//eng)

Publikations- och innehållstyp

art (ämneskategori)
ref (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

  • PLoS ONE (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...
de Vries, Paul S ...
Sabater-Lleal, M ...
Chasman, Daniel ...
Trompet, Stella
Ahluwalia, Tarun ...
Teumer, Alexande ...
visa fler...
Kleber, Marcus E ...
Chen, Ming-Huei
Wang, Jie Jin
Attia, John R.
Marioni, Riccard ...
Steri, Maristell ...
Weng, Lu-Chen
Pool, Rene
Grossmann, Vera
Brody, Jennifer ...
Venturini, Crist ...
Tanaka, Toshiko
Rose, Lynda M.
Oldmeadow, Chris ...
Mazur, Johanna
Basu, Saonli
Frånberg, Mattia ...
Yang, Qiong
Ligthart, Symen
Hottenga, Jouke ...
Rumley, Ann
Mulas, Antonella
de Craen, Anton ...
Grotevendt, Anne
Taylor, Kent D.
Delgado, Graciel ...
Kifley, Annette
Lopez, Lorna M.
Berentzen, Tina ...
Mangino, Massimo
Bandinelli, Stef ...
Morrison, Alanna ...
Hamsten, Anders
Tofler, Geoffrey
de Maat, Moniek ...
Draisma, Harmen ...
Lowe, Gordon D.
Zoledziewska, Ma ...
Sattar, Naveed
Lackner, Karl J.
Voelker, Uwe
McKnight, Barbar ...
Huang, Jie
Holliday, Elizab ...
McEvoy, Mark A.
Starr, John M.
Hysi, Pirro G.
Hernandez, Dena ...
Guan, Weihua
Rivadeneira, Fer ...
McArdle, Wendy L ...
Slagboom, P. Eli ...
Zeller, Tanja
Psaty, Bruce M.
Uitterlinden, An ...
de Geus, Eco J. ...
Stott, David J.
Binder, Harald
Hofman, Albert
Franco, Oscar H.
Rotter, Jerome I ...
Ferrucci, Luigi
Spector, Tim D.
Deary, Ian J.
Maerz, Winfried
Greinacher, Andr ...
Wild, Philipp S.
Cucca, Francesco
Boomsma, Dorret ...
Watkins, Hugh
Tang, Weihong
Ridker, Paul M.
Jukema, Jan W.
Scott, Rodney J.
Mitchell, Paul
Hansen, Torben
O'Donnell, Chris ...
Smith, Nicholas ...
Strachan, David ...
Dehghan, Abbas
Franberg, M
Volker, U
Marz, W
visa färre...
Om ämnet
NATURVETENSKAP
NATURVETENSKAP
och Annan naturveten ...
Artiklar i publikationen
PLoS ONE
Av lärosätet
Stockholms universitet
Karolinska Institutet

Sök utanför SwePub

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy