SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:umu-106312"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:umu-106312" > Further Confirmatio...

Further Confirmation of Germline Glioma Risk Variant rs78378222 in TP53 and Its Implication in Tumor Tissues via Integrative Analysis of TCGA Data

Wang, Zhaoming (författare)
Rajaraman, Preetha (författare)
Melin, Beatrice S. (författare)
Umeå universitet,Onkologi
visa fler...
Chung, Charles C. (författare)
Zhang, Weijia (författare)
McKean-Cowdin, Roberta (författare)
Michaud, Dominique (författare)
Yeager, Meredith (författare)
Ahlbom, Anders (författare)
Albanes, Demetrius (författare)
Andersson, Ulrika (författare)
Umeå universitet,Onkologi
Freeman, Laura E. Beane (författare)
Buring, Julie E. (författare)
Butler, Mary Ann (författare)
Carreon, Tania (författare)
Feychting, Maria (författare)
Gapstur, Susan M. (författare)
Gaziano, J. Michael (författare)
Giles, Graham G. (författare)
Hallmans, Göran (författare)
Umeå universitet,Enheten för biobanksforskning,Näringsforskning
Henriksson, Roger (författare)
Umeå universitet,Onkologi
Hoffman-Bolton, Judith (författare)
Inskip, Peter D. (författare)
Kitahara, Cari M. (författare)
Marchand, Loic Le (författare)
Linet, Martha S. (författare)
Li, Shengchao (författare)
Peters, Ulrike (författare)
Purdue, Mark P. (författare)
Rothman, Nathaniel (författare)
Ruder, Avima M. (författare)
Sesso, Howard D. (författare)
Severi, Gianluca (författare)
Stampfer, Meir (författare)
Stevens, Victoria L. (författare)
Visvanathan, Kala (författare)
Wang, Sophia S. (författare)
White, Emily (författare)
Zeleniuch-Jacquotte, Anne (författare)
Hoover, Robert (författare)
Fraumeni, Joseph F. (författare)
Chatterjee, Nilanjan (författare)
Hartge, Patricia (författare)
Chanock, Stephen J. (författare)
Chanock, SJ (författare)
Albanes, D (författare)
Freeman, LEB (författare)
Rajaraman, P (författare)
Zeleniuch-Jacquotte, A (författare)
Purdue, MP (författare)
Hoffman-Bolton, J (författare)
Andersson, U (författare)
Stevens, VL (författare)
Visvanathan, K (författare)
Peters, U (författare)
McKean-Cowdin, R (författare)
Hallmans, G (författare)
Severi, G (författare)
Wang, SS (författare)
Rothman, N (författare)
Sesso, HD (författare)
Wang, ZM (författare)
Giles, GG (författare)
Ahlbom, A (författare)
Karolinska Institutet
Linet, MS (författare)
Inskip, PD (författare)
Marchand, LL (författare)
Chung, CC (författare)
Zhang, WJ (författare)
Ruder, AM (författare)
Feychting, M (författare)
Karolinska Institutet
Kitahara, CM (författare)
Hartge, P (författare)
Hoover, R (författare)
Carreon, T (författare)
Stampfer, M (författare)
Michaud, D (författare)
Gaziano, JM (författare)
Butler, MA (författare)
Li, SC (författare)
Henriksson, R (författare)
Chatterjee, N (författare)
Yeager, M (författare)
Gapstur, SM (författare)
Melin, BS (författare)
Buring, JE (författare)
White, E (författare)
Fraumeni, JF (författare)
visa färre...
 (creator_code:org_t)
2015
2015
Engelska.
Ingår i: Human Mutation. - 1059-7794 .- 1098-1004. ; 36:7, s. 684-688
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • We confirmed strong association of rs78378222:A>C (per allele odds ratio [OR] = 3.14; P = 6.48 x 10(-11)), a germline rare single-nucleotide polymorphism (SNP) in TP53, via imputation of a genome-wide association study of glioma (1,856 cases and 4,955 controls). We subsequently performed integrative analyses on the Cancer Genome Atlas (TCGA) data for GBM (glioblastoma multiforme) and LUAD (lung adenocarcinoma). Based on SNP data, we imputed genotypes for rs78378222 and selected individuals carrying rare risk allele (C). Using RNA sequencing data, we observed aberrant transcripts with approximate to 3 kb longer than normal for those individuals. Using exome sequencing data, we further showed that loss of haplotype carrying common protective allele (A) occurred somatically in GBM but not in LUAD. Our bioinformatic analysis suggests rare risk allele (C) disrupts mRNA termination, and an allelic loss of a genomic region harboring common protective allele (A) occurs during tumor initiation or progression for glioma.

Ämnesord

MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Clinical Medicine -- Cancer and Oncology (hsv//eng)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Klinisk medicin -- Cancer och onkologi (hsv//swe)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Klinisk medicin (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Clinical Medicine (hsv//eng)

Nyckelord

glioma
TP53
rare SNP
TCGA

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...
Wang, Zhaoming
Rajaraman, Preet ...
Melin, Beatrice ...
Chung, Charles C ...
Zhang, Weijia
McKean-Cowdin, R ...
visa fler...
Michaud, Dominiq ...
Yeager, Meredith
Ahlbom, Anders
Albanes, Demetri ...
Andersson, Ulrik ...
Freeman, Laura E ...
Buring, Julie E.
Butler, Mary Ann
Carreon, Tania
Feychting, Maria
Gapstur, Susan M ...
Gaziano, J. Mich ...
Giles, Graham G.
Hallmans, Göran
Henriksson, Roge ...
Hoffman-Bolton, ...
Inskip, Peter D.
Kitahara, Cari M ...
Marchand, Loic L ...
Linet, Martha S.
Li, Shengchao
Peters, Ulrike
Purdue, Mark P.
Rothman, Nathani ...
Ruder, Avima M.
Sesso, Howard D.
Severi, Gianluca
Stampfer, Meir
Stevens, Victori ...
Visvanathan, Kal ...
Wang, Sophia S.
White, Emily
Zeleniuch-Jacquo ...
Hoover, Robert
Fraumeni, Joseph ...
Chatterjee, Nila ...
Hartge, Patricia
Chanock, Stephen ...
Chanock, SJ
Albanes, D
Freeman, LEB
Rajaraman, P
Zeleniuch-Jacquo ...
Purdue, MP
Hoffman-Bolton, ...
Andersson, U
Stevens, VL
Visvanathan, K
Peters, U
McKean-Cowdin, R
Hallmans, G
Severi, G
Wang, SS
Rothman, N
Sesso, HD
Wang, ZM
Giles, GG
Ahlbom, A
Linet, MS
Inskip, PD
Marchand, LL
Chung, CC
Zhang, WJ
Ruder, AM
Feychting, M
Kitahara, CM
Hartge, P
Hoover, R
Carreon, T
Stampfer, M
Michaud, D
Gaziano, JM
Butler, MA
Li, SC
Henriksson, R
Chatterjee, N
Yeager, M
Gapstur, SM
Melin, BS
Buring, JE
White, E
Fraumeni, JF
visa färre...
Om ämnet
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
MEDICIN OCH HÄLS ...
och Klinisk medicin
och Cancer och onkol ...
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
MEDICIN OCH HÄLS ...
och Klinisk medicin
Artiklar i publikationen
Human Mutation
Av lärosätet
Umeå universitet
Karolinska Institutet

Sök utanför SwePub

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy