SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:umu-154571"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:umu-154571" > Agnostic Pathway/Ge...

Agnostic Pathway/Gene Set Analysis of Genome-Wide Association Data Identifies Associations for Pancreatic Cancer

Walsh, Naomi (författare)
Zhang, Han (författare)
Hyland, Paula L (författare)
visa fler...
Yang, Qi (författare)
Mocci, Evelina (författare)
Zhang, Mingfeng (författare)
Childs, Erica J (författare)
Collins, Irene (författare)
Wang, Zhaoming (författare)
Arslan, Alan A (författare)
Beane-Freeman, Laura (författare)
Bracci, Paige M (författare)
Brennan, Paul (författare)
Canzian, Federico (författare)
Duell, Eric J (författare)
Gallinger, Steven (författare)
Giles, Graham G (författare)
Goggins, Michael (författare)
Goodman, Gary E (författare)
Goodman, Phyllis J (författare)
Hung, Rayjean J (författare)
Kooperberg, Charles (författare)
Kurtz, Robert C (författare)
Malats, Núria (författare)
LeMarchand, Loic (författare)
Neale, Rachel E (författare)
Olson, Sara H (författare)
Scelo, Ghislaine (författare)
Shu, Xiao O (författare)
Van Den Eeden, Stephen K (författare)
Visvanathan, Kala (författare)
White, Emily (författare)
Zheng, Wei (författare)
Albanes, Demetrius (författare)
Andreotti, Gabriella (författare)
Babic, Ana (författare)
Bamlet, William R (författare)
Berndt, Sonja I (författare)
Borgida, Ayelet (författare)
Boutron-Ruault, Marie-Christine (författare)
Brais, Lauren (författare)
Bueno-de-Mesquita, Bas (författare)
Buring, Julie (författare)
Chaffee, Kari G (författare)
Chanock, Stephen (författare)
Cleary, Sean (författare)
Cotterchio, Michelle (författare)
Foretova, Lenka (författare)
Fuchs, Charles (författare)
M Gaziano, J Michael (författare)
Giovannucci, Edward (författare)
Hackert, Thilo (författare)
Haiman, Christopher (författare)
Hartge, Patricia (författare)
Hasan, Manal (författare)
Helzlsouer, Kathy J (författare)
Herman, Joseph (författare)
Holcatova, Ivana (författare)
Holly, Elizabeth A (författare)
Hoover, Robert (författare)
Janout, Vladimir (författare)
Klein, Eric A (författare)
Laheru, Daniel (författare)
Lee, I-Min (författare)
Lu, Lingeng (författare)
Mannisto, Satu (författare)
Milne, Roger L (författare)
Oberg, Ann L (författare)
Orlow, Irene (författare)
Patel, Alpa V (författare)
Peters, Ulrike (författare)
Porta, Miquel (författare)
Real, Francisco X (författare)
Rothman, Nathaniel (författare)
Sesso, Howard D (författare)
Severi, Gianluca (författare)
Silverman, Debra (författare)
Strobel, Oliver (författare)
Sund, Malin (författare)
Umeå universitet,Institutionen för kirurgisk och perioperativ vetenskap,Sund
Thornquist, Mark D (författare)
Tobias, Geoffrey S (författare)
Wactawski-Wende, Jean (författare)
Wareham, Nick (författare)
Weiderpass, Elisabete (författare)
Wentzensen, Nicolas (författare)
Wheeler, William (författare)
Yu, Herbert (författare)
Zeleniuch-Jacquotte, Anne (författare)
Kraft, Peter (författare)
Li, Donghui (författare)
Jacobs, Eric J (författare)
Petersen, Gloria M (författare)
Wolpin, Brian M (författare)
Risch, Harvey A (författare)
Amundadottir, Laufey T (författare)
Yu, Kai (författare)
Klein, Alison P (författare)
Stolzenberg-Solomon, Rachael Z (författare)
Mannisto, S (författare)
Chanock, S (författare)
Kurtz, RC (författare)
Zheng, W (författare)
Canzian, F (författare)
Amundadottir, LT (författare)
Kooperberg, C (författare)
Zeleniuch-Jacquotte, A (författare)
Wheeler, W (författare)
Buring, J (författare)
Petersen, GM (författare)
Cotterchio, M (författare)
Stolzenberg-Solomon, RZ (författare)
Porta, M (författare)
Rothman, N (författare)
Giles, GG (författare)
Wang, ZM (författare)
Bueno-de-Mesquita, B (författare)
Goodman, PJ (författare)
Haiman, C (författare)
Hartge, P (författare)
Hoover, R (författare)
Duell, EJ (författare)
Chaffee, KG (författare)
Fuchs, C (författare)
Laheru, D (författare)
Real, FX (författare)
Wentzensen, N (författare)
Cleary, S (författare)
Yu, K (författare)
Giovannucci, E (författare)
Hung, RJ (författare)
Wareham, N (författare)
Bracci, PM (författare)
Milne, RL (författare)
Scelo, G (författare)
Oberg, AL (författare)
Sund, M (författare)
Hackert, T (författare)
LeMarchand, L (författare)
Arslan, AA (författare)
Orlow, I (författare)
Boutron-Ruault, MC (författare)
Jacobs, EJ (författare)
Van den Eeden, SK (författare)
Holcatova, I (författare)
White, E (författare)
Beane-Freeman, L (författare)
Janout, V (författare)
Wactawski-Wende, J (författare)
Yu, H (författare)
Foretova, L (författare)
Albanes, D (författare)
Risch, HA (författare)
Lu, LG (författare)
Klein, AP (författare)
Thornquist, MD (författare)
Klein, EA (författare)
Silverman, D (författare)
Visvanathan, K (författare)
Malats, N (författare)
Gaziano, JMM (författare)
Peters, U (författare)
Kraft, P (författare)
Childs, EJ (författare)
Severi, G (författare)
Walsh, N (författare)
Brais, L (författare)
Babic, A (författare)
Herman, J (författare)
Sesso, HD (författare)
Mocci, E (författare)
Lee, IM (författare)
Hasan, M (författare)
Hyland, PL (författare)
Borgida, A (författare)
Bamlet, WR (författare)
Zhang, H (författare)
Neale, RE (författare)
Shu, XO (författare)
Gallinger, S (författare)
Goggins, M (författare)
Brennan, P (författare)
Weiderpass, E (författare)
Karolinska Institutet
Berndt, SI (författare)
Zhang, MF (författare)
Patel, AV (författare)
Tobias, GS (författare)
Li, DH (författare)
Helzlsouer, KJ (författare)
Wolpin, BM (författare)
Yang, Q (författare)
Olson, SH (författare)
Strobel, O (författare)
Andreotti, G (författare)
Holly, EA (författare)
Collins, I (författare)
Goodman, GE (författare)
visa färre...
 (creator_code:org_t)
Oxford University Press, 2019
2019
Engelska.
Ingår i: ; 111:6
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • Background: Genome-wide association studies (GWAS) identify associations of individual single-nucleotide polymorphisms (SNPs) with cancer risk but usually only explain a fraction of the inherited variability. Pathway analysis of genetic variants is a powerful tool to identify networks of susceptibility genes.Methods: We conducted a large agnostic pathway-based meta-analysis of GWAS data using the summary-based adaptive rank truncated product method to identify gene sets and pathways associated with pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) in 9040 cases and 12 496 controls. We performed expression quantitative trait loci (eQTL) analysis and functional annotation of the top SNPs in genes contributing to the top associated pathways and gene sets. All statistical tests were two-sided.Results: We identified 14 pathways and gene sets associated with PDAC at a false discovery rate of less than 0.05. After Bonferroni correction (P ≤ 1.3 × 10-5), the strongest associations were detected in five pathways and gene sets, including maturity-onset diabetes of the young, regulation of beta-cell development, role of epidermal growth factor (EGF) receptor transactivation by G protein-coupled receptors in cardiac hypertrophy pathways, and the Nikolsky breast cancer chr17q11-q21 amplicon and Pujana ATM Pearson correlation coefficient (PCC) network gene sets. We identified and validated rs876493 and three correlating SNPs (PGAP3) and rs3124737 (CASP7) from the Pujana ATM PCC gene set as eQTLs in two normal derived pancreas tissue datasets.Conclusion: Our agnostic pathway and gene set analysis integrated with functional annotation and eQTL analysis provides insight into genes and pathways that may be biologically relevant for risk of PDAC, including those not previously identified.

Ämnesord

MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Clinical Medicine -- Cancer and Oncology (hsv//eng)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Klinisk medicin -- Cancer och onkologi (hsv//swe)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Klinisk medicin (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Clinical Medicine (hsv//eng)

Nyckelord

Oncology
onkologi

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

  • (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...
Walsh, Naomi
Zhang, Han
Hyland, Paula L
Yang, Qi
Mocci, Evelina
Zhang, Mingfeng
visa fler...
Childs, Erica J
Collins, Irene
Wang, Zhaoming
Arslan, Alan A
Beane-Freeman, L ...
Bracci, Paige M
Brennan, Paul
Canzian, Federic ...
Duell, Eric J
Gallinger, Steve ...
Giles, Graham G
Goggins, Michael
Goodman, Gary E
Goodman, Phyllis ...
Hung, Rayjean J
Kooperberg, Char ...
Kurtz, Robert C
Malats, Núria
LeMarchand, Loic
Neale, Rachel E
Olson, Sara H
Scelo, Ghislaine
Shu, Xiao O
Van Den Eeden, S ...
Visvanathan, Kal ...
White, Emily
Zheng, Wei
Albanes, Demetri ...
Andreotti, Gabri ...
Babic, Ana
Bamlet, William ...
Berndt, Sonja I
Borgida, Ayelet
Boutron-Ruault, ...
Brais, Lauren
Bueno-de-Mesquit ...
Buring, Julie
Chaffee, Kari G
Chanock, Stephen
Cleary, Sean
Cotterchio, Mich ...
Foretova, Lenka
Fuchs, Charles
M Gaziano, J Mic ...
Giovannucci, Edw ...
Hackert, Thilo
Haiman, Christop ...
Hartge, Patricia
Hasan, Manal
Helzlsouer, Kath ...
Herman, Joseph
Holcatova, Ivana
Holly, Elizabeth ...
Hoover, Robert
Janout, Vladimir
Klein, Eric A
Laheru, Daniel
Lee, I-Min
Lu, Lingeng
Mannisto, Satu
Milne, Roger L
Oberg, Ann L
Orlow, Irene
Patel, Alpa V
Peters, Ulrike
Porta, Miquel
Real, Francisco ...
Rothman, Nathani ...
Sesso, Howard D
Severi, Gianluca
Silverman, Debra
Strobel, Oliver
Sund, Malin
Thornquist, Mark ...
Tobias, Geoffrey ...
Wactawski-Wende, ...
Wareham, Nick
Weiderpass, Elis ...
Wentzensen, Nico ...
Wheeler, William
Yu, Herbert
Zeleniuch-Jacquo ...
Kraft, Peter
Li, Donghui
Jacobs, Eric J
Petersen, Gloria ...
Wolpin, Brian M
Risch, Harvey A
Amundadottir, La ...
Yu, Kai
Klein, Alison P
Stolzenberg-Solo ...
Mannisto, S
Chanock, S
Kurtz, RC
Zheng, W
Canzian, F
Amundadottir, LT
Kooperberg, C
Zeleniuch-Jacquo ...
Wheeler, W
Buring, J
Petersen, GM
Cotterchio, M
Stolzenberg-Solo ...
Porta, M
Rothman, N
Giles, GG
Wang, ZM
Bueno-de-Mesquit ...
Goodman, PJ
Haiman, C
Hartge, P
Hoover, R
Duell, EJ
Chaffee, KG
Fuchs, C
Laheru, D
Real, FX
Wentzensen, N
Cleary, S
Yu, K
Giovannucci, E
Hung, RJ
Wareham, N
Bracci, PM
Milne, RL
Scelo, G
Oberg, AL
Sund, M
Hackert, T
LeMarchand, L
Arslan, AA
Orlow, I
Boutron-Ruault, ...
Jacobs, EJ
Van den Eeden, S ...
Holcatova, I
White, E
Beane-Freeman, L
Janout, V
Wactawski-Wende, ...
Yu, H
Foretova, L
Albanes, D
Risch, HA
Lu, LG
Klein, AP
Thornquist, MD
Klein, EA
Silverman, D
Visvanathan, K
Malats, N
Gaziano, JMM
Peters, U
Kraft, P
Childs, EJ
Severi, G
Walsh, N
Brais, L
Babic, A
Herman, J
Sesso, HD
Mocci, E
Lee, IM
Hasan, M
Hyland, PL
Borgida, A
Bamlet, WR
Zhang, H
Neale, RE
Shu, XO
Gallinger, S
Goggins, M
Brennan, P
Weiderpass, E
Berndt, SI
Zhang, MF
Patel, AV
Tobias, GS
Li, DH
Helzlsouer, KJ
Wolpin, BM
Yang, Q
Olson, SH
Strobel, O
Andreotti, G
Holly, EA
Collins, I
Goodman, GE
visa färre...
Om ämnet
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
MEDICIN OCH HÄLS ...
och Klinisk medicin
och Cancer och onkol ...
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
MEDICIN OCH HÄLS ...
och Klinisk medicin
Artiklar i publikationen
Journal of the N ...
Av lärosätet
Umeå universitet
Karolinska Institutet

Sök utanför SwePub

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy