SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:umu-159075"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:umu-159075" > Genetic variant pre...

Genetic variant predictors of gene expression provide new insight into risk of colorectal cancer

Bien, Stephanie A. (författare)
Su, Yu-Ru (författare)
Conti, David V. (författare)
visa fler...
Harrison, Tabitha A. (författare)
Qu, Conghui (författare)
Guo, Xingyi (författare)
Lu, Yingchang (författare)
Albanes, Demetrius (författare)
Auer, Paul L. (författare)
Banbury, Barbara L. (författare)
Berndt, Sonja I. (författare)
Bezieau, Stephane (författare)
Brenner, Hermann (författare)
Buchanan, Daniel D. (författare)
Caan, Bette J. (författare)
Campbell, Peter T. (författare)
Carlson, Christopher S. (författare)
Chan, Andrew T. (författare)
Chang-Claude, Jenny (författare)
Chen, Sai (författare)
Connolly, Charles M. (författare)
Easton, Douglas F. (författare)
Feskens, Edith J. M. (författare)
Gallinger, Steven (författare)
Giles, Graham G. (författare)
Gunter, Marc J. (författare)
Hampe, Jochen (författare)
Huyghe, Jeroen R. (författare)
Hoffmeister, Michael (författare)
Hudson, Thomas J. (författare)
Jacobs, Eric J. (författare)
Jenkins, Mark A. (författare)
Kampman, Ellen (författare)
Kang, Hyun Min (författare)
Kuehn, Tilman (författare)
Kury, Sebastien (författare)
Lejbkowicz, Flavio (författare)
Le Marchand, Loic (författare)
Milne, Roger L. (författare)
Li, Li (författare)
Li, Christopher I. (författare)
Lindblom, Annika (författare)
Lindor, Noralane M. (författare)
Martin, Vicente (författare)
McNeil, Caroline E. (författare)
Melas, Marilena (författare)
Moreno, Victor (författare)
Newcomb, Polly A. (författare)
Offit, Kenneth (författare)
Pharaoh, Paul D. P. (författare)
Potter, John D. (författare)
Qu, Chenxu (författare)
Riboli, Elio (författare)
Rennert, Gad (författare)
Sala, Nuria (författare)
Schafmayer, Clemens (författare)
Scacheri, Peter C. (författare)
Schmit, Stephanie L. (författare)
Severi, Gianluca (författare)
Slattery, Martha L. (författare)
Smith, Joshua D. (författare)
Trichopoulou, Antonia (författare)
Tumino, Rosario (författare)
Ulrich, Cornelia M. (författare)
van Duijnhoven, Franzel J. B. (författare)
van Guelpen, Bethany, (författare)
Umeå universitet, Patologi, Department of Public Health Sciences, University of Virginia School of Medicine, Charlottesville, USA
Weinstein, Stephanie J. (författare)
White, Emily (författare)
Wolk, Alicja (författare)
Woods, Michael O. (författare)
Wu, Anna H. (författare)
Abecasis, Goncalo R. (författare)
Casey, Graham (författare)
Nickerson, Deborah A. (författare)
Gruber, Stephen B. (författare)
Hsu, Li (författare)
Zheng, Wei (författare)
Peters, Ulrike (författare)
visa färre...
2019
Engelska.
Ingår i: Human Genetics. - Springer. - 0340-6717 .- 1432-1203. ; 138:4, s. 307-326
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • <p>Genome-wide association studies have reported 56 independently associated colorectal cancer (CRC) risk variants, most of which are non-coding and believed to exert their effects by modulating gene expression. The computational method PrediXcan uses cis-regulatory variant predictors to impute expression and perform gene-level association tests in GWAS without directly measured transcriptomes. In this study, we used reference datasets from colon (n=169) and whole blood (n=922) transcriptomes to test CRC association with genetically determined expression levels in a genome-wide analysis of 12,186 cases and 14,718 controls. Three novel associations were discovered from colon transverse models at FDR0.2 and further evaluated in an independent replication including 32,825 cases and 39,933 controls. After adjusting for multiple comparisons, we found statistically significant associations using colon transcriptome models with TRIM4 (discovery P=2.2x10(-4), replication P=0.01), and PYGL (discovery P=2.3x10(-4), replication P=6.7x10(-4)). Interestingly, both genes encode proteins that influence redox homeostasis and are related to cellular metabolic reprogramming in tumors, implicating a novel CRC pathway linked to cell growth and proliferation. Defining CRC risk regions as one megabase up- and downstream of one of the 56 independent risk variants, we defined 44 non-overlapping CRC-risk regions. Among these risk regions, we identified genes associated with CRC (P&lt;0.05) in 34/44 CRC-risk regions. Importantly, CRC association was found for two genes in the previously reported 2q25 locus, CXCR1 and CXCR2, which are potential cancer therapeutic targets. These findings provide strong candidate genes to prioritize for subsequent laboratory follow-up of GWAS loci. This study is the first to implement PrediXcan in a large colorectal cancer study and findings highlight the utility of integrating transcriptome data in GWAS for discovery of, and biological insight into, risk loci.</p>

Ämnesord

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Medicinska grundvetenskaper -- Medicinsk genetik (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Basic Medicine -- Medical Genetics (hsv//eng)

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)
ref (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...
Bien, Stephanie ...
Su, Yu-Ru
Conti, David V.
Harrison, Tabith ...
Qu, Conghui
Guo, Xingyi
visa fler...
Lu, Yingchang
Albanes, Demetri ...
Auer, Paul L.
Banbury, Barbara ...
Berndt, Sonja I.
Bezieau, Stephan ...
Brenner, Hermann
Buchanan, Daniel ...
Caan, Bette J.
Campbell, Peter ...
Carlson, Christo ...
Chan, Andrew T.
Chang-Claude, Je ...
Chen, Sai
Connolly, Charle ...
Easton, Douglas ...
Feskens, Edith J ...
Gallinger, Steve ...
Giles, Graham G.
Gunter, Marc J.
Hampe, Jochen
Huyghe, Jeroen R ...
Hoffmeister, Mic ...
Hudson, Thomas J ...
Jacobs, Eric J.
Jenkins, Mark A.
Kampman, Ellen
Kang, Hyun Min
Kuehn, Tilman
Kury, Sebastien
Lejbkowicz, Flav ...
Le Marchand, Loi ...
Milne, Roger L.
Li, Li
Li, Christopher ...
Lindblom, Annika
Lindor, Noralane ...
Martin, Vicente
McNeil, Caroline ...
Melas, Marilena
Moreno, Victor
Newcomb, Polly A ...
Offit, Kenneth
Pharaoh, Paul D. ...
Potter, John D.
Qu, Chenxu
Riboli, Elio
Rennert, Gad
Sala, Nuria
Schafmayer, Clem ...
Scacheri, Peter ...
Schmit, Stephani ...
Severi, Gianluca
Slattery, Martha ...
Smith, Joshua D.
Trichopoulou, An ...
Tumino, Rosario
Ulrich, Cornelia ...
van Duijnhoven, ...
van Guelpen, Bet ...
Weinstein, Steph ...
White, Emily
Wolk, Alicja
Woods, Michael O ...
Wu, Anna H.
Abecasis, Goncal ...
Casey, Graham
Nickerson, Debor ...
Gruber, Stephen ...
Hsu, Li
Zheng, Wei
Peters, Ulrike
visa färre...
Om ämnet
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
MEDICIN OCH HÄLS ...
och Medicinska grund ...
och Medicinsk geneti ...
Artiklar i publikationen
Human Genetics
Av lärosätet
Umeå universitet

Sök utanför SwePub

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy