SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:umu-165839"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:umu-165839" > Single-cell RNA-seq...

Single-cell RNA-seq and computational analysis using temporal mixture modelling resolves Th1/Tfh fate bifurcation in malaria

Lönnberg, Tapio (författare)
Svensson, Valentine (författare)
James, Kylie R. (författare)
visa fler...
Fernandez-Ruiz, Daniel (författare)
Sebina, Ismail (författare)
Montandon, Ruddy (författare)
Soon, Megan S. F. (författare)
Fogg, Lily G. (författare)
Nair, Arya Sheela (författare)
Liligeto, Urijah (författare)
Stubbington, Michael J. T. (författare)
Ly, Lam-Ha (författare)
Bagger, Frederik Otzen (författare)
Zwiessele, Max (författare)
Lawrence, Neil D. (författare)
Souza-Fonseca-Guimaraes, Fernando (författare)
Bunn, Patrick T. (författare)
Engwerda, Christian R. (författare)
Heath, William R. (författare)
Billker, Oliver (författare)
Wellcome Trust Sanger Institute, Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, U.K.
Stegle, Oliver (författare)
Haque, Ashraful (författare)
Teichmann, Sarah A. (författare)
visa färre...
Wellcome Trust Sanger Institute, Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, UK. (creator_code:org_t)
American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2017
2017
Engelska.
Ingår i: ; 2:9
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • Differentiation of naïve CD4(+) T cells into functionally distinct T helper subsets is crucial for the orchestration of immune responses. Due to extensive heterogeneity and multiple overlapping transcriptional programs in differentiating T cell populations, this process has remained a challenge for systematic dissection in vivo. By using single-cell transcriptomics and computational analysis using a temporal mixtures of Gaussian processes model, termed GPfates, we reconstructed the developmental trajectories of Th1 and Tfh cells during blood-stage Plasmodium infection in mice. By tracking clonality using endogenous TCR sequences, we first demonstrated that Th1/Tfh bifurcation had occurred at both population and single-clone levels. Next, we identified genes whose expression was associated with Th1 or Tfh fates, and demonstrated a T-cell intrinsic role for Galectin-1 in supporting a Th1 differentiation. We also revealed the close molecular relationship between Th1 and IL-10-producing Tr1 cells in this infection. Th1 and Tfh fates emerged from a highly proliferative precursor that upregulated aerobic glycolysis and accelerated cell cycling as cytokine expression began. Dynamic gene expression of chemokine receptors around bifurcation predicted roles for cell-cell in driving Th1/Tfh fates. In particular, we found that precursor Th cells were coached towards a Th1 but not a Tfh fate by inflammatory monocytes. Thus, by integrating genomic and computational approaches, our study has provided two unique resources, a database www.PlasmoTH.org, which facilitates discovery of novel factors controlling Th1/Tfh fate commitment, and more generally, GPfates, a modelling framework for characterizing cell differentiation towards multiple fates.

Ämnesord

MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Basic Medicine -- Cell and Molecular Biology (hsv//eng)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Cell- och molekylärbiologi (hsv//swe)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Basic Medicine (hsv//eng)

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

  • (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy