SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:umu-170950"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:umu-170950" > Genetic interaction...

Genetic interaction analysis among oncogenesis-related genes revealed novel genes and networks in lung cancer development

Li, Yafang (författare)
Baylor College of Medicine
Xiao, Xiangjun (författare)
Bossé, Yohan (författare)
visa fler...
Gorlova, Olga (författare)
Gorlov, Ivan (författare)
Han, Younghun (författare)
Byun, Jinyoung (författare)
Leighl, Natasha (författare)
Johansen, Jakob S. (författare)
Barnett, Matt (författare)
Chen, Chu (författare)
Goodman, Gary (författare)
Cox, Angela (författare)
Taylor, Fiona (författare)
Woll, Penella (författare)
Wichmann, H. Erich (författare)
Manz, Judith (författare)
Muley, Thomas (författare)
Risch, Angela (författare)
Rosenberger, Albert (författare)
Han, Jiali (författare)
Siminovitch, Katherine (författare)
Arnold, Susanne M. (författare)
Haura, Eric B. (författare)
Bolca, Ciprian (författare)
Holcatova, Ivana (författare)
Janout, Vladimir (författare)
Kontic, Milica (författare)
Lissowska, Jolanta (författare)
Mukeria, Anush (författare)
Ognjanovic, Simona (författare)
Orlowski, Tadeusz M. (författare)
Scelo, Ghislaine (författare)
Swiatkowska, Beata (författare)
Zaridze, David (författare)
Bakke, Per (författare)
Skaug, Vidar (författare)
Zienolddiny, Shanbeh (författare)
Duell, Eric J. (författare)
Butler, Lesley M. (författare)
Houlston, Richard (författare)
Artigas, María Soler (författare)
Grankvist, Kjell (författare)
Umeå universitet,Klinisk kemi
Johansson, Mikael (författare)
Umeå universitet,Onkologi
Shepherd, Frances A. (författare)
Marcus, Michael W. (författare)
Brunnström, Hans (författare)
Lund University,Lunds universitet,Tumörmikromiljö,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Förbättrad diagnostik och prognostik vid lungcancer och metastaser till lunga,Forskargrupper vid Lunds universitet,Tumor microenvironment,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,Improved diagnostics and prognostics of lung cancer and metastases to the lungs,Lund University Research Groups
Manjer, Jonas (författare)
Lund University,Lunds universitet,Kirurgi,Forskargrupper vid Lunds universitet,Surgery,Lund University Research Groups
Melander, Olle (författare)
Lund University,Lunds universitet,Kardiovaskulär forskning - hypertoni,Forskargrupper vid Lunds universitet,Cardiovascular Research - Hypertension,Lund University Research Groups
Muller, David C. (författare)
Overvad, Kim (författare)
Trichopoulou, Antonia (författare)
Tumino, Rosario (författare)
Liu, Geoffrey (författare)
Bojesen, Stig E. (författare)
Wu, Xifeng (författare)
Le Marchand, Loic (författare)
Albanes, Demetrios (författare)
Bickeböller, Heike (författare)
Aldrich, Melinda C. (författare)
Bush, William S. (författare)
Tardon, Adonina (författare)
Rennert, Gad (författare)
Teare, M. Dawn (författare)
Field, John K. (författare)
Kiemeney, Lambertus A. (författare)
Lazarus, Philip (författare)
Haugen, Aage (författare)
Lam, Stephen (författare)
Schabath, Matthew B. (författare)
Andrew, Angeline S. (författare)
Bertazzi, Pier Alberto (författare)
Pesatori, Angela C. (författare)
Christiani, David C. (författare)
Caporaso, Neil (författare)
Johansson, Mattias (författare)
McKay, James D. (författare)
Brennan, Paul (författare)
Hung, Rayjean J. (författare)
Amos, Christopher I. (författare)
Amos, Christopher I (författare)
Dartmouth College
visa färre...
 (creator_code:org_t)
et al 
Impact Journals, LLC, 2019
2019
Engelska.
Ingår i: OncoTarget. - : Impact Journals, LLC. - 1949-2553 .- 1949-2553. ; 10:19, s. 1760-1774
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • The development of cancer is driven by the accumulation of many oncogenesis-related genetic alterations and tumorigenesis is triggered by complex networks of involved genes rather than independent actions. To explore the epistasis existing among oncogenesis-related genes in lung cancer development, we conducted pairwise genetic interaction analyses among 35,031 SNPs from 2027 oncogenesis-related genes. The genotypes from three independent genome-wide association studies including a total of 24,037 lung cancer patients and 20,401 healthy controls with Caucasian ancestry were analyzed in the study. Using a two-stage study design including discovery and replication studies, and stringent Bonferroni correction for multiple statistical analysis, we identified significant genetic interactions between SNPs in RGL1:RAD51B (OR=0.44, p value=3.27x10-11 in overall lung cancer and OR=0.41, p value=9.71x10-11 in non-small cell lung cancer), SYNE1:RNF43 (OR=0.73, p value=1.01x10-12 in adenocarcinoma) and FHIT:TSPAN8 (OR=1.82, p value=7.62x10-11 in squamous cell carcinoma) in our analysis. None of these genes have been identified from previous main effect association studies in lung cancer. Further eQTL gene expression analysis in lung tissues provided information supporting the functional role of the identified epistasis in lung tumorigenesis. Gene set enrichment analysis revealed potential pathways and gene networks underlying molecular mechanisms in overall lung cancer as well as histology subtypes development. Our results provide evidence that genetic interactions between oncogenesis-related genes play an important role in lung tumorigenesis and epistasis analysis, combined with functional annotation, provides a valuable tool for uncovering functional novel susceptibility genes that contribute to lung cancer development by interacting with other modifier genes.

Ämnesord

MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Basic Medicine -- Medical Genetics (hsv//eng)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Medicinsk genetik (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Cancer and Oncology (hsv//eng)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Cancer och onkologi (hsv//swe)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper (hsv//swe)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Klinisk medicin (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Basic Medicine (hsv//eng)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Clinical Medicine (hsv//eng)

Nyckelord

epistasis
functional annotation
lung cancer
oncogenesis
Epistasis
Functional annotation
Lung cancer
Oncogenesis

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...
Li, Yafang
Xiao, Xiangjun
Bossé, Yohan
Gorlova, Olga
Gorlov, Ivan
Han, Younghun
visa fler...
Byun, Jinyoung
Leighl, Natasha
Johansen, Jakob ...
Barnett, Matt
Chen, Chu
Goodman, Gary
Cox, Angela
Taylor, Fiona
Woll, Penella
Wichmann, H. Eri ...
Manz, Judith
Muley, Thomas
Risch, Angela
Rosenberger, Alb ...
Han, Jiali
Siminovitch, Kat ...
Arnold, Susanne ...
Haura, Eric B.
Bolca, Ciprian
Holcatova, Ivana
Janout, Vladimir
Kontic, Milica
Lissowska, Jolan ...
Mukeria, Anush
Ognjanovic, Simo ...
Orlowski, Tadeus ...
Scelo, Ghislaine
Swiatkowska, Bea ...
Zaridze, David
Bakke, Per
Skaug, Vidar
Zienolddiny, Sha ...
Duell, Eric J.
Butler, Lesley M ...
Houlston, Richar ...
Artigas, María S ...
Grankvist, Kjell
Johansson, Mikae ...
Shepherd, France ...
Marcus, Michael ...
Brunnström, Hans
Manjer, Jonas
Melander, Olle
Muller, David C.
Overvad, Kim
Trichopoulou, An ...
Tumino, Rosario
Liu, Geoffrey
Bojesen, Stig E.
Wu, Xifeng
Le Marchand, Loi ...
Albanes, Demetri ...
Bickeböller, Hei ...
Aldrich, Melinda ...
Bush, William S.
Tardon, Adonina
Rennert, Gad
Teare, M. Dawn
Field, John K.
Kiemeney, Lamber ...
Lazarus, Philip
Haugen, Aage
Lam, Stephen
Schabath, Matthe ...
Andrew, Angeline ...
Bertazzi, Pier A ...
Pesatori, Angela ...
Christiani, Davi ...
Caporaso, Neil
Johansson, Matti ...
McKay, James D.
Brennan, Paul
Hung, Rayjean J.
Amos, Christophe ...
Amos, Christophe ...
visa färre...
Om ämnet
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
MEDICIN OCH HÄLS ...
och Medicinska och f ...
och Medicinsk geneti ...
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
MEDICIN OCH HÄLS ...
och Cancer och onkol ...
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
MEDICIN OCH HÄLS ...
och Medicinska och f ...
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
MEDICIN OCH HÄLS ...
och Klinisk medicin
Artiklar i publikationen
OncoTarget
Av lärosätet
Umeå universitet
Lunds universitet

Sök utanför SwePub

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy