SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:umu-175463"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:umu-175463" > Comprehensive funct...

Comprehensive functional annotation of susceptibility variants identifies genetic heterogeneity between lung adenocarcinoma and squamous cell carcinoma

Qin, Na (författare)
Nanjing Medical University
Li, Yuancheng (författare)
Nanjing Medical University
Wang, Cheng (författare)
Nanjing Medical University
visa fler...
Zhu, Meng (författare)
Nanjing Medical University
Dai, Juncheng (författare)
Nanjing Medical University
Hong, Tongtong (författare)
Nanjing Medical University
Albanes, Demetrius (författare)
National Cancer Institute, USA
Lam, Stephen (författare)
British Columbia Cancer Agency
Tardon, Adonina (författare)
University of Oviedo
Chen, Chu (författare)
Fred Hutchinson Cancer Research Center
Goodman, Gary (författare)
Swedish Medical Center
Bojesen, Stig E. (författare)
Copenhagen University Hospital
Landi, Maria Teresa (författare)
National Cancer Institute, USA
Johansson, Mattias (författare)
International Agency for Research on Cancer, World Health Organization
Risch, Angela (författare)
University of Salzburg
Wichmann, H-Erich (författare)
Bickeboller, Heike (författare)
University Medical Center Göttingen
Rennert, Gadi (författare)
Technion - Israel Institute of Technology
Arnold, Susanne (författare)
University of Kentucky Medical Center
Brennan, Paul (författare)
International Agency for Research on Cancer, World Health Organization
Field, John K. (författare)
University of Liverpool
Shete, Sanjay (författare)
University of Texas MD Anderson Cancer Center
Le Marchand, Loic (författare)
University of Hawaii at Manoa
Melander, Olle (författare)
Lund University,Lunds universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Malmö,Medicinska fakulteten,Kardiovaskulär forskning - hypertoni,Forskargrupper vid Lunds universitet,Department of Clinical Sciences, Malmö,Faculty of Medicine,Cardiovascular Research - Hypertension,Lund University Research Groups
Brunnstrom, Hans (författare)
Lund University,Lunds universitet,Förbättrad diagnostik och prognostik vid lungcancer och metastaser till lunga,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC - Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Pato-logik, Lund,Sektion V,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Improved diagnostics and prognostics of lung cancer and metastases to the lungs,Lund University Research Groups,LUCC - Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Pato-logic,Section V,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine
Liu, Geoffrey (författare)
Princess Margaret Hospital University of Toronto
Hung, Rayjean J. (författare)
Sinai Health System
Andrew, Angeline (författare)
Dartmouth-Hitchcock Medical Center
Kiemeney, Lambertus A. (författare)
Radboud University Nijmegen
Zienolddiny, Shan (författare)
National Institute of Occupational Health, Norway
Grankvist, Kjell (författare)
Umeå University,Umeå universitet,Institutionen för medicinsk biovetenskap
Johansson, Mikael (författare)
Umeå University,Umeå universitet,Institutionen för strålningsvetenskaper
Caporaso, Neil (författare)
National Cancer Institute, USA
Woll, Penella (författare)
University of Sheffield
Lazarus, Philip (författare)
Washington State University
Schabath, Matthew B. (författare)
H. Lee Moffitt Cancer Center & Research Institute
Aldrich, Melinda C. (författare)
Vanderbilt University
Stevens, Victoria L. (författare)
American Cancer Society
Jin, Guangfu (författare)
Nanjing Medical University
Christiani, David C. (författare)
Harvard University,Nanjing Medical University
Hu, Zhibin (författare)
Nanjing Medical University
Amos, Christopher I. (författare)
Baylor College of Medicine
Ma, Hongxia (författare)
Nanjing Medical University
Shen, Hongbing (författare)
Nanjing Medical University
Wichmann, H. Erich (författare)
World Orthopaedic Concern
visa färre...
 (creator_code:org_t)
Springer-Verlag New York, 2020
2020
Engelska.
Ingår i: Frontiers of Medicine. - : Springer-Verlag New York. - 2095-0217.
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • Although genome-wide association studies have identified more than eighty genetic variants associated with non-small cell lung cancer (NSCLC) risk, biological mechanisms of these variants remain largely unknown. By integrating a large-scale genotype data of 15 581 lung adenocarcinoma (AD) cases, 8350 squamous cell carcinoma (SqCC) cases, and 27 355 controls, as well as multiple transcriptome and epigenomic databases, we conducted histology-specific meta-analyses and functional annotations of both reported and novel susceptibility variants. We identified 3064 credible risk variants for NSCLC, which were overrepresented in enhancer-like and promoter-like histone modification peaks as well as DNase I hypersensitive sites. Transcription factor enrichment analysis revealed that USF1 was AD-specific while CREB1 was SqCC-specific. Functional annotation and gene-based analysis implicated 894 target genes, including 274 specifics for AD and 123 for SqCC, which were overrepresented in somatic driver genes (ER = 1.95,P= 0.005). Pathway enrichment analysis and Gene-Set Enrichment Analysis revealed that AD genes were primarily involved in immune-related pathways, while SqCC genes were homologous recombination deficiency related. Our results illustrate the molecular basis of both well-studied and new susceptibility loci of NSCLC, providing not only novel insights into the genetic heterogeneity between AD and SqCC but also a set of plausible gene targets for post-GWAS functional experiments.

Ämnesord

MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Clinical Medicine -- Cancer and Oncology (hsv//eng)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Klinisk medicin -- Cancer och onkologi (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Medical Genetics (hsv//eng)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Medicinsk genetik (hsv//swe)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper (hsv//swe)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Klinisk medicin (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Basic Medicine (hsv//eng)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Clinical Medicine (hsv//eng)

Nyckelord

lung cancer
genome-wide association study
function annotation
immune
homologous recombination repair deficiency
genetic heterogeneity
function annotation

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy