SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:umu-178117"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:umu-178117" > Whole blood co-expr...

Whole blood co-expression modules associate with metabolic traits and type 2 diabetes : an IMI-DIRECT study

Gudmundsdottir, Valborg (författare)
Technical University of Denmark
Pedersen, Helle Krogh (författare)
Mazzoni, Gianluca (författare)
visa fler...
Allin, Kristine H. (författare)
Artati, Anna (författare)
Beulens, Joline W. (författare)
Banasik, Karina (författare)
Brorsson, Caroline (författare)
Cederberg, Henna (författare)
Chabanova, Elizaveta (författare)
De Masi, Federico (författare)
Elders, Petra J. (författare)
Forgie, Ian (författare)
Giordano, Giuseppe N. (författare)
Grallert, Harald (författare)
Gupta, Ramneek (författare)
Haid, Mark (författare)
Hansen, Torben (författare)
Hansen, Tue H. (författare)
Hattersley, Andrew T. (författare)
Heggie, Alison (författare)
Hong, Mun-Gwan (författare)
KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Jones, Angus G. (författare)
Koivula, Robert (författare)
Lund University,Lunds universitet,Genetisk och molekylär epidemiologi,Forskargrupper vid Lunds universitet,Genetic and Molecular Epidemiology,Lund University Research Groups
Kokkola, Tarja (författare)
Laakso, Markku (författare)
Longreen, Peter (författare)
Mahajan, Anubha (författare)
Mari, Andrea (författare)
McDonald, Timothy J. (författare)
McEvoy, Donna (författare)
Musholt, Petra B. (författare)
Pavo, Imre (författare)
Prehn, Cornelia (författare)
Ruetten, Hartmut (författare)
Ridderstrale, Martin (författare)
Rutters, Femke (författare)
Sharma, Sapna (författare)
Slieker, Roderick C. (författare)
Syed, Ali (författare)
Tajes, Juan Fernandez (författare)
Thomas, Cecilia Engel (författare)
KTH,Affinity Proteomics,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Thomsen, Henrik S. (författare)
Vangipurapu, Jagadish (författare)
Vestergaard, Henrik (författare)
Vinuela, Ana (författare)
Wesolowska-Andersen, Agata (författare)
Walker, Mark (författare)
Adamski, Jerzy (författare)
Schwenk, Jochen M. (författare)
KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Affinity Proteomics
McCarthy, Mark, I (författare)
Pearson, Ewan (författare)
Dermitzakis, Emmanouil (författare)
Franks, Paul W. (författare)
Umeå universitet,Avdelningen för medicin,Genetic and Molecular Epidemiology Unit, Lund University Diabetes Centre, Department of Clinical Sciences, Clinical Research Centre, Lund University, Skåne University Hospital, Malmö, Sweden; Oxford Centre for Diabetes, Endocrinology and Metabolism, University of Oxford, Churchill Hospital, Oxford, UK; Department of Nutrition, Harvard School of Public Health, Boston, MA, USA
Pedersen, Oluf (författare)
Brunak, Soren (författare)
Franks, Paul (författare)
Umeå University,Lund University,Lunds universitet,Genetisk och molekylär epidemiologi,Forskargrupper vid Lunds universitet,Genetic and Molecular Epidemiology,Lund University Research Groups,University of Oxford,Harvard University
Giordano, Nick (författare)
Lund University,Lunds universitet,Genetisk och molekylär epidemiologi,Forskargrupper vid Lunds universitet,Genetic and Molecular Epidemiology,Lund University Research Groups
Brunak, Søren (författare)
Technical University of Denmark,University of Copenhagen
Ridderstråle, Martin (författare)
Lund University,Lunds universitet,Genomik, diabetes och endokrinologi,Forskargrupper vid Lunds universitet,Genomics, Diabetes and Endocrinology,Lund University Research Groups
visa färre...
 (creator_code:org_t)
et al 
BioMed Central, 2020
2020
Engelska.
Ingår i: Genome Medicine. - : BioMed Central. - 1756-994X .- 1756-994X. ; 12:1
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • Background: The rising prevalence of type 2 diabetes (T2D) poses a major global challenge. It remains unresolved to what extent transcriptomic signatures of metabolic dysregulation and T2D can be observed in easily accessible tissues such as blood. Additionally, large-scale human studies are required to further our understanding of the putative inflammatory component of insulin resistance and T2D. Here we used transcriptomics data from individuals with (n = 789) and without (n = 2127) T2D from the IMI-DIRECT cohorts to describe the co-expression structure of whole blood that mainly reflects processes and cell types of the immune system, and how it relates to metabolically relevant clinical traits and T2D.Methods: Clusters of co-expressed genes were identified in the non-diabetic IMI-DIRECT cohort and evaluated with regard to stability, as well as preservation and rewiring in the cohort of individuals with T2D. We performed functional and immune cell signature enrichment analyses, and a genome-wide association study to describe the genetic regulation of the modules. Phenotypic and trans-omics associations of the transcriptomic modules were investigated across both IMI-DIRECT cohorts.Results: We identified 55 whole blood co-expression modules, some of which clustered in larger super-modules. We identified a large number of associations between these transcriptomic modules and measures of insulin action and glucose tolerance. Some of the metabolically linked modules reflect neutrophil-lymphocyte ratio in blood while others are independent of white blood cell estimates, including a module of genes encoding neutrophil granule proteins with antibacterial properties for which the strongest associations with clinical traits and T2D status were observed. Through the integration of genetic and multi-omics data, we provide a holistic view of the regulation and molecular context of whole blood transcriptomic modules. We furthermore identified an overlap between genetic signals for T2D and co-expression modules involved in type II interferon signaling.Conclusions: Our results offer a large-scale map of whole blood transcriptomic modules in the context of metabolic disease and point to novel biological candidates for future studies related to T2D.

Ämnesord

MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Clinical Medicine -- Endocrinology and Diabetes (hsv//eng)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Klinisk medicin -- Endokrinologi och diabetes (hsv//swe)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Klinisk medicin (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Clinical Medicine (hsv//eng)

Nyckelord

Type 2 diabetes
Transcriptomics
Co-expression modules
Omics data integration
Co-expression modules

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Sök utanför SwePub

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy