Ancestry-shift refinement mapping of the C6orf97-ESR1 breast cancer susceptibility locus.

doi:10.1371/journal.pgen.1001029

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:umu-35468" > Ancestry-shift refi...

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Ancestry-shift refinement mapping of the C6orf97-ESR1 breast cancer susceptibility locus.

Stacey, Simon N (författare)

Sulem, Patrick (författare)

Zanon, Carlo (författare)

visa fler...

Gudjonsson, Sigurjon A (författare)

Thorleifsson, Gudmar (författare)

Helgason, Agnar (författare)

Jonasdottir, Aslaug (författare)

Besenbacher, Soren (författare)

Kostic, Jelena P (författare)

Fackenthal, James D (författare)

Huo, Dezheng (författare)

Adebamowo, Clement (författare)

Ogundiran, Temidayo (författare)

Olson, Janet E (författare)

Fredericksen, Zachary S (författare)

Wang, Xianshu (författare)

Look, Maxime P (författare)

Sieuwerts, Anieta M (författare)

Martens, John W M (författare)

Pajares, Isabel (författare)

Garcia-Prats, Maria D (författare)

Ramon-Cajal, Jose M (författare)

de Juan, Ana (författare)

Panadero, Angeles (författare)

Ortega, Eugenia (författare)

Aben, Katja K H (författare)

Vermeulen, Sita H (författare)

Asadzadeh, Fatemeh (författare)

van Engelenburg, K C Anton (författare)

Margolin, Sara (författare)

Shen, Chen-Yang (författare)

Wu, Pei-Ei (författare)

Försti, Asta (författare)

Lenner, Per, (författare): Umeå universitet, Onkologi

Henriksson, Roger, (författare): Umeå universitet, Onkologi

Johansson, Robert, (författare): Umeå universitet, Onkologi

Enquist, Kerstin, (författare): Umeå universitet, Näringsforskning

Hallmans, Göran, (författare): Umeå universitet, Näringsforskning

Jonsson, Thorvaldur (författare)

Sigurdsson, Helgi (författare)

Alexiusdottir, Kristin (författare)

Gudmundsson, Julius (författare)

Sigurdsson, Asgeir (författare)

Frigge, Michael L (författare)

Gudmundsson, Larus (författare)

Kristjansson, Kristleifur (författare)

Halldorsson, Bjarni V (författare)

Styrkarsdottir, Unnur (författare)

Gulcher, Jeffrey R (författare)

Hemminki, Kari (författare)

Lindblom, Annika (författare)

Kiemeney, Lambertus A (författare)

Mayordomo, Jose I (författare)

Foekens, John A (författare)

Couch, Fergus J (författare)

Olopade, Olufunmilayo I (författare)

Gudbjartsson, Daniel F (författare)

Thorsteinsdottir, Unnur (författare)

Rafnar, Thorunn (författare)

Johannsson, Oskar T (författare)

Stefansson, Kari (författare)

visa färre...

Umeå universitet Medicinska fakulteten. Institutionen för strålningsvetenskaper. Onkologi.

Umeå universitet Medicinska fakulteten. Institutionen för folkhälsa och klinisk medicin. Näringsforskning.

2010
Engelska.
Ingår i: PLoS genetics. - Public Library of Science. - 1553-7404. ; 6:7, s. e1001029

Läs hela texten (fulltext)

Tidskriftsartikel (refereegranskat)

Abstract Ämnesord

Stäng

We used an approach that we term ancestry-shift refinement mapping to investigate an association, originally discovered in a GWAS of a Chinese population, between rs2046210[T] and breast cancer susceptibility. The locus is on 6q25.1 in proximity to the C6orf97 and estrogen receptor alpha (ESR1) genes. We identified a panel of SNPs that are correlated with rs2046210 in Chinese, but not necessarily so in other ancestral populations, and genotyped them in breast cancer case:control samples of Asian, European, and African origin, a total of 10,176 cases and 13,286 controls. We found that rs2046210[T] does not confer substantial risk of breast cancer in Europeans and Africans (OR = 1.04, P = 0.099, and OR = 0.98, P = 0.77, respectively). Rather, in those ancestries, an association signal arises from a group of less common SNPs typified by rs9397435. The rs9397435[G] allele was found to confer risk of breast cancer in European (OR = 1.15, P = 1.2 x 10(-3)), African (OR = 1.35, P = 0.014), and Asian (OR = 1.23, P = 2.9 x 10(-4)) population samples. Combined over all ancestries, the OR was 1.19 (P = 3.9 x 10(-7)), was without significant heterogeneity between ancestries (P(het) = 0.36) and the SNP fully accounted for the association signal in each ancestry. Haplotypes bearing rs9397435[G] are well tagged by rs2046210[T] only in Asians. The rs9397435[G] allele showed associations with both estrogen receptor positive and estrogen receptor negative breast cancer. Using early-draft data from the 1,000 Genomes project, we found that the risk allele of a novel SNP (rs77275268), which is closely correlated with rs9397435, disrupts a partially methylated CpG sequence within a known CTCF binding site. These studies demonstrate that shifting the analysis among ancestral populations can provide valuable resolution in association mapping.