SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-121112"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-121112" > Integrating data cl...

Integrating data clustering and visualization for the analysis of 3D gene expression data

Rübel, Oliver (författare)
Lawrence Berkeley National Laboratory
Weber, Gunther H. (författare)
Lawrence Berkeley National Laboratory
Huang, Min-Yu (författare)
University of California, Davis
visa fler...
Bethel, E. Wes (författare)
Lawrence Berkeley National Laboratory
Biggin, Mark D. (författare)
Lawrence Berkeley National Laboratory
Fowlkes, Charless C. (författare)
University of California, Irvine
Luengo Hendriks, Cris L. (författare)
Uppsala universitet,Datoriserad bildanalys,Centrum för bildanalys
Keränen, Soile V.E. (författare)
Lawrence Berkeley National Laboratory
Eisen, Michael B. (författare)
University of California, Berkeley
Knowles, David W. (författare)
Lawrence Berkeley National Laboratory
Malik, Jitendra (författare)
University of California, Berkeley
Hamann, Bernd (författare)
University of California, Davis
Luengo, Cris (författare)
Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Centrum för bildanalys,Centre for Image Analysis
visa färre...
 (creator_code:org_t)
 
Institute of Electrical and Electronics Engineers (IEEE), 2010
2010
Engelska.
Ingår i: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology & Bioinformatics. - : Institute of Electrical and Electronics Engineers (IEEE). - 1545-5963 .- 1557-9964. ; 7:1, s. 64-79
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • The recent development of methods for extracting precise measurements of spatial gene expression patterns from three-dimensional (3D) image data opens the way for new analyses of the complex gene regulatory networks controlling animal development. We present an integrated visualization and analysis framework that supports user-guided data clustering to aid exploration of these new complex data sets. The interplay of data visualization and clustering-based data classification leads to improved visualization and enables a more detailed analysis than previously possible. We discuss 1) the integration of data clustering and visualization into one framework, 2) the application of data clustering to 3D gene expression data, 3) the evaluation of the number of clusters k in the context of 3D gene expression clustering, and 4) the improvement of overall analysis quality via dedicated postprocessing of clustering results based on visualization. We discuss the use of this framework to objectively define spatial pattern boundaries and temporal profiles of genes and to analyze how mRNA patterns are controlled by their regulatory transcription factors.

Ämnesord

NATURVETENSKAP  -- Data- och informationsvetenskap (Datateknik) (hsv//swe)
NATURVETENSKAP  -- Biologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Computer and Information Sciences (hsv//eng)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences (hsv//eng)

Nyckelord

Bioinformatics visualization
Cluster visualization
Data clustering
Gene expression pattern
Integrating Infovis/Scivis
Multimodal visualization
Spatial expression pattern
Three-dimensional gene expression
Visual data mining
TECHNOLOGY
TEKNIKVETENSKAP

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy