SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-183642"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-183642" > Transcriptome seque...

Transcriptome sequencing of black grouse (Tetrao tetrix) for immune gene discovery and microsatellite development

Wang, Biao (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för ekologi och genetik,Populationsbiologi
Ekblom, Robert (författare)
Uppsala universitet,Evolutionsbiologi
Castoe, Todd A. (författare)
visa fler...
Jones, Eleanor P. (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för ekologi och genetik,Populationsbiologi
Kozma, Radoslav (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för ekologi och genetik,Populationsbiologi
Bongcam-Rudloff, Erik (författare)
Pollock, David D. (författare)
Höglund, Jacob (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för ekologi och genetik,Populationsbiologi
Bongcam Rudloff, Erik (författare)
Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för husdjursgenetik (HGEN),Department of Animal Breeding and Genetics
visa färre...
 (creator_code:org_t)
 
Royal Society, The: Open Access / Royal Society, 2012
2012
Engelska.
Ingår i: Open Biology. - : Royal Society, The: Open Access / Royal Society. - 2046-2441 .- 2046-2441. ; 2, s. 120054-
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • The black grouse (Tetrao tetrix) is a galliform bird species that is important forboth ecological studies and conservation genetics. Here, we report the sequencing of the spleen transcriptome of black grouse using 454 GS FLX Titanium sequencing. We performed a large-scale gene discovery analysis with a focus on genes that might be related to fitness in this species and also identified a large set of microsatellites. In total, we obtained 182 179 quality-filtered sequencing reads that we assembled into 9035 contigs. Using these contigs and 15 794 length-filtered (greater than 200 bp) singletons, we identified 7762 transcripts that appear to be homologues of chicken genes. A specific BLAST search with an emphasis on immune genes found 308 homologous chicken genes that have immune function, including ten major histocompatibility complex-related genes located on chicken chromosome 16. We also identified 1300 expressed sequence tag microsatellites and were able to design suitable flanking primers for 526 of these. A preliminary test of the polymorphism of the microsatellites found 10 polymorphic microsatellites of the 102 tested. Genomic resources generated in this study should greatly benefit future ecological, evolutionary and conservation genetic studies on this species.

Ämnesord

NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences (hsv//eng)
NATURVETENSKAP  -- Biologiska vetenskaper (hsv//swe)
NATURVETENSKAP  -- Data- och informationsvetenskap (Datateknik) (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Computer and Information Sciences (hsv//eng)

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy