SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-205345"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-205345" > Genome-Wide Analysi...

Genome-Wide Analysis in German Shepherd Dogs Reveals Association of a Locus on CFA 27 with Atopic Dermatitis

Tengvall, Katarina (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Uppsala University
Kierczak, Marcin (författare)
Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för kliniska vetenskaper (KV),Department of Clinical Sciences
Bergvall, Kerstin (författare)
Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för kliniska vetenskaper (KV),Department of Clinical Sciences
visa fler...
Olsson, Mia (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Frankowiack, Marcel (författare)
Farias, Fabiana H. G. (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Pielberg, Gerli (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Carlborg, Örjan (författare)
Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för kliniska vetenskaper (KV),Department of Clinical Sciences
Leeb, Tosso (författare)
Andersson, Göran (författare)
Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för husdjursgenetik (HGEN),Department of Animal Breeding and Genetics
Hammarström, Lennart (författare)
Hedhammar, Åke (författare)
Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för kliniska vetenskaper (KV),Department of Clinical Sciences
Lindblad-Toh, Kerstin (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, Massachusetts, USA
Andersson, G (författare)
Pielberg, G (författare)
Tengvall, K (författare)
Carlborg, O (författare)
Hammarstrom, L (författare)
Karolinska Institutet
Kierczak, M (författare)
Farias, FHG (författare)
Hedhammar, A (författare)
Olsson, M (författare)
Karolinska Institutet
Leeb, T (författare)
Lindblad-Toh, K (författare)
Frankowiack, M (författare)
Karolinska Institutet
Bergvall, K (författare)
visa färre...
 (creator_code:org_t)
 
Public Library of Science, 2013
2013
Engelska.
Ingår i: PLOS Genetics. - : Public Library of Science. - 1553-7390 .- 1553-7404. ; 9:5, s. e1003475-
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • Humans and dogs are both affected by the allergic skin disease atopic dermatitis (AD), caused by an interaction between genetic and environmental factors. The German shepherd dog (GSD) is a high-risk breed for canine AD (CAD). In this study, we used a Swedish cohort of GSDs as a model for human AD. Serum IgA levels are known to be lower in GSDs compared to other breeds. We detected significantly lower IgA levels in the CAD cases compared to controls (p = 1.1x10(-5)) in our study population. We also detected a separation within the GSD cohort, where dogs could be grouped into two different subpopulations. Disease prevalence differed significantly between the subpopulations contributing to population stratification (lambda = 1.3), which was successfully corrected for using a mixed model approach. A genome-wide association analysis of CAD was performed (n(cases) = 91, n(controls) = 88). IgA levels were included in the model, due to the high correlation between CAD and low IgA levels. In addition, we detected a correlation between IgA levels and the age at the time of sampling (corr = 0.42, p = 3.0x10(-9)), thus age was included in the model. A genome-wide significant association was detected on chromosome 27 (p(raw) = 3.1x10(-7), p(genome) = 0.03). The total associated region was defined as a similar to 1.5-Mb-long haplotype including eight genes. Through targeted re-sequencing and additional genotyping of a subset of identified SNPs, we defined 11 smaller haplotype blocks within the associated region. Two blocks showed the strongest association to CAD. The similar to 209-kb region, defined by the two blocks, harbors only the PKP2 gene, encoding Plakophilin 2 expressed in the desmosomes and important for skin structure. Our results may yield further insight into the genetics behind both canine and human AD.

Ämnesord

MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Basic Medicine -- Medical Genetics (hsv//eng)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Medicinsk genetik (hsv//swe)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Basic Medicine (hsv//eng)
LANTBRUKSVETENSKAPER  -- Veterinärmedicin (hsv//swe)
LANTBRUKSVETENSKAPER  -- Bioteknologi med applikationer på växter och djur (hsv//swe)
AGRICULTURAL SCIENCES  -- Veterinary Science (hsv//eng)
AGRICULTURAL SCIENCES  -- Agricultural Biotechnology (hsv//eng)

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy