SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-223529"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-223529" > An Improved Canine ...

An Improved Canine Genome and a Comprehensive Catalogue of Coding Genes and Non-Coding Transcripts

Höppner, Marc P., (författare)
Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab, Uppsala universitet, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi
Lundquist, Andrew (författare)
Pirun, Mono (författare)
visa fler...
Meadows, Jennifer R. S., (författare)
Uppsala universitet, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi, Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Zamani, Neda, (författare)
Uppsala universitet, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi, Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Johnson, Jeremy (författare)
Sundström, Görel, (författare)
Uppsala universitet, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi, Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Cook, April (författare)
FitzGerald, Michael G. (författare)
Swofford, Ross (författare)
Mauceli, Evan (författare)
Moghadam, Behrooz Torabi, (författare)
Uppsala universitet, Beräknings- och systembiologi
Greka, Anna (författare)
Alfoeldi, Jessica (författare)
Abouelleil, Amr (författare)
Aftuck, Lynne (författare)
Bessette, Daniel (författare)
Berlin, Aaron (författare)
Brown, Adam (författare)
Gearin, Gary (författare)
Lui, Annie (författare)
Macdonald, J. Pendexter (författare)
Priest, Margaret (författare)
Shea, Terrance (författare)
Turner-Maier, Jason (författare)
Zimmer, Andrew (författare)
Lander, Eric S. (författare)
di Palma, Federica (författare)
Lindblad-Toh, Kerstin, (författare)
Uppsala universitet, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi, Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Grabherr, Manfred G., (författare)
Uppsala universitet, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi, Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab
visa färre...
2014
Engelska.
Ingår i: PLoS ONE. - 1932-6203 .- 1932-6203. ; 9:3, s. e91172

  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • <p>The domestic dog, Canis familiaris, is a well-established model system for mapping trait and disease loci. While the original draft sequence was of good quality, gaps were abundant particularly in promoter regions of the genome, negatively impacting the annotation and study of candidate genes. Here, we present an improved genome build, canFam3.1, which includes 85 MB of novel sequence and now covers 99.8% of the euchromatic portion of the genome. We also present multiple RNA-Sequencing data sets from 10 different canine tissues to catalog similar to 175,000 expressed loci. While about 90% of the coding genes previously annotated by EnsEMBL have measurable expression in at least one sample, the number of transcript isoforms detected by our data expands the EnsEMBL annotations by a factor of four. Syntenic comparison with the human genome revealed an additional similar to 3,000 loci that are characterized as protein coding in human and were also expressed in the dog, suggesting that those were previously not annotated in the EnsEMBL canine gene set. In addition to,20,700 high-confidence protein coding loci, we found,4,600 antisense transcripts overlapping exons of protein coding genes, similar to 7,200 intergenic multi-exon transcripts without coding potential, likely candidates for long intergenic non-coding RNAs (lincRNAs) and,11,000 transcripts were reported by two different library construction methods but did not fit any of the above categories. Of the lincRNAs, about 6,000 have no annotated orthologs in human or mouse. Functional analysis of two novel transcripts with shRNA in a mouse kidney cell line altered cell morphology and motility. All in all, we provide a much-improved annotation of the canine genome and suggest regulatory functions for several of the novel non-coding transcripts.</p>

Ämnesord

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  (hsv//eng)

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)
ref (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

  • PLoS ONE (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy