SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-223529"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-223529" > An Improved Canine ...

  • Höppner, Marc P.Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi (författare)

An Improved Canine Genome and a Comprehensive Catalogue of Coding Genes and Non-Coding Transcripts

  • Artikel/kapitelEngelska2014

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2014
  • electronicrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-223529
  • urn:nbn:se:uu:diva-223529urn
  • https://doi.org/10.1371/journal.pone.0091172DOI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • gratis
  • The domestic dog, Canis familiaris, is a well-established model system for mapping trait and disease loci. While the original draft sequence was of good quality, gaps were abundant particularly in promoter regions of the genome, negatively impacting the annotation and study of candidate genes. Here, we present an improved genome build, canFam3.1, which includes 85 MB of novel sequence and now covers 99.8% of the euchromatic portion of the genome. We also present multiple RNA-Sequencing data sets from 10 different canine tissues to catalog similar to 175,000 expressed loci. While about 90% of the coding genes previously annotated by EnsEMBL have measurable expression in at least one sample, the number of transcript isoforms detected by our data expands the EnsEMBL annotations by a factor of four. Syntenic comparison with the human genome revealed an additional similar to 3,000 loci that are characterized as protein coding in human and were also expressed in the dog, suggesting that those were previously not annotated in the EnsEMBL canine gene set. In addition to,20,700 high-confidence protein coding loci, we found,4,600 antisense transcripts overlapping exons of protein coding genes, similar to 7,200 intergenic multi-exon transcripts without coding potential, likely candidates for long intergenic non-coding RNAs (lincRNAs) and,11,000 transcripts were reported by two different library construction methods but did not fit any of the above categories. Of the lincRNAs, about 6,000 have no annotated orthologs in human or mouse. Functional analysis of two novel transcripts with shRNA in a mouse kidney cell line altered cell morphology and motility. All in all, we provide a much-improved annotation of the canine genome and suggest regulatory functions for several of the novel non-coding transcripts.

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Lundquist, Andrew (författare)
  • Pirun, Mono (författare)
  • Meadows, Jennifer R. S.Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)jenme818 (författare)
  • Zamani, NedaUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)nedza191 (författare)
  • Johnson, Jeremy (författare)
  • Sundström, GörelUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)gosun020 (författare)
  • Cook, April (författare)
  • FitzGerald, Michael G. (författare)
  • Swofford, Ross (författare)
  • Mauceli, Evan (författare)
  • Moghadam, Behrooz TorabiUppsala universitet,Beräknings- och systembiologi(Swepub:uu)behto381 (författare)
  • Greka, Anna (författare)
  • Alfoeldi, Jessica (författare)
  • Abouelleil, Amr (författare)
  • Aftuck, Lynne (författare)
  • Bessette, Daniel (författare)
  • Berlin, Aaron (författare)
  • Brown, Adam (författare)
  • Gearin, Gary (författare)
  • Lui, Annie (författare)
  • Macdonald, J. Pendexter (författare)
  • Priest, Margaret (författare)
  • Shea, Terrance (författare)
  • Turner-Maier, Jason (författare)
  • Zimmer, Andrew (författare)
  • Lander, Eric S. (författare)
  • di Palma, Federica (författare)
  • Lindblad-Toh, KerstinUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)kerli865 (författare)
  • Grabherr, Manfred G.Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)mangr224 (författare)
  • Uppsala universitetScience for Life Laboratory, SciLifeLab (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:PLoS ONE9:3, s. e91172-1932-62031932-6203

Internetlänk

Hitta via bibliotek

  • PLoS ONE (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy