SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-242802"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-242802" > Identification and ...

Identification and Functional Characterization of G6PC2 Coding Variants Influencing Glycemic Traits Define an Effector Transcript at the G6PC2-ABCB11 Locus

Mahajan, Anubha (författare)
Sim, Xueling (författare)
Ng, Hui Jin (författare)
visa fler...
Manning, Alisa (författare)
Rivas, Manuel A (författare)
Highland, Heather M (författare)
Locke, Adam E (författare)
Grarup, Niels (författare)
Im, Hae Kyung (författare)
Cingolani, Pablo (författare)
Flannick, Jason (författare)
Fontanillas, Pierre (författare)
Fuchsberger, Christian (författare)
Gaulton, Kyle J (författare)
Teslovich, Tanya M (författare)
Rayner, N William (författare)
Robertson, Neil R (författare)
Beer, Nicola L (författare)
Rundle, Jana K (författare)
Bork-Jensen, Jette (författare)
Ladenvall, Claes (författare)
Blancher, Christine (författare)
Buck, David (författare)
Buck, Gemma (författare)
Burtt, Noël P (författare)
Gabriel, Stacey (författare)
Gjesing, Anette P (författare)
Groves, Christopher J (författare)
Hollensted, Mette (författare)
Huyghe, Jeroen R (författare)
Jackson, Anne U (författare)
Jun, Goo (författare)
Justesen, Johanne Marie (författare)
Mangino, Massimo (författare)
Murphy, Jacquelyn (författare)
Neville, Matt (författare)
Onofrio, Robert (författare)
Small, Kerrin S (författare)
Stringham, Heather M (författare)
Syvänen, Ann-Christine, (författare)
Uppsala universitet, Molekylär medicin, Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Trakalo, Joseph (författare)
Abecasis, Goncalo (författare)
Bell, Graeme I (författare)
Blangero, John (författare)
Cox, Nancy J (författare)
Duggirala, Ravindranath (författare)
Hanis, Craig L (författare)
Seielstad, Mark (författare)
Wilson, James G (författare)
Christensen, Cramer (författare)
Brandslund, Ivan (författare)
Rauramaa, Rainer (författare)
Surdulescu, Gabriela L (författare)
Doney, Alex S F (författare)
Lannfelt, Lars, (författare)
Uppsala universitet, Geriatrik
Linneberg, Allan (författare)
Isomaa, Bo (författare)
Tuomi, Tiinamaija (författare)
Jørgensen, Marit E (författare)
Jørgensen, Torben (författare)
Kuusisto, Johanna (författare)
Uusitupa, Matti (författare)
Salomaa, Veikko (författare)
Spector, Timothy D (författare)
Morris, Andrew D (författare)
Palmer, Colin N A (författare)
Collins, Francis S (författare)
Mohlke, Karen L (författare)
Bergman, Richard N (författare)
Ingelsson, Erik, (författare)
Uppsala universitet, Molekylär epidemiologi, Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Lind, Lars, (författare)
Uppsala universitet, Kardiovaskulär epidemiologi
Tuomilehto, Jaakko (författare)
Hansen, Torben (författare)
Watanabe, Richard M (författare)
Prokopenko, Inga (författare)
Dupuis, Josee (författare)
Karpe, Fredrik (författare)
Groop, Leif (författare)
Laakso, Markku (författare)
Pedersen, Oluf (författare)
Florez, Jose C (författare)
Morris, Andrew P (författare)
Altshuler, David (författare)
Meigs, James B (författare)
Boehnke, Michael (författare)
McCarthy, Mark I (författare)
Lindgren, Cecilia M (författare)
Gloyn, Anna L (författare)
visa färre...
2015
Engelska.
Ingår i: PLOS Genetics. - 1553-7390 .- 1553-7404. ; 11:1
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • <p>Genome wide association studies (GWAS) for fasting glucose (FG) and insulin (FI) have identified common variant signals which explain 4.8% and 1.2% of trait variance, respectively. It is hypothesized that low-frequency and rare variants could contribute substantially to unexplained genetic variance. To test this, we analyzed exome-array data from up to 33,231 non-diabetic individuals of European ancestry. We found exome-wide significant (P&lt;5×10-7) evidence for two loci not previously highlighted by common variant GWAS: GLP1R (p.Ala316Thr, minor allele frequency (MAF)=1.5%) influencing FG levels, and URB2 (p.Glu594Val, MAF = 0.1%) influencing FI levels. Coding variant associations can highlight potential effector genes at (non-coding) GWAS signals. At the G6PC2/ABCB11 locus, we identified multiple coding variants in G6PC2 (p.Val219Leu, p.His177Tyr, and p.Tyr207Ser) influencing FG levels, conditionally independent of each other and the non-coding GWAS signal. In vitro assays demonstrate that these associated coding alleles result in reduced protein abundance via proteasomal degradation, establishing G6PC2 as an effector gene at this locus. Reconciliation of single-variant associations and functional effects was only possible when haplotype phase was considered. In contrast to earlier reports suggesting that, paradoxically, glucose-raising alleles at this locus are protective against type 2 diabetes (T2D), the p.Val219Leu G6PC2 variant displayed a modest but directionally consistent association with T2D risk. Coding variant associations for glycemic traits in GWAS signals highlight PCSK1, RREB1, and ZHX3 as likely effector transcripts. These coding variant association signals do not have a major impact on the trait variance explained, but they do provide valuable biological insights.</p>

Ämnesord

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Medicinska grundvetenskaper -- Medicinsk genetik (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Basic Medicine -- Medical Genetics (hsv//eng)

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)
ref (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...
Mahajan, Anubha
Sim, Xueling
Ng, Hui Jin
Manning, Alisa
Rivas, Manuel A
Highland, Heathe ...
visa fler...
Locke, Adam E
Grarup, Niels
Im, Hae Kyung
Cingolani, Pablo
Flannick, Jason
Fontanillas, Pie ...
Fuchsberger, Chr ...
Gaulton, Kyle J
Teslovich, Tanya ...
Rayner, N Willia ...
Robertson, Neil ...
Beer, Nicola L
Rundle, Jana K
Bork-Jensen, Jet ...
Ladenvall, Claes
Blancher, Christ ...
Buck, David
Buck, Gemma
Burtt, Noël P
Gabriel, Stacey
Gjesing, Anette ...
Groves, Christop ...
Hollensted, Mett ...
Huyghe, Jeroen R
Jackson, Anne U
Jun, Goo
Justesen, Johann ...
Mangino, Massimo
Murphy, Jacquely ...
Neville, Matt
Onofrio, Robert
Small, Kerrin S
Stringham, Heath ...
Syvänen, Ann-Chr ...
Trakalo, Joseph
Abecasis, Goncal ...
Bell, Graeme I
Blangero, John
Cox, Nancy J
Duggirala, Ravin ...
Hanis, Craig L
Seielstad, Mark
Wilson, James G
Christensen, Cra ...
Brandslund, Ivan
Rauramaa, Rainer
Surdulescu, Gabr ...
Doney, Alex S F
Lannfelt, Lars
Linneberg, Allan
Isomaa, Bo
Tuomi, Tiinamaij ...
Jørgensen, Marit ...
Jørgensen, Torbe ...
Kuusisto, Johann ...
Uusitupa, Matti
Salomaa, Veikko
Spector, Timothy ...
Morris, Andrew D
Palmer, Colin N ...
Collins, Francis ...
Mohlke, Karen L
Bergman, Richard ...
Ingelsson, Erik
Lind, Lars
Tuomilehto, Jaak ...
Hansen, Torben
Watanabe, Richar ...
Prokopenko, Inga
Dupuis, Josee
Karpe, Fredrik
Groop, Leif
Laakso, Markku
Pedersen, Oluf
Florez, Jose C
Morris, Andrew P
Altshuler, David
Meigs, James B
Boehnke, Michael
McCarthy, Mark I
Lindgren, Cecili ...
Gloyn, Anna L
visa färre...
Om ämnet
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
MEDICIN OCH HÄLS ...
och Medicinska grund ...
och Medicinsk geneti ...
Artiklar i publikationen
PLOS Genetics
Av lärosätet
Uppsala universitet

Sök utanför SwePub

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy