SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-244598"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-244598" > Identification of b...

LIBRIS Formathandbok  (Information om MARC21)
FältnamnIndikatorerMetadata
00003465naa a2200469 4500
001oai:DiVA.org:uu-244598
003SwePub
008150218s2014 | |||||||||||000 ||eng|
024a urn:nbn:se:uu:diva-2445982 urn
024a https://doi.org/10.1142/S02197200144000102 DOI
040 a (SwePub)uu
041 a engb eng
042 9 SwePub
072 7a ref2 swepub-contenttype
072 7a art2 swepub-publicationtype
100a Akhtar, Malik N.4 aut
2451 0a Identification of best indicators of peptide-spectrum match using a permutation resampling approach
264 1c 2014
338 a electronic2 rdacarrier
500 a These authors contributed equally to this manuscript
506 a gratis
520 a Various indicators of observed-theoretical spectrum matches were compared and the resulting statistical significance was characterized using permutation resampling. Novel decoy databases built by resampling the terminal positions of peptide sequences were evaluated to identify the conditions for accurate computation of peptide match significance levels. The methodology was tested on real and manually curated tandem mass spectra from peptides across a wide range of sizes. Spectra match indicators from complementary database search programs were pro filed and optimal indicators were identified. The combination of the optimal indicator and permuted decoy databases improved the calculation of the peptide match significance compared to the approaches currently implemented in the database search programs that rely on distributional assumptions. Permutation tests using p-values obtained from software-dependent matching scores and E-values outperformed permutation tests using all other indicators. The higher overlap in matches between the database search programs when using end permutation compared to existing approaches con firmed the superiority of the end permutation method to identify peptides. The combination of effective match indicators and the end permutation method is recommended for accurate detection of peptides.
650 7a MEDICAL AND HEALTH SCIENCESx Basic Medicinex Pharmaceutical Sciences0 (SwePub)301012 hsv//eng
650 7a MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAPx Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaperx Farmaceutiska vetenskaper0 (SwePub)301012 hsv//swe
650 7a MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAPx Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper0 (SwePub)3012 hsv//swe
650 7a MEDICAL AND HEALTH SCIENCESx Basic Medicine0 (SwePub)3012 hsv//eng
653 a Neuropeptides
653 a database search programs
653 a tandem MS
653 a p-value
653 a significance levels
653 a Ends permuted decoy database
653 a permutations
700a Southey, Bruce R.4 aut
700a Andrén, Per E.u Uppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap4 aut0 (Swepub:uu)perandre
700a Sweedler, Jonathan V.4 aut
700a Rodriguez-Zas, Sandra L.4 aut
710a Uppsala universitetb Institutionen för farmaceutisk biovetenskap4 org
773t Journal of Bioinformatics and Computational Biologyg 12:5, s. 1440001-q 12:5<1440001-x 0219-7200x 1757-6334
856u http://uu.diva-portal.org/smash/get/diva2:793390/FULLTEXT01.pdf
8564 8u http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-244598x lärosäteslänky Till lärosätets (uu) databas
8564 8u https://doi.org/10.1142/S0219720014400010

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Sök utanför SwePub

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy