SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-299868"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-299868" > Multiple regulatory...

Multiple regulatory variants located in cell type-specific enhancers within the PKP2 locus form major risk and protective haplotypes for canine atopic dermatitis in German shepherd dogs

Tengvall, Katarina, 1980- (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Uppsala University
Kozyrev, Sergey (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Kierczak, Marcin (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi
visa fler...
Bergvall, Kerstin (författare)
Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för kliniska vetenskaper (KV),Department of Clinical Sciences
Farias, Fabiana H. G. (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Ardesjö-Lundgren, Brita (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Swedish Univ Agr Sci, Dept Anim Breeding & Genet, Uppsala, Sweden
Olsson, Mia (författare)
Karolinska Inst, Dept Med, Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden
Murén, Eva (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Hagman, Ragnvi (författare)
Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för kliniska vetenskaper (KV),Department of Clinical Sciences
Leeb, Tosso (författare)
Univ Bern, Inst Genet, Bern, Switzerland
Pielberg, Gerli (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Hedhammar, Åke (författare)
Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för kliniska vetenskaper (KV),Department of Clinical Sciences
Andersson, Göran (författare)
Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för husdjursgenetik (HGEN),Department of Animal Breeding and Genetics
Lindblad-Toh, Kerstin (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Broad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA USA
Kierczak, M (författare)
Andersson, G (författare)
Muren, E (författare)
Olsson, M (författare)
Karolinska Institutet
Bergvall, K (författare)
Hedhammar, A (författare)
Ardesjo-Lundgren, B (författare)
Hagman, R (författare)
Lindblad-Toh, K (författare)
Leeb, T (författare)
Farias, FHG (författare)
Tengvall, K (författare)
Kozyrev, S (författare)
Pielberg, G (författare)
Ardesjö Lundgren, Brita (författare)
Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för husdjursgenetik (HGEN),Department of Animal Breeding and Genetics
visa färre...
 (creator_code:org_t)
 
BioMed Central, 2016
2016
Engelska.
Ingår i: ; 17:1
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • BackgroundCanine atopic dermatitis (CAD) is a chronic inflammatory skin disease triggered by allergic reactions involving IgE antibodies directed towards environmental allergens. We previously identified a ~1.5 Mb locus on canine chromosome 27 associated with CAD in German shepherd dogs (GSDs). Fine-mapping indicated association closest to the PKP2 gene encoding plakophilin 2.ResultsAdditional genotyping and association analyses in GSDs combined with control dogs from five breeds with low-risk for CAD revealed the top SNP 27:19,086,778 (p = 1.4 × 10−7) and a rare ~48 kb risk haplotype overlapping the PKP2 gene and shared only with other high-risk CAD breeds. We selected altogether nine SNPs (four top-associated in GSDs and five within the ~48 kb risk haplotype) that spanned ~280 kb forming one risk haplotype carried by 35 % of the GSD cases and 10 % of the GSD controls (OR = 5.1, p = 5.9 × 10−5), and another haplotype present in 85 % of the GSD cases and 98 % of the GSD controls and conferring a protective effect against CAD in GSDs (OR = 0.14, p = 0.0032). Eight of these SNPs were analyzed for transcriptional regulation using reporter assays where all tested regions exerted regulatory effects on transcription in epithelial and/or immune cell lines, and seven SNPs showed allelic differences. The DNA fragment with the top-associated SNP 27:19,086,778 displayed the highest activity in keratinocytes with 11-fold induction of transcription by the risk allele versus 8-fold by the control allele (pdifference = 0.003), and also mapped close (~3 kb) to an ENCODE skin-specific enhancer region.ConclusionsOur experiments indicate that multiple CAD-associated genetic variants located in cell type-specific enhancers are involved in gene regulation in different cells and tissues. No single causative variant alone, but rather multiple variants combined in a risk haplotype likely contribute to an altered expression of the PKP2 gene, and possibly nearby genes, in immune and epithelial cells, and predispose GSDs to CAD.

Ämnesord

NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Genetics (hsv//eng)
NATURVETENSKAP  -- Biologiska vetenskaper -- Genetik (hsv//swe)
NATURVETENSKAP  -- Biologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences (hsv//eng)
LANTBRUKSVETENSKAPER  -- Bioteknologi med applikationer på växter och djur (hsv//swe)
AGRICULTURAL SCIENCES  -- Agricultural Biotechnology (hsv//eng)

Nyckelord

PKP2
Atopic dermatitis
Genetic association
Luciferase reporter assay
Cell type-specific enhancers
Dog
Plakophilin 2
Eczema

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

  • (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy