SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-307889"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-307889" > Single base resolut...

Single base resolution analysis of 5-hydroxymethylcytosine in 188 human genes implications for hepatic gene expression

Ivanov, Maxim (författare)
Kals, Mart (författare)
Lauschke, Volker (författare)
visa fler...
Barragan, Isabel (författare)
Ewels, Philip (författare)
Kaller, Max, (författare)
KTH, Genteknologi
Axelsson, Tomas (författare)
Lehtio, Janne (författare)
Milani, Lili (författare)
Ingelman-Sundberg, Magnus (författare)
Käller, Max (författare)
Lehtiö, Janne (författare)
visa färre...
KTH Skolan för bioteknologi (BIO). Genteknologi. (creator_code:org_t)
Stockholms universitet Naturvetenskapliga fakulteten. Institutionen för biokemi och biofysik. (creator_code:org_t)
visa fler...
Stockholms universitet Science for Life Laboratory (SciLifeLab). (creator_code:org_t)
Uppsala universitet Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet. Medicinska fakulteten. Institutionen för medicinska vetenskaper. (creator_code:org_t)
Uppsala universitet Science for Life Laboratory, SciLifeLab. (creator_code:org_t)
visa färre...
2016
Engelska.
Ingår i: Nucleic Acids Research. - 0305-1048 .- 1362-4962. ; 44:14, s. 6756-6769
Läs hela texten (fulltext)
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • To improve the epigenomic analysis of tissues rich in 5-hydroxymethylcytosine (hmC), we developed a novel protocol called TAB-Methyl-SEQ, which allows for single base resolution profiling of both hmC and 5-methylcytosine by targeted next-generation sequencing. TAB-Methyl-SEQ data were extensively validated by a set of five methodologically different protocols. Importantly, these extensive cross-comparisons revealed that protocols based on Tet1-assisted bisulfite conversion provided more precise hmC values than TrueMethyl-based methods. A total of 109 454 CpG sites were analyzed by TAB-Methyl-SEQ for mC and hmC in 188 genes from 20 different adult human livers. We describe three types of variability of hepatic hmC profiles: (i) sample-specific variability at 40.8% of CpG sites analyzed, where the local hmC values correlate to the global hmC content of livers (measured by LC-MS), (ii) gene-specific variability, where hmC levels in the coding regions positively correlate to expression of the respective gene and (iii) site-specific variability, where prominent hmC peaks span only 1 to 3 neighboring CpG sites. Our data suggest that both the gene-and site-specific components of hmC variability might contribute to the epigenetic control of hepatic genes. The protocol described here should be useful for targeted DNA analysis in a variety of applications.

Ämnesord

TEKNIK OCH TEKNOLOGIER  (hsv//swe)
ENGINEERING AND TECHNOLOGY  (hsv//eng)
NATURVETENSKAP  -- Biologiska vetenskaper (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences (hsv//eng)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Medicinska grundvetenskaper -- Medicinsk genetik (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Basic Medicine -- Medical Genetics (hsv//eng)

Publikations- och innehållstyp

art (ämneskategori)
ref (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy