A Transcriptome-Wide Association Study Among 97,898 Women to Identify Candidate Susceptibility Genes for Epithelial Ovarian Cancer Risk.

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-368161" > A Transcriptome-Wid...

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

A Transcriptome-Wide Association Study Among 97,898 Women to Identify Candidate Susceptibility Genes for Epithelial Ovarian Cancer Risk.

Lu, Yingchang (författare): Vanderbilt University

Beeghly-Fadiel, Alicia (författare)

Wu, Lang (författare)

visa fler...

Guo, Xingyi (författare)

Li, Bingshan (författare)

Schildkraut, Joellen M (författare)

Im, Hae Kyung (författare)

Chen, Yian A (författare)

Permuth, Jennifer B (författare)

Reid, Brett M (författare)

Teer, Jamie K (författare)

Moysich, Kirsten B (författare)

Andrulis, Irene L (författare)

Anton-Culver, Hoda (författare)

Arun, Banu K (författare)

Bandera, Elisa V (författare)

Barkardottir, Rosa B (författare)

Barnes, Daniel R (författare)

Benitez, Javier (författare)

Bjorge, Line (författare)

Brenton, James (författare)

Butzow, Ralf (författare)

Caldes, Trinidad (författare)

Caligo, Maria A (författare)

Campbell, Ian (författare)

Chang-Claude, Jenny (författare)

Claes, Kathleen B M (författare)

Couch, Fergus J (författare)

Cramer, Daniel W (författare)

Daly, Mary B (författare)

deFazio, Anna (författare)

Dennis, Joe (författare)

Diez, Orland (författare)

Domchek, Susan M (författare)

Dörk, Thilo (författare)

Easton, Douglas F (författare)

Eccles, Diana M (författare)

Fasching, Peter A (författare)

Fortner, Renée T (författare)

Fountzilas, George (författare)

Friedman, Eitan (författare)

Ganz, Patricia A (författare)

Garber, Judy (författare)

Giles, Graham G (författare)

Godwin, Andrew K (författare)

Goldgar, David E (författare)

Goodman, Marc T (författare)

Greene, Mark H (författare)

Gronwald, Jacek (författare)

Hamann, Ute (författare)

Heitz, Florian (författare)

Hildebrandt, Michelle A T (författare)

Høgdall, Claus K (författare)

Hollestelle, Antoinette (författare)

Hulick, Peter J (författare)

Huntsman, David G (författare)

Imyanitov, Evgeny N (författare)

Isaacs, Claudine (författare)

Jakubowska, Anna (författare)

James, Paul (författare)

Karlan, Beth Y (författare)

Kelemen, Linda E (författare)

Kiemeney, Lambertus A (författare)

Kjaer, Susanne K (författare)

Kwong, Ava (författare)

Le, Nhu D (författare)

Leslie, Goska (författare)

Lesueur, Fabienne (författare)

Levine, Douglas A (författare)

Mattiello, Amalia (författare)

May, Taymaa (författare)

McGuffog, Lesley (författare)

McNeish, Iain A (författare)

Merritt, Melissa A (författare)

Modugno, Francesmary (författare)

Montagna, Marco (författare)

Neuhausen, Susan L (författare)

Nevanlinna, Heli (författare)

Nielsen, Finn C (författare)

Nikitina-Zake, Liene (författare)

Nussbaum, Robert L (författare)

Offit, Kenneth (författare)

Olah, Edith (författare)

Olopade, Olufunmilayo I (författare)

Olson, Sara H (författare)

Olsson, Håkan (författare): Lund University,Lunds universitet,Lunds Melanomstudiegrupp,Forskargrupper vid Lunds universitet,Lund Melanoma Study Group,Lund University Research Groups

Osorio, Ana (författare)

Park, Sue K (författare)

Parsons, Michael T (författare)

Peeters, Petra H M (författare)

Pejovic, Tanja (författare)

Peterlongo, Paolo (författare)

Phelan, Catherine M (författare)

Pujana, Miquel Angel (författare)

Ramus, Susan J (författare)

Rennert, Gad (författare)

Risch, Harvey (författare)

Rodriguez, Gustavo C (författare)

Rodríguez-Antona, Cristina (författare)

Romieu, Isabelle (författare)

Rookus, Matti A (författare)

Rossing, Mary Anne (författare)

Rzepecka, Iwona K (författare)

Sandler, Dale P (författare)

Schmutzler, Rita K (författare)

Setiawan, Veronica W (författare)

Sharma, Priyanka (författare)

Sieh, Weiva (författare)

Simard, Jacques (författare)

Singer, Christian F (författare)

Song, Honglin (författare)

Southey, Melissa C (författare)

Spurdle, Amanda B (författare)

Sutphen, Rebecca (författare)

Swerdlow, Anthony J (författare)

Teixeira, Manuel R (författare)

Teo, Soo H (författare)

Thomassen, Mads (författare)

Tischkowitz, Marc (författare)

Toland, Amanda E (författare)

Trichopoulou, Antonia (författare)

Tung, Nadine (författare)

Tworoger, Shelley S (författare)

van Rensburg, Elizabeth J (författare)

Vanderstichele, Adriaan (författare)

Vega, Ana (författare)

Edwards, Digna Velez (författare)

Webb, Penelope M (författare)

Weitzel, Jeffrey N (författare)

Wentzensen, Nicolas (författare)

White, Emily (författare)

Wolk, Alicja (författare): Uppsala universitet,Ortopedi

Wu, Anna H (författare)

Yannoukakos, Drakoulis (författare)

Zorn, Kristin K (författare)

Gayther, Simon A (författare)

Antoniou, Antonis C (författare)

Berchuck, Andrew (författare)

Goode, Ellen L (författare)

Chenevix-Trench, Georgia (författare)

Sellers, Thomas A (författare)

Pharoah, Paul D P (författare)

Zheng, Wei (författare)

Long, Jirong (författare): Vanderbilt University

Osorio, A (författare)

Arun, BK (författare)

Ganz, PA (författare)

Andrulis, IL (författare)

Neuhausen, SL (författare)

Goodman, MT (författare)

Lesueur, F (författare)

Southey, MC (författare)

Ramus, SJ (författare)

Trichopoulou, A (författare)

Giles, GG (författare)

Nevanlinna, H (författare)

Offit, K (författare)

Caldes, T (författare)

Godwin, AK (författare)

Teixeira, MR (författare)

Pujana, MA (författare)

Pharoah, PDP (författare)

Rennert, G (författare)

Wu, L (författare)

Cramer, D (författare)

Setiawan, VW (författare)

Wu, AH (författare)

Gayther, SA (författare)

Antoniou, AC (författare)

Im, HK (författare)

Lu, Y (författare)

Brenton, J (författare)

Simard, J (författare)

Long, J (författare)

Leslie, G (författare)

Barnes, DR (författare)

Merritt, MA (författare)

Hollestelle, A (författare)

Li, B (författare)

Modugno, F (författare)

Rensburg, EJ (författare)

Huntsman, DG (författare)

Olah, E (författare)

Vega, A (författare)

Dennis, J (författare)

Couch, FJ (författare)

Beeghly-Fadiel, A (författare)

Chang-Claude, J (författare)

Friedman, E (författare)

Nussbaum, RL (författare)

Eccles, DM (författare)

Sandler, DP (författare)

Hulick, PJ (författare)

Doerk, T (författare)

Olopade, OI (författare)

Zorn, KK (författare)

Thomassen, M (författare)

Benitez, J (författare)

Garber, J (författare)

Isaacs, C (författare)

Schildkraut, JM (författare)

Phelan, CM (författare)

Rodriguez-Antona, C (författare)

James, P (författare)

Montagna, M (författare)

Vanderstichele, A (författare)

Reid, BM (författare)

Olsson, H (författare)

Kiemeney, LA (författare)

Rossing, MA (författare)

Tworoger, SS (författare)

Anton-Culver, H (författare)

Singer, CF (författare)

Teer, JK (författare)

Teo, SH (författare)

Park, SK (författare)

Zheng, W (författare)

Mattiello, A (författare)

Permuth, JB (författare)

Barkardottir, RB (författare)

Yannoukakos, D (författare)

Tung, N (författare)

Bandera, EV (författare)

Wolk, A (författare): Karolinska Institutet

Sutphen, R (författare)

Greene, MH (författare)

Heitz, F (författare)

Butzow, R (författare)

Spurdle, AB (författare)

Nielsen, FC (författare)

Romieu, I (författare)

Risch, H (författare)

Hogdall, CK (författare)

Hildebrandt, MAT (författare)

McNeish, IA (författare)

Nikitina-Zake, L (författare)

Schmutzler, RK (författare)

Goldgar, DE (författare)

Song, H (författare)

Wentzensen, N (författare)

Rookus, MA (författare)

Campbell, I (författare)

Chenevix-Trench, G (författare)

Pejovic, T (författare)

Gronwald, J (författare)

Webb, PM (författare)

Fasching, PA (författare)

White, E (författare)

Goode, EL (författare)

Kelemen, LE (författare)

Domchek, SM (författare)

Moysich, KB (författare)

Guo, X (författare)

Caligo, MA (författare)

Swerdlow, AJ (författare)

Tischkowitz, M (författare)

Rzepecka, IK (författare)

Le, ND (författare)

Edwards, DV (författare)

Peeters, PHM (författare)

Sharma, P (författare)

Diez, O (författare)

Fountzilas, G (författare)

Sieh, W (författare)

Defazio, A (författare)

Parsons, MT (författare)

Peterlongo, P (författare)

Berchuck, A (författare)

Kjaer, SK (författare)

McGuffog, L (författare)

Chen, YA (författare)

Daly, MB (författare)

Fortner, RT (författare)

Hamann, U (författare)

Karlan, BY (författare)

Bjorge, L (författare)

Weitzel, JN (författare)

Rodriguez, GC (författare)

May, T (författare)

Sellers, TA (författare)

Jakubowska, A (författare)

Levine, DA (författare)

Easton, DF (författare)

Kwong, A (författare)

Claes, KBM (författare)

Olson, SH (författare)

Toland, AE (författare)

Imyanitov, EN (författare)

visa färre...

(creator_code:org_t)

et al

American Association for Cancer Research Inc. 2018
2018
Engelska.
Ingår i: ; 78:18, s. 5419-5430

Relaterad länk:: http://dx.doi.org/10...; visa fler...; https://doi.org/10.1...; http://kipublication...; https://lup.lub.lu.s...; visa färre...

Tidskriftsartikel (refereegranskat)

Abstract Ämnesord

Stäng

.AbstractLarge-scale genome-wide association studies (GWAS) have identified approximately 35 loci associated with epithelial ovarian cancer (EOC) risk. The majority of GWAS-identified disease susceptibility variants are located in noncoding regions, and causal genes underlying these associations remain largely unknown. Here, we performed a transcriptome-wide association study to search for novel genetic loci and plausible causal genes at known GWAS loci. We used RNA sequencing data (68 normal ovarian tissue samples from 68 individuals and 6,124 cross-tissue samples from 369 individuals) and high-density genotyping data from European descendants of the Genotype-Tissue Expression (GTEx V6) project to build ovarian and cross-tissue models of genetically regulated expression using elastic net methods. We evaluated 17,121 genes for their cis-predicted gene expression in relation to EOC risk using summary statistics data from GWAS of 97,898 women, including 29,396 EOC cases. With a Bonferroni-corrected significance level of P < 2.2 × 10−6, we identified 35 genes, including FZD4 at 11q14.2 (Z = 5.08, P = 3.83 × 10−7, the cross-tissue model; 1 Mb away from any GWAS-identified EOC risk variant), a potential novel locus for EOC risk. All other 34 significantly associated genes were located within 1 Mb of known GWAS-identified loci, including 23 genes at 6 loci not previously linked to EOC risk. Upon conditioning on nearby known EOC GWAS-identified variants, the associations for 31 genes disappeared and three genes remained (P < 1.47 × 10−3). These data identify one novel locus (FZD4) and 34 genes at 13 known EOC risk loci associated with EOC risk, providing new insights into EOC carcinogenesis.Significance: Transcriptomic analysis of a large cohort confirms earlier GWAS loci and reveals FZD4 as a novel locus associated with EOC risk. Cancer Res; 78(18); 5419–30. ©2018 AACR.

Ämnesord

MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine -- Cancer and Oncology (hsv//eng)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin -- Cancer och onkologi (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine -- Surgery (hsv//eng)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin -- Kirurgi (hsv//swe)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine (hsv//eng)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Medicinsk genetik (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Medical Genetics (hsv//eng)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine (hsv//eng)