SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-390646"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-390646" > BarkBase :

BarkBase : Epigenomic Annotation of Canine Genomes

Megquier, Kate (författare)
Broad Inst MIT & Harvard, Vertebrate Genom, Cambridge, MA 02142 USA
Genereux, Diane P. (författare)
Broad Inst MIT & Harvard, Vertebrate Genom, Cambridge, MA 02142 USA
Hekman, Jessica (författare)
Broad Inst MIT & Harvard, Vertebrate Genom, Cambridge, MA 02142 USA
visa fler...
Swofford, Ross (författare)
Broad Inst MIT & Harvard, Vertebrate Genom, Cambridge, MA 02142 USA
Turner-Maier, Jason (författare)
Broad Inst MIT & Harvard, Vertebrate Genom, Cambridge, MA 02142 USA
Johnson, Jeremy (författare)
Broad Inst MIT & Harvard, Vertebrate Genom, Cambridge, MA 02142 USA
Alonso, Jacob (författare)
Broad Inst MIT & Harvard, Vertebrate Genom, Cambridge, MA 02142 USA
Li, Xue (författare)
Broad Inst MIT & Harvard, Vertebrate Genom, Cambridge, MA 02142 USA;Univ Massachusetts, Bioinformat & Integrat Biol, Med Sch, Worcester, MA 01655 USA
Morrill, Kathleen (författare)
Broad Inst MIT & Harvard, Vertebrate Genom, Cambridge, MA 02142 USA;Univ Massachusetts, Bioinformat & Integrat Biol, Med Sch, Worcester, MA 01655 USA
Anguish, Lynne J. (författare)
Cornell Univ, Coll Vet Med, Baker Inst Anim Hlth, Ithaca, NY 14853 USA
Koltookian, Michele (författare)
Broad Inst MIT & Harvard, Vertebrate Genom, Cambridge, MA 02142 USA
Logan, Brittney (författare)
Univ Massachusetts, Bioinformat & Integrat Biol, Med Sch, Worcester, MA 01655 USA
Sharp, Claire R. (författare)
Murdoch Univ, Coll Vet Med, Sch Vet & Life Sci, Murdoch, WA 6150, Australia
Ferrer, Lluis (författare)
Univ Autonoma Barcelona, Dept Med & Cirurgia Anim, Vet Sch, E-08193 Barcelona, Spain
Lindblad-Toh, Kerstin (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Broad Inst MIT & Harvard, Vertebrate Genom, Cambridge, MA 02142 USA
Meyers-Wallen, Vicki N. (författare)
Cornell Univ, Coll Vet Med, Baker Inst Anim Hlth, Ithaca, NY 14850 USA;Cornell Univ, Coll Vet Med, Dept Biomed Sci, Ithaca, NY 14850 USA
Hoffman, Andrew (författare)
Univ Penn, Sch Vet Med, Philadelphia, PA 19104 USA;Tufts Univ, Cummings Sch Vet Med, Grafton, MA 01536 USA
Karlsson, Elinor K. (författare)
Broad Inst MIT & Harvard, Vertebrate Genom, Cambridge, MA 02142 USA;Univ Massachusetts, Bioinformat & Integrat Biol, Med Sch, Worcester, MA 01655 USA;Univ Massachusetts, Med Sch, Program Mol Med, Worcester, MA 01655 USA
visa färre...
 (creator_code:org_t)
MDPI, 2019
2019
Engelska.
Ingår i: ; 10:6
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • Dogs are an unparalleled natural model for investigating the genetics of health and disease, particularly for complex diseases like cancer. Comprehensive genomic annotation of regulatory elements active in healthy canine tissues is crucial both for identifying candidate causal variants and for designing functional studies needed to translate genetic associations into disease insight. Currently, canine geneticists rely primarily on annotations of the human or mouse genome that have been remapped to dog, an approach that misses dog-specific features. Here, we describe BarkBase, a canine epigenomic resource available at barkbase.org. BarkBase hosts data for 27 adult tissue types, with biological replicates, and for one sample of up to five tissues sampled at each of four carefully staged embryonic time points. RNA sequencing is complemented with whole genome sequencing and with assay for transposase-accessible chromatin using sequencing (ATAC-seq), which identifies open chromatin regions. By including replicates, we can more confidently discern tissue-specific transcripts and assess differential gene expression between tissues and timepoints. By offering data in easy-to-use file formats, through a visual browser modeled on similar genomic resources for human, BarkBase introduces a powerful new resource to support comparative studies in dogs and humans.

Ämnesord

NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Genetics (hsv//eng)
NATURVETENSKAP  -- Biologiska vetenskaper -- Genetik (hsv//swe)
NATURVETENSKAP  -- Biologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences (hsv//eng)

Nyckelord

dog
expression
genome
annotation
ATAC-seq
RNA-seq
epigenomic
canine
comparative

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

  • (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy