Univ Texas MD Anderson Canc Ctr, Dept Genitourinary Med Oncol Res, Div Canc Med, Houston, TX 77030 USA
Chan, Calvin Wing Yiu (författare)
German Canc Res Ctr, Div Theoret Bioinformat, DE-69120 Heidelberg, Germany;Heidelberg Univ, Fac Biosci, DE-69120 Heidelberg, Germany
Chen, Ken (författare)
Univ Texas MD Anderson Canc Ctr, Houston, TX 77030 USA
Choi, Jung Kyoon (författare)
Korea Adv Inst Sci & Technol, Daejeon 34141, South Korea
Deu-Pons, Jordi (författare)
Barcelona Inst Sci & Technol, Inst Res BioMed IRB Barcelona, E-8003 Barcelona, Spain;Univ Pompeu Fabra, Res Program BioMed Informat, E-08002 Barcelona, Spain
Dhingra, Priyanka (författare)
Weill Cornell Med, Dept Physiol & BioPhys, New York, NY 10065 USA;Weill Cornell Med, Inst Computat BioMed, New York, NY 10021 USA
Diamanti, Klev, 1987- (författare)
Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Beräkningsbiologi och bioinformatik
Fink, J. Lynn (författare)
Barcelona SuperComp Ctr, E-08034 Barcelona, Spain;Univ Queensland, Inst Mol BioSci, Queensland Ctr Med Gen, St Lucia, Qld 4072, Australia
Fonseca, Nuno A. (författare)
Univ Porto, Res Ctr Biodivers & Genet Resources, CIBIO InBIO, P-4485601 Vairao, Portugal;European Bioinformat Inst EMBLEBI, European Mol Biol Lab, Wellcome Genome Campus, Cambridge CB10 1SD, England
Frigola, Joan (författare)
Barcelona Inst Sci & Technol, Inst Res BioMed IRB Barcelona, E-8003 Barcelona, Spain
Gambacorti-Passerini, Carlo (författare)
Univ Milano Bicocca, I-20052 Monza, Italy
Garsed, Dale W. (författare)
Peter MacCallum Canc Ctr, Melbourne, Vic 3000, Australia;Univ Melbourne, Sir Peter MacCallum Dept Oncol, Melbourne, Vic 3052, Australia
Gerstein, Mark (författare)
Princeton Univ, Dept Comp Sci, Princeton, NJ 08540 USA;Yale Univ, Dept Comp Sci, New Haven, CT 06520 USA;Yale Univ, Dept Mol BioPhys & Biochem, New Haven, CT 06520 USA;Yale Univ, Program Computat Biol & Bioinformat, New Haven, CT 06520 USA
Getz, Gad (författare)
Broad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA 02142 USA;Harvard Med Sch, Boston, MA 02115 USA;Massachusetts Gen Hosp, Ctr Canc Res, Boston, MA 02129 USA;Massachusetts Gen Hosp, Dept Pathol, Boston, MA 02115 USA
Gonzalez-Perez, Abel (författare)
Inst Hosp Mar Invest Med IMIM, Dr Aiguader 88, E-08003 Barcelona, Spain;Barcelona Inst Sci & Technol, Inst Res BioMed IRB Barcelona, E-8003 Barcelona, Spain;Univ Pompeu Fabra, Res Program BioMed Informat, E-08002 Barcelona, Spain
Guo, Qianyun (författare)
Aarhus Univ, Bioinformat Res Ctr BiRC, DK-8000 Aarhus, Denmark
Broad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA 02142 USA;MIT, MIT Comp Sci & Artificial Intelligence Lab, Cambridge, MA 02139 USA
Khurana, Ekta (författare)
Weill Cornell Med, Dept Physiol & BioPhys, New York, NY 10065 USA;Weill Cornell Med, Inst Computat BioMed, New York, NY 10021 USA;Weill Cornell Med, Englander Inst Precis Med, New York, NY 10065 USA;Weill Cornell Med, Meyer Canc Ctr, New York, NY 10065 USA
Kim, Jaegil (författare)
Broad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA 02142 USA
Kim, Jong K. (författare)
Natl Canc Ctr Korea, Res Core Ctr, Goyangsi 410769, South Korea
Kim, Youngwook (författare)
Sungkyunkwan Univ Sch Med, Dept Hlth Sci & Technol, Seoul 06351, South Korea;Samsung Genome Inst, Seoul 06351, South Korea
Komorowski, Jan (författare)
Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Beräkningsbiologi och bioinformatik,Polish Acad Sci, Inst Comp Sci, PL-01248 Warsaw, Poland
Korbel, Jan O. (författare)
European Bioinformat Inst EMBLEBI, European Mol Biol Lab, Wellcome Genome Campus, Cambridge CB10 1SD, England;European Mol Biol Lab EMBL, Genome Biol Unit, DE-69117 Heidelberg, Germany
Kumar, Sushant (författare)
European Bioinformat Inst EMBLEBI, European Mol Biol Lab, Wellcome Genome Campus, Cambridge CB10 1SD, England;Univ Milano Bicocca, I-20052 Monza, Italy
Larsson, Erik (författare)
Mem Sloan Kettering Canc Ctr, Computat Biol Ctr, New York, NY 10065 USA
Lawrence, Michael S. (författare)
Broad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA 02142 USA;RIKEN Ctr Integrat Med Sci, Lab Med Sci Math, Yokohama, Kanagawa 2300045, Japan;Massachusetts Gen Hosp Ctr Canc Res, Charlestown, MA 02129 USA
Lee, Donghoon (författare)
Yale Univ, Program Computat Biol & Bioinformat, New Haven, CT 06520 USA
Yale Univ, Program Computat Biol & Bioinformat, New Haven, CT 06520 USA
Li, Xiaotong (författare)
Yale Univ, Program Computat Biol & Bioinformat, New Haven, CT 06520 USA
Lin, Ziao (författare)
Broad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA 02142 USA;Harvard Univ, Cambridge, MA 02138 USA
Liu, Eric Minwei (författare)
Weill Cornell Med, Dept Physiol & BioPhys, New York, NY 10065 USA;Weill Cornell Med, Inst Computat BioMed, New York, NY 10021 USA;Mem Sloan Kettering Canc Ctr, New York, NY 10065 USA
Lochovsky, Lucas (författare)
Jackson Lab Gen Med, Farmington, CT 06032 USA;Yale Univ, Program Computat Biol & Bioinformat, New Haven, CT 06520 USA;Dept Mol BioPhys & Biochem, New Haven, CT 06520 USA;Yale Univ, New Haven, CT 06520 USA
Lou, Shaoke (författare)
Yale Univ, Dept Mol BioPhys & Biochem, New Haven, CT 06520 USA;Yale Univ, Program Computat Biol & Bioinformat, New Haven, CT 06520 USA
Wellcome Sanger Inst, Wellcome Genome Campus, Cambridge CB10 1SA, England
Martinez-Fundichely, Alexander (författare)
Weill Cornell Med, Dept Physiol & BioPhys, New York, NY 10065 USA;Weill Cornell Med, Inst Computat BioMed, New York, NY 10021 USA;Weill Cornell Med, Englander Inst Precis Med, New York, NY 10065 USA
Maruvka, Yosef E. (författare)
Broad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA 02142 USA;Massachusetts Gen Hosp, Boston, MA 02114 USA;Massachusetts Gen Hosp Ctr Canc Res, Charlestown, MA 02129 USA
McGillivray, Patrick D. (författare)
Yale Univ, Dept Mol BioPhys & Biochem, New Haven, CT 06520 USA
Meyerson, William (författare)
Yale Univ, Program Computat Biol & Bioinformat, New Haven, CT 06520 USA;Yale Univ, Yale Sch Med, New Haven, CT 06520 USA
Muinos, Ferran (författare)
Barcelona Inst Sci & Technol, Inst Res BioMed IRB Barcelona, E-8003 Barcelona, Spain;Univ Pompeu Fabra, Res Program BioMed Informat, E-08002 Barcelona, Spain
Mularoni, Loris (författare)
Barcelona Inst Sci & Technol, Inst Res BioMed IRB Barcelona, E-8003 Barcelona, Spain;Univ Pompeu Fabra, Res Program BioMed Informat, E-08002 Barcelona, Spain
Nakagawa, Hidewaki (författare)
RIKEN Ctr Integrat Med Sci, Yokohama, Kanagawa 2300045, Japan
Sungkyunkwan Univ Sch Med, Samsung Med Ctr, Div Hematol Oncol, Seoul 06351, South Korea;Sungkyunkwan Univ Sch Med, Samsung Adv Inst Hlth Sci & Technol, Seoul 06351, South Korea
Park, Kiejung (författare)
Sangmyung Univ, Cheonan Ind Acad Collaborat Fdn, Cheonan 31066, South Korea
Pich, Oriol (författare)
Barcelona Inst Sci & Technol, Inst Res BioMed IRB Barcelona, E-8003 Barcelona, Spain;Univ Pompeu Fabra, Res Program BioMed Informat, E-08002 Barcelona, Spain
Pons, Tirso (författare)
Spanish Natl Canc Res Centre, E-28029 Madrid, Spain
Princeton Univ, Dept Comp Sci, Princeton, NJ 08540 USA
Reimand, Juri (författare)
Ontario Inst Canc Res, Computat Biol Program, Toronto, ON M5G 0A3, Canada;Univ Toronto, Dept Med BioPhys, Toronto, ON M5S 1A8, Canada
Reyes-Salazar, Iker (författare)
Barcelona Inst Sci & Technol, Inst Res BioMed IRB Barcelona, E-8003 Barcelona, Spain
Reyna, Matthew A. (författare)
Princeton Univ, Dept Comp Sci, Princeton, NJ 08540 USA
Rheinbay, Esther (författare)
Broad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA 02142 USA;Harvard Med Sch, Boston, MA 02115 USA;Massachusetts Gen Hosp, Boston, MA 02114 USA
Rubin, Mark A. (författare)
Univ Bern, Dept BioMed Res, CH-3008 Bern, Switzerland;Weill Cornell Med, Meyer Canc Ctr, New York, NY 10065 USA;Univ Bern, Univ Hosp Bern, Bern Ctr Precis Med, CH-3008 Bern, Switzerland;Weill Cornell Med, Englander Inst Precis Med, New York, NY 10021 USA;NewYork Presbyterian Hosp, New York, NY 10021 USA;Weill Cornell Med Coll, Pathol & Lab, New York, NY 10021 USA
Rubio-Perez, Carlota (författare)
Barcelona Inst Sci & Technol, Inst Res BioMed IRB Barcelona, E-8003 Barcelona, Spain;Univ Pompeu Fabra, Res Program BioMed Informat, E-08002 Barcelona, Spain;Vall Hebron Inst Oncol VHIO, E-08035 Barcelona, Spain
Sabarinathan, Radhakrishnan (författare)
Barcelona Inst Sci & Technol, Inst Res BioMed IRB Barcelona, E-8003 Barcelona, Spain;Univ Pompeu Fabra, Res Program BioMed Informat, E-08002 Barcelona, Spain;Tata Inst Fundamental Res, Natl Ctr Biol Sci, Bangalore 560065, India
Sahinalp, S. Cenk (författare)
Simon Fraser Univ, Burnaby, BC V5A 1S6, Canada;Indiana Univ, Bloomington, IN 47405 USA;Vancouver Prostate Ctr, Vancouver, BC V6H 3Z6, Canada
Saksena, Gordon (författare)
Broad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA 02142 USA
Salichos, Leonidas (författare)
Yale Univ, Dept Mol BioPhys & Biochem, New Haven, CT 06520 USA;Yale Univ, Program Computat Biol & Bioinformat, New Haven, CT 06520 USA
Sander, Chris (författare)
Mem Sloan Kettering Canc Ctr, Computat Biol Ctr, New York, NY 10065 USA;Harvard Med Sch, Dana Farber Canc Inst, cBio Ctr, Boston, MA 02115 USA;Dana Farber Canc Inst, Boston, MA 02215 USA;Harvard Med Sch, Dept Cell Biol, Boston, MA 02115 USA
Schumacher, Steven E. (författare)
Broad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA 02142 USA;Dana Farber Canc Inst, Dept Canc Biol, Boston, MA 02215 USA
Shackleton, Mark (författare)
Univ Melbourne, Sir Peter MacCallum Dept Oncol, Melbourne, Vic 3052, Australia;Univ Melbourne, Melbourne, Vic 3000, Australia;Peter MacCallum Canc Inst, Melbourne, Vic 3000, Australia
Shapira, Ofer (författare)
Broad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA 02142 USA;Harvard Med Sch, Dana Farber Canc Inst, cBio Ctr, Boston, MA 02115 USA
Shen, Ciyue (författare)
Harvard Med Sch, Dana Farber Canc Inst, cBio Ctr, Boston, MA 02115 USA;Harvard Med Sch, Dept Cell Biol, Boston, MA 02115 USA
Shrestha, Raunak (författare)
Vancouver Prostate Ctr, Vancouver, BC V6H 3Z6, Canada
Univ Calif, BioMol Engn Dept, Santa Cruz, CA 95064 USA
Tamborero, David (författare)
Barcelona Inst Sci & Technol, Inst Res BioMed IRB Barcelona, E-8003 Barcelona, Spain;Univ Pompeu Fabra, Res Program BioMed Informat, E-08002 Barcelona, Spain
Tiao, Grace (författare)
Broad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA 02142 USA
Tsunoda, Tatsuhiko (författare)
RIKEN Ctr Integrat Med Sci, Lab Med Sci Math, Yokohama, Kanagawa 2300045, Japan;Japan Sci & Technol Agcy, CREST, Tokyo, Tokyo 1130033, Japan;Tokyo Med & Dent Univ, Med Res Inst, Dept Med Sci Math, Bunkyo Ku, Tokyo 1138510, Japan;Univ Tokyo, Grad Sch Sci, Dept Biol Sci, Lab Med Sci Math,Bunkyo Ku, Tokyo 1130033, Japan
Umer, Husen Muhammad (författare)
Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Beräkningsbiologi och bioinformatik,Karolinska Inst, Dept Oncol & Pathol, Sci Life Lab, S-17121 Stockholm, Sweden
Uuskula-Reimand, Liis (författare)
Tallinn Univ Technol, Dept Gene Technol, EE-12616 Tallinn, Estonia;Hosp Sick Children, SickKids Res Inst, Genet & Genome Biol Program, Toronto, ON M5G 1X8, Canada
Joana Carlevaro-Fita, Andres Lanzos et al. present the Cancer LncRNA Census (CLC), a manually curated dataset of 122 long noncoding RNAs (lncRNAs) with experimentally-validated functions in cancer based on data from the ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium. CLC lncRNAs have unique gene features, and a number display evidence for cancer-driving functions that are conserved from humans to mice. Long non-coding RNAs (lncRNAs) are a growing focus of cancer genomics studies, creating the need for a resource of lncRNAs with validated cancer roles. Furthermore, it remains debated whether mutated lncRNAs can drive tumorigenesis, and whether such functions could be conserved during evolution. Here, as part of the ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium, we introduce the Cancer LncRNA Census (CLC), a compilation of 122 GENCODE lncRNAs with causal roles in cancer phenotypes. In contrast to existing databases, CLC requires strong functional or genetic evidence. CLC genes are enriched amongst driver genes predicted from somatic mutations, and display characteristic genomic features. Strikingly, CLC genes are enriched for driver mutations from unbiased, genome-wide transposon-mutagenesis screens in mice. We identified 10 tumour-causing mutations in orthologues of 8 lncRNAs, including LINC-PINT and NEAT1, but not MALAT1. Thus CLC represents a dataset of high-confidence cancer lncRNAs. Mutagenesis maps are a novel means for identifying deeply-conserved roles of lncRNAs in tumorigenesis.
Ämnesord
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Cell and Molecular Biology (hsv//eng)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Cell- och molekylärbiologi (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Medical Genetics (hsv//eng)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Medicinsk genetik (hsv//swe)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine (hsv//eng)