Analyses of non-coding somatic drivers in 2,658 cancer whole genomes
Rheinbay, Esther (författare)
Broad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA 02142 USA.;Massachusetts Gen Hosp, Ctr Canc Res, Charlestown, MA 02129 USA.;Harvard Med Sch, Boston, MA 02115 USA.
Nielsen, Morten Muhlig (författare)
Aarhus Univ Hosp, Dept Mol Med MOMA, Aarhus, Denmark.
Univ Texas MD Anderson Canc Ctr, Dept Genitourinary Med Oncol Res, Div Canc Med, Houston, TX 77030 USA.;Icahn Sch Med Mt Sinai, Dept Urol, New York, NY 10029 USA.
Chan, Calvin Wing Yiu (författare)
German Canc Res Ctr, Div Theoret Bioinformat, Heidelberg, Germany.;Heidelberg Univ, Fac Biosci, Heidelberg, Germany.
Craft, David (författare)
Harvard Med Sch, Massachusetts Gen Hosp, Dept Radiat Oncol, Boston, MA 02115 USA.
Dhingra, Priyanka (författare)
Weill Cornell Med, Dept Physiol & Biophys, New York, NY USA.;Weill Cornell Med, Inst Computat Biomed, New York, NY USA.
Diamanti, Klev, 1987- (författare)
Uppsala universitet,Beräkningsbiologi och bioinformatik,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Fonseca, Nuno A. (författare)
European Mol Biol Lab, European Bioinformat Inst, Hinxton, England.
Gonzalez-Perez, Abel (författare)
Barcelona Inst Sci & Technol, Inst Res Biomed IRB Barcelona, Barcelona, Spain.;Univ Pompeu Fabra, Res Program Biomed Informat, Barcelona, Spain.
Guo, Qianyun (författare)
Aarhus Univ, Bioinformat Res Ctr BiRC, Aarhus, Denmark.
German Canc Res Ctr, Div Appl Bioinformat, Heidelberg, Germany.;Heidelberg Univ, Fac Biosci, Heidelberg, Germany.
Sinnott-Armstrong, Nasa (författare)
Stanford Univ, Dept Genet, Sch Med, Stanford, CA 94305 USA.
Stewart, Chip (författare)
Broad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA 02142 USA.
Tamborero, David (författare)
Barcelona Inst Sci & Technol, Inst Res Biomed IRB Barcelona, Barcelona, Spain.;Univ Pompeu Fabra, Res Program Biomed Informat, Barcelona, Spain.
Tubio, Jose M. C. (författare)
Univ Santiago de Compostela, Dept Zool Genet & Phys Anthropol, Santiago De Compostela, Spain.;Univ Santiago de Compostela, Ctr Res Mol Med & Chron Dis CIMUS, Santiago De Compostela, Spain.;Univ Vigo, Biomed Res Ctr CINBIO, Vigo, Spain.
Umer, Husen Muhammad (författare)
Uppsala universitet,Beräkningsbiologi och bioinformatik,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Uuskula-Reimand, Liis (författare)
SickKids Res Inst, Genet & Genome Biol Program, Toronto, ON, Canada.;Tallinn Univ Technol, Dept Gene Technol, Tallinn, Estonia.
Wadelius, Claes, 1955- (författare)
Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Medicinsk genetik och genomik
Wadi, Lina (författare)
Ontario Inst Canc Res, Computat Biol Program, Toronto, ON, Canada.
Yao, Xiaotong (författare)
New York Genome Ctr, New York, NY USA.
Zhang, Cheng-Zhong (författare)
Dana Farber Canc Inst, Dept Biostat & Computat Biol, Boston, MA 02115 USA.;Harvard Med Sch, Dept Biomed Informat, Boston, MA 02115 USA.
Zhang, Jing (författare)
Yale Univ, Program Computat Biol & Bioinformat, New Haven, CT USA.
Haber, James E. (författare)
Brandeis Univ, Dept Biol, Waltham, MA 02254 USA.;Brandeis Univ, Rosenstiel Basic Med Sci Res Ctr, Waltham, MA USA.
Hobolth, Asger (författare)
Aarhus Univ, Bioinformat Res Ctr BiRC, Aarhus, Denmark.
Imielinski, Marcin (författare)
New York Genome Ctr, New York, NY USA.;Weill Cornea Med, Dept Pathol & Lab Med, New York, NY USA.;Weill Cornea Med, Englander Inst Precis Med, New York, NY USA.;Weill Cornea Med, Inst Computat Biomed, New York, NY USA.;Weill Cornea Med, Meyer Canc Ctr, New York, NY USA.
Kellis, Manolis (författare)
Broad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA 02142 USA.;MIT, Comp Sci & Artificial Intelligence Lab, 77 Massachusetts Ave, Cambridge, MA 02139 USA.
Lawrence, Michael S. (författare)
Broad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA 02142 USA.;Massachusetts Gen Hosp, Ctr Canc Res, Charlestown, MA 02129 USA.
RIKEN Ctr Integrat Med Sci, Lab Canc Genom, Tokyo, Japan.
Raphael, Benjamin J. (författare)
Princeton Univ, Dept Comp Sci, Princeton, NJ 08544 USA.
Rubin, Mark A. (författare)
Weill Cornell Med, Dept Pathol & Lab Med, New York, NY USA.;Weill Cornell Med, Englander Inst Precis Med, New York, NY USA.;Weill Cornell Med, Meyer Canc Ctr, New York, NY USA.
Sander, Chris (författare)
Harvard Med Sch, Dept Cell Biol, Boston, MA 02115 USA.;Harvard Med Sch, cBio Ctr, Dana Farber Canc Inst, Boston, MA 02115 USA.
Stein, Lincoln D. (författare)
Ontario Inst Canc Res, Computat Biol Program, Toronto, ON, Canada.;Ontario Inst Canc Res, Toronto, ON, Canada.
Stuart, Joshua M. (författare)
Univ Calif Santa Cruz, Ctr Biomol Sci & Engn, Santa Cruz, CA 95064 USA.
Tsunoda, Tatsuhiko (författare)
RIKEN Ctr Integrat Med Sci, Lab Med Sci Math, Yokohama, Kanagawa, Japan.;Tokyo Med & Dent Univ, Med Res Inst, Dept Med Sci Math, Tokyo, Japan.;Univ Tokyo, Grad Sch Sci, Dept Biol Sci, Lab Med Sci Math, Tokyo, Japan.
Wheeler, David A. (författare)
Baylor Coll Med, Human Genome Sequencing Ctr, Houston, TX 77030 USA.
Ontario Inst Canc Res, Computat Biol Program, Toronto, ON, Canada.;Univ Toronto, Dept Med Biophys, Toronto, ON, Canada.
Gerstein, Mark (författare)
Yale Univ, Program Computat Biol & Bioinformat, New Haven, CT USA.;Yale Univ, Dept Mol Biophys & Biochem, New Haven, CT USA.;Yale Univ, Dept Comp Sci, POB 2158, New Haven, CT 06520 USA.
Khurana, Ekta (författare)
Weill Cornell Med, Dept Physiol & Biophys, New York, NY USA.;Weill Cornell Med, Inst Computat Biomed, New York, NY USA.;Weill Cornell Med, Englander Inst Precis Med, New York, NY USA.;Weill Cornell Med, Meyer Canc Ctr, New York, NY USA.
Broad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA 02142 USA.;Harvard Univ, Bioinformat & Integrat Genom, Cambridge, MA 02138 USA.;Dana Farber Canc Inst, Dept Med Oncol, Boston, MA 02115 USA.
Martincorena, Inigo (författare)
Wellcome Trust Sanger Inst, Hinxton, England.
Pedersen, Jakob Skou (författare)
Aarhus Univ Hosp, Dept Mol Med MOMA, Aarhus, Denmark.;Aarhus Univ, Bioinformat Res Ctr BiRC, Aarhus, Denmark.
Getz, Gad (författare)
Broad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA 02142 USA.;Massachusetts Gen Hosp, Ctr Canc Res, Charlestown, MA 02129 USA.;Harvard Med Sch, Boston, MA 02115 USA.;Massachusetts Gen Hosp, Dept Pathol, Boston, MA 02114 USA.
Bader, Gary D. (författare)
Univ Toronto, Dept Mol Genet, Toronto, ON, Canada.
Barenboim, Jonathan (författare)
Ontario Inst Canc Res, Computat Biol Program, Toronto, ON, Canada.
Weill Cornell Med, Dept Physiol & Biophys, New York, NY USA.;Weill Cornell Med, Inst Computat Biomed, New York, NY USA.;Weill Cornell Med, Englander Inst Precis Med, New York, NY USA.
McGillivray, Patrick D. (författare)
Yale Univ, Dept Mol Biophys & Biochem, New Haven, CT USA.
Meyerson, William (författare)
Yale Univ, Program Computat Biol & Bioinformat, New Haven, CT USA.;Yale Univ, Yale Sch Med, New Haven, CT USA.
Muinos, Ferran (författare)
Univ Pompeu Fabra, Res Program Biomed Informat, Barcelona, Spain.;Inst Res Biomed IRB Barcelona, Barcelona, Spain.
Paczkowska, Marta (författare)
Ontario Inst Canc Res, Computat Biol Program, Toronto, ON, Canada.
Park, Kiejung (författare)
Sangmyung Univ, Cheonan Ind, Acad Collaborat Fdn, Cheonan, South Korea.
Northwestern Univ, Feinberg Sch Med, Dept Biochem & Mol Genet, Chicago, IL 60611 USA.
Akdemir, Kadir C. (författare)
Univ Texas MD Anderson Canc Ctr, Houston, TX 77030 USA.
Alvarez, Eva G. (författare)
Univ Santiago de Compostela, Dept Zool Genet & Phys Anthropol, Santiago De Compostela, Spain.;Univ Santiago de Compostela, Ctr Res Mol Med & Chron Dis CIMUS, Santiago De Compostela, Spain.;Univ Vigo, Biomed Res Ctr CINBIO, Vigo, Spain.
Baez-Ortega, Adrian (författare)
Univ Cambridge, Dept Vet Med, Transmissible Canc Grp, Cambridge, England.
Boutros, Paul C. (författare)
Ontario Inst Canc Res, Computat Biol Program, Toronto, ON, Canada.;Univ Toronto, Dept Med Biophys, Toronto, ON, Canada.;Univ Toronto, Dept Pharmacol, Toronto, ON, Canada.;Univ Calif Los Angeles, Los Angeles, CA USA.
Bowtell, David D. L. (författare)
Peter MacCallum Canc Ctr, Melbourne, Vic, Australia.;Univ Melbourne, Sir Peter MacCallum Dept Oncol, Melbourne, Vic, Australia.
Brors, Benedikt (författare)
German Canc Res Ctr, Div Appl Bioinformat, Heidelberg, Germany.;Natl Ctr Tumor Dis NCT Heidelberg, Heidelberg, Germany.;German Canc Res Ctr, German Canc Consortium DKTK, Heidelberg, Germany.
Burns, Kathleen H. (författare)
Johns Hopkins Sch Med, Baltimore, MD USA.
Chan, Kin (författare)
Univ Ottawa, Fac Med, Dept Biochem Microbiol & Immunol, Ottawa, ON, Canada.
CortesCiriano, Isidro (författare)
Harvard Med Sch, Dept Biomed Informat, Boston, MA 02115 USA.;Univ Cambridge, Ctr Mol Sci Informat, Dept Chem, Cambridge, England.;Harvard Med Sch, Ludwig Ctr, Boston, MA 02115 USA.
Dueso-Barroso, Ana (författare)
Barcelona Supercomp Ctr BSC, Barcelona, Spain.
Dunford, Andrew J. (författare)
Broad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA 02142 USA.
Edwards, Paul A. (författare)
Univ Cambridge, Canc Res UK Cambridge Inst, Cambridge, England.;Univ Cambridge, Cambridge, England.
Estivill, Xavier (författare)
Barcelona Inst Sci & Technol, Ctr Genom Regulat CRG, Barcelona, Spain.;Quantitat Genom Labs qGen, Barcelona, Spain.
Etemadmoghadam, Dariush (författare)
Peter MacCallum Canc Ctr, Melbourne, Vic, Australia.;Univ Melbourne, Sir Peter MacCallum Dept Oncol, Melbourne, Vic, Australia.
Frenkel-Morgenstern, Milana (författare)
Bar Ilan Univ, Azrieli Fac Med, Safed, Israel.
Gordenin, Dmitry A. (författare)
NIEHS, Genome Integr & Struct Biol Lab, Durham, NC USA.
NIEHS, Integrat Bioinformat Support Grp, Durham, NC USA.
Koh, Youngil (författare)
Seoul Natl Univ Hosp, Ctr Med Innovat, Seoul, South Korea.;Seoul Natl Univ Hosp, Dept Internal Med, Seoul, South Korea.
Lee, Eunjung Alice (författare)
Harvard Med Sch, Boston, MA 02115 USA.;Boston Childrens Hosp, Div Genet & Genom, Boston, MA USA.
Lee, Jake June-Koo (författare)
Harvard Med Sch, Dept Biomed Informat, Boston, MA 02115 USA.;Ludwig Ctr Harvard, Boston, MA USA.
Lynch, Andy G. (författare)
Univ Cambridge, Canc Res UK Cambridge Inst, Cambridge, England.;Univ Cambridge, Cambridge, England.;Univ St Andrews, Sch Med, St Andrews, Fife, Scotland.;Univ St Andrews, Sch Math & Stat, St Andrews, Fife, Scotland.
Macintyre, Geoff (författare)
Univ Cambridge, Canc Res UK Cambridge Inst, Cambridge, England.
Markowetz, Florian (författare)
Univ Cambridge, Canc Res UK Cambridge Inst, Cambridge, England.;Univ Cambridge, Cambridge, England.
Meyerson, Matthew (författare)
Broad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA 02142 USA.;Harvard Med Sch, Boston, MA 02115 USA.;Dana Farber Canc Inst, Boston, MA 02115 USA.;Univ Bern, Univ Hosp, Dept Med Oncol, Bern, Switzerland.;Univ Melbourne, Dept Pathol, Melbourne, Vic, Australia.
Miyano, Satoru (författare)
Univ Tokyo, Inst Med Sci, Tokyo, Japan.
Navarro, Fabio C. P. (författare)
Yale Univ, Dept Mol Biophys & Biochem, New Haven, CT USA.
Harvard Med Sch, Dept Biomed Informat, Boston, MA 02115 USA.;Ludwig Ctr Harvard, Boston, MA USA.
Pearson, John, V (författare)
QIMR Berghofer Med Res Inst, Dept Genet & Computat Biol, Brisbane, Qld, Australia.;Univ Queensland, Inst Mol Biosci, Brisbane, Qld, Australia.
Puiggros, Montserrat (författare)
Barcelona Supercomp Ctr BSC, Barcelona, Spain.
Rippe, Karsten (författare)
German Canc Res Ctr, Heidelberg, Germany.
Roberts, Steven A. (författare)
Washington State Univ, Ctr Reprod Biol, Sch Mol Biosci, Pullman, WA 99164 USA.
RodriguezMartin, Bernardo (författare)
Univ Santiago de Compostela, Dept Zool Genet & Phys Anthropol, Santiago De Compostela, Spain.;Univ Santiago de Compostela, Ctr Res Mol Med & Chron Dis CIMUS, Santiago De Compostela, Spain.;Univ Vigo, Biomed Res Ctr CINBIO, Vigo, Spain.
Scully, Ralph (författare)
Beth Israel Deaconess Med Ctr, Canc Res Inst, Boston, MA 02215 USA.
QIMR Berghofer Med Res Inst, Dept Genet & Computat Biol, Brisbane, Qld, Australia.;Univ Queensland, Inst Mol Biosci, Brisbane, Qld, Australia.
Yang, Lixing (författare)
Univ Chicago, Ben May Dept Canc Res, Dept Human Genet, Chicago, IL 60637 USA.
Yoon, Sung-Soo (författare)
Seoul Natl Univ Hosp, Dept Internal Med, Seoul, South Korea.
Zamora, Jorge (författare)
Univ Santiago de Compostela, Dept Zool Genet & Phys Anthropol, Santiago De Compostela, Spain.;Univ Santiago de Compostela, Ctr Res Mol Med & Chron Dis CIMUS, Santiago De Compostela, Spain.;Univ Vigo, Biomed Res Ctr CINBIO, Vigo, Spain.;Wellcome Sanger Inst, Hinxton, England.
Broad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA 02142 USA;Massachusetts Gen Hosp, Ctr Canc Res, Charlestown, MA 02129 USA.;Harvard Med Sch, Boston, MA 02115 USA. Aarhus Univ Hosp, Dept Mol Med MOMA, Aarhus, Denmark. (creator_code:org_t)
2020
2020
Engelska.
Ingår i: Nature. - 0028-0836 .- 1476-4687. ; 578:7793, s. 102-111
The discovery of drivers of cancer has traditionally focused on protein-coding genes(1-4). Here we present analyses of driver point mutations and structural variants in non-coding regions across 2,658 genomes from the Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium(5) of the International Cancer Genome Consortium (ICGC) and The Cancer Genome Atlas (TCGA). For point mutations, we developed a statistically rigorous strategy for combining significance levels from multiple methods of driver discovery that overcomes the limitations of individual methods. For structural variants, we present two methods of driver discovery, and identify regions that are significantly affected by recurrent breakpoints and recurrent somatic juxtapositions. Our analyses confirm previously reported drivers(6,7), raise doubts about others and identify novel candidates, including point mutations in the 5' region of TP53, in the 3' untranslated regions of NFKBIZ and TOB1, focal deletions in BRD4 and rearrangements in the loci of AKR1C genes. We show that although point mutations and structural variants that drive cancer are less frequent in non-coding genes and regulatory sequences than in protein-coding genes, additional examples of these drivers will be found as more cancer genomes become available.
Ämnesord
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Medical Genetics (hsv//eng)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Medicinsk genetik (hsv//swe)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine (hsv//eng)