SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-427550"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-427550" > Identifying Novel S...

Identifying Novel Susceptibility Genes for Colorectal Cancer Risk From a Transcriptome-Wide Association Study of 125,478 Subjects.

Guo, Xingyi (författare)
Lin, Weiqiang (författare)
Wen, Wanqing (författare)
visa fler...
Huyghe, Jeroen (författare)
Bien, Stephanie (författare)
Cai, Qiuyin (författare)
Harrison, Tabitha (författare)
Chen, Zhishan (författare)
Qu, Conghui (författare)
Bao, Jiandong (författare)
Long, Jirong (författare)
Yuan, Yuan (författare)
Wang, Fangqin (författare)
Bai, Mengqiu (författare)
Abecasis, Goncalo R (författare)
Albanes, Demetrius (författare)
Berndt, Sonja I (författare)
Bézieau, Stéphane (författare)
Bishop, D Timothy (författare)
Brenner, Hermann (författare)
Buch, Stephan (författare)
Burnett-Hartman, Andrea (författare)
Campbell, Peter T (författare)
Castellví-Bel, Sergi (författare)
Chan, Andrew T (författare)
Chang-Claude, Jenny (författare)
Chanock, Stephen J (författare)
Cho, Sang Hee (författare)
Conti, David V (författare)
Chapelle, Albert de la (författare)
Feskens, Edith J M (författare)
Gallinger, Steven J (författare)
Giles, Graham G (författare)
Goodman, Phyllis J (författare)
Gsur, Andrea (författare)
Guinter, Mark (författare)
Gunter, Marc J (författare)
Hampe, Jochen (författare)
Hampel, Heather (författare)
Hayes, Richard B (författare)
Hoffmeister, Michael (författare)
Kampman, Ellen (författare)
Kang, Hyun Min (författare)
Keku, Temitope O (författare)
Kim, Hyeong Rok (författare)
Le Marchand, Loic (författare)
Lee, Soo Chin (författare)
Li, Christopher I (författare)
Li, Li (författare)
Lindblom, Annika (författare)
Lindor, Noralane (författare)
Milne, Roger L (författare)
Moreno, Victor (författare)
Murphy, Neil (författare)
Newcomb, Polly A (författare)
Nickerson, Deborah A (författare)
Offit, Kenneth (författare)
Pearlman, Rachel (författare)
Pharoah, Paul D P (författare)
Platz, Elizabeth A (författare)
Potter, John D (författare)
Rennert, Gad (författare)
Sakoda, Lori C (författare)
Schafmayer, Clemens (författare)
Schmit, Stephanie L (författare)
Schoen, Robert E (författare)
Schumacher, Fredrick R (författare)
Slattery, Martha L (författare)
Su, Yu-Ru (författare)
Tangen, Catherine M (författare)
Ulrich, Cornelia M (författare)
van Duijnhoven, Franzel J B (författare)
Van Guelpen, Bethany (författare)
Visvanathan, Kala (författare)
Vodicka, Pavel (författare)
Vodickova, Ludmila (författare)
Vymetalkova, Veronika (författare)
Wang, Xiaolong (författare)
White, Emily (författare)
Wolk, Alicja (författare)
Uppsala universitet,Ortopedi
Woods, Michael O (författare)
Casey, Graham (författare)
Hsu, Li (författare)
Jenkins, Mark A (författare)
Gruber, Stephen B (författare)
Peters, Ulrike (författare)
Zheng, Wei (författare)
Gruber, SB (författare)
Vymetalkova, V (författare)
Slattery, ML (författare)
Hoffmeister, M (författare)
Huyghe, J (författare)
Wen, W (författare)
Brenner, H (författare)
Vodicka, P (författare)
Bao, J (författare)
Hampel, H (författare)
Keku, TO (författare)
Schmit, SL (författare)
Visvanathan, K (författare)
Kim, HR (författare)
Tangen, CM (författare)
Li, L (författare)
Jenkins, MA (författare)
Offit, K (författare)
Bai, M (författare)
Burnett-Hartman, A (författare)
Schumacher, FR (författare)
Guo, X (författare)
Van Guelpen, B (författare)
Lindblom, A (författare)
Wolk, A (författare)
Karolinska Institutet
Platz, EA (författare)
Castellví-Bel, S (författare)
Murphy, N (författare)
Newcomb, PA (författare)
Buch, S (författare)
Cai, Q (författare)
Giles, GG (författare)
Hampe, J (författare)
Chang-Claude, J (författare)
Woods, MO (författare)
Schoen, RE (författare)
Le Marchand, L (författare)
Peters, U (författare)
Chen, Z (författare)
Wang, F (författare)
Hayes, RB (författare)
Lee, SC (författare)
Ulrich, CM (författare)
Qu, C (författare)
Nickerson, DA (författare)
Campbell, PT (författare)
Gunter, MJ (författare)
Hsu, L (författare)
Moreno, V (författare)
Rennert, G (författare)
Vodickova, L (författare)
Casey, G (författare)
Kang, HM (författare)
Gallinger, SJ (författare)
Li, CI (författare)
Bishop, DT (författare)
Milne, RL (författare)
Potter, JD (författare)
Bézieau, S (författare)
Chanock, SJ (författare)
Pearlman, R (författare)
Chapelle, A (författare)
van Duijnhoven, FJB (författare)
Wang, X (författare)
Yuan, Y (författare)
Pharoah, PDP (författare)
Zheng, W (författare)
Chan, AT (författare)
Su, YR (författare)
Goodman, PJ (författare)
Feskens, EJM (författare)
Lin, W (författare)
Long, J (författare)
Lindor, N (författare)
Harrison, T (författare)
Conti, DV (författare)
Berndt, SI (författare)
Cho, SH (författare)
Gsur, A (författare)
Kampman, E (författare)
Sakoda, LC (författare)
Guinter, M (författare)
White, E (författare)
Bien, S (författare)
Albanes, D (författare)
Schafmayer, C (författare)
Abecasis, GR (författare)
visa färre...
 (creator_code:org_t)
2020
2020
Engelska.
Ingår i: Gastroenterology. - 0016-5085 .- 1528-0012.
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • BACKGROUND AND AIMS: Susceptibility genes and the underlying mechanisms for the majority of risk loci identified by genome-wide association studies (GWAS) for colorectal cancer (CRC) risk remain largely unknown. We conducted a transcriptome-wide association study (TWAS) to identify putative susceptibility genes.METHODS: Gene-expression prediction models were built using transcriptome and genetic data from the 284 normal transverse colon tissues of European descendants from the Genotype-Tissue Expression (GTEx), and model performance was evaluated using data from The Cancer Genome Atlas (n = 355). We applied the gene-expression prediction models and GWAS data to evaluate associations of genetically predicted gene-expression with CRC risk in 58,131 CRC cases and 67,347 controls of European ancestry. Dual-luciferase reporter assays and knockdown experiments in CRC cells and tumor xenografts were conducted.RESULTS: We identified 25 genes associated with CRC risk at a Bonferroni-corrected threshold of P < 9.1 × 10-6, including genes in 4 novel loci, PYGL (14q22.1), RPL28 (19q13.42), CAPN12 (19q13.2), MYH7B (20q11.22), and MAP1L3CA (20q11.22). In 9 known GWAS-identified loci, we uncovered 9 genes that have not been reported previously, whereas 4 genes remained statistically significant after adjusting for the lead risk variant of the locus. Through colocalization analysis in GWAS loci, we additionally identified 12 putative susceptibility genes that were supported by TWAS analysis at P < .01. We showed that risk allele of the lead risk variant rs1741640 affected the promoter activity of CABLES2. Knockdown experiments confirmed that CABLES2 plays a vital role in colorectal carcinogenesis.CONCLUSIONS: Our study reveals new putative susceptibility genes and provides new insight into the biological mechanisms underlying CRC development.

Nyckelord

CABLES2.
Colorectal Cancer
Susceptibility Genes
TWAS

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...
Guo, Xingyi
Lin, Weiqiang
Wen, Wanqing
Huyghe, Jeroen
Bien, Stephanie
Cai, Qiuyin
visa fler...
Harrison, Tabith ...
Chen, Zhishan
Qu, Conghui
Bao, Jiandong
Long, Jirong
Yuan, Yuan
Wang, Fangqin
Bai, Mengqiu
Abecasis, Goncal ...
Albanes, Demetri ...
Berndt, Sonja I
Bézieau, Stéphan ...
Bishop, D Timoth ...
Brenner, Hermann
Buch, Stephan
Burnett-Hartman, ...
Campbell, Peter ...
Castellví-Bel, S ...
Chan, Andrew T
Chang-Claude, Je ...
Chanock, Stephen ...
Cho, Sang Hee
Conti, David V
Chapelle, Albert ...
Feskens, Edith J ...
Gallinger, Steve ...
Giles, Graham G
Goodman, Phyllis ...
Gsur, Andrea
Guinter, Mark
Gunter, Marc J
Hampe, Jochen
Hampel, Heather
Hayes, Richard B
Hoffmeister, Mic ...
Kampman, Ellen
Kang, Hyun Min
Keku, Temitope O
Kim, Hyeong Rok
Le Marchand, Loi ...
Lee, Soo Chin
Li, Christopher ...
Li, Li
Lindblom, Annika
Lindor, Noralane
Milne, Roger L
Moreno, Victor
Murphy, Neil
Newcomb, Polly A
Nickerson, Debor ...
Offit, Kenneth
Pearlman, Rachel
Pharoah, Paul D ...
Platz, Elizabeth ...
Potter, John D
Rennert, Gad
Sakoda, Lori C
Schafmayer, Clem ...
Schmit, Stephani ...
Schoen, Robert E
Schumacher, Fred ...
Slattery, Martha ...
Su, Yu-Ru
Tangen, Catherin ...
Ulrich, Cornelia ...
van Duijnhoven, ...
Van Guelpen, Bet ...
Visvanathan, Kal ...
Vodicka, Pavel
Vodickova, Ludmi ...
Vymetalkova, Ver ...
Wang, Xiaolong
White, Emily
Wolk, Alicja
Woods, Michael O
Casey, Graham
Hsu, Li
Jenkins, Mark A
Gruber, Stephen ...
Peters, Ulrike
Zheng, Wei
Gruber, SB
Vymetalkova, V
Slattery, ML
Hoffmeister, M
Huyghe, J
Wen, W
Brenner, H
Vodicka, P
Bao, J
Hampel, H
Keku, TO
Schmit, SL
Visvanathan, K
Kim, HR
Tangen, CM
Li, L
Jenkins, MA
Offit, K
Bai, M
Burnett-Hartman, ...
Schumacher, FR
Guo, X
Van Guelpen, B
Lindblom, A
Wolk, A
Platz, EA
Castellví-Bel, S
Murphy, N
Newcomb, PA
Buch, S
Cai, Q
Giles, GG
Hampe, J
Chang-Claude, J
Woods, MO
Schoen, RE
Le Marchand, L
Peters, U
Chen, Z
Wang, F
Hayes, RB
Lee, SC
Ulrich, CM
Qu, C
Nickerson, DA
Campbell, PT
Gunter, MJ
Hsu, L
Moreno, V
Rennert, G
Vodickova, L
Casey, G
Kang, HM
Gallinger, SJ
Li, CI
Bishop, DT
Milne, RL
Potter, JD
Bézieau, S
Chanock, SJ
Pearlman, R
Chapelle, A
van Duijnhoven, ...
Wang, X
Yuan, Y
Pharoah, PDP
Zheng, W
Chan, AT
Su, YR
Goodman, PJ
Feskens, EJM
Lin, W
Long, J
Lindor, N
Harrison, T
Conti, DV
Berndt, SI
Cho, SH
Gsur, A
Kampman, E
Sakoda, LC
Guinter, M
White, E
Bien, S
Albanes, D
Schafmayer, C
Abecasis, GR
visa färre...
Artiklar i publikationen
Gastroenterology
Av lärosätet
Uppsala universitet
Karolinska Institutet

Sök utanför SwePub

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy