SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:lup.lub.lu.se:0049b0ec-50dd-4b0b-9655-3900f6b78258"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:lup.lub.lu.se:0049b0ec-50dd-4b0b-9655-3900f6b78258" > A fast and scalable...

A fast and scalable kymograph alignment algorithm for nanochannel-based optical DNA mappings.

Noble, Charleston (författare)
Lund University,Lunds universitet,Fasta tillståndets fysik,Fysiska institutionen,Institutioner vid LTH,Lunds Tekniska Högskola,Beräkningsbiologi och biologisk fysik,Institutionen för astronomi och teoretisk fysik,Naturvetenskapliga fakulteten,Solid State Physics,Department of Physics,Departments at LTH,Faculty of Engineering, LTH,Computational Biology and Biological Physics,Department of Astronomy and Theoretical Physics,Faculty of Science
Nilsson, Adam (författare)
Lund University,Lunds universitet,Atomfysik,Fysiska institutionen,Institutioner vid LTH,Lunds Tekniska Högskola,Atomic Physics,Department of Physics,Departments at LTH,Faculty of Engineering, LTH
Freitag, Camilla (författare)
Gothenburg University,Göteborgs universitet,University of Gothenburg,Lund University,Institutionen för fysik (GU),Department of Physics (GU)
visa fler...
Beech, Jason (författare)
Lund University,Lunds universitet,Fasta tillståndets fysik,Fysiska institutionen,Institutioner vid LTH,Lunds Tekniska Högskola,Solid State Physics,Department of Physics,Departments at LTH,Faculty of Engineering, LTH
Tegenfeldt, Jonas (författare)
Lund University,Lunds universitet,Fasta tillståndets fysik,Fysiska institutionen,Institutioner vid LTH,Lunds Tekniska Högskola,Solid State Physics,Department of Physics,Departments at LTH,Faculty of Engineering, LTH
Ambjörnsson, Tobias (författare)
Lund University,Lunds universitet,Beräkningsbiologi och biologisk fysik,Institutionen för astronomi och teoretisk fysik,Naturvetenskapliga fakulteten,Computational Biology and Biological Physics,Department of Astronomy and Theoretical Physics,Faculty of Science
Ambjörnsson, T. (författare)
Beech, J. P. (författare)
Tegenfeldt, J. O. (författare)
Noble, C. (författare)
Nilsson, A. N. (författare)
visa färre...
 (creator_code:org_t)
 
visa fler...
 
visa färre...
Public Library of Science, 2015
2015
Engelska.
Ingår i: PLoS ONE. - : Public Library of Science. - 1932-6203. ; 10:4
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • Optical mapping by direct visualization of individual DNA molecules, stretched in nanochannels with sequence-specific fluorescent labeling, represents a promising tool for disease diagnostics and genomics. An important challenge for this technique is thermal motion of the DNA as it undergoes imaging; this blurs fluorescent patterns along the DNA and results in information loss. Correcting for this effect (a process referred to as kymograph alignment) is a common preprocessing step in nanochannel-based optical mapping workflows, and we present here a highly efficient algorithm to accomplish this via pattern recognition. We compare our method with the one previous approach, and we find that our method is orders of magnitude faster while producing data of similar quality. We demonstrate proof of principle of our approach on experimental data consisting of melt mapped bacteriophage DNA.

Ämnesord

NATURVETENSKAP  -- Fysik -- Den kondenserade materiens fysik (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Physical Sciences -- Condensed Matter Physics (hsv//eng)
NATURVETENSKAP  -- Biologi -- Biofysiks (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Biophysics (hsv//eng)
NATURVETENSKAP  -- Fysik (hsv//swe)
NATURVETENSKAP  -- Biologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Physical Sciences (hsv//eng)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences (hsv//eng)

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

  • PLoS ONE (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy