SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:lup.lub.lu.se:70f79305-f522-4a74-b74b-4d7a566620c6"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:lup.lub.lu.se:70f79305-f522-4a74-b74b-4d7a566620c6" > Retrospective evalu...

Retrospective evaluation of whole exome and genome mutation calls in 746 cancer samples

Bailey, Matthew H. (författare)
Washington University in St. Louis
Meyerson, William U. (författare)
Yale University
Dursi, Lewis Jonathan (författare)
Hospital for Sick Children, Toronto,Ontario Institute for Cancer Research
visa fler...
Wang, Liang Bo (författare)
Washington University in St. Louis
Dong, Guanlan (författare)
Washington University in St. Louis
Liang, Wen Wei (författare)
Washington University in St. Louis
Weerasinghe, Amila (författare)
Washington University in St. Louis
Li, Shantao (författare)
Yale University
Kelso, Sean (författare)
Washington University in St. Louis
Saksena, Gordon (författare)
Broad Institute
Ellrott, Kyle (författare)
Oregon Health & Science University
Wendl, Michael C. (författare)
Washington University in St. Louis
Wheeler, David A. (författare)
Baylor College of Medicine
Getz, Gad (författare)
Massachusetts General Hospital,Broad Institute,Harvard Medical School
Simpson, Jared T. (författare)
Ontario Institute for Cancer Research
Gerstein, Mark B. (författare)
Yale University
Ding, Li (författare)
Washington University in St. Louis
Akbani, Rehan (författare)
University of Texas
Anur, Pavana (författare)
Oregon Health & Science University
Buchanan, Alex (författare)
Oregon Health & Science University
Chiotti, Kami (författare)
Oregon Health & Science University
Covington, Kyle (författare)
Baylor College of Medicine
Creason, Allison (författare)
Oregon Health & Science University
Fan, Yu (författare)
University of Texas
Foltz, Steven (författare)
Washington University in St. Louis
Hale, Walker (författare)
Baylor College of Medicine
Haussler, David (författare)
University of California, Santa Cruz
Hess, Julian M. (författare)
Broad Institute,Massachusetts General Hospital
Hutter, Carolyn M. (författare)
National Human Genome Research Institute
Kandoth, Cyriac (författare)
Memorial Sloan-Kettering Cancer Center
Kasaian, Katayoon (författare)
British Columbia Cancer Agency,Ontario Institute for Cancer Research
Kasapi, Melpomeni (författare)
National Human Genome Research Institute
Borg, Ake (författare)
Lund University,Lunds universitet,Bröstcancer-genetik,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Familjär bröstcancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC - Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Breastcancer-genetics,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,Familial Breast Cancer,Lund University Research Groups,LUCC - Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments
Davis, Ian J. (författare)
University of North Carolina
Ehinger, Anna (författare)
Lund University,Lunds universitet,Avdelningen för translationell cancerforskning,Institutionen för laboratoriemedicin,Medicinska fakulteten,Division of Translational Cancer Research,Department of Laboratory Medicine,Faculty of Medicine
Glodzik, Dominik (författare)
Wellcome Trust Sanger Institute
Grabau, Dorthe (författare)
Skåne University Hospital
Huang, Mi Ni (författare)
Duke–NUS Medical School
Johansson, Peter A. (författare)
QIMR Berghofer Medical Research Institute
Larsson, Erik (författare)
University of Gothenburg
Li, Chang (författare)
Beijing Genomics Institute,China National Genebank
Li, Jun (författare)
University of Texas
Möller, Peter (författare)
University Hospital of Ulm
Ringnér, Markus (författare)
Lund University,Lunds universitet,Molekylär cellbiologi,Biologiska institutionen,Naturvetenskapliga fakulteten,Molecular Cell Biology,Department of Biology,Faculty of Science
Song, Lei (författare)
National Cancer Institute, USA
Staaf, Johan (författare)
Lund University,Lunds universitet,Bröstcancer-genetik,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,LUCC - Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Bröst/lungcancer,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Breastcancer-genetics,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,LUCC - Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Breast/lungcancer,Department of Clinical Sciences, Lund
Wang, Jian (författare)
Beijing Genomics Institute
Wang, Qi (författare)
German Cancer Research Centre
Wright, Derek W. (författare)
Glasgow Royal Infirmary
Yang, Yang (författare)
University of Texas
Zhang, Fan (författare)
Peking University
Zhang, Jing (författare)
Yale University
Zhang, Yan (författare)
Yale University,Ohio State University
Li, Yize (författare)
Simpson, Jared T (författare)
Wadelius, Claes, 1955- (författare)
Uppsala universitet,Medicinsk genetik och genomik,Wadelius
Wheeler, David A (författare)
Liang, Wen-Wei (författare)
Wang, Liang-Bo (författare)
Wendl, Michael C (författare)
Bailey, Matthew H (författare)
Meyerson, William U (författare)
Gerstein, Mark B (författare)
Dong, GL (författare)
Ding, L (författare)
Li, ST (författare)
Gerstein, MB (författare)
Weerasinghe, A (författare)
Meyerson, WU (författare)
Li, YZ (författare)
Simpson, JT (författare)
Wheeler, DA (författare)
Bailey, MH (författare)
Wang, LB (författare)
Dursi, LJ (författare)
Wendl, MC (författare)
Saksena, G (författare)
Liang, WW (författare)
Ellrott, K (författare)
Getz, G (författare)
Kelso, S (författare)
visa färre...
Washington University in St Louis Yale University (creator_code:org_t)
 
visa fler...
 
 
visa färre...
Nature Publishing Group, 2020
2020
Engelska.
Ingår i: Nature Communications. - : Nature Publishing Group. - 2041-1723. ; 11:1
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • The Cancer Genome Atlas (TCGA) and International Cancer Genome Consortium (ICGC) curated consensus somatic mutation calls using whole exome sequencing (WES) and whole genome sequencing (WGS), respectively. Here, as part of the ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium, which aggregated whole genome sequencing data from 2,658 cancers across 38 tumour types, we compare WES and WGS side-by-side from 746 TCGA samples, finding that ~80% of mutations overlap in covered exonic regions. We estimate that low variant allele fraction (VAF < 15%) and clonal heterogeneity contribute up to 68% of private WGS mutations and 71% of private WES mutations. We observe that ~30% of private WGS mutations trace to mutations identified by a single variant caller in WES consensus efforts. WGS captures both ~50% more variation in exonic regions and un-observed mutations in loci with variable GC-content. Together, our analysis highlights technological divergences between two reproducible somatic variant detection efforts.

Ämnesord

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Klinisk medicin -- Cancer och onkologi (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Clinical Medicine -- Cancer and Oncology (hsv//eng)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Medicinsk genetik (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Basic Medicine -- Medical Genetics (hsv//eng)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper (hsv//swe)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Klinisk medicin (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Basic Medicine (hsv//eng)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Clinical Medicine (hsv//eng)

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...
Bailey, Matthew ...
Meyerson, Willia ...
Dursi, Lewis Jon ...
Wang, Liang Bo
Dong, Guanlan
Liang, Wen Wei
visa fler...
Weerasinghe, Ami ...
Li, Shantao
Kelso, Sean
Saksena, Gordon
Ellrott, Kyle
Wendl, Michael C ...
Wheeler, David A ...
Getz, Gad
Simpson, Jared T ...
Gerstein, Mark B ...
Ding, Li
Akbani, Rehan
Anur, Pavana
Buchanan, Alex
Chiotti, Kami
Covington, Kyle
Creason, Allison
Fan, Yu
Foltz, Steven
Hale, Walker
Haussler, David
Hess, Julian M.
Hutter, Carolyn ...
Kandoth, Cyriac
Kasaian, Katayoo ...
Kasapi, Melpomen ...
Borg, Ake
Davis, Ian J.
Ehinger, Anna
Glodzik, Dominik
Grabau, Dorthe
Huang, Mi Ni
Johansson, Peter ...
Larsson, Erik
Li, Chang
Li, Jun
Möller, Peter
Ringnér, Markus
Song, Lei
Staaf, Johan
Wang, Jian
Wang, Qi
Wright, Derek W.
Yang, Yang
Zhang, Fan
Zhang, Jing
Zhang, Yan
Li, Yize
Simpson, Jared T
Wadelius, Claes, ...
Wheeler, David A
Wendl, Michael C
Bailey, Matthew ...
Meyerson, Willia ...
Gerstein, Mark B
Dong, GL
Ding, L
Li, ST
Gerstein, MB
Weerasinghe, A
Meyerson, WU
Li, YZ
Simpson, JT
Wheeler, DA
Bailey, MH
Wang, LB
Dursi, LJ
Wendl, MC
Saksena, G
Liang, WW
Ellrott, K
Getz, G
Kelso, S
visa färre...
Om ämnet
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
MEDICIN OCH HÄLS ...
och Klinisk medicin
och Cancer och onkol ...
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
MEDICIN OCH HÄLS ...
och Medicinska och f ...
och Medicinsk geneti ...
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
MEDICIN OCH HÄLS ...
och Medicinska och f ...
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
MEDICIN OCH HÄLS ...
och Klinisk medicin
Artiklar i publikationen
Nature Communica ...
Av lärosätet
Lunds universitet
Uppsala universitet

Sök utanför SwePub

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy