SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:lup.lub.lu.se:be4adfa3-d184-4211-b54f-78bbcd74c605"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:lup.lub.lu.se:be4adfa3-d184-4211-b54f-78bbcd74c605" > Transcriptome-wide ...

Transcriptome-wide association study reveals candidate causal genes for lung cancer

Bosse, Yohan (författare)
Li, Zhonglin (författare)
Xia, Jun (författare)
visa fler...
Manem, Venkata (författare)
Carreras-Torres, Robert (författare)
Gabriel, Aurelie (författare)
Gaudreault, Nathalie (författare)
Albanes, Demetrius (författare)
Aldrich, Melinda C. (författare)
Andrew, Angeline (författare)
Arnold, Susanne (författare)
Bickeboeller, Heike (författare)
Bojesen, Stig E. (författare)
Brennan, Paul (författare)
Brunnstrom, Hans (författare)
Caporaso, Neil (författare)
Chen, Chu (författare)
Christiani, David C. (författare)
Field, John K. (författare)
Goodman, Gary (författare)
Grankvist, Kjell, (författare)
Umeå universitet, Institutionen för medicinsk biovetenskap
Houlston, Richard (författare)
Johansson, Mattias (författare)
Johansson, Mikael, (författare)
Umeå universitet, Institutionen för strålningsvetenskaper
Kiemeney, Lambertus A. (författare)
Lam, Stephen (författare)
Landi, Maria T. (författare)
Lazarus, Philip (författare)
Le Marchand, Loic (författare)
Liu, Geoffrey (författare)
Melander, Olle (författare)
Rennert, Gadi (författare)
Risch, Angela (författare)
Rosenberg, Susan M. (författare)
Schabath, Matthew B. (författare)
Shete, Sanjay (författare)
Song, Zhuoyi (författare)
Stevens, Victoria L. (författare)
Tardon, Adonina (författare)
Wichmann, H-Erich (författare)
Woll, Penella (författare)
Zienolddiny, Shan (författare)
Obeidat, Ma'en (författare)
Timens, Wim (författare)
Hung, Rayjean J. (författare)
Joubert, Philippe (författare)
Amos, Christopher I. (författare)
McKay, James D. (författare)
Bossé, Yohan, (författare)
Laval University, Institut universitaire de cardiologie et de pneumologie de Québec
Bickeböller, Heike, (författare)
University Medical Center Göttingen
visa färre...
Umeå universitet Medicinska fakulteten. Institutionen för medicinsk biovetenskap. (creator_code:org_t)
Umeå universitet Medicinska fakulteten. Institutionen för strålningsvetenskaper. (creator_code:org_t)
visa fler...
Lunds universitet Förbättrad diagnostik och prognostik vid lungcancer och metastaser till lunga. (creator_code:org_t)
Lunds universitet BioCARE: Biomarkers in Cancer Medicine improving Health Care, Education and Innovation. (creator_code:org_t)
Lunds universitet EXODIAB: Excellence in Diabetes Research in Sweden. (creator_code:org_t)
Lunds universitet EpiHealth: Epidemiology for Health. (creator_code:org_t)
Lunds universitet Kardiovaskulär forskning - hypertoni. (creator_code:org_t)
visa färre...
2020
Engelska 17 s.
Ingår i: International Journal of Cancer. - John Wiley & Sons. - 0020-7136. ; 146:7, s. 1862-1878
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • We have recently completed the largest GWAS on lung cancer including 29,266 cases and 56,450 controls of European descent. The goal of our study has been to integrate the complete GWAS results with a large-scale expression quantitative trait loci (eQTL) mapping study in human lung tissues (n = 1,038) to identify candidate causal genes for lung cancer. We performed transcriptome-wide association study (TWAS) for lung cancer overall, by histology (adenocarcinoma, squamous cell carcinoma and small cell lung cancer) and smoking subgroups (never- and ever-smokers). We performed replication analysis using lung data from the Genotype-Tissue Expression (GTEx) project. DNA damage assays were performed in human lung fibroblasts for selected TWAS genes. As expected, the main TWAS signal for all histological subtypes and ever-smokers was on chromosome 15q25. The gene most strongly associated with lung cancer at this locus using the TWAS approach was IREB2 (pTWAS = 1.09E−99), where lower predicted expression increased lung cancer risk. A new lung adenocarcinoma susceptibility locus was revealed on 9p13.3 and associated with higher predicted expression of AQP3 (pTWAS = 3.72E−6). Among the 45 previously described lung cancer GWAS loci, we mapped candidate target gene for 17 of them. The association AQP3-adenocarcinoma on 9p13.3 was replicated using GTEx (pTWAS = 6.55E−5). Consistent with the effect of risk alleles on gene expression levels, IREB2 knockdown and AQP3 overproduction promote endogenous DNA damage. These findings indicate genes whose expression in lung tissue directly influences lung cancer risk.

Ämnesord

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Klinisk medicin -- Cancer och onkologi (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Clinical Medicine -- Cancer and Oncology (hsv//eng)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Medicinska grundvetenskaper -- Medicinsk genetik (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Basic Medicine -- Medical Genetics (hsv//eng)

Nyckelord

lung cancer
transcriptome-wide association study
GWAS
lung eQTL

Publikations- och innehållstyp

art (ämneskategori)
ref (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy