SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:lup.lub.lu.se:be4adfa3-d184-4211-b54f-78bbcd74c605"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:lup.lub.lu.se:be4adfa3-d184-4211-b54f-78bbcd74c605" > Transcriptome-wide ...

Transcriptome-wide association study reveals candidate causal genes for lung cancer

Bossé, Yohan (författare)
Institut universitaire de cardiologie et de pneumologie de Québec,Laval University
Li, Zhonglin (författare)
Laval University,Institut universitaire de cardiologie et de pneumologie de Québec
Xia, Jun (författare)
Baylor College of Medicine
visa fler...
Manem, Venkata (författare)
Institut universitaire de cardiologie et de pneumologie de Québec,Laval University
Carreras-Torres, Robert (författare)
International Agency for Research on Cancer, World Health Organization
Gabriel, Aurélie (författare)
International Agency for Research on Cancer, World Health Organization
Gaudreault, Nathalie (författare)
Institut universitaire de cardiologie et de pneumologie de Québec,Laval University
Albanes, Demetrius (författare)
National Cancer Institute, NCI
Aldrich, Melinda C. (författare)
Vanderbilt University Medical Center
Andrew, Angeline (författare)
Dartmouth-Hitchcock Medical Center
Arnold, Susanne (författare)
University of Kentucky
Bickeböller, Heike (författare)
University Medical Center Göttingen
Bojesen, Stig E. (författare)
Copenhagen University Hospital
Brennan, Paul (författare)
International Agency for Research on Cancer, World Health Organization
Brunnstrom, Hans (författare)
Lund University,Lunds universitet,Förbättrad diagnostik och prognostik vid lungcancer och metastaser till lunga,Forskargrupper vid Lunds universitet,Improved diagnostics and prognostics of lung cancer and metastases to the lungs,Lund University Research Groups
Caporaso, Neil (författare)
National Cancer Institute, NCI
Chen, Chu (författare)
Fred Hutchinson Cancer Research Center
Christiani, David C. (författare)
Harvard University
Field, John K. (författare)
University of Liverpool
Goodman, Gary (författare)
Swedish Medical Center
Grankvist, Kjell (författare)
Umeå universitet,Umeå University,Institutionen för medicinsk biovetenskap
Houlston, Richard (författare)
Institute of Cancer Research London
Johansson, Mattias (författare)
International Agency for Research on Cancer, World Health Organization
Johansson, Mikael (författare)
Umeå universitet,Umeå University,Institutionen för strålningsvetenskaper
Kiemeney, Lambertus A. (författare)
Radboud University Medical Center
Lam, Stephen (författare)
British Columbia Cancer Agency
Landi, Maria T. (författare)
National Cancer Institute, NCI
Lazarus, Philip (författare)
Washington State University
Le Marchand, Loic (författare)
University of Hawaii Cancer Center
Liu, Geoffrey (författare)
Princess Margaret Hospital University of Toronto
Melander, Olle (författare)
Lund University,Lunds universitet,Kardiovaskulär forskning - hypertoni,Forskargrupper vid Lunds universitet,Cardiovascular Research - Hypertension,Lund University Research Groups
Rennert, Gadi (författare)
Carmel Medical Center
Risch, Angela (författare)
University of Salzburg
Rosenberg, Susan M. (författare)
Baylor College of Medicine
Schabath, Matthew B. (författare)
H. Lee Moffitt Cancer Center & Research Institute
Shete, Sanjay (författare)
University of Texas
Song, Zhuoyi (författare)
Baylor College of Medicine
Stevens, Victoria L. (författare)
American Cancer Society
Tardon, Adonina (författare)
University of Oviedo
Wichmann, H. Erich (författare)
Helmholtz Zentrum München
Woll, Penella (författare)
University of Sheffield
Zienolddiny, Shan (författare)
National Institute of Occupational Health, Norway
Obeidat, Ma'en (författare)
St. Paul’s Hospital,University of British Columbia
Timens, Wim (författare)
University Medical Center Groningen
Hung, Rayjean J. (författare)
Sinai Health System
Joubert, Philippe (författare)
Laval University,Institut universitaire de cardiologie et de pneumologie de Québec
Amos, Christopher I. (författare)
Baylor College of Medicine
McKay, James D. (författare)
International Agency for Research on Cancer, World Health Organization
Bickeboeller, Heike (författare)
Bosse, Yohan (författare)
Wichmann, H-Erich (författare)
Gabriel, Aurelie (författare)
visa färre...
 (creator_code:org_t)
John Wiley and Sons Inc. 2020-04-01
Engelska 17 s.
Ingår i: International Journal of Cancer. - : John Wiley and Sons Inc.. - 0020-7136 .- 1097-0215. ; 146:7, s. 1862-1878
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • We have recently completed the largest GWAS on lung cancer including 29,266 cases and 56,450 controls of European descent. The goal of our study has been to integrate the complete GWAS results with a large-scale expression quantitative trait loci (eQTL) mapping study in human lung tissues (n = 1,038) to identify candidate causal genes for lung cancer. We performed transcriptome-wide association study (TWAS) for lung cancer overall, by histology (adenocarcinoma, squamous cell carcinoma and small cell lung cancer) and smoking subgroups (never- and ever-smokers). We performed replication analysis using lung data from the Genotype-Tissue Expression (GTEx) project. DNA damage assays were performed in human lung fibroblasts for selected TWAS genes. As expected, the main TWAS signal for all histological subtypes and ever-smokers was on chromosome 15q25. The gene most strongly associated with lung cancer at this locus using the TWAS approach was IREB2 (pTWAS = 1.09E−99), where lower predicted expression increased lung cancer risk. A new lung adenocarcinoma susceptibility locus was revealed on 9p13.3 and associated with higher predicted expression of AQP3 (pTWAS = 3.72E−6). Among the 45 previously described lung cancer GWAS loci, we mapped candidate target gene for 17 of them. The association AQP3-adenocarcinoma on 9p13.3 was replicated using GTEx (pTWAS = 6.55E−5). Consistent with the effect of risk alleles on gene expression levels, IREB2 knockdown and AQP3 overproduction promote endogenous DNA damage. These findings indicate genes whose expression in lung tissue directly influences lung cancer risk.

Ämnesord

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Medicinsk genetik (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Basic Medicine -- Medical Genetics (hsv//eng)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Klinisk medicin -- Cancer och onkologi (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Clinical Medicine -- Cancer and Oncology (hsv//eng)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper (hsv//swe)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Klinisk medicin (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Basic Medicine (hsv//eng)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Clinical Medicine (hsv//eng)

Nyckelord

GWAS
lung cancer
lung eQTL
transcriptome-wide association study
lung cancer

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Sök utanför SwePub

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy