SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:research.chalmers.se:155388"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:research.chalmers.se:155388" > A single-step compe...

A single-step competitive binding assay for mapping of single DNA molecules

Nyberg, Lena K. (författare)
Persson, Fredrik, (författare)
Uppsala universitet, Beräknings- och systembiologi
Berg, Johan (författare)
visa fler...
Bergstrom, Johanna (författare)
Fransson, Emelie (författare)
Olsson, Linnea (författare)
Persson, Moa (författare)
Stalnacke, Antti (författare)
Wigenius, Jens (författare)
Tegenfeldt, Jonas O. (författare)
Westerlund, Fredrik (författare)
Bergström, Johanna, 1988- (författare)
visa färre...
Uppsala universitet Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Biologiska sektionen. Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Beräknings- och systembiologi. (creator_code:org_t)
Lunds universitet Fasta tillståndets fysik. (creator_code:org_t)
visa fler...
Göteborgs universitet Naturvetenskapliga fakulteten. Institutionen för fysik (GU). 
visa färre...
2012
Engelska.
Ingår i: Biochemical and Biophysical Research Communications. - 0006-291X. ; 417:1, s. 404-408
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • Optical mapping of genomic DNA is of relevance for a plethora of applications such as scaffolding for sequencing and detection of structural variations as well as identification cif pathogens like bacteria and viruses. For future clinical applications it is desirable to have a fast and robust mapping method based on as few steps as possible. We here demonstrate a single-step method to obtain a DNA barcode that is directly visualized using nanofluidic devices and fluorescence microscopy. Using a mixture of YOYO-1, a bright DNA dye, and netropsin, a natural antibiotic with very high AT specificity, we obtain a DNA map with a fluorescence intensity profile along the DNA that reflects the underlying sequence. The netropsin binds to AT-tetrads and blocks these binding sites from YOYO-1 binding which results in lower fluorescence intensity from AT-rich regions of the DNA. We thus obtain a DNA barcode that is dark in AT-rich regions and bright in GC-rich regions with kilobasepair resolution. We demonstrate the versatility of the method by obtaining a barcode on DNA from the phage T4 that captures its circular permutation and agrees well with its known sequence.

Ämnesord

NATURVETENSKAP  (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  (hsv//eng)
NATURVETENSKAP  -- Biologiska vetenskaper (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences (hsv//eng)
NATURVETENSKAP  -- Kemi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Chemical Sciences (hsv//eng)
NATURVETENSKAP  -- Biologiska vetenskaper -- Biokemi och molekylärbiologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Biochemistry and Molecular Biology (hsv//eng)

Nyckelord

DNA mapping
Nanofluidic. channels
Competitive assay
Single DNA molecules
Fluorescence microscopy
Single DNA
molecules
double-stranded dna
restriction maps
netropsin
distamycin
resolution
complexes
channels
dyes

Publikations- och innehållstyp

art (ämneskategori)
ref (ämneskategori)
 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy