| 1. |
- Helander, Björn, et al.
(författare)
-
Rapportering från undersökning av trofinivå hos havsörn - stabila isotoper och miljögifter : Överenskommelse Nr 2213-13-029
- 2016
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Höga koncentrationer av PCB och DDE har konstaterats i ägg från fem havsörnshonor vid Norrlands-kusten. Möjliga förklaringar kan vara regional förorening, eller att vissa örnar lever på en högre nivå i en näringskedja där koncentrationerna ökar i varje steg. Denna rapport redovisar resultat från analyser av PCB, DDE, HCB och stabila isotoper (SI) (δ15N, δ13C) i muskel från fiskar (fyra lokaler), skarvar (tre lokaler), ägg från skarv (tre lokaler) och havsörn (två lokaler) i Västernorrlands län, och SI i ägg och fjädrar från havsörn i olika biotoper vid Östersjökusten. PCB, DDE, HCB i fiskar visade inte påtagligt högre koncentrationer än vad som rapporterats från Norrlandskusten i övrigt, men hade högre värden för PCB och HCB än vid Kvädöfjärden, Holmöarna och Örefjärden, som används som referenslokaler längs Östersjökusten inom den nationella miljöövervakningen. Koncentrationerna i muskel från skarvungar jämfört med muskel från abborre på lipidbasis var ca 3-7 ggr högre för DDE och upp till två resp. tre ggr högre för HCB och PCB (CB-153). I skarvägg jämfört med abborre var förhöjningen av koncentrationer 30-400 ggr för DDE, 30-140 ggr för PCB och 7-30 ggr för HCB. Koncentrationer av DDE och PCB (CB-153) i de högbelastade havsörnsäggen från Västernorrland var 20 respektive 40 ggr högre än i skarväggen. Hos havsörn ses en tydlig trend för både ägg och fjädrar för δ13C, som blir tyngre ju mer marin fyndplatsen antagits vara, men ingen trend för δ15N. En stegvis ökning ses för δ15N i muskelprover från olika fiskar till skarvungar och skarvägg, dock inte vidare till havsörnsägg, men däremot till havsörnsfjädrar. Avsaknaden av skillnad i δ15N mellan skarv- och havsörnsägg indikerar att de inte är jämförbara med avseende på trofiska nivåer. Statistiskt signifikanta men relativt svaga samband ses mellan koncentrationer av DDE och PCB och δ15N i hela materialet av havsörnsägg. Havsörn är på högre trofisk nivå än skarv men δ15N i örnäggen som läggs redan i mars avspeglar troligen ett inslag av däggdjurskadaver under vintern, medan fjädrarna avspeglar sommarfödan (mest fisk och fågel). Möjligheten kvarstår att högre miljögiftshalter i äggen hos vissa havsörnar kan bero på högre trofisk nivå men detta bör undersökas på fjädrar.
|
|
| 2. |
- Schoch, Conrad L., et al.
(författare)
-
Finding needles in haystacks: linking scientific names, reference specimens and molecular data for Fungi
- 2014
-
Ingår i: Database: The Journal of Biological Databases and Curation. - : Oxford University Press (OUP). - 1758-0463. ; 2014:bau061, s. 1-21
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- DNA phylogenetic comparisons have shown that morphology-based species recognition often underestimates fungal diversity. Therefore, the need for accurate DNA sequence data, tied to both correct taxonomic names and clearly annotated specimen data, has never been greater. Furthermore, the growing number of molecular ecology and microbiome projects using high-throughput sequencing require fast and effective methods for en masse species assignments. In this article, we focus on selecting and re-annotating a set of marker reference sequences that represent each currently accepted order of Fungi. The particular focus is on sequences from the internal transcribed spacer region in the nuclear ribosomal cistron, derived from type specimens and/or ex-type cultures. Re-annotated and verified sequences were deposited in a curated public database at the National Center for Biotechnology Information (NCBI), namely the RefSeq Targeted Loci (RTL) database, and will be visible during routine sequence similarity searches with NR_prefixed accession numbers. A set of standards and protocols is proposed to improve the data quality of new sequences, and we suggest how type and other reference sequences can be used to improve identification of Fungi.
|
|
| 3. |
- Hoffman, Tove, et al.
(författare)
-
Association between guilds of birds in the African-Western Palaearctic region and the tick species Hyalomma rufipes, one of the main vectors of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus.
- 2022
-
Ingår i: Microorganisms. - : MDPI AG. - 2076-2607. ; 10
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- The migratory behavior of wild birds contributes to the geographical spread of ticks and their microorganisms. In this study, we aimed to investigate the dispersal and co-occurrence of Francisella and spotted fever group Rickettsia (SFGR) in ticks infesting birds migrating northward in the African-Western Palaearctic region (AWPR). Birds were trapped with mist nests across the Mediterranean basin during the 2014 and 2015 spring migration. In total, 575 ticks were collected from 244 birds. We screened the ticks for the species Francisella tularensis, the genus Francisella, and SFGR by microfluidic real-time PCR. Confirmatory analyses and metagenomic sequencing were performed on tick samples that putatively tested positive for F. tularensis during initial screenings. Hyalomma rufipes was the most common tick species and had a high prevalence of Francisella, including co-occurrence of Francisella and SFGR. Metagenomic analysis of total DNA extracted from two H. rufipes confirmed the presence of Francisella, Rickettsia, and Midichloria. Average nucleotide identity and phylogenetic inference indicated the highest identity of the metagenome-assembled genomes to a Francisella-like endosymbiont (FLE), Rickettsia aeschlimannii, and Midichloria mitochondrii. The results of this study suggest that (i) FLE- and SFGR-containing ticks are dispersed by northbound migratory birds in the AWPR, (ii) H. rufipes likely is not involved in transmission of F. tularensis in the AWPR, and (iii) a dual endosymbiosis of FLEs and Midichloria may support some of the nutritional requirements of H. rufipes.
|
|
| 4. |
- Wilhelmsson, Peter, 1981-, et al.
(författare)
-
Candidatus Rickettsia Vini DNA in Ticks Collected from Nest Burrows of the European Sand Martin (Riparia riparia) in Sweden
- 2023
-
Ingår i: Vector Borne and Zoonotic Diseases. - : Mary Ann Liebert. - 1530-3667 .- 1557-7759. ; 23:7, s. 378-383
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Background: Birds can cross geographical and environmental barriers and thereby facilitate dispersal of tick-borne pathogens both as carriers of infected ticks and as reservoirs of pathogenic microorganisms. Ixodes lividus (Ixodida: Ixodidae) is an endophilic tick in the Palearctic region that is highly specialized on its host, the European sand martin Riparia riparia. The purpose of this study was to determine whether I. lividus ticks sampled from sand martin nests in Sweden carry vector-borne pathogens.Materials and Methods: Fed ticks were collected in the autumns of 2017 and 2019 from the nests of a European sand martin colony in southern Sweden. Ticks were identified morphologically to developmental stage and species and were tested for tick-borne pathogens using PCR-based methods.Results: None of the 41 ticks tested positive for five tick-borne pathogens including Borrelia spp., tick-borne encephalitis virus (TBEV), Neoehrlichia mikurensis, Anaplasma phagocytophilum, and Babesia spp. Thirty-seven (13 females, 23 nymphs and 1 larva) of the 41 ticks tested positive for the gltA gene of Rickettsia spp. The sequences of the 17 kDa and gltA genes were most closely related to Candidatus Rickettsia vini.Conclusion: Our study confirms other reports that I. lividus ticks associated with the European sand martin have high infection prevalence of Ca. R. vini.
|
|
