| 1. |
|
|
| 2. |
- Engelmark Cassimjee, Karim
(författare)
-
Tools in biocatalysis : enzyme immobilisation on silica and synthesis of enantiopure amines
- 2010
-
Licentiatavhandling (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- This thesis presents two techniques in the field of biocatalysis: An enzyme immobilisation method based on the His6-tag for attachment on modified silica oxide beads, and it’s employment in aqueous and organic medium for synthesis applications. The method functions as a one step extraction and immobilisation protocol. An equilibrium displacement system which enables complete conversion in reactions with ω-transaminases where isopropylamine is the donor, a route for synthesis of pharmaceutically interesting enantiopure amines. Biocatalysis is predicted to be a paramount technology for an environmentally sustainable chemical industry, to which every newly developed method represents a small but important step. The work done here is aimed to be a part of this development.
|
|
| 3. |
|
|
| 4. |
- Berglund, Staffan, et al.
(författare)
-
Delaktighet och hälsa: med ungdomar och beslutsfattare mot hållbara strategier för ökad egenmakt, livskvalitet och jämlikhet i hälsa : Delrapport 1: Utgångspunkter för en deltagarbaserad aktionsforskningsansats
- 2011
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Trots att vi lever i ett välfärdssamhälle, där kunskap och resurser inte borde vara något problem, ser vi en bestående ojämlikhet i hälsa och en ökande psykosocial ohälsa bland ungdomar. Hur är detta möjligt och vad kan man göra åt det? Genom vilka sociala interventioner och andra insatser kan unga människors reella delaktighet, egenmakt, välfärd, livskvalitet och hälsa främjas på ett hållbart sätt? Denna rapport från en pilotstudie genomförd i Simrishamn presenterar de teoretiska och empiriska bevekelsegrunderna för hur och varför en deltagarbaserad aktionsforskningsansats skulle kunna vara ett bra sätt att arbeta för att förbättra villkoren för ungdomars hälsa. Rapporten förespråkar dels ett ökat tvärvetenskapligt och professionsöverskridande samarbete mellan forskare och beslutsfattare, dels ett nära samarbete med ungdomarna själva. Det handlar om att få till stånd ett mer jämlikt utbyte av kunskap målgrupper och makthavare emellan – och därmed förhoppningsvis ett i längden mer jämlikt inflytande över användningen av samhällets resurser.
|
|
| 5. |
|
|
| 6. |
- Berglund, Ulla, et al.
(författare)
-
Landskapsanalys för transportinfrastruktur : en kunskaps- och metodredovisning för utveckling av väg- och järnvägsprojekt i enlighet med den Europeiska Landskapskonventionen
- 2013
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Rapporten ”Landskapsanalys för transportinfrastruktur” har tagits fram inom forskningsprojektet ”Bättre landskapsanalys för transportsektorn” (2010-2013) i samverkan mellan SLU och VTI och handlar om hur man kan arbeta med landskapsanalys (LA) i planläggningsprocessen för väg- ochjärnvägsprojekt. Vi kallar den ett kunskapsunderlag, och dess främsta syfte är att förmedla relevantkunskap från forskarsamhället till Trafikverkets landskapsexperter och därmed stödja Trafikverketsmöjligheter att leverera den landskapsanpassade infrastruktur som regeringen kräver.Fokus för arbetet har varit planläggningsfasen, dvs. när man enligt den sammanhållna vägprocessenkommit så långt att vägen/järnvägen ska prövas i en fysisk miljö.
|
|
| 7. |
- Berglund, Ulla, et al.
(författare)
-
Landskapsanalys för transportinfrastruktur : en kunskaps- och metodredovisning för utveckling av väg- och järnvägsprojekt i enlighet med den Europeiska Landskapskonventionen
- 2013
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Rapporten ”Landskapsanalys för transportinfrastruktur …” har tagits fram inom forskningsprojektet ”Bättre landskapsanalys för transportsektorn” (2010-2013) i samverkan mellan SLU och VTI och handlar om hur man kan arbeta med landskapsanalys (LA) i planläggningsprocessen för väg- och järnvägsprojekt. Vi kallar den ett kunskapsunderlag, och dess främsta syfte är att förmedla relevant kunskap från forskarsamhället till Trafikverkets landskapsexperter och därmed stödja Trafikverkets möjligheter att leverera den landskapsanpassade infrastruktur som regeringen kräver. Fokus för arbetet har varit planläggningsfasen, dvs. när man enligt den sammanhållna vägprocessen kommit så långt att vägen/järnvägen ska prövas i en fysisk miljö. Den här rapporten tar vid efter det strategiska skede som hanteras i rapporten ”Landskap i långsiktig planering” (Trafikverket 2012). ”Projektet har utförts med utgångspunkt i att LA ska vara en grund på vilken MKBprocessen vilar men också ge viktig bakgrundskunskap för gestaltningsprogrammet (GP). En anledning till projektets tillkomst är de ökade krav på helhetssyn som den Europeiska landskapskonventionen (ECL), som trädde ikraft i Sverige 2011, ställer på projekt som påverkar landskap. Det gäller inte bara landskap som har bedömts som vetenskapligt värdefulla eller har erkänt stora skönhetsvärden, utan också de så kallade vardagslandskap som omger våra städer och samhällen. Det är landskap där många människor bor, arbetar och tillbringar sin fritid och där utbyggnad av transportinfrastruktur får stor påverkan på de värden som är viktiga för brukarna. ELC betonar landskapets betydelse som en del i människors utformande av sin egen identitet såväl som sin gruppidentitet och dessutom allas rätt att vara delaktiga i värderingen av de landskap som berör dem. Europarådet (2008) skriver i sina rekommendationer för implementeringen av ELC att allmänhetens medverkan bör finnas med genom hela planerings- och beslutsprocessen i frågor som rör landskap. För det anför man dels demokratiska skäl, som grundar sig i uppfattningen att alla människor har intressen i landskapet och i den meningen också är sakägare. Dels anförs kunskapsskäl, närmare bestämt att genom allmänhetens medverkan öka medvetenheten om landskapet och dess värden såväl hos allmänheten som hos berörda experter. Arbetet inom projektet har bland annat gått ut på att finna och beskriva metoder som passar att användas i infrastrukturprojekt och som på ett rimligt sätt motsvarar det ELC föreskriver och rekommenderar. Särskilt fokus har satts på frågan om hur den berörda allmänhetens syn på sina landskap ska kunna komplettera och samverka med den expertkunskap som hittills helt dominerat LA inom transportsektorn. Den utgångspunkt som vi valt är den väl beskrivna och prövade metodansatsen ”Landscape Character assessment” (LCA) från Storbritannien, som har ett brett angreppssätt men kan sägas vara mindre välutvecklad när det gäller frågor kring landskapets historia och utveckling. Därför visar vi hur man kan kombinera den med metoden ”Historic Landscape Characterisation” (HLC) och hur man kan arbeta i de båda faserna beskrivnings- respektive bedömningsfas. På svenska benämner vi dessa metoder: landskapskaraktärisering respektive historisk landskapskaraktärisering. Eftersom utvecklingen av allmänhetens medverkan i LA inte är så stark överhuvudtaget har vi också fångat upp och delvis själva utvecklat metoder för dialog med berörda människor, där deras värderingar står i fokus. Det gäller en kartbaserad enkät, kartnålsmetoden, och en variant på gåtursmetoden som vi här kort och gott kallar busstur. Frågan om ljud – inte bara buller – är också ett ämne där LA hittills varit relativt svag. Där har vi bedrivit utvecklingsarbete, som resulterat i en mobilapplikation för karaktärisering av ljudlandskap. I uppdraget för det här projektet har det inte ingått att studera ekologisk landskapsanalys i sig. Däremot har vi redovisat hur vi tänker att den ekologiska analysen, landskapskaraktäriseringen 8 landskapsanalys för transportinfrastruktur och den historiska landskapskaraktäriseringen ska kunna samverka för det eftersträvade helhetsperspektivet. För att nå detta menar vi vidare att metoderna kulturmiljöanalys (DIVE) och strukturanalys också kan ge viktiga bidrag. Vi presenterar kort dessa metoder och deras tänkta roller i LA för väg- och järnvägsprojekt. Landskapskaraktärisering är alltså inte en enhetlig metod utan det vi kallar ansats eller ramverk, som kan anpassas efter projektets art och skala och efter landskapets egenskaper, dess sårbarhet och vilka värden som kan förutses ha betydelse för allmänheten såväl som för vetenskap och andra intressen. I rapporten finns därför information om hur olika specifika metoder kan kombineras och dessutom viss information om hur man kan prioritera i olika fall, vilka underlagsmaterial som kan var lämpliga etc. Kravet på att ge berörd allmänhet såväl som andra sakägare möjlighet att medverka i landskapskaraktäriseringen innebär knappast att specialisterna, landskapsexperterna, får mindre ansvar i processen. Frågan om kommunikation med sakägarna och sammanvägning av olika intressen kräver stor omsorg och skicklighet. I rapporten noterar vi det och ger förslag om hur denna kommunikation ska kunna planeras och utföras på ett effektivt och kvalitativt gott sätt. I många väg- och järnvägsprojekt krävs att en MKB genomförs för att i förväg beskriva vilka konsekevenser för människors hälsa och för miljön som projektet ifråga kan komma att ge upphov till. Vi beskriver i rapporten hur kunskap från den genomförda LA kan användas som underlag för MKB i flera avseenden och vid olika tillfällen i vägplanläggningen. På motsvarande vis vill vi också peka på hur kunskap som tas fram inom LA kan vara till nytta i arbetet med det Gestaltningsprogram (GP) som arbetas fram inom planläggningsprocessen. MKB och GP kan i många fall ses som slutprodukter för en stor del av arbetet med LA. För att LA skall kunna bidra till väg- och järnvägsplanläggning och till MKB och GP behöver krav ställas på dem som har att genomföra LA. Vi har inom ramen för projektet undersökt vad som bör ingå av kvalitets- och kompetenskrav vid upphandling av LA. Detta redovisas i rapporten som ett förslag på vad en upphandling bör innehålla. Avslutningsvis finns i rapporten en översikt och beskrivning i tabellform av exempel på projekt och metoder som vi hänvisat till i texten. Den innehåller uppgifter om sammanhang, genomförande, mm. och länkar eller andra hänvisningar till källor för vidare läsning.
|
|
| 8. |
- Berglund, Ulla, et al.
(författare)
-
Om landskap och landskapsanalys för väg och järnväg : ett kunskapsunderlag med fokus på begrepp och exempel
- 2011
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Landskapets och landskapsanalysens roll i planeringen påverkas av implementeringen av den europeiska landskapskonventionen (ELC) som nyligen inletts i Sverige. Kravet ökar på hantering av landskapsfrågor och på medverkan från allmänheten i till exempel infrastrukturprojekt. Därför behöver olika aktörer få aktuell kunskap om landskap och analys av landskap och så långt möjligt skaffa sig gemensamma referensramar i ämnet. Vägar och järnvägar har en avgörande betydelse för människors möjligheter att uppleva landskap. Samtidigt utgör de ingrepp som kräver kunskap och respekt för de landskap med sina sociala sammanhang som påverkas. Genom ELC har fokus ökat på ”vardagslandskapet”, dvs. de landskap som används och värderas av människor oavsett sådana värden som utomstående experter kan bedöma. Den här rapporten är den första redovisningen i ett forskningsuppdrag från Trafikverket: Bättre landskapsanalys för transportsektorn. Vi kallar den kunskapsunderlag, och den ska vara en källa till bildning och utbildning i frågor som rör landskap och landskapsanalys med fokus på vägoch järnvägsplanering. Arbetet utgår från en bred genomgång av forskning om landskap som fenomen och begrepp, om upplevelse av landskap och om människors möjligheter att påverka landskap och landskapsplanering. Vi har inte begränsat oss till, men särkilt lyft fram sådan kunskap, som har direkt relevans för tranportinfrastruktur och för nordiska förhållanden. Rapporten redogör för ELC: s förhållande till landskapet som sådant och till olika aspekter av landskap. Ett särskilt fokus har lagts på att utreda begreppen landskap och identitet och relatera dem till andra, centrala begrepp som ”plats” och ”karaktär”. Ett avsnitt hanterar allmänhetens medverkan i landskapsanalyser och planering. Vidare diskuteras olika typer av landskapsanalyser och ett antal goda exempel presenteras och gås igenom. Landskapet finns överallt och landskapsbegreppet kan användasi olika skalor, inte bara om stora områden. Det har också relevans likaväl i städer som på landsbygden. Infrastrukturen berör alla slags landskap. Med den här rapporten hoppas vi bidra till ett ökat intresse för landskapet i sin helhet, särskilt hos dem som genom stora projekt sätter avgörande och långvariga avtryck i vår gemensamma livsmiljö
|
|
| 9. |
- Engelmark Cassimjee, Karim
(författare)
-
ω-Transaminase in Biocatalysis : Methods, Reactions and Engineering
- 2012
-
Doktorsavhandling (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Biocatalysis offers an alternative to classic chemistry by using enzymes, the protein catalysts of Nature, for production of fine chemicals. Evolution has created enzymes capable of catalysis at moderate temperature of a specific reaction in the presence of a plethora of compounds in the aqueous cell environment. The focal point of biocatalysis is to utilise these traits in vitro, for creation of valuable molecules. The ω-transaminase is an enzyme capable of producing chiral amines, compounds used to great extent in pharmaceuticals. Much effort has in recent years been invested in the research and engineering of this enzyme type since the catalysed reaction offers an advantageous alternative to classical techniques. Nevertheless, there is a need for method development, adaptation of the enzyme and increased understanding of the catalytic mechanism for feasibility as an effective biocatalyst for unnatural substrates. This thesis addresses a chosen set of obstacles as a contribution to meeting the demands at hand. ω-Transaminase from Chromobacterium violaceum and Arthrobacter citreus was used. Many homologous ω-transaminases are available, which are also subject to engineering where variants are produced. To accurately compare their kinetic constants an active site quantification method is required but has not been available. Here such a method is presented (Paper 1) which encompasses a virtually irreversible half transamination reaction. In stereoselective synthesis the ω-transaminase catalysed equilibrium reaction inherently results in incomplete conversion. An equilibrium displacement system is presented (Paper II) where isopropylamine is the amino donor for transamination of acetophenone and derivatives thereof, coupled to an enzymatic cascade reaction. For many unnatural substrates the specificity and enantiospecificity is insufficient. Rationally redesigned variants were produced with improved properties for chosen substrates (Paper III and IV). The catalytic contributions of field and resonance of a variant compared to the wild type were investigated (Paper IV) for increased knowledge of the mechanism. For rational redesign of an enzyme the three-dimensional structure is required, of which only a few are available for the ω-transaminases. X-ray crystallographic structures of the holo and apo form of Chromobacterium violaceum ω-transaminase were made (Paper V) which revealed significant structural rearrangements upon coenzyme binding which may be of consequence for future engineering.
|
|
| 10. |
- Gustavsson, Martin, 1984-
(författare)
-
Surface expression using the AIDA autotransporter : Towards live vaccines and whole-cell biocatalysis
- 2011
-
Licentiatavhandling (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- The area of surface expression has gathered a lot of interest from research groups all over the world and much work is performed in the area. Autotransporters have been used for surface expression in Gram-negative bacteria. One of the more commonly used autotransporters is the Adhesin Involved in Diffuse Adherence (AIDA) of pathogenic Escherichia coli. The surface expression of enzymes and vaccine epitopes offer several advantages. Surface expressed enzymes gain similar properties to immobilised enzymes, mainly simplified handling and separation using centrifugation. Surface expressed vaccine epitopes can have longer half-lives inside the animal that is to be immunized and surface groups on the host cell can act as adjuvants, increasing the immune response and leading to a better immunisation. However, while much basic research is directed towards mechanisms of surface expression using autotransporters there are few reports regarding production of surface expressed protein. Thus the aim of this work was the optimisation of the yield and productivity of surface expressed protein. Protein Z, an IgG-binding domain of Staphylococcal protein A, was used as a model protein for the investigation of which cultivation parameters influenced surface expression. The choice of cultivation medium gave the largest impact on expression, which was attributed to effects based on the induction of the native promoter of AIDA. The AIDA system was then used for the expression of two Salmonella surface proteins, SefA and H:gm, with potential for use as vaccine epitopes. SefA was verified located on the cell surface, and H:gm was found in the outer membrane of the host cell, though only in proteolytically truncated forms lacking the His6-tag used for detection. This proteolysis persisted in E. coli strains deficient for the outer membrane protease OmpT and was concluded to be dependent on other proteases. The removal of proteolysis and further optimisation of the yield of surface-expressed protein are important goals of further work.
|
|
