| 1. |
- Molin, Mikael, 1973, et al.
(author)
-
Protein kinase A controls yeast growth in visible light
- 2020
-
In: BMC Biology. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1741-7007. ; 18:1
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- Background: A wide variety of photosynthetic and non-photosynthetic species sense and respond to light, having developed protective mechanisms to adapt to damaging effects on DNA and proteins. While the biology of UV light-induced damage has been well studied, cellular responses to stress from visible light (400–700 nm) remain poorly understood despite being a regular part of the life cycle of many organisms. Here, we developed a high-throughput method for measuring growth under visible light stress and used it to screen for light sensitivity in the yeast gene deletion collection. Results: We found genes involved in HOG pathway signaling, RNA polymerase II transcription, translation, diphthamide modifications of the translational elongation factor eEF2, and the oxidative stress response to be required for light resistance. Reduced nuclear localization of the transcription factor Msn2 and lower glycogen accumulation indicated higher protein kinase A (cAMP-dependent protein kinase, PKA) activity in many light-sensitive gene deletion strains. We therefore used an ectopic fluorescent PKA reporter and mutants with constitutively altered PKA activity to show that repression of PKA is essential for resistance to visible light. Conclusion: We conclude that yeast photobiology is multifaceted and that protein kinase A plays a key role in the ability of cells to grow upon visible light exposure. We propose that visible light impacts on the biology and evolution of many non-photosynthetic organisms and have practical implications for how organisms are studied in the laboratory, with or without illumination.
|
|
| 2. |
- Engström, Jens, et al.
(author)
-
Energy absorption from parks of point-absorbing wave energy converters in the Swedish exclusive economic zone
- 2020
-
In: Energy Science & Engineering. - : John Wiley & Sons. - 2050-0505. ; 8:1, s. 38-49
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- In a future energy system based on renewable energy sources, wave energy will most likely play a role due to its high energy potential and low intermittency. The power production from parks of wave energy converters of point absorber type has been extensively studied. This is also the case for the wave energy resource at many coastal areas around the globe. Wave energy has not yet reached a commercial level, and a large variety of technologies exist; therefore, an established method to calculate the technical potential for wave energy has still not been established. To estimate the technical potential of wave energy conversion, some approximations inevitably need to be taken due to the systems high complexity. In this study, a detailed mapping of the wave climate and simulation of large arrays of hydrodynamically cross‐coupled wave energy converters are combined to calculate the technical potential for wave energy conversion in the Swedish exclusive economic zone. A 16‐year wave data set distributed in a 1.1 km × 1.1 km grid is used to calculate the absorbed energy from a park of 200 generic point absorbers. The areas with best potential have an average annual energy absorption of 16 GWh for the selected wave energy park adapted to 1 km2 when using a constant damping, while the theoretical upper bound is 63 GWh for the same area.
|
|
| 3. |
- Gabrielson, Marike, et al.
(author)
-
Inclusion of Endogenous Plasma Dehydroepiandrosterone Sulfate and Mammographic Density in Risk Prediction Models for Breast Cancer
- 2020
-
In: Cancer Epidemiology, Biomarkers and Prevention. - : American Association For Cancer Research (AACR). - 1055-9965 .- 1538-7755. ; 29:3, s. 574-581
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- Background: Endogenous hormones and mammographic density are risk factors for breast cancer. Joint analyses of the two may improve the ability to identify high-risk women.Methods: This study within the KARMA cohort included pre-diagnostic measures of plasma hormone levels of dehydroepiandrosterone (DHEA), its sulfate (DHEAS), and mammographic density in 629 cases and 1,223 controls, not using menopausal hormones. We evaluated the area under the receiver-operating curve (AUC) for risk of breast cancer by adding DHEA, DHEAS, and mammographic density to the Gail or Tyrer-Cuzick 5-year risk scores or the CAD2Y 2-year risk score.Results: DHEAS and percentage density were independently and positively associated with breast cancer risk (P = 0.007 and P < 0.001, respectively) for postmenopausal, but not premenopausal, women. No significant association was seen for DHEA. In postmenopausal women, those in the highest tertiles of both DHEAS and density were at greatest risk of breast cancer (OR, 3.5; 95% confidence interval, 1.9-6.3) compared with the lowest tertiles. Adding DHEAS significantly improved the AUC for the Gail (+2.1 units, P = 0.008) and Tyrer-Cuzick (+1.3 units, P = 0.007) risk models. Adding DHEAS to the Gail and Tyrer-Cuzick models already including mammographic density further increased the AUC by 1.2 units (P = 0.006) and 0.4 units (P = 0.007), respectively, compared with only including density.Conclusions: DHEAS and mammographic density are independent risk factors for breast cancer and improve risk discrimination for postmenopausal breast cancer.Impact: Combining DHEAS and mammographic density could help identify women at high risk who may benefit from individualized breast cancer screening and/or preventive measures among postmenopausal women.
|
|
| 4. |
|
|
| 5. |
- Klaric, Lucija, et al.
(author)
-
Mendelian randomisation identifies alternative splicing of the FAS death receptor as a mediator of severe COVID-19.
- 2021
-
In: medRxiv : the preprint server for health sciences. - : Cold Spring Harbor Laboratory. ; , s. 1-28
-
Other publication (other academic/artistic)abstract
- Severe COVID-19 is characterised by immunopathology and epithelial injury. Proteomic studies have identified circulating proteins that are biomarkers of severe COVID-19, but cannot distinguish correlation from causation. To address this, we performed Mendelian randomisation (MR) to identify proteins that mediate severe COVID-19. Using protein quantitative trait loci (pQTL) data from the SCALLOP consortium, involving meta-analysis of up to 26,494 individuals, and COVID-19 genome-wide association data from the Host Genetics Initiative, we performed MR for 157 COVID-19 severity protein biomarkers. We identified significant MR results for five proteins: FAS, TNFRSF10A, CCL2, EPHB4 and LGALS9. Further evaluation of these candidates using sensitivity analyses and colocalization testing provided strong evidence to implicate the apoptosis-associated cytokine receptor FAS as a causal mediator of severe COVID-19. This effect was specific to severe disease. Using RNA-seq data from 4,778 individuals, we demonstrate that the pQTL at the FAS locus results from genetically influenced alternate splicing causing skipping of exon 6. We show that the risk allele for very severe COVID-19 increases the proportion of transcripts lacking exon 6, and thereby increases soluble FAS. Soluble FAS acts as a decoy receptor for FAS-ligand, inhibiting apoptosis induced through membrane-bound FAS. In summary, we demonstrate a novel genetic mechanism that contributes to risk of severe of COVID-19, highlighting a pathway that may be a promising therapeutic target.
|
|
| 6. |
- von Tottleben, Malte, et al.
(author)
-
An Integrated Care Platform System (C3-Cloud) for Care Planning, Decision Support, and Empowerment of Patients With Multimorbidity: Protocol for a Technology Trial
- 2022
-
In: JMIR Research Protocols. - : JMIR Publications. - 1929-0748. ; 11:7
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- Background: There is an increasing need to organize the care around the patient and not the disease, while considering the complex realities of multiple physical and psychosocial conditions, and polypharmacy. Integrated patient-centered care delivery platforms have been developed for both patients and clinicians. These platforms could provide a promising way to achieve a collaborative environment that improves the provision of integrated care for patients via enhanced information and communication technology solutions for semiautomated clinical decision support.Objective: The Collaborative Care and Cure Cloud project (C3-Cloud) has developed 2 collaborative computer platforms for patients and members of the multidisciplinary team (MDT) and deployed these in 3 different European settings. The objective of this study is to pilot test the platforms and evaluate their impact on patients with 2 or more chronic conditions (diabetes mellitus type 2, heart failure, kidney failure, depression), their informal caregivers, health care professionals, and, to some extent, health care systems.Methods: This paper describes the protocol for conducting an evaluation of user experience, acceptability, and usefulness of the platforms. For this, 2 “testing and evaluation” phases have been defined, involving multiple qualitative methods (focus groups and surveys) and advanced impact modeling (predictive modeling and cost-benefit analysis). Patients and health care professionals were identified and recruited from 3 partnering regions in Spain, Sweden, and the United Kingdom via electronic health record screening.Results: The technology trial in this 4-year funded project (2016-2020) concluded in April 2020. The pilot technology trial for evaluation phases 3 and 4 was launched in November 2019 and carried out until April 2020. Data collection for these phases is completed with promising results on platform acceptance and socioeconomic impact. We believe that the phased, iterative approach taken is useful as it involves relevant stakeholders at crucial stages in the platform development and allows for a sound user acceptance assessment of the final product.Conclusions: Patients with multiple chronic conditions often experience shortcomings in the care they receive. It is hoped that personalized care plan platforms for patients and collaboration platforms for members of MDTs can help tackle the specific challenges of clinical guideline reconciliation for patients with multimorbidity and improve the management of polypharmacy. The initial evaluative phases have indicated promising results of platform usability. Results of phases 3 and 4 were methodologically useful, yet limited due to the COVID-19 pandemic.
|
|
| 7. |
- Ahlborg, Mikael, 1985-
(author)
-
Social capital and inequalities in mental health among young adolescents in Sweden
- 2022
-
Doctoral thesis (other academic/artistic)abstract
- The aim of this thesis was to explore social capital and inequalities in mental health among young adolescents in Sweden. This is a compilation thesis comprising four studies. Studies I and II are quantitative studies of crosssectional data from the Swedish Health Behaviour in School-aged Children survey. The aim of Study I was to investigate socioeconomic inequalities in health using both a subjective and an objective measure of socioeconomic status among Swedish adolescents. The findings showed that subjective socioeconomic status robustly and independently predicted mental health problems, poor life satisfaction and poor general health perception. The association between objective socioeconomic status and mental health was weakened, and even reversed, when subjective socioeconomic status was accounted for in regression models. A Latent Profile Analysis was applied in Study II with the aim of identifying distinct profiles of family, school and peer social capital in a nationally representative sample of adolescents and to explore health outcomes in those profiles. The findings showed that five distinct profiles best represented the data for 11 and 15-year olds, while a four-profile model was optimal for 13-year olds. Significant inequalities were identified between profiles when these were examined in terms of mental health problems and life satisfaction. The design of Study III was a qualitative semi-structured interview study. The aim was to explore social capital from the perspective of adolescents in relation to mental health. Adolescents spoke of having access to a safe space, feeling connected to others and predictability as important aspects of social relationships and networks in relation to mental health. The aim of Study IV was to identify and evaluate the design and psychometric properties of instruments for assessing social capital specifically developed and validated for self-reporting among adolescents (10-19 years). The design was a systematic review, in which 20 instruments were identified. The results revealed a lack of instruments that covered both the multidimensionality of social capital and contextual relevance in relation to adolescents. The conclusion from this thesis is that social capital may be useful for identifying vulnerable individuals and for differentiating between the natural imbalance of adolescence and what may lead to serious illness. Longitudinal research and refinement of the operationalization of the concept are, however, needed to enhance the understanding of these findings.
|
|
| 8. |
- Andersson, Sofia Lovisa, et al.
(author)
-
Långtidsförsök med membranbioreaktor för förbättrad avloppsvattenrening i kombination med kompakt slambehandling
- 2023
-
Reports (other academic/artistic)abstract
- Henriksdals reningsverk i Stockholm byggs nu ut och om för ökad kapacitet (från 0,8 till 1,6 miljoner PE) och för förbättrad reningsgrad (6 mg TN/l, 0,20 mg TP/L, 5 mg BOD7/l). Projektet inkluderar uppgradering av den befintliga konventionella aktivslamprocessen till en ny membranbioreaktorprocess (MBR) med mer än 1,6 m2 installerad membranyta.Det inkluderar även utökad förbehandling och ett nytt steg för primärslamförtjockning. Termofil rötning av tjockt slam (~6 % TS) vid hög organisk belastning och relativt låg uppehållstid kommer ersätta dagens mesofila rötning.För att öka kunskapen om MBR-teknik i nordiskt klimat har Stockholm Vatten och Avfall (SVOA) och IVL Svenska Miljöinstitutet genomfört långtidsstudier på en membranprocess i pilotskala på FoU-anläggningen Hammarby Sjöstadsverk, som ligger i anslutning till Henriksdals reningsverk. MBR-piloten togs i drift 2013 och byggdes om till sin nuvarande utformning under 2016. År 2017 kompletterades MBR-piloten med en slamlinje för att kunna studera olika aspekter av slamrötning.Under 2021 kördes MBR-piloten med ett fast inflöde på 4,1 m3/h, vilket är 37 % högre än det designade medelflödet, med externt tillförskaffad glycerol och internt producerad VFA-kolkälla för efterdenitrifikation.Aluminium (PAX) användes i stället för trevärt järn (PIX) som komplement till tvåvärt järn (FeSO4) för fosforutfällning. Detta gjordes för att testa driftstrategin för den första MBR-linjen i Henriksdals reningsverk. Medelhalter av kväve och fosfor i utgående vatten var 3,9 mg TN/L respektive 0,07 mg TP/L, vilket innebär att utsläppsvärden uppfylldes även i år. För att uppnå detta krävdes 8,6 g Fe2+/m3 och 0,9 g Al3+/m3.Under försök med fluxförhöjare tillsattes totalt 17,8 g järn (Fe2++ Fe3+)/m3. Glyceroldosen motsvarade 17,3 g COD/m3, och för användning av internt producerad VFA motsvarande dosen 15,5 g COD/m3. Den något högre förbrukningen av fosforfällningskemikalier jämfört med 2020, 1,29 mol metall per mol avlägsnad fosfor, berodde främst på en lägre bio-P aktivitet under 2021. År 2021 var fosforsläppshastigheten mycket låg under våren, ex. < 1 g PO4-P/kg VSS,h i juni men återhämtade sig under sommaren med t.ex. 5,5 g PO4-P/kg VSS,h i juli, efter att doseringen av skumdämpare stoppades.Järn- och aluminiumhalten i det aktiva slammet var 6,2 respektive 0,7 %. Genomsnittlig total slamålder under 2021 var 17,2 dagar och luftad medelslamålder var 7 dagar. Nitrifikation var alltid komplett med utgående ammoniumkoncentrationer under 2 mg/L, förutom vecka 25.Tester med användning av internt producerad VFA som kolkälla visade att den specifika COD-förbrukningen var nästan densamma som för glycerol när man jämförde årsgenomsnittet från 2021 och 2020. Utgående nitrat och total kvävereduktion var liknande under försöket med VFA som resten av året, då glycerol användes.Liksom tidigare år rengjordes membranen i membrantank 1 (MT1) med oxalsyra och membranen i MT2 med citronsyra. Båda membranen rengjordes också med natriumhypoklorit. Membranen kördes med ett genomsnittligt flux på 21 till 25 L/(m2·h), men med startvecka 25 testades fullskaledesignens maximala nettoflux på 30 L/(m2·h) i piloten under 25 veckor. Netto-TMP varierade mellan 49 och 218 mbar för MT1 och mellan 51 och 146 mbar för MT2. TMP reducerades efter varje återhämtningsrengöring (RC) med hypoklorit, men effekten varade inte länge. Permeabiliteten var generellt över 200 L/(m2·h·bar) under hela 2021–2022 för båda membranen. Återhämtningsrengöringar gjordes två gånger med hypoklorit och en gång med syror under 2021. Under 2022 genomfördes en slutlig RC, först med hypoklorit sedan med syror. Den första RC för MT1 resulterade i en tydlig ökning av permeabiliteten efter rengöring. För MT2 var den största ökningen av permeabiliteten resultatet av en citronsyra-MC (en vecka efter hypoklorit-RC).Följande RC i slutet av 2021 och i mars 2022 hade tydliga men mindre positiva inverkan på permeabiliteten. Före den första RC var permeabiliteten högre för MT1 (rengöras med oxalsyra) jämfört med MT2 (rengöras med citronsyra). Efter de första RC hade båda membranen liknande permeabilitet. Som ett resultat av den tuffa driftstrategin från vecka 25 2021 minskade permeabiliteten ganska snabbt efter RC. MT2 nådde en stabil nivå runt 250-300 L/(m2·h·bar) medan MT1 sjönk ytterligare till som lägst 200 L/(m2·h·bar).Utsläpp av klorerade föreningar mättes under den slutliga återställningsrengöringen med natriumhypoklorit. Utsläppsprocessen var långsammare än förväntat och generellt sett observerades inga tydliga tecken på dämpning av utsläppen under provtagningens 21 timmar. Även om sammansatta prover på flera timmar under natten inte ger tillräckligt med detaljer, drogs slutsatsen att utsläppen kan vara skadliga under hela RC-processen ur ett exponeringsperspektiv. Exempelvis nådde trikloramin sin topp vid 36 gånger den rekommenderade gränsen, klorgas vid 73 % av korttidsexponeringsgränsen (15 min exponering) och kloroform vid 9 % av den yrkesmässiga exponeringsgränsen (genomsnittlig arbetsdag på 8 timmar).För att följa upp tidigare mätningar av växthusgaserna lustgas (N2O) och metan (CH4) genomfördes en ny mätkampanj under flera månader i 2021. Generellt sett var utsläppen som observerades 2021 betydligt högre än i tidigare kampanjer och särskilt höga N2O-utsläpp från membrantanken kunde observeras. Någon tydlig orsak kunde inte identifieras men den högre inkommande belastningen med bibehållna reningskrav och ett "bättre" provtagningsupplägg kan delvis vara en förklaring.I samarbete med Kemira genomfördes tester med en fluxförhöjande produkt (flux enhancer). Ingen uppenbar positiv eller negativ förändring i permeabiliteten på grund av dosering av fluxförhöjare kunde dock identifieras utifrån de kontinuerliga processparametrar som övervakades och vanliga variationer i permeabilitet samt effekten av membranrengöring.Eftersom skumbildning är ett vanligt fenomen i MBR-anläggningar genomfördes tester med ett skumdämpande medel som doserades i pulser och kontinuerligt till den biologiska behandlingen under perioden med kraftig skumbildning (mars-juni). Även om skumning inte upphörde helt så kunde en god minskning och kontroll av skumning uppnås. En optimal effekt konstaterades vid en kontinuerlig dos på > 10 ppm. Men även om produkten har visat sig ha en positiv effekt på skumning i MBR-piloten, framstår inte en permanent användning i fullskala som ekonomiskt genomförbar på grund av den höga förbrukningen.Tester med reducerat RAS-flöde från 4×Qin enligt design till 2×Qin syftade till att minska energiförbrukningen. Ett minskat RAS-flöde skulle dock innebära en ökad slamkoncentration i membrantankarna, vilket kan ha negativa effekter på membranets prestanda med mer igensättning, vilket i sin tur kan leda till ökad luftning för membranrengöring och behov av tätare membrantvättar. Projektgruppen kunde dock inte observera några negativa effekter av det minskade RAS-flödet på membranets prestanda.Under 2021 genomfördes tester med övergång från mesofil till termofil rötning, avvattning av rötslam efter mesofil och termofil rötning, samt termofil rötning vid hög organisk belastning (OLR) och låg hydraulisk uppehållstid (HRT) i slampiloten. Resultat visar att övergången från mesofil till termofil rötning kan ske utan större problem om den organiska belastningen minskades lite vid den mest kritiska temperaturen och att stabil drift uppnåddes efter 10-12 dagar. Att utvärdera avvattningen av mesofilt och termofilt rötat slam var svårare och inga tydliga skillnader kunde observeras. En slutsats var dock att de metoder som användes för att bestämma avvattningsbarhet eller optimal polymerdos inte framstår som tillförlitliga. Försök med hög organisk belastning vid termofil rötning visade att rötkammarens prestanda kunde bibehållas upp till en OLR på cirka 4 kg VS/m3, d och en HRT på 12 d. När belastningen ökades ytterligare och HRT minskade, minskade prestandan vad gäller utrötningsgrad och biogas-/metanproduktion, även om själva reaktordriften fortfarande var stabil.Den totala resursåtgången i piloten visade att konsumtionen av glycerol var densamma som för den framtida Henriksdalsdesignen, även om kvävebelastningen i piloten var 21 % högre och den genomsnittliga totala kvävekoncentrationen i utgående vatten var med 3,9 mg TN/L lägre än design på 6 mg TN/L. Järn-/metallförbrukningen var också 73 % av den framtida Henriksdalsdesignen, även om fosforbelastningen till piloten var cirka 50 % högre jämfört med designvärden och utgående fosfatkoncentrationerna låg under målkoncentrationen. Detta förklaras främst av EBPR-aktiviteten i pilotprojektet. Dessutom var förbrukningen av rengöringskemikalier lägre än den framtida Henriksdalsdesignen även om inflödet till piloten var 30 % högre än designen.
|
|
| 9. |
- Ascani, Angelo, et al.
(author)
-
The role of B cells in immune cell activation in polycystic ovary syndrome.
- 2023
-
In: eLife. - 2050-084X. ; 12
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- Variations in B cell numbers are associated with polycystic ovary syndrome (PCOS) through unknown mechanisms. Here, we demonstrate that B cells are not central mediators of PCOS pathology and that their frequencies are altered as a direct effect of androgen receptor activation. Hyperandrogenic women with PCOS have increased frequencies of age-associated double-negative B memory cells and increased levels of circulating immunoglobulin M (IgM). However, the transfer of serum IgG from women into wild-type female mice induces only an increase in body weight. Furthermore, RAG1 knockout mice, which lack mature T- and B cells, fail to develop any PCOS-like phenotype. In wild-type mice, co-treatment with flutamide, an androgen receptor antagonist, prevents not only the development of a PCOS-like phenotype but also alterations of B cell frequencies induced by dihydrotestosterone (DHT). Finally, B cell-deficient mice, when exposed to DHT, are not protected from developing a PCOS-like phenotype. These results urge further studies on B cell functions and their effects on autoimmune comorbidities highly prevalent among women with PCOS.
|
|
| 10. |
|
|
