Multi-Organ Expression Profiling Uncovers a Gene Module in Coronary Artery Disease Involving Transendothelial Migration of Leukocytes and LIM Domain Binding 2: The Stockholm Atherosclerosis Gene Expression (STAGE) Study

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Tyck till om SwePub Sök här!

Sökning: WFRF:(Franco Cereceda Anders) > (2009) > Multi-Organ Express...

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Multi-Organ Expression Profiling Uncovers a Gene Module in Coronary Artery Disease Involving Transendothelial Migration of Leukocytes and LIM Domain Binding 2 : The Stockholm Atherosclerosis Gene Expression (STAGE) Study

Hägg, Sara, 1977- (författare): Linköpings universitet,Biologiska Beräkningar,Tekniska högskolan

Skogsberg, Josefin (författare): Karolinska Institutet

Lundström, Jesper (författare): Linköpings universitet,Biologiska Beräkningar,Tekniska högskolan

visa fler...

Noori, Peri (författare): Karolinska Institutet

Nilsson, Roland (författare): Karolinska Institutet,Linköpings universitet,Biologiska Beräkningar,Tekniska högskolan

Zhong, Hua (författare): Rosetta Inpharmatics, LLC, a Merck & Co., Inc, Seattle, USA

Maleki, Shohreh (författare): Karolinska Institutet

Shang, Ming-Mei (författare): Karolinska Institutet

Brinne, Björn (författare): Karolinska Institutet,Linköpings universitet,Biologiska Beräkningar,Tekniska högskolan

Bradshaw, Maria (författare): Linköpings universitet,Biologiska Beräkningar,Tekniska högskolan

Bajic, Vladimir B. (författare): South African National Bioinformatics Institute (SANBI), University of the Western Cape, Cape Town, South Africa, and Computational Bioscience Research Center (CBRC), King Abdullah University of Science and Technology (KAUST), Thuwal, Kingdom of Saudi Arabia

Samnegård, Ann (författare): Karolinska Institutet

Silveira, Angela (författare): Karolinska Institutet

Kaplan, Lee M. (författare): Massachusetts General Hospital (MGH) Weight Center and Department of Medicine, Harvard Medical School, Boston, USA

Gigante, Bruna (författare): Department of Environmental Medicine, Karolinska Institutet, Stockholm, Sweden

Leander, Karin (författare): Karolinska Institutet

de Faire, Ulf (författare): Karolinska Institutet

Rosfors, Stefan (författare): Karolinska Institutet

Lockowandt, Ulf (författare): Karolinska Institutet

Liska, Jan (författare): Karolinska Institutet

Konrad, Peter (författare): Karolinska Institutet

Takolander, Rabbe (författare): Department of Surgery, Stockholm Söder Hospital, Karolinska Institutet, Stockholm, Sweden

Franco-Cereceda, Anders (författare): Karolinska Institutet

Schadt, Eric E. (författare): Rosetta Inpharmatics, LLC, a Merck & Co., Inc, Seattle, USA

Ivert, Torbjörn (författare): Karolinska Institutet

Hamsten, Anders (författare): Karolinska Institutet

Tegnér, Jesper (författare): Karolinska Institutet,Linköpings universitet,Biologiska Beräkningar,Tekniska högskolan

Björkegren, Johan (författare): Karolinska Institutet

visa färre...

(creator_code:org_t)

2009-12-04
2009
Engelska.
Ingår i: PLoS Genetics. - : PLoS Genetics. - 1553-7390 .- 1553-7404. ; 5:12, s. e1000754-

Relaterad länk:: http://urn.kb.se/res...; visa fler...; https://doi.org/10.1...; https://urn.kb.se/re...; https://doi.org/10.1...; http://kipublication...; visa färre...

Tidskriftsartikel (refereegranskat)

Abstract Ämnesord

Stäng

Environmental exposures filtered through the genetic make-up of each individual alter the transcriptional repertoire in organs central to metabolic homeostasis, thereby affecting arterial lipid accumulation, inflammation, and the development of coronary artery disease (CAD). The primary aim of the Stockholm Atherosclerosis Gene Expression (STAGE) study was to determine whether there are functionally associated genes (rather than individual genes) important for CAD development. To this end, two-way clustering was used on 278 transcriptional profiles of liver, skeletal muscle, and visceral fat (n=66/tissue) and atherosclerotic and unaffected arterial wall (n=40/tissue) isolated from CAD patients during coronary artery bypass surgery. The first step, across all mRNA signals (n=15,042/12,621 RefSeqs/genes) in each tissue, resulted in a total of 60 tissue clusters (n=3958 genes). In the second step (performed within tissue clusters), one atherosclerotic lesion (n=49/48) and one visceral fat (n=59) cluster segregated the patients into two groups that differed in the extent of coronary stenosis (P=0.008 and P=0.00015). The associations of these clusters with coronary atherosclerosis were validated by analyzing carotid atherosclerosis expression profiles. Remarkably, in one cluster (n=55/54) relating to carotid stenosis (P=0.04), 27 genes in the two clusters relating to coronary stenosis were confirmed (n=16/17, P<10-27and-30). Genes in the transendothelial migration of leukocytes (TEML) pathway were overrepresented in all three clusters, referred to as the atherosclerosis module (A-module). In a second validation step, using three independent cohorts, the A-module was found to be genetically enriched with CAD risk by 1.8-fold (P<0.004). The transcription co-factor LIM domain binding 2 (LDB2) was identified as a potential high-hierarchy regulator of the A-module, a notion supported by subnetwork analysis, cellular and lesion expression of LDB2, and the expression of 13 TEML genes in Ldb2-deficient arterial wall. Thus, the A-module appears to be important for atherosclerosis development and together with LDB2 merits further attention in CAD research.

Hitta via bibliotek

PLoS Genetics (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Artiklar i publikationen: PLoS Genetics

Av lärosätet: Linköpings universitet; Karolinska Institutet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se

Multi-Organ Expression Profiling Uncovers a Gene Module in Coronary Artery Disease Involving Transendothelial Migration of Leukocytes and LIM Domain Binding 2 : The Stockholm Atherosclerosis Gene Expression (STAGE) Study

Nyckelord

Publikations- och innehållstyp

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Sök utanför SwePub