| 251. |
- Svensson, Maria A., et al.
(författare)
-
A comparative study of ERG status assessment on DNA-, mRNA-, and proteinlevels using unique samples from a Swedish biopsy cohort
-
Annan publikation (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- The ERG rearrangement is identified in approximately 50% of prostate cancer (PCa) screened cohorts and is known to be highly specific. This genetic aberration, most commonly leading to the TMPRSS2-ERG fusion, but also SLC45A3-ERG or NDRG1- ERG fusions, all leading to an over expression of a truncated ERG protein. Most studies have applied in situ hybridization (FISH) methods or mRNA based assays to investigate the ERG status. Recently, studies showed that ERG protein levels assessed by ERG antibodies can be used as a surrogate marker for ERG rearrangement. In the current study we investigate ERG status on a series of diagnostic biopsies using DNA-, mRNA- and protein based assays. We formally compare three assay results (i.e. FISH, fusion mRNA and immunohistochemistry) to identify which method could be most appropriate to use when having limited amount of tissue. ERG rearrangement was found in 56% of the cases. Comparing ERG rearrangement status by FISH with ERG over expression and TMPRSS2-ERG fusion transcript we found 95.1% (154/162, Fisher’s exact test 9.50E-36) and 85.2% (138/162, Fisher’s exact test 7.26E-22) concordance, respectively. We show that the ERG antibody highly correlates with the ERG rearrangement with high sensitivity and specificity. We also identified the most common TMPRSS2-ERG isoform in the majority of ERG rearranged cases. These results provide compelling evidence that the ERG antibody can be used to further investigate the role of ERG in PCa.
|
|
| 252. |
- Svensson, Maria A., et al.
(författare)
-
ERG rearrangement status and castration resistant prostate cancer : a prospective,population-based study
-
Annan publikation (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Overtreatment is a major concern in prostate cancer (PCa) management, as no adequate prognostic tool exists to separate indolent from aggressive disease at time of diagnosis. Androgen deprivation therapy (ADT) is the standard treatment of locally recurrent or metastatic PCa and although most men respond well to ADT initially, inevitably a resistance to the treatment develops. Men with tumor growth despite the androgen-depleted environment are considered to have castration resistant PCa (CRPC). After developing CRPC, the median survival time is typically less than two years. Since the initial discovery of ERG rearrangement in PCa, several studies have investigated the association between ERG rearrangement and clinical outcome of PCa with discrepant results. Few studies have examined the association between ERG rearrangement and CRPC, despite the fact that the most common fusion partners to ERG are androgen regulated. In this study we investigated the association between ERG status and time to CRPC.We assessed the ERG status in a cohort of 220 men initially managed by watchful waiting and treated with ADT at disease progression. There was no statistically significant association between ERG status and time from start of ADT to CPRC, or start of ADT to PCa-specific death. However, men harboring the ERG rearrangement did have a significantly shorter time between time of diagnosis and start of hormonal treatment, compared to men without the rearrangement (HR: 1.81; 95% CI: 1.23- 2.65), suggesting that ERG rearrangement is indicative of a more aggressive subtype of PCa./p>
|
|
| 253. |
|
|
| 254. |
- Svensson, Maria, 1980-
(författare)
-
Assessing the ERG rearrangement for clinincal use in patients with prostrate cancer
- 2013
-
Doktorsavhandling (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- In Sweden, close to 10 000 men are annually diagnosed with prostate cancer (PCa) and approximately 2400 men die of their disease each year. Today there is no reliable marker that can separate patients who will have an aggressive type of disease that requires treatment, from patients who will have a more indolent clinical course and can be left untreated. This further leads to the current problem of over treatment of men with PCa. Hence, there is an urgent need for reliable prognostic markers that can be used at time of diagnosis. With the discovery of recurrent gene rearrangements in PCa, most commonly ERG rearrangements, hope came that this aberration could play a role in diagnosis and/or prognosis of the disease.The aim of this thesis was to investigate the clinical implication of ERG rearrangements in the management of PCa.The work in this thesis supports the findings from previous studies, suggesting that the ERG rearrangement is a sign of a more aggressive type of cancer. The major findings are that in multifocal PCa, the ERG rearranged cancer foci are more prone to metastatic dissemination compared to foci without the ERG rearrangement and that patients harboring the ERG rearrangement have a faster disease progression leading up to earlier start of hormonal treatment. Furthermore, the results add an additional level of complexity in a subset of PCa tumors that harbor multiple gene rearrangements on the cellular level. The result also show that the newly available ERG antibody is highly predictive of ERG rearrangement and is appropriate to use when faced with limitations in tissue amounts.The findings in this thesis indicate that the ERG rearrangement has a potential role in the clinical management of PCa but further studies arerequired.
|
|
| 255. |
- Svensson, Marie, et al.
(författare)
-
Control of endotoxin release in Escherichia coli fed-batch cultures
- 2005
-
Ingår i: Bioprocess and biosystems engineering (Print). - : Springer Science and Business Media LLC. - 1615-7591 .- 1615-7605. ; 27:2, s. 91-97
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- High amounts of outer membrane (OM) components were released in glucose-limited fed-batch (GLFB) cultures at 37 degrees C at specific growth rates approaching 0.05 h(-1). Endotoxin analyses from a 20 degrees C GLFB culture gave similar results. An alternative fermentation technique, the temperature-limited fed-batch (TLFB) technique, reduced the endotoxin concentration in a culture with a biomass concentration of 30 g l(-1) from the 850 mg l(-1) in traditional GLFB cultures to about 20 mg l(-1). The TLFB technique uses the temperature to regulate the dissolved oxygen tension, while all substrate components are unregulated. It appears to be severe glucose limitation that triggers the extensive release of endotoxins rather than a low growth rate. Furthermore, it is not the low temperature that stabilizes the OM when using the TLFB technique. Simulations and experimental data show that this technique results in the same biomass productivity as the GLFB technique.
|
|
| 256. |
|
|
| 257. |
|
|
| 258. |
- Svensson, Marie, 1972-
(författare)
-
The temperature-limited fed-batch technique for control of Escherichia coli cultures
- 2006
-
Doktorsavhandling (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- The objective of this study was to investigate the physiology and productivity in Escherichia colicultures with emphasis on the temperature-limited fed-batch (TLFB) culture. The TLFB techniquecontrols the oxygen consumption rate of the growing culture by a gradually declining temperaturefrom 37-35 °C down to 20-18 °C. The temperature regulated the DOT around a set-point (30 % airsat.), and all nutrients were in excess. Glucose was fed into the culture continuously, however, highacetate formation was avoided by keeping the glucose at a low, yet excessive, concentration. Thebiomass productivity was approximately the same in TLFB as in glucose-limited fed-batch (GLFB)cultures, since the specific growth rate and the oxygen consumption rate are limited by the oxygentransfer capacity of the reactor in both techniques.High concentrations of endotoxins were found in the medium of E. coli fed-batch cultures at lowspecific growth rates (below 0.1 h-1) and severe glucose limitation. In this thesis the TLFB techniquewas found to suppress the endotoxin release even at low specific growth rates. The repressed release of endotoxins in TLFB cultures was due to the high availability of glucose and not to the low growthrate or the lower temperature. The conclusion was drawn from comparing with the GLFB technique performed at 20 °C, which resulted in high endotoxin release.Extensive release of endotoxin, accompanied with high concentrations of soluble proteins was foundin a TLFB culture exposed to a higher energy dissipation rate, 16 kW m-3, instead of 2 kW m-3, due toa higher stirrer speed (1000 instead of 500 rpm). The hypothesis that this is a result of mechanicalstress is discussed in context with the common view that cells like E. coli, which are smaller than the Kolmogoroff’s microscale of turbulence, should not be influenced by the turbulence.TLFB cultured cells exhibited more stable cytoplasmic membranes when treated with osmotic shockas compared to the GLFB cultured cells. The concentrations of DNA and soluble proteins in the periplasmic extracts from the TLFB cultured cells were lower than from GLFB cultured cells. Inaddition, the specific productivity of periplasmic β-lactamase was higher in the TLFB cultures,suggesting that this technique could be an alternative for protein production. The solubility of apartially aggregated recombinant protein increased in the TLFB compared to the GLFB cultures.However some time after induction, in spite of the gradually declining temperature, the solublefraction decreased.For obtaining better understanding of the performance of the process and for identifying criticalparameters, a mathematical model was developed based on the growth, energy and overflowmetabolism at non-limiting nutrient conditions. The temperature-dependent maximum specific glucoseand oxygen uptake rates were determined in pH-auxostat cultures for temperatures ranging from 18 to37 °C. A dynamic simulation model of the TLFB technique was developed and the results were compared to experimental data. The simulation program was also used for sensitivity analysis of some physiological and process parameters to study the impact on biomass concentration and temperatureprofiles. An effect on the biomass concentration profile but not on the temperature profile wasobserved when changing the oxygen transfer coefficient. If the maximum specific glucose uptake ratewas altered, or if the glucose concentration was permitted to assume other values, the temperatureprofile but not the biomass concentration profile was influenced. Cell death affected both the biomassconcentration profile and the temperature profile.
|
|
| 259. |
|
|
| 260. |
- Svensson, Nils-Olof
(författare)
-
Havsmiljö och pollenbaserad vegetationshistoria - Damm 6. : Bilaga 14 i "Damm 6 och Bro 597. Boplatslämningar och en hydda från tidigmesolitikum. Särskild arkeologisk undersökning 2011 och arkeologisk förundersökning 2012. Ysane socken, Sölvesborgs kommun i Blekinge län".
- 2016
-
Bok (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Den arkeologiska undersökningen vid Damm 6 omfattade 1500 m2 och maximalt 1,4m gyttja bortschaktades vid undersökningen. Paleoekologiska analyser i form av pollenanalysoch makrofossilanalys har genomförts, främst på prover från lagerföljdensdjupare delar.Utifrån förundersökningen bedömdes området vid den blivande Damm 6 somgynnsamt för paleoekologiska undersökningar. Detta framförallt för att de arkeologisktintressanta lagren var överlagrade av ett skyddande lager gyttja. Utgrävningsarbetet inleddesmed bortschaktning av gyttjan, ned till artefaktförande lager. En anledning tillatt området vid Damm 6 bedömdes vara intressant att undersöka paleoekologiskt var enintilliggande, 70 m norr där om belägen, boplatsyta. Förhoppningen var att organisktmaterial från boplatsen var bevarat i lagren vid Damm 6. Den arkeologiska undersökningenav denna boplatsyta gick utgick dock och därför begränsades analysen av pollenoch alger från Damm 6 till ganska få prover.Som framgår av den arkeologiska delen av rapporten härrör den slagna flintan frånDamm 6, enligt teknologiska och typologiska bedömningar, från preboreal tid – tidenföre Ancylustransgressionen. Resultaten av pollen- och makrofossilanalyserna hardärmed ingen relevans for tolkningen av denna tidiga boplats. Däremot bidrar de tillförståelsen av strandlinjeförskjutningen och landskapsutvecklingen i Vesanområdet.SummeringDet äldsta undersökta lagret (109) visar i de två analyserade proven (PM1649 & PM1650)en skogsmiljö med tall, björk, al och hassel, där lind och ask, som är viktiga i den atlantiskaädellövskogen, ännu inte är vanliga. Lagret i sig är ganska unikt i området och representerarde enda funna och undersökt torv/gyttjelager från tiden före Littorinatransgressionen,då bortsett från lagerföljden i den centrala borrpunkten på Vesan (Svensson 2015).De två dateringarna från prov PM1649 (rapportens bilaga 13 & 16) har ganska storspridning, vilket dock kan vara helt korrekt då prov PM1649 troligen omfattar storadelar av det endast 10 cm tjocka lagret. Lagret består av limnisk gyttja som kan ha sedimentationshastigheterlångt under en mm/år. Att lager 109 ackumulerats under en tidsperiodpå drygt 500 år (ca 6600–ca 7100 alt 7300 f Kr), som dateringarna visar, ärdärför fullt rimligt.Bildningsmiljön för lager 109 är klart limnisk och den frekventa förekomsten avsporer och pollen från grundvattenväxter indikerar strandnära miljö. Detta i kombinationmed gyttjeavsättning visar mycket skyddade sedimentationsförhållanden somnormalt bara uppstår i en liten vattensamling, alternativt en väl skyddad vik/lagun aven större sjö. Eftersom avsättning av gyttja måste ske med visst vattendjup för att gede gyttjebildande organismerna livsmiljö och lagret i de två proven är beläget på -0,64resp -0,85 m nivå så lär lägsta tänkbara vattennivå ha varit runt 0 m, alltså vid dagenshavsnivå. Om gyttjeavsättningenskett i en vik av den tidiga insjö som funnits i Vesanbassängenmellan Ancylus- och Littorinatransgressionerna ger detta lager en viktigledtråd till detta insjöstadiums vattennivå.Intressant är den stora mängden mikroskopiska träkolspartiklar i de båda pollenprovenfrån lagret. Då lagret utgörs av gyttja, och därför representerar avsättning underen längre tidsrymd, är kolet troligen dittransporterat av vind och nederbörd frånen intilliggande boplatsyta. Det sandiga lager som återfinnes ovan gyttjan i lager 109, liksom utanför utbredningenav lager 109, direkt ovanpå leran (lager 106), är med stor sannolikhet knutet till elleråtminstone påverkat under den begynnande Littorinatransgressionens inträngande iVesanbassängen.Den höjda vattennivån och succesiva vidgningen av förbindelsen mellanÖstersjön och Vesanbassängen resulterade i erosion och redeponering i strandnäraområden, resultatet blev inledningsvis de sandiga lagren som representeras bland annatav lager 101 (samt lager 107, 108 & 110), som daterats till ca 6500 f Kr. Som påvisats i rapportenär dock flintorna som påträffades i detta lager från preboreal tid, före Ancylustransgressionen.Detta kan tyckas svårförklarligt, men det finns en datering av träkolav alm från sandlagret L110/L108 (Ua-31357), som tidsmässigt stämmer med tiden förtransgressionen. Det är därmed sannolikt att en del av sanden i lager 101 och de andrasandlagren (107, 108 & 110) stammar från Ancylustransgressionen. Det kan också varaså att sandlagren, lager 101 m fl, har olika ålder på olika ställen inom undersökningsområdet.Merparten av dateringarna tyder dock på att huvuddelen av sanden i dessa lagerpålagrats under Littorinatransgressionen.Vid den fortsatta Littorinatransgressionen blev vattendjupet vid Damm 6 snart såpass högt att finare sediment, gyttja, började avsättas. Mikrofossilinnehållet i den förstavsatta delen av denna gyttja, gröngrå gyttja (lager 102), visar först inga tecken på saltinnehålli vattnet, sedan i den grå gyttjan (lager 103), indikeras brackvatten. Den överlagrandebruna gyttjan, lager 104, är däremot mycket rik på vilosporer av marina dinoflagellatalgeroch representerar avsättning i det salta Littorinahavet.
|
|
