| 1. |
- Peltonen, L.-M., et al.
(författare)
-
Current trends in nursing informatics : Results of an international survey
- 2016
-
Ingår i: Studies in Health Technology and Informatics. - : IOS Press. - 9781614996576 ; , s. 938-939
-
Konferensbidrag (refereegranskat)abstract
- Nursing informatics (NI) can help provide effective and safe healthcare. This study aimed to describe current research trends in NI. In the summer 2015, the IMIA-NI Students Working Group created and distributed an online international survey of the current NI trends. A total of 402 responses were submitted from 44 countries. We identified a top five NI research areas: standardized terminologies, mobile health, clinical decision support, patient safety and big data research. NI research funding was considered to be difficult to acquire by the respondents. Overall, current NI research on education, clinical practice, administration and theory is still scarce, with theory being the least common. Further research is needed to explain the impact of these trends and the needs from clinical practice. © 2016 IMIA and IOS Press.
|
|
| 2. |
- Peltonen, L.-M., et al.
(författare)
-
Nursing informatics research priorities for the future : Recommendations from an international survey
- 2016
-
Ingår i: NURSING INFORMATICS 2016: EHEALTH FOR ALL. - : IOS Press. - 9781614996583 ; , s. 222-226
-
Konferensbidrag (refereegranskat)abstract
- We present one part of the results of an international survey exploring current and future nursing informatics (NI) research trends. The study was conducted by the International Medical Informatics Association Nursing Informatics Special Interest Group (IMIA-NISIG) Student Working Group. Based on findings from this cross-sectional study, we identified future NI research priorities. We used snowball sampling technique to reach respondents from academia and practice. Data were collected between August and September 2015. Altogether, 373 responses from 44 countries were analyzed. The identified top ten NI trends were big data science, standardized terminologies (clinical evaluation/implementation), education and competencies, clinical decision support, mobile health, usability, patient safety, data exchange and interoperability, patient engagement, and clinical quality measures. Acknowledging these research priorities can enhance successful future development of NI to better support clinicians and promote health internationally. © 2016 IMIA and IOS Press.
|
|
| 3. |
- Topaz, M., et al.
(författare)
-
Advancing nursing informatics in the next decade : Recommendations from an international survey
- 2016
-
Ingår i: Studies in Health Technology and Informatics. - : IOS Press. - 9781614996576 ; , s. 123-127
-
Konferensbidrag (refereegranskat)abstract
- In the summer of 2015, the International Medical Informatics Association Nursing Informatics Special Interest Group (IMIA NISIG) Student Working Group developed and distributed an international survey of current and future trends in nursing informatics. The survey was developed based on current literature on nursing informatics trends and translated into six languages. Respondents were from 31 different countries in Asia, Africa, North and Central America, South America, Europe, and Australia. This paper presents the results of responses to the survey question: "What should be done (at a country or organizational level) to advance nursing informatics in the next 5-10 years?" (n responders=272). Using thematic qualitative analysis, responses were grouped into five key themes: 1) Education and training; 2) Research; 3) Practice; 4) Visibility; and 5) Collaboration and integration. We also provide actionable recommendations for advancing nursing informatics in the next decade. © 2016 IMIA and IOS Press.
|
|
| 4. |
- Bessani, A., et al.
(författare)
-
BiobankCloud : A platform for the secure storage, sharing, and processing of large biomedical data sets
- 2016
-
Ingår i: 1st International Workshop on Data Management and Analytics for Medicine and Healthcare, DMAH 2015 and Workshop on Big-Graphs Online Querying, Big-O(Q) 2015 held in conjunction with 41st International Conference on Very Large Data Bases, VLDB 2015. - Cham : Springer. - 9783319415758 - 9783319415765 ; , s. 89-105
-
Konferensbidrag (refereegranskat)abstract
- Biobanks store and catalog human biological material that is increasingly being digitized using next-generation sequencing (NGS). There is, however, a computational bottleneck, as existing software systems are not scalable and secure enough to store and process the incoming wave of genomic data from NGS machines. In the BiobankCloud project, we are building a Hadoop-based platform for the secure storage, sharing, and parallel processing of genomic data. We extended Hadoop to include support for multi-tenant studies, reduced storage requirements with erasure coding, and added support for extensible and consistent metadata. On top of Hadoop, we built a scalable scientific workflow engine featuring a proper workflow definition language focusing on simple integration and chaining of existing tools, adaptive scheduling on Apache Yarn, and support for iterative dataflows. Our platform also supports the secure sharing of data across different, distributed Hadoop clusters. The software is easily installed and comes with a user-friendly web interface for running, managing, and accessing data sets behind a secure 2-factor authentication. Initial tests have shown that the engine scales well to dozens of nodes. The entire system is open-source and includes pre-defined workflows for popular tasks in biomedical data analysis, such as variant identification, differential transcriptome analysis using RNA-Seq, and analysis of miRNA-Seq and ChIP-Seq data.
|
|
| 5. |
- Björkman, Kristoffer, et al.
(författare)
-
Genotype-phenotype correlations in patients with complex I deficiency due to mutations in NDUFS1 and NDUFV1
- 2014
-
Ingår i: Euromit 2014, 15-19 juni, Tampere, Finland.
-
Konferensbidrag (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Objectives: To study genotype-phenotype correlations in genes encoding complex I electron input module subunits. Materials and methods: We studied five patients with isolated complex I deficiency, three with NDUFS1 mutations and two with NDUFV1 mutations. A literature review of all reported cases of mutations in the affected genes was performed. Results: The literature review revealed pathological mutations in NDUFS1 for 18 patients in 17 families and correspondingly in NDUFV1 for 26 patients in 19 families. Unpublished clinical data for our five patients were added. Our study showed quite variable clinical courses; death before two years of age was seen in 41% of patients while 18% were alive at seven years. There was a significant difference between the NDUFS1 and NDUFV1 groups for clinical onset and life-span. Mutations in NDUFS1 were linked to a worse clinical course with earlier onset and earlier death. Conclusions: Genotype-phenotype correlations in patients with mutations affecting the genes that encode the electron input module of complex I vary, but patients with NDUFS1 mutation tend to have a worse clinical course than patients with NDUFV1 mutation. Identifying the mutations is of importance for accurate prognostic information and genetic counseling.
|
|
| 6. |
- Garcia, Danilo, 1973, et al.
(författare)
-
Hälsa, välbefinnande och ohälsa bland långtidsarbetslösa [Health, Well-Being, and Mental Illness among Long-Term Unemployed]
- 2020
-
Ingår i: FoU i Sverige - vad pågår?.
-
Konferensbidrag (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- BAKGRUND: Att vara långtidsarbetslös (d.v.s. ≥ 6 månader) är associerat med psykiatriska problem och 37% högre risk för självmord, förmodligen därför att långtidsarbetslösa har, jämfört med normalbefolkningen, låga nivåer i vissa hälsorelaterade förmågor (d.v.s. Self-Directedness, Cooperativeness, and Self-Transcendence). SYFTE: I två studier undersökte vi olika mått på hälsa, välbefinnande och ohälsa bland långtidsarbetslösa (> 6 månader utan sysselsättning) i relation till kliniska (dvs. patienter diagnostiserade med Anorexia Nervosa) och normalpopulationer. METOD: Unga vuxna som var arbetslösa rekryterades vid början av olika projekt i södra Sverige. Deltagarna i Studie 1 (N1 = 281) svarade på The Public Health Surveillance Well-Being Scale (Bann et al., 2012), som mäter biopsychosocial hälsa: livstillfredsställelse, känsla av syfte och mening, glädje, hopp, tillfredsställelse med familj, vänner och energinivå, samt generell hälsotillstånd. Vi beräknade T-scores för deltagarnas hälsa genom att använda normdata på 5000 individer. Vi jämförde sedan långtidsarbetslösa med individer som hade varit arbetslösa 5 månader eller mindre. I Studie 2 svarade deltagarna (N2 = 266) på mått av subjektivt välbefinnande (dvs. Positive Affect and Negative Affect Schedule, Satisfaction with Life Scale) och ohälsa (dvs. Hospital Anxiety and Depression Scale, Defeat and Entrapment Scales). Deras svar jämfördes med patienter diagnostiserade med Anorexia Nervosa och individer i olika normalpopulationer. RESULTAT: I Studie 1, visade en variansanalys (ANOVA) att det fanns en signifikant medeleffekt (F(5, 247) = 5.91, p < .001, Partial Eta2 = .11) av tid som arbetslös och självrapporterad biopsykosocial hälsa. Precis som förväntat fanns det en signifikant skillnad (p < .001) mellan individer som hade varit arbetssökande i en månad eller mindre (T-Score medelvärde = 48.77) och de som hade varit arbetssökande i sex månader eller mer (T-Score medelvärde = 41.43) Ca. 30% av de individer som var långtidsarbetslösa (d.v.s. ≥ 6 månader) rapporterade nivåer av biopsykosocial hälsa som var 1,5 standardavvikelse eller lägre än normalpopulationen, medan enbart ca. 10% av de som hade varit arbetslösa en månad eller mindre rapporterade så låga nivåer av biopsykosocial hälsa. I Studie 2, rapporterade gruppen av långtidsarbetslösa signifikanta skillnader i positiva emotioner (t = -10.51, df = 199, p < .001, Cohen’s d = 0.77), livstillfredsställelse (t = -13.51, df = 201, p < .001, Cohen’s d = 0.87) och negativa emotioner (t = 12.34, df = 196, p < .001, Cohen’s d = 0.97) än normalpopulationen. Vi hittade inga signifikanta skillnader mellan långtidsarbetslösa och gruppen med Anorexia Nervosa patienter. De långtidsarbetslösa rapporterade även signifikant högre grad av ångest (t = 22.06, df = 204, p < .001, Cohen’s d = 1.70) och depression än normalpopulationen (t = 12.55, df = 204, p < .001, Cohen’s d = .91). Samtliga dessa skillnader var stora (Cohen’s d mellan 0.77-1.70) SLUTSATSER: I Studie 1 var det ca. en tredjedel av de långtidsarbetslösa som rapporterade lika låga nivåer av ohälsa som 15% av normalpopulationen. Studie 2 visade stora skillnader i välbefinnande och ohälsa mellan de långtidsarbetslösa och normalpopulationen. Medan det inte fanns skillnader i välbefinnande mellan långtidsarbetslösa och patienter, hittade vi lägre grader av ohälsa bland patientpopulationer än långtidsarbetslösa. Viktigt att komma ihåg är att avsaknaden av positiva emotioner är ibland en större prediktor av morbiditet och dödlighet än närvaron av negativa emotioner (Cloninger, 2004). Med det sagt, ca. 72% av deltagarna rapporterade nivåer av ångest som var över nivån som forskning indikerar för troligt behöv av psykiatrisk vård. Eftersom problemet är komplext och vi ser även en sårbarhet på individnivå, räcker det inte med att enbart göra arbetsmarknadsinsatser eller enbart göra hälso- och sjukvårdsinsatser. Med andra ord behöver eventuella insatser även fokusera på att påverka/utveckla roten av problemet (dvs. hälsorelaterade förmågor: självinsikt, självacceptans, samarbetsvilja, samhörighet och förmågan att uppleva flow och meningsfullhet) och att reducera stress. Sist men inte minst, med tanke på den graden av ohälsa som individer som är långtidsarbetslösa uppvisar, är det desto viktigare att använda evidensbaserade interventioner eller åtminstone följa upp effekten av insatserna med validerade instrument och metoder. Annars riskerar vi att göra dem immuna till interventioner som kanske skulle hjälpa dem.
|
|
| 7. |
- Tsiartas, Panos, et al.
(författare)
-
P–459 Ex vivo perfusion of whole ewe ovaries with follicular maturation for up to seven days: towards the development of an alternative fertility preservation method
- 2021
-
Ingår i: Human Reproduction Vol 36 Issue Supplement 1. - : Oxford University Press (OUP). - 0268-1161.
-
Konferensbidrag (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Abstract Study question To develop an alternative fertility preservation method for young female cancer patients based on an ex vivo perfusion of whole ovaries serving as a platform for future ovarian stimulation studies. Summary answer It is possible to maintain viable follicles and to retrieve oocytes after ex vivo perfusion of ewe ovaries for up to 7 days. What is known already Some progress has been made in terms of follicular growth and the isolation of mature oocytes in vitro. However, full development, from early follicular stages to a viable offspring, has only been described in rodent models. The complex events controlling follicular expansion and the long time required for folliculogenesis and oocyte maturity in large mammalian species creating challenges and limitations for in vitro studies. Ex vivo perfusion of a whole ovary could potentially be a solution by exploiting the intact ovarian architecture to support folliculogenesis and oocyte maturation. Study design, size, duration Thirty-one ewe ovaries were divided into 4 groups and ex vivo perfused in a bioreactor. Group 1 (n = 14) perfusion for 48 hours with no hormone supplementation; Group 2 (n = 4) perfusion 96–101 hours with follicle stimulating hormone (FSH); Group 3 (n = 3) perfusion 120–168 hours with human menopausal gonadotropin (hMG); Group 4 (n = 10) perfusion 72–144 hours with hMG. Participants/materials, setting, methods Ewe ovaries from sexually mature ewes were ex vivo perfused in a bioreactor under normothermic conditions for up to 7 days (max total 168 hours). Histomorphological, immunohistochemical, hormonal and biochemical analyses were performed to assess ovarian structure and viability after cold ischemia and after perfusion which was subsequently compared to control ovaries. Main results and the role of chance The perfused ovaries in group 2 and 3 showed no significant differences in follicular density, viability and oocyte quality after ischemia and perfusion compared to control ovaries. Estradiol and progesterone levels did not increase during the perfusion. The perfused ovaries in group 1 and 4 showed a significant decrease in the ovarian reserve and oocyte quality. In total, 16 GV-MI oocytes were retrieved from groups 3 and 4. Limitations, reasons for caution 1. Ovaries were retrieved from ewes of unknown cycle and reproductive history. 2. The perfusion medium was changed after 24 hours from perfusion start to remove detrimental metabolites and this could affect the measured concentrations of hormones and metabolites in the perfusion medium. Wider implications of the findings: These results pave the way to propose ex vivo perfusion as a good platform for fertility preservation studies on whole mammalian and human ovaries to retrieve fully mature oocytes. Trial registration number Not applicable
|
|
| 8. |
- Garcia, Danilo, 1973, et al.
(författare)
-
Resilienspersonlighetsprofiler bland svenska långtidsarbetslösa [Resilience Personality Profiles among Swedish Long-Term Unemployed]
- 2020
-
Ingår i: FoU i Sverige - vad pågår?.
-
Konferensbidrag (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- BAKGRUND: Resiliens är förmågan att framgångsrikt och hälsosamt anpassa sig till utmanande omständigheter, såsom långtidsarbetslöshet, sjukdom eller svåra livshändelser. Från ett personcentrerat perspektiv, är resiliens en specifik personlighetskonfiguration: låg Harm Avoidance (d.v.s. att vara avslappnad, självsäker och optimistisk), hög Persistence (d.v.s. att vara ihärdig, arbetsam, flitig och överpresterande) och hög Self-Directedness (d.v.s. att vara ansvarsfull, pålitlig, själv-accepterande, målinriktad och rådig). Men även hög Cooperativeness (d.v.s. att vara empatisk, tolerant mot andra, hjälpsam och samarbetsvillig) och hög Self-Transcendence (d.v.s. att kunna uppleva flow, samhörighet, meningsfullhet och känna sig som en del av något större än en själv) bidrar till resiliens och ett lyckligt liv. SYFTE: Syftet med vår studie var att utforska personlighet och prevalensen av olika resilienspersonlighetsprofiler bland svenska långtidsarbetslösa (> 6 månader utan sysselsättning) i relation till normalpopulationen. METOD: Unga vuxna som var arbetslösa rekryterades vid början av olika projekt i södra Sverige. Deltagarna i studien (N = 281) rapporterade sin personlighet genom att svara på Temperament and Character Inventory (Cloninger et al., 1993). Vi beräknade T-scores och percentiler för personlighetsdragen genom att använda den svenska normdatan (Anthropedia, 2018; Nnorm = 1900). Sedan beräknades deltagarnas resilienspersonlighetsprofiler genom att klustra alla åtta möjliga kombinationer av höga (Harm Avoidance: H, Persistence: P och Self-Directedness: S) och låga (Harm Avoidance: h, Persistence: p och Self-Directedness: s) percentiler i varje personlighetsdrag. Till sist beräknade vi prevalensen (procenttal) av varje profil inom denna population. RESULTAT: Ca. 60% av deltagarna rapporterade Harm Avoidance-nivåer som var en standardavvikelse över normalpopulationens medelvärde. Ca. 40% av deltagarna rapporterade Persistence-nivåer en standardavvikelse under normalpopulationens medelvärde. Ca. 77% av deltagarna rapporterade Self-Directedness-nivåer en standardavvikelse under normalpopulationens medelvärde. Deltagarna visade även låga nivåer av Cooperativeness (ca. 30% en standardavvikelse under normalpopulationens medelvärde) och Self-Transcendence (ca. 40% en standardavvikelse under normalpopulationens medelvärde). Sist men inte minst, fann vi följande prevalenser av profiler: 67,8% Fragile (Hps), 3,4% Conscientious (HPS), 3,4% Laid-Back (hps), 12,7% Perfectionistic (HPs), 2,4% Happy-go-Lucky (hPs), 9.3% High-Strung (HpS), 1.0% Clever (hpS), och enbart 1.5% Resilient (hPS). SLUTSATS: Ungefär 80,5% av individer som var långtidsarbetslösa hade en profil med hög risk för ohälsa (d.v.s. Fragile, Hps, eller Perfectionistic, HPs). Höga grader av oro och pessimism (hög Harm Avoidance) i samband med låga grader av ihärdighet (låg Persistence) och problem med sin självbild och självacceptans (låg Self-Directedness) ligger förmodligen till grund för både psykisk ohälsa och problem att klara av små och stora svårigheter i livet (dvs. låg resiliens). Vidare anser vi att låg självacceptans (låg Self-Directedness), låga grader av tolerans mot andra och avsaknad av tillit till andra (låg Cooperativeness) och avsaknad av mening med livet (låg Self-Transcendence) bidrar förmodligen till att individen känner sig besegrad av livet och oförmögen att klara av att ta sig ur situationen, en cynisk syn på världen (t.ex. andra människor och myndigheter) och en känsla av avskildhet. Eftersom vi ser även en sårbarhet på individnivå, räcker det inte med att enbart göra arbetsmarknadsinsatser eller enbart hälso- och sjukvårdsinsatser. Vi behöver även försäkra oss om att även öka individens självinsikt, självacceptans, känsla av samhörighet och mening samt sänka stressnivåer. Med andra ord, eftersom det är svårt att skapa de perfekta arbetsförutsättningarna för alla, bör målet snarare vara att ge goda förutsättningar för arbete och arbetsmiljö, men framförallt att stärka de personliga hälsorelaterade förmågorna (d.v.s. Self-Directedness, Cooperativeness och Self-Transcendence) så att individen kan hantera arbetslöshet och de andra utmaningarna i 2000-talet. Med tanke på den extrema graden av ohälsa som individer som är långtidsarbetslösa uppvisar, behöver vi fokusera på evidensbaserade interventioner som är biopsykosociala eller åtminstone följa upp effekten av insatserna med validerade instrument. Annars riskerar vi att göra individerna immuna till interventioner som kanske skulle hjälpa dem.
|
|
| 9. |
- Tofigh, Ali, et al.
(författare)
-
A global structural em algorithm for a model of cancer progression
- 2011
-
Ingår i: Adv. Neural Inf. Process. Syst.: Annu. Conf. Neural Inf. Process. Syst., NIPS. - 9781618395993
-
Konferensbidrag (refereegranskat)abstract
- Cancer has complex patterns of progression that include converging as well as diverging progressional pathways. Vogelstein's path model of colon cancer was a pioneering contribution to cancer research. Since then, several attempts have been made at obtaining mathematical models of cancer progression, devising learning algorithms, and applying these to cross-sectional data. Beerenwinkel et al. provided, what they coined, EM-like algorithms for Oncogenetic Trees (OTs) and mixtures of such. Given the small size of current and future data sets, it is important to minimize the number of parameters of a model. For this reason, we too focus on tree-based models and introduce Hidden-variable Oncogenetic Trees (HOTs). In contrast to OTs, HOTs allow for errors in the data and thereby provide more realistic modeling. We also design global structural EM algorithms for learning HOTs and mixtures of HOTs (HOT-mixtures). The algorithms are global in the sense that, during the M-step, they find a structure that yields a global maximum of the expected complete log-likelihood rather than merely one that improves it. The algorithm for single HOTs performs very well on reasonable-sized data sets, while that for HOT-mixtures requires data sets of sizes obtainable only with tomorrow's more cost-efficient technologies.
|
|
| 10. |
- Alvén, Jennifer, 1989, et al.
(författare)
-
A Deep Learning Approach to MR-less Spatial Normalization for Tau PET Images
- 2019
-
Ingår i: Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention : MICCAI 2019 - 22nd International Conference, Proceedings - MICCAI 2019 - 22nd International Conference, Proceedings. - Cham : Springer International Publishing. - 1611-3349 .- 0302-9743. - 9783030322441 - 9783030322458 ; 11765 LNCS, s. 355-363
-
Konferensbidrag (refereegranskat)abstract
- The procedure of aligning a positron emission tomography (PET) image with a common coordinate system, spatial normalization, typically demands a corresponding structural magnetic resonance (MR) image. However, MR imaging is not always available or feasible for the subject, which calls for enabling spatial normalization without MR, MR-less spatial normalization. In this work, we propose a template-free approach to MR-less spatial normalization for [18F]flortaucipir tau PET images. We use a deep neural network that estimates an aligning transformation from the PET input image, and outputs the spatially normalized image as well as the parameterized transformation. In order to do so, the proposed network iteratively estimates a set of rigid and affine transformations by means of convolutional neural network regressors as well as spatial transformer layers. The network is trained and validated on 199 tau PET volumes with corresponding ground truth transformations, and tested on two different datasets. The proposed method shows competitive performance in terms of registration accuracy as well as speed, and compares favourably to previously published results.
|
|
