| 1. |
|
|
| 2. |
- Klionsky, Daniel J., et al.
(författare)
-
Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy
- 2012
-
Ingår i: Autophagy. - : Informa UK Limited. - 1554-8635 .- 1554-8627. ; 8:4, s. 445-544
-
Forskningsöversikt (refereegranskat)abstract
- In 2008 we published the first set of guidelines for standardizing research in autophagy. Since then, research on this topic has continued to accelerate, and many new scientists have entered the field. Our knowledge base and relevant new technologies have also been expanding. Accordingly, it is important to update these guidelines for monitoring autophagy in different organisms. Various reviews have described the range of assays that have been used for this purpose. Nevertheless, there continues to be confusion regarding acceptable methods to measure autophagy, especially in multicellular eukaryotes. A key point that needs to be emphasized is that there is a difference between measurements that monitor the numbers or volume of autophagic elements (e.g., autophagosomes or autolysosomes) at any stage of the autophagic process vs. those that measure flux through the autophagy pathway (i.e., the complete process); thus, a block in macroautophagy that results in autophagosome accumulation needs to be differentiated from stimuli that result in increased autophagic activity, defined as increased autophagy induction coupled with increased delivery to, and degradation within, lysosomes (in most higher eukaryotes and some protists such as Dictyostelium) or the vacuole (in plants and fungi). In other words, it is especially important that investigators new to the field understand that the appearance of more autophagosomes does not necessarily equate with more autophagy. In fact, in many cases, autophagosomes accumulate because of a block in trafficking to lysosomes without a concomitant change in autophagosome biogenesis, whereas an increase in autolysosomes may reflect a reduction in degradative activity. Here, we present a set of guidelines for the selection and interpretation of methods for use by investigators who aim to examine macroautophagy and related processes, as well as for reviewers who need to provide realistic and reasonable critiques of papers that are focused on these processes. These guidelines are not meant to be a formulaic set of rules, because the appropriate assays depend in part on the question being asked and the system being used. In addition, we emphasize that no individual assay is guaranteed to be the most appropriate one in every situation, and we strongly recommend the use of multiple assays to monitor autophagy. In these guidelines, we consider these various methods of assessing autophagy and what information can, or cannot, be obtained from them. Finally, by discussing the merits and limits of particular autophagy assays, we hope to encourage technical innovation in the field.
|
|
| 3. |
- Weinstein, John N., et al.
(författare)
-
The cancer genome atlas pan-cancer analysis project
- 2013
-
Ingår i: Nature Genetics. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1546-1718 .- 1061-4036. ; 45:10, s. 1113-1120
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- The Cancer Genome Atlas (TCGA) Research Network has profiled and analyzed large numbers of human tumors to discover molecular aberrations at the DNA, RNA, protein and epigenetic levels. The resulting rich data provide a major opportunity to develop an integrated picture of commonalities, differences and emergent themes across tumor lineages. The Pan-Cancer initiative compares the first 12 tumor types profiled by TCGA. Analysis of the molecular aberrations and their functional roles across tumor types will teach us how to extend therapies effective in one cancer type to others with a similar genomic profile. © 2013 Nature America, Inc. All rights reserved.
|
|
| 4. |
- Kätterer, Thomas, et al.
(författare)
-
Växtföljders påverkan på inlagring av organiskt kol i jordbruksmark : en systematisk översikt och samhällsekonomisk analys
- 2021
-
Rapport (populärvet., debatt m.m.)abstract
- Ändrade växtföljder kan göra jordbruket mer klimatsmart Genom väl avvägda växtföljder inom jordbruket kan förlusten av organiskt kol i marken minskas. Det är bra både för klimatet och markens bördighet. Vi har undersökt vad vetenskapen säger om vilka grödor och växtföljder som minskar kolförlusterna mest. I den här rapporten redovisar vi en systematisk översikt (del 1) och en samhällsekonomisk analys (del 2). Den systematiska översikten reder ut hur olika växtföljder påverkar inlagring av kol i jordbruksmark. Syftet med en systematisk översikt är att identifiera all tillgänglig och relevant kunskap, kvalitetsgranska studierna och undersöka hur olika faktorer påverkar studieresultaten. I den här systematiska översikten har vi granskat över 7500 unika sökträffar, varav 125 vetenskapliga artiklar uppfyllde de på förhand uppställda urvalskriterierna och är inkluderade i översikten. Utifrån resultaten från den systematiska översikten har vi därefter genomfört en kostnadsnyttoanalys och beräknat den samhällsekonomiska lönsamheten av olika typer av växtföljder. Vi har också genomfört en styrmedelsanalys där vi diskuterar vad som kan vara ett lämpligt styrmedel för att få till stånd en ändring av växtföljder som leder till en ökad inlagring av kol på jordbruksmark.Del 1: Övergripande evidensgraderade slutsatser av den systematiska översiktenVi är säkra på att flerårsväxter har en positiv effekt på halten av organiskt kol i jorden inom varierade växtföljderVi är säkra på att baljväxter har en positiv effekt på halten av organiskt kol i jorden inom varierade växtföljderVi kan visa att det finns en positiv effekt på halten av organiskt kol i jorden av vissa varierade växtföljder och brukningsmetoder jämfört med en upprepad monokultur.Fler och mer detaljerade slutsatser presenteras i rapporten. De skillnader i halt av organiskt kol i jorden mellan olika typer av växtföljder vi rapporterar om här framkommer tydligast när många studier vägs samman, snarare än i enskilda studier, och det statistiska underlaget därmed blir större. I den systematiska översikten har vi även identifierat några typer av växtföljder som det kan behövas mer forskning om, samt brister i hur metoder och resultat ofta rapporteras och som författare av framtida vetenskapliga artiklar bör beakta.Del 2: Resultat av den samhällsekonomiska analysenModellberäkningar visar att det är samhällsekonomiskt lönsamt att inom jordbruket praktisera växtföljder som främjar inlagring av organiskt kol i jordbruksmark även om de på kort sikt ger en lägre avkastning för den enskilde jordbrukaren.Om styrmedel i form av ekonomiska ersättningar skulle bli aktuella för att öka intresset för växtföljder som främjar inlagring av organiskt kol i jordbruksmark kan omvänd auktionering vara ett fungerande alternativ. Införande och utformning av ett eventuellt styrmedel måste dock utredas djupare och förankras brett genom sedvanligt remissförfarande.
|
|
| 5. |
- Cong, Ronggang, et al.
(författare)
-
Managing soil natural capital: An effective strategy for mitigating future agricultural risks?
- 2014
-
Ingår i: Agricultural Systems. - : Elsevier BV. - 0308-521X .- 1873-2267. ; 129, s. 30-39
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Uncontrollable events such as adverse weather and volatile prices present considerable risks for arable farmers. Soil natural capital, which views the capacity of soil biodiversity to generate ecosystem services as a component of farm capital, could be important for the stability and resilience of arable production systems. We investigate therefore whether managing soil natural capital could be an effective strategy for mitigating future agricultural risks. We do this by constructing a dynamic stochastic portfolio model to optimize the stock of soil organic carbon (SOC)—our indicator of soil natural capital—when considering both the risks and returns from farming. SOC is controlled via the spatial and temporal allocation of cash crops and an illustrative replenishing land use. We find that higher soil natural capital buffers yield variance against adverse weather and reduces reliance on external inputs. Managing soil natural capital has therefore the potential to mitigate two serious agricultural risks: energy price shocks and adverse weather events, both of which are likely to be exacerbated in the future due to, e.g., globalization and climate change.
|
|
| 6. |
- Ahlberg, Erik, et al.
(författare)
-
"Vi klimatforskare stödjer Greta och skolungdomarna"
- 2019
-
Ingår i: Dagens nyheter (DN debatt). - 1101-2447.
-
Tidskriftsartikel (populärvet., debatt m.m.)abstract
- DN DEBATT 15/3. Sedan industrialiseringens början har vi använt omkring fyra femtedelar av den mängd fossilt kol som får förbrännas för att vi ska klara Parisavtalet. Vi har bara en femtedel kvar och det är bråttom att kraftigt reducera utsläppen. Det har Greta Thunberg och de strejkande ungdomarna förstått. Därför stödjer vi deras krav, skriver 270 klimatforskare.
|
|
| 7. |
- Cong, Ronggang, et al.
(författare)
-
Managing ecosystem services for agriculture:Will landscape-scale management pay?
- 2014
-
Ingår i: Ecological Economics. - : Elsevier BV. - 0921-8009 .- 1873-6106. ; 99, s. 53-62
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Agriculture's reliance on ecosystem services creates economic and ecological interdependencies between crop production and biodiversity. Interactions with mobile organisms are particularly complex because they depend on the spatial configuration of habitat at large scales. As such conserving habitat is likely to benefit multiple farmers whereas conservation costs are born individually, creating potential interdependencies among farmers. We explore under what conditions landscape-scale management of ecosystem services is likely to benefit farmers compared to managing them at the farm-scale. To do this we develop an agent-based model (ABM) to predict the landscape configuration emerging from farm-scale management under different conditions: initial landscape, crop and pollinator characteristics. As a benchmark, the landscape configuration from landscapescale management is derived through a global optimization procedure. Not only do we find that efficiency improves with landscape-scale management, but also that all farmers would benefit from it (given dependence of crop yields on ecosystem services). However, we also find that the individual incentives to avoid maintaining habitat on one's own land are relatively high; therefore creating conditions for a Prisoner's Dilemma-type problem. On the other hand we also demonstrate that an incentive-compatible contract exists that can promote efficient landscape management (by combining side-payments with fines for defection).
|
|
| 8. |
- Weiffenbach, Julia E., et al.
(författare)
-
Unraveling the mechanisms and implications of a stronger mid-Pliocene Atlantic Meridional Overturning Circulation (AMOC) in PlioMIP2
- 2023
-
Ingår i: Climate of the Past. - : COPERNICUS GESELLSCHAFT MBH. - 1814-9324 .- 1814-9332. ; 19:1, s. 61-85
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- The mid-Pliocene warm period (3.264-3.025 Ma) is the most recent geological period in which the atmospheric CO2 concentration was approximately equal to the concentration we measure today (ca. 400 ppm). Sea surface temperature (SST) proxies indicate above-average warming over the North Atlantic in the mid-Pliocene with respect to the pre-industrial period, which may be linked to an intensified Atlantic Meridional Overturning Circulation (AMOC). Earlier results from the Pliocene Model Intercomparison Project Phase 2 (PlioMIP2) show that the ensemble simulates a stronger AMOC in the mid-Pliocene than in the pre-industrial. However, no consistent relationship between the stronger mid-Pliocene AMOC and either the Atlantic northward ocean heat transport (OHT) or average North Atlantic SSTs has been found. In this study, we look further into the drivers and consequences of a stronger AMOC in mid-Pliocene compared to pre-industrial simulations in PlioMIP2. We find that all model simulations with a closed Bering Strait and Canadian Archipelago show reduced freshwater transport from the Arctic Ocean into the North Atlantic. This contributes to an increase in salinity in the subpolar North Atlantic and Labrador Sea that can be linked to the stronger AMOC in the mid-Pliocene. To investigate the dynamics behind the ensembles variable response of the total Atlantic OHT to the stronger AMOC, we separate the Atlantic OHT into two components associated with either the overturning circulation or the wind-driven gyre circulation. While the ensemble mean of the overturning component is increased significantly in magnitude in the mid-Pliocene, it is partly compensated by a reduction in the gyre component in the northern subtropical gyre region. This indicates that the lack of relationship between the total OHT and AMOC is due to changes in OHT by the subtropical gyre. The overturning and gyre components should therefore be considered separately to gain a more complete understanding of the OHT response to a stronger mid-Pliocene AMOC. In addition, we show that the AMOC exerts a stronger influence on North Atlantic SSTs in the mid-Pliocene than in the pre-industrial, providing a possible explanation for the improved agreement of the PlioMIP2 ensemble mean SSTs with reconstructions in the North Atlantic.
|
|
| 9. |
- Brady, Mark V., et al.
(författare)
-
Impacts of the CAP’s environmental policy instruments on farm structures, agricultural incomes and public goods
- 2016
-
Annan publikation (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- We examined farmers’ costs of providing public goods under the Common Agricultural Policy (CAP) and the expected impacts of the 2015 CAP “greening” reform on regional development and provisioning of public goods. Less than half of CAP spending Before the reform was justifiable in terms of the delivery of specific public goods; and predicted benefits from greening are low. We recommend re-allocating support to targeted and landscape-scale payments, better matching the financing of public goods with the beneficiaries and re-considering greening.
|
|
| 10. |
- Dänhardt, Juliana, et al.
(författare)
-
Ekologiska fokusarealer i samverkan : Utvärdering av effekter på ekosystemtjänster, jordbruk och administration
- 2017
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- I den här studien utvärderar vi konsekvenserna av så kallat gemensamt genomförande av ekologiska fokusarealer enlig artikel 46:5 och 46:6 i EU:s direktstödsförordning. Genom bredare analyser beaktar vi även andra former av samverkan och justerade skötselvillkor. Att främja sammanhängande områden med ekologiskt fokus är en del av EU:s satsning på grön infrastruktur. Sverige tillämpar inte gemensamt genomförande i dagsläget. Ekologisk-ekonomisk modellering, workshop med jordbrukare och intervjuer med tjänstemän ligger till grund för studiens resultat. Fokus i våra analyser är effekter på pollinering och biologisk skadedjursbekämpning, båda ekosystemtjänster till nytta för jordbruket.Jordbrukare positiva till samverkan, tjänstemän befarar högre kostnaderGenerellt är de medverkande jordbrukarna positiva till samverkan. Tydligare och mer konkret koppling mellan godkända fokusarealer, skötselvillkor och miljönytta behövs dock för att skapa acceptans hos jordbrukarna. Tjänstemän med erfarenhet av samverkan är generellt positiva, medan personer utan erfarenhet är mer tveksamma. På svenska myndigheter befaras ökade transaktionskostnader, trots att fungerande exempel på samverkan i Europa finns. Vi rekommenderar att inspiration och kunskap hämtas från dessa lyckade exempel.Små miljöeffekter med dagens fokusarealerAtt med dagens regelverk införa gemensamt genomförande av ekologiska fokusarealer ger små miljöeffekter. Miljöeffekten förblir svag eftersom möjligheten att välja fokusarealer med låg miljöeffekt kvarstår, och eftersom generösa viktningsfaktorer minskar den faktiskt avsatta arealen av fokusarealer med högre miljönytta. Dessutom finns incitament att placera fokusarealerna på lågproduktiv mark, där behovet av fokusarealer som gynnar ekosystemtjänster är lägre. I dag godkänns också fokusarealer som ingår i det normala brukandet, vilket skapar dödvikt. Våra modeller visar att möjligheten till samverkan inte löser dessa problem.Bättre miljöeffekt med rätt fokusarealer och krav på kvalitetFör att uppnå en bättre miljöeffekt behövs en utformning av reglerna som premierar de mest miljöeffektiva fokusarealerna. Först och främst bör menyn av fokusarealer innehålla miljöeffektiva åtgärder. Dessutom bör viktningssystemet omvärderas så att den mest effektiva fokusarealen används som referens. Slutligen bör placeringen av ekologiska fokusarealer göras i ett landskapsperspektiv för att säkerställa fokusarealernas bidrag till grön infrastruktur. På gårdsnivå bör fokusarealerna genom information och rådgivning styras till platser där potentialen för miljönytta är störst, exempelvis intill grödor som gynnas av pollinering och biologisk skadedjursbekämpning. Ett effektivt sätt att gynna just dessa ekosystemtjänster vore att begränsa menyn av valbara fokusarealer till träda och obrukade fältkanter och samtidigt ha krav på att så in blommande växter.
|
|
