| 1. |
|
|
| 2. |
- Darmanis, Spyros, et al.
(författare)
-
Multiplexed solid-phase proximity ligation assays: Highly specific and parallel protein measurements with DNA sequencing readout
-
Annan publikation (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Identification and validation of protein biomarkers is a very important step towards the understanding of the underlying mechanisms of disease, early diagnosis and efficient patient treatment. To carry out this task, methods are needed that would allow us to mine the proteome with sufficient sensitivity and specificity in large sets of samples. We present herein the development of a Multiplexed Proximity Ligation Assay (MultiPLAy), to facilitate efficient protein profiling in a parallel, sensitive and specific manner. We showed that for the simultaneous analysis of 35 proteins MultiPLAy exhibited an improved sensitivity over conventional sandwich assays as well as a smaller susceptibility to background signal increase in the transition from singleplex to multiplex. We used MultiPLAy to identify putative biomarkers in two separate sample cohorts of colorectal cancer (CRC) and cardiovascular disease (CVD) and with the use a novel multivariate analysis approach were able to identify new, as well as already known diagnostic biomarkers. Furthermore we were able to combine MultiPLAy with the use of next-generation sequencing allowing for the first time digital recording of protein profiles in blood. We demonstrated good reproducibility of MultiPLAy coupled to next-generation sequencing, as well as a satisfactory correlation to standard real-time PCR readout. We conclude that MultiPLAy has great potential as a basis for highly multiplexed protein detection assays that can be utilized for the identification of large numbers of proteins or protein variants. This will allow extensive validation of protein expression patterns in biobanked samples and in prospective studies, and can provide a much-needed platform for efficient validation of diagnostic markers for clinical use.
|
|
| 3. |
- Fredriksson, Ronny, et al.
(författare)
-
Kartering av uppväxtområden för fisk och större kräftdjur i grunda områden i Västerhavet
- 2021
-
Ingår i: Aqua reports.
-
Annan publikation (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- I kust- och havsförvaltningen är behovet av heltäckande utbredningskartor över viktiga fiskhabitat stort både på regional och nationell nivå. Kartorna efterfrågas för både fiskförvaltning, områdesskydd och havsplanering, liksom för hanteringen av tillstånds- och dispensärenden. Habitatmodellering där man kopplar förekomst av arter i provfisken till olika miljövariabler och på så sätt predikterar lämpliga habitat är en metod som gör det möjligt att ta fram heltäckande utbredningskartor utifrån provfiskedata. Hos många fiskarter är speciellt de yngre livsstadierna starkast knutna till specifika miljöer, vilket dels gör dem extra känsliga för påverkan i dessa områden. Samtidigt gör detta dem lämpliga att kartlägga med hjälp av modellering. I denna studie har vi tagit fram heltäckande, högupplösta kartor över uppväxtområden för ett tjugotal av de viktigaste fiskarterna i grunda områden längs svenska västkusten. Vi har använt så kallad ensemblemodellering, där ett flertal statistiska metoder kombineras, för att predicera så säkra utbredningskartor som möjligt. Modellerna bygger på förekomstdata från provfisken utförda med ryssjor under maj till september, i kombination med data på fem miljövariabler (djup, rugositet, vågexponering, temperatur och salinitet). Totalt har 5 146 prover från åren 2002-2017 ingått i modelleringen. Kartorna täcker kustområden ner till 30 meter djup i Skagerrak, Kattegatt och Öresund, vilket utgör huvudsakligt utbredningsområde i svenskt vatten för merparten av de modellerade arterna. De predicerade utbredningskartorna är användbara till exempel inom fiskförvaltning, havsplanering, arbete med grön infrastruktur och områdesskydd på både nationell och regional nivå.
|
|
| 4. |
|
|
| 5. |
|
|
| 6. |
|
|
| 7. |
|
|
| 8. |
|
|
| 9. |
|
|
| 10. |
- Sreedharan, Smitha, et al.
(författare)
-
GPR162 is expressed in the hypothalamus and is involved in food intake related behaviour
- 2011
-
Annan publikation (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- The Rhodopsin family of G protein-coupled receptors (GPCRs) includes about 270 non-olfactory receptors and is the largest family of GPCRs. About sixty non-olfactory Rhodopsin GPCRs are still orphans without known ligands, and fairly little is known about their functions. In this study, we present molecular, neuroanatomical, genetic and behavioral data implicating a Rhodopsin family protein, GPR162, in the regulation of food intake-related behaviour and glucose homeostasis. The real-time PCR data show that GPR162 is predominantly expressed in the CNS. The in situ hybridization results confirmed significant expression of GPR162 in several hypothalamic sites, amygdala, substantia nigra and ventral tegmental area, among others regions. In line with the distribution of the GPR162 mRNA in the feeding circuitry, antisense oligo knockdown of GPR162 caused a significant reduction in food intake but no effect was observed towards reduction in body weight in rats. Our human genetics studies suggest that genetic variants of GPR162 affect glucose homeostasis. In conclusion, this study provides evidence linking the orphan GPR162 gene with the regulation of food intake-related behaviour.
|
|
