| 1. |
|
|
| 2. |
- Abarenkov, Kessy, et al.
(author)
-
The curse of the uncultured fungus
- 2022
-
In: MycoKeys. - 1314-4057 .- 1314-4049. ; 86, s. 177-194
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- The international DNA sequence databases abound in fungal sequences not annotated beyond the kingdom level, typically bearing names such as “uncultured fungus”. These sequences beget low-resolution mycological results and invite further deposition of similarly poorly annotated entries. What do these sequences represent? This study uses a 767,918-sequence corpus of public full-length fungal ITS sequences to estimate what proportion of the 95,055 “uncultured fungus” sequences that represent truly unidentifiable fungal taxa – and what proportion of them that would have been straightforward to annotate to some more meaningful taxonomic level at the time of sequence deposition. Our results suggest that more than 70% of these sequences would have been trivial to identify to at least the order/family level at the time of sequence deposition, hinting that factors other than poor availability of relevant reference sequences explain the low-resolution names. We speculate that researchers’ perceived lack of time and lack of insight into the ramifications of this problem are the main explanations for the low-resolution names. We were surprised to find that more than a fifth of these sequences seem to have been deposited by mycologists rather than researchers unfamiliar with the consequences of poorly annotated fungal sequences in molecular repositories. The proportion of these needlessly poorly annotated sequences does not decline over time, suggesting that this problem must not be left unchecked.
|
|
| 3. |
- Abarenkov, Kessy, et al.
(author)
-
The curse of the uncultured fungus
- 2022
-
In: MycoKeys. - : Pensoft Publishers. - 1314-4057 .- 1314-4049. ; :86, s. 177-194
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- The international DNA sequence databases abound in fungal sequences not annotated beyond the kingdom level, typically bearing names such as "uncultured fungus". These sequences beget lowresolution mycological results and invite further deposition of similarly poorly annotated entries. What do these sequences represent? This study uses a 767,918-sequence corpus of public full-length that represent truly unidentifiable fungal taxa - and what proportion of them that would have deposition. Our results suggest that more than 70% of these sequences would have been trivial to identify to at least the order/family level at the time of sequence deposition, hinting that factors other than poor availability of relevant reference sequences explain the low-resolution names. We speculate that researchers' perceived lack of time and lack of insight into the ramifications of this problem are the main explanations for the low-resolution names. We were surprised to find that more than a fifth of these sequences seem to have been deposited by mycologists rather than researchers unfamiliar with the consequences of poorly annotated fungal sequences in molecular repositories. The proportion of these needlessly poorly annotated sequences does not decline over time, suggesting that this problem must not be left unchecked.
|
|
| 4. |
- Arnell, Anders, et al.
(author)
-
Naturvägledning i Sverige - en översikt
- 2009
-
Reports (other academic/artistic)abstract
- Naturvägledning handlar om att förmedla kunskap om och väcka känslor för naturen och kulturlandskapet. Naturvägledare finns i många verksamheter och kallas ofta för något annat i sin vardag: naturguide, museipedagog, ekoturismföretagare, naturinformatör. Centrum för naturvägledning presenterar i rapporten Naturvägledning i Sverige en bred översikt över begrepp, historik, och pågående aktiviteter inom svensk naturvägledning, med en internationell utblick. Rapporten bygger bland annat på intervjuer och enkäter med cirka 100 personer, som ger sin bilder av mål, glädjeämnen och utmaningar med arbetet som naturvägledare.
|
|
| 5. |
- Bacou, Marion, et al.
(author)
-
Development of Preclinical Ultrasound Imaging Techniques to Identify and Image Sentinel Lymph Nodes in a Cancerous Animal Model
- 2022
-
In: Cancers. - : MDPI AG. - 2072-6694. ; 14:3
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- Lymph nodes (LNs) are believed to be the first organs targeted by colorectal cancer cells detached from a primary solid tumor because of their role in draining interstitial fluids. Better detection and assessment of these organs have the potential to help clinicians in stratification and designing optimal design of oncological treatments for each patient. Whilst highly valuable for the detection of primary tumors, CT and MRI remain limited for the characterization of LNs. B-mode ultrasound (US) and contrast-enhanced ultrasound (CEUS) can improve the detection of LNs and could provide critical complementary information to MRI and CT scans; however, the European Federation of Societies for Ultrasound in Medicine and Biology (EFSUMB) guidelines advise that further evidence is required before US or CEUS can be recommended for clinical use. Moreover, knowledge of the lymphatic system and LNs is relatively limited, especially in preclinical models. In this pilot study, we have created a mouse model of metastatic cancer and utilized 3D high-frequency ultrasound to assess the volume, shape, and absence of hilum, along with CEUS to assess the flow dynamics of tumor-free and tumor-bearing LNs in vivo. The aforementioned parameters were used to create a scoring system to predict the likelihood of a disease-involved LN before establishing post-mortem diagnosis with histopathology. Preliminary results suggest that a sum score of parameters may provide a more accurate diagnosis than the LN size, the single parameter currently used to predict the involvement of an LN in disease.
|
|
| 6. |
- Benavente, Veronica, et al.
(author)
-
Influence of lipid extraction and processing conditions on hydrothermal conversion of microalgae feedstocks – Effect on hydrochar composition, secondary char formation and phytotoxicity
- 2022
-
In: Chemical Engineering Journal. - : Elsevier. - 1385-8947 .- 1873-3212. ; 428
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- This study investigated the effect of lipid extraction of microalgae feedstocks subjected to hydrothermal carbonization (HTC) with regard to the carbonization degree, chemical composition and phytotoxicity of hydrochars produced under different reaction temperatures and residence times. Special attention was given to the formation and composition of secondary char, as this part of the hydrochar may be of particular importance for environmental and technical applications. A microalgae polyculture grown in municipal wastewater was extracted to retrieve lipids, and both unextracted (MA) and extracted microalgae (EMA) were used to produce hydrochars at 180–240 °C for 1–4 h. The composition of the hydrochars was thoroughly characterized by elemental analysis, thermogravimetric analysis and pyrolysis–gas chromatography/mass spectrometry analysis. MA exhibited a greater carbonization degree than EMA and contained higher amounts of secondary char under the same processing conditions. During the carbonization of EMA, more decomposition products remained in the liquid phase and less polymerization occurred than for MA, which explained the lower solid yield of EMA-derived hydrochars in comparison to MA hydrochars. Consequently, although they contained potentially toxic substances (i.e., carboxylic acids, aldehydes and ketones), the EMA-derived hydrochars exhibited a lower phytotoxic potential. This indicates that low-temperature hydrochars containing less than 10% of extractives might be suitable as soil amendments, whereas extractive-rich hydrochars would be more appropriate for other long-term applications, such as adsorbents for contaminant removal, energy storage and composite materials. Detailed characterization of microalgae-derived hydrochars is required to enable the most suitable application areas to be identified for these materials, and thereby make full use of their function as carbon sinks.
|
|
| 7. |
- Bjärsholm, Daniel, et al.
(author)
-
A longitudinal study on exercise habits and mental health among Swedish police students
- 2023
-
Conference paper (peer-reviewed)abstract
- IntroductionIn Sweden, police education should promote students’ physical activity and mental health. According to national goals, police students should be provided with sufficient conditions to develop and maintain advantageous exercise habits and tools to handle various mentally and physically demanding tasks. The national goals also state that students’ physical fitness must be better at graduation than what the requirements are for admission (see Krugly et al., 2022). Although the improvement of students’ physical fitness and mental health are national goals, there is a general lack of knowledge regarding: 1) police students physical and mental health, especially from a Swedish perspective; and 2) how well police education promotes students’ level of physical activity during education. Against this background, the aim is to explore police students’ mental health and level of physical activity during police education in Sweden.MethodsThe data derives from the largest project in Sweden on police students’ physical and mental health, and consists of longitudinal data on police students answers of a self-rated questionnaire about exercise habits and mental health (N = 785). The data used in this study was gathered between 2019–2021, and consisted of four data collection points, from two police educations in Sweden. The analysis was conducted in two steps. First, exploratory- and confirmatory factor analyses were conducted to create scales for mental health orientation. Second, these scales, together with the variable exercise habits, were used as outcome variables in t-tests, X2 test and ANOVA. Effect size measurements were calculated and interpreted based on established guidelines.ResultsThe results show high psychometric support for two scales named positive health orientation and negative health orientation. Based on the scales and the variable of exercise habits, three primarily results emerge: 1) the levels of physical training for men decrease during education; 2) there are gender differences showing that women have a more negative health orientation; and, 3) the positive mental health orientation decreases during education for both men and women.DiscussionSwedish police education should prepare students for physically and mentally demanding work. However, as this study concludes, this tends to not be the case, especially given that both the level of physical activity and the positive mental health orientation decrease during education. This raises questions on whether the Swedish police education is doing “enough” to provide the students with adequate conditions for improving their mental and physical health.Krugly, S., Bjärsholm, D., Jansson, A., Rosendal Hansen, A., Hansson, O., Brehm, K., Datmo, A., Hafsteinsson Östenberg, A., & Vikman, J. (2022). A retrospective study of physical fitness and mental health among police students in Sweden. The Police Journal: Theory, Practice and Principles. doi.org/10.1177/0032258X221089576
|
|
| 8. |
- Brydegaard, Mikkel, et al.
(author)
-
Short-Wave infrared atmospheric scheimpflug lidar
- 2018
-
In: EPJ Web of Conferences. - : EDP Sciences. ; 176
-
Conference paper (peer-reviewed)abstract
- Atmospheric dual-band Scheimpflug lidar is demonstrated at 980 and 1550 nm. Signals are compared during three weather conditions, and the spatio-temporal resolution of the atmospheric structure is considered. The potential for aerosol classification is evaluated, and future directions are discussed.
|
|
| 9. |
- Brydegaard, Mikkel, et al.
(author)
-
The Scheimpflug lidar method
- 2017
-
In: Lidar Remote Sensing for Environmental Monitoring 2017. - : SPIE. - 9781510612693 ; 10406
-
Conference paper (peer-reviewed)abstract
- The recent several years we developed the Scheimpflug lidar method. We combined an invention from the 19th century with modern optoelectronics such as diode lasers and CMOS array from the 21st century. The approach exceeds expectations of background suppression, sensitivity and resolution beyond known from time-of-flight lidars. We accomplished multiband elastic atmospheric lidars for resolving single particles and aerosol plumes from 405 nm to 1550 nm. We pursued hyperspectral differential absorption lidar for molecular species. We demonstrated a simple method of inelastic hyperspectral lidar for profiling aquatic environments and vegetation structure. Not least, we have developed polarimetric Scheimpflug lidar with multi-kHz sampling rates for remote modulation spectroscopy and classification of aerofauna. All these advances are thanks to the Scheimpflug principle. Here we give a review of how far we have come and shed light on the limitations and opportunities for future directions. In particular, we show how the biosphere can be resolved with unsurpassed resolution in space and time, and share our expectation on how this can revolutionize ecological analysis and management in relation to agricultural pests, disease vectors and pollinator problematics.
|
|
| 10. |
- Carlsson, Per, 1951-, et al.
(author)
-
Prioriteringar inom hälso- och sjukvård - erfarenheter från andra länder
- 2005
-
Reports (other academic/artistic)abstract
- Under de senaste femton åren kan man notera ett uppvaknande hos politiker i flera länder när det gäller behovet av att göra prioriteringar i hälso- och sjukvården. I själva verket har ransonering skett i alla tider. Sådan kan dock föregås av mer eller mindre medvetna och systematiska prioriteringar. När svenska politiker i likhet med sina kollegor i andra länder började prata om behovet av att göra prioriteringar handlade det om att göra dem mer öppet än vad som gällt tidigare. Det har dock visat sig svårt att agera öppet på grund av mängd orsaker. Avsaknaden av enhetliga begrepp, svårt att bestämma vilka kriterier för rättvisa som skall användas och en oförståelse från allmänheten att hälso- och sjukvård ska begränsas på något sätt är exempel på sådana svårigheter. För att övervinna dessa svårigheter har man valt olika strategier i de länder som på allvar försökt göra sina prioriteringar mer öppna. I några länder har man valt att fokusera på att utveckla en gemensam värdegrund medan andra valt att utveckla medborgardialogen. I ytterligare andra länder väljer man att undvika att tala öppet om prioriteringar.I den internationella debatten är det framförallt de amerikanska etikerna Norman Daniels och James Sabin teorier om diskursiv rättvisa som fått ett stort genomslag. De menar att vi aldrig kommer att kunna nå en fullständig enighet om vilka principer som skall gälla vid nödvändiga prioriteringar. Istället anser de att det borde vara möjligt att nå större acceptans om ett prioriteringsbeslut fattats på ett sätt som flertalet anser som legitimt och rättvist. Förutom kravet på öppenhet är det enligt Daniels och Sabin viktigt att grunderna för besluten uppfattas som relevanta. Ett sätt för beslutsfattare att uppnå detta är att alliera sig med andra grupper som åtnjuter viss legitimitet t ex att politiker och vårdpersonal samarbetar. Ett annat sätt kan vara att rationalisera svåra beslut; d v s ge dem karaktär av att vara rationella. Här spelar tillgången på fakta om olika hälso- och sjukvårdsinsatsers effekter och patientnytta en stor roll.Andra forskare menar att prioriteringar av sjukvård alltid innehåller ett stort mått av värderingar och individuella variationer mellan olika patienter. Därför kan man inte grunda sina ställningstaganden på vetenskapliga studier och utarbeta riktlinjer utan istället låta sig styras av vedertagna etiska principer. I Sverige gäller sedan 1997 principen att de med stora behov av vård i första hand skall garanteras vård. Denna princip liksom principen om människors lika värde och kostnadseffektivitet som Riksdagen tagit ställning till är ett försök få igång en bred dialog kring prioriteringar men även att bidra med en plattform för mer öppna och legitima prioriteringar i hälso- och sjukvården. I praktiken visar det sig svårt att omsätta allmänna principer i det dagliga beslutsfattandet.I Sverige efterlyser läkare och andra vårdgrupper tydligare riktlinjer för att kunna ta sitt ansvar för prioriteringar. Den aktuella genomgången visar att man nått olika långt när det gäller öppenheten i de länder som ingår i vår undersökning.Norge var tidigt ute med att utarbeta riktlinjer för prioriteringar inom hälso- och sjukvården. Redan år 1987 avlämnade regeringen en offentlig utredning (NOU 1987:23) i ämnet (Lönning I). Tio år senare återkom regeringen med ytterligare tankar och förslag i NOU 1997:18 (Lönning II). Liksom i alla västländer har den norska hälso- och sjukvårdssektorn haft kostnadsproblem. I synnerhet under 1990-talet tycks kostnaderna ha vuxit i en snabbare takt än vad tillgängliga resurser har tillåtit. En öppen prioritering i enlighet med Lönning-utredningarna tycks dock inte ha varit lösningen på detta dilemma. Genomgången av den norska hälso- och sjukvården ger inget stöd för att dessa tankar fått genomslag i vården. I Norge har man istället försökt lösa problemen med en omfattande strukturförändring som i korthet inneburit att staten genom de regionala hälsoföretagen tagit ett än fastare grepp om den specialiserade sjukhusvården. I de dokument som ligger till grund för den nya ordningen finns dock klara viljeyttringar om att de principer och diskussioner om öppna prioriteringar som finns i både Lönning I och Lönning II ska genomsyra vården framöver. Särskilt omfattande konkret och praktiskt prioriteringsarbete tycks emellertid inte pågå inom ramen för det nya statliga huvudmannaskapet. Införande av en rättighetslag för slutenvård på sjukhus ställer dock krav på en tydligare avgränsning av det offentliga åtagandet. Inte heller inom andra hälso- och sjukvårdssektorer tycks aktiviteterna vara särskilt omfattande.Förändringar av detta slag tar dock lång tid. Det Nationella rådet för prioriteringar inom hälso- och sjukvården som har till uppgift att vara regeringens rådgivande organ ska utveckla principer och metoder för prioriteringar inom hela hälso- och sjukvårdsområdet, både det statliga och det kommunala. Genom rådet har prioriteringsarbetet kommit alltmer i fokus i den omfattande strukturförändring som norsk hälso- och sjukvård genomgår.Nya Zeeland var liksom Norge tidigt med att diskutera prioriteringar inom hälso- och sjukvården på ett öppet och medvetet sätt. I samband med en genomgripande förändring av sjukvårdssystemet i början av 1990-talet påbörjade regeringen ett samtal om gränserna för det offentliga åtagandet och behovet av prioriteringar. Man valde metoder som involverade både sjukvårdspersonal och medborgare. Drygt tio år senare kan man konstatera att det nya zeeländska försöket bara delvis realiserats. Prioriteringar som var tänkta att göras genom att definiera en kärna av sjukvårdstjänster som skulle finansieras offentligt utifrån fastställda kriterier kom aldrig riktigt till stånd.Ekonomin vände, en regering med en annan majoritet tillträdde år 1999 och hälso- och sjukvårdssektorn tillfördes ytterligare medel. Under de första åren på 2000-talet har sjukvården blivit tillförsäkrad resurser motsvarande en utgiftsökning för staten med 21 procent på tre år. Intresset för att diskutera prioriteringar och rättvisefrågor har därmed falnat.Samtidigt kan man konstatera att diskussionen och det arbete som lades ner från början av 1990-talet och framåt har haft viss effekt. Det finns idag en medvetenhet om att det är nödvändigt att se över hur åtminstone tillskottet av resurser som sektorn tilldelas ska fördelas. Arbete pågår både centralt i Ministry of Health och regionalt i de nytillskapade District Health Boards att finna metoder och fördelningsnycklar för hur nytillskottet av pengar ska användas på bästa sätt med de fyra prioriteringskriterierna som formulerades redan i början av 90-talet som grund. Samtalet med befolkningen fortsätter i nya former i första hand genom de nya distriktsstyrelserna.Storbritannien uppvisar relativt låga ambitioner när det gäller att utveckla former för öppna prioriteringar. Det beror dels på att majoriteten av sjukvård fördelas genom en politiskt styrd organisation och dels på den starka symboliska roll som National Health Service (NHS) intar i det brittiska samhället. NHS är en av få organisationer i ett ganska ojämlikt samhälle som alltid har stått för principen om jämlikhet – vård efter behov och inte betalningsförmåga. Det har därför varit särskilt känsligt för politikerna på den nationella nivån att öppet diskutera att utesluta vissa vårdåtgärder.På den lokala nivån inom den offentliga sjukvården har dock beslutsfattare prövat olika former för en mer öppen prioritering. Det finns ingen klar linje utan det förekommer stora lokala variationer, där vissa sjukvårdsområden försökt gå i riktning mot en tydlig process där motiven bakom prioriteringar tydliggörs för allmänheten. Hur framtiden kommer att te sig i detta avseende är svårt att uttala sig om då den lokala beställarorganisationen befinner sig i en period av omställning, där de läkardominerade Primary Care Trusts håller på att ta över ansvaret från de traditionella ”health authorities”.Den nuvarande brittiska regeringen har valt en strategi för att lösa brister i NHS med mer pengar och effektivisering. I fallet med prioriteringar har politikerna lämnat över ansvaret till allehanda expertorgan, helt i linje med uppfattningen att god evidens ska leda till mer självklara avvägningar inom den lokala sjukvården. I vilken utsträckning den verksamhet som bedrivs inom expertorganet NICE kommer att underlätta prioriteringar är dock oklart. En effekt blir också att den lokala sjukvården måste implementera de nya medicinska metoder som av NICE bedöms vara kostnadseffektiva. Att detta leder till att nya prioriteringar aktualiseras är givet.NICE löser inte det grundläggande dilemma som en heltäckande offentlig sjukvårdsorganisation, som brittiska NHS, står inför, nämligen att kraven på organisationen tenderar att hela tiden öka. Trots en del försök med konsultation av medborgare i frågor om prioritering finns dock inget som tyder på att den brittiska allmänheten stöder uppfattningen att den offentliga hälso- och sjukvården måste begränsa sitt åtagande.Liksom i flera andra länder väcktes frågan om öppna prioriteringar i Nederländerna under en tid av dålig offentlig ekonomi. På samma sätt som i Sverige mynnade diskussionen ut i ett politiskt dokument med höga ambitioner rörande öppenhet och prioriteringsprinciper (den s k Dunningkommitténs slutrapport). Trots vissa försök att begränsa det samhälleliga åtagandet inom hälso- och sjukvården har de flesta tjänster som genom politiska beslut lyfts ut ur förmånssystemet lyfts tillbaka igen efter påtryckningar. Kostnadskontrollen har följd
|
|
