Sökning: WFRF:(Lindgren Cecilia M.)
> Lantbruksvetenskap >
A High Density SNP ...
A High Density SNP Array for the Domestic Horse and Extant Perissodactyla : Utility for Association Mapping, Genetic Diversity, and Phylogeny Studies
-
McCue, Molly E. (författare)
-
Bannasch, Danika L. (författare)
-
Petersen, Jessica L. (författare)
-
visa fler...
-
Gurr, Jessica (författare)
-
Bailey, Ernie (författare)
-
Binns, Matthew M. (författare)
-
Distl, Ottmar (författare)
-
Guerin, Gerard (författare)
-
Hasegawa, Telhisa (författare)
-
Hill, Emmeline W. (författare)
-
Leeb, Tosso (författare)
-
- Lindgren, Gabriella (författare)
- Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för husdjursgenetik (HGEN),Department of Animal Breeding and Genetics
-
Penedo, M. Cecilia T. (författare)
-
Roed, Knut H. (författare)
-
Ryder, Oliver A. (författare)
-
Swinburne, June E. (författare)
-
Tozaki, Teruaki (författare)
-
Valberg, Stephanie J. (författare)
-
Vaudin, Mark (författare)
-
- Lindblad-Toh, Kerstin (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
Wade, Claire M. (författare)
-
Mickelson, James R. (författare)
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
-
- 2012-01-12
- 2012
- Engelska.
-
Ingår i: PLOS Genetics. - : Public Library of Science (PLoS). - 1553-7390 .- 1553-7404. ; 8:1, s. e1002451-
- Relaterad länk:
-
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
-
visa fler...
-
https://journals.plo...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://res.slu.se/i...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- An equine SNP genotyping array was developed and evaluated on a panel of samples representing 14 domestic horse breeds and 18 evolutionarily related species. More than 54,000 polymorphic SNPs provided an average inter-SNP spacing of similar to 43 kb. The mean minor allele frequency across domestic horse breeds was 0.23, and the number of polymorphic SNPs within breeds ranged from 43,287 to 52,085. Genome-wide linkage disequilibrium (LD) in most breeds declined rapidly over the first 50-100 kb and reached background levels within 1-2 Mb. The extent of LD and the level of inbreeding were highest in the Thoroughbred and lowest in the Mongolian and Quarter Horse. Multidimensional scaling (MDS) analyses demonstrated the tight grouping of individuals within most breeds, close proximity of related breeds, and less tight grouping in admixed breeds. The close relationship between the Przewalski's Horse and the domestic horse was demonstrated by pair-wise genetic distance and MDS. Genotyping of other Perissodactyla (zebras, asses, tapirs, and rhinoceros) was variably successful, with call rates and the number of polymorphic loci varying across taxa. Parsimony analysis placed the modern horse as sister taxa to Equus przewalski. The utility of the SNP array in genome-wide association was confirmed by mapping the known recessive chestnut coat color locus (MC1R) and defining a conserved haplotype of similar to 750 kb across all breeds. These results demonstrate the high quality of this SNP genotyping resource, its usefulness in diverse genome analyses of the horse, and potential use in related species.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Cell- och molekylärbiologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Cell and Molecular Biology (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Medicinsk genetik (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Medical Genetics (hsv//eng)
- LANTBRUKSVETENSKAPER -- Bioteknologi med applikationer på växter och djur -- Genetik och förädling inom lantbruksvetenskap (hsv//swe)
- AGRICULTURAL SCIENCES -- Agricultural Biotechnology -- Genetics and Breeding in Agricultural Sciences (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
McCue, Molly E.
-
Bannasch, Danika ...
-
Petersen, Jessic ...
-
Gurr, Jessica
-
Bailey, Ernie
-
Binns, Matthew M ...
-
visa fler...
-
Distl, Ottmar
-
Guerin, Gerard
-
Hasegawa, Telhis ...
-
Hill, Emmeline W ...
-
Leeb, Tosso
-
Lindgren, Gabrie ...
-
Penedo, M. Cecil ...
-
Roed, Knut H.
-
Ryder, Oliver A.
-
Swinburne, June ...
-
Tozaki, Teruaki
-
Valberg, Stephan ...
-
Vaudin, Mark
-
Lindblad-Toh, Ke ...
-
Wade, Claire M.
-
Mickelson, James ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Cell och molekyl ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Medicinsk geneti ...
-
- LANTBRUKSVETENSKAPER
-
LANTBRUKSVETENSK ...
-
och Bioteknologi med ...
-
och Genetik och förä ...
- Artiklar i publikationen
-
PLOS Genetics
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet
-
Sveriges Lantbruksuniversitet