Sökning: WFRF:(Nelander Sven 1974)
> Johansson Erik >
Network modeling of...
Network modeling of the transcriptional effects of copy number aberrations in glioblastoma
-
- Jörnsten, Rebecka, 1971 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för matematiska vetenskaper, matematisk statistik,Department of Mathematical Sciences, Mathematical Statistics,University of Gothenburg,Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
- Abenius, Tobias, 1979 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för matematiska vetenskaper, matematisk statistik,Department of Mathematical Sciences, Mathematical Statistics,University of Gothenburg,Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
- Kling, Teresia, 1985 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för medicin,Institute of Medicine,University of Gothenburg
-
visa fler...
-
- Schmidt, Linnéa, 1985 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för medicin,Institute of Medicine,University of Gothenburg
-
- Johansson, Erik (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin,Institute of Biomedicine,University of Gothenburg
-
- Nordling, Torbjorn E. M. (författare)
- KTH,Reglerteknik
-
- Nordlander, Bodil, 1976 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi, mikrobiologi,Department of Cell and Molecular Biology, Microbiology,University of Gothenburg
-
- Sander, Chris (författare)
- Memorial Sloan-Kettering Cancer Center
-
- Gennemark, Peter, 1974 (författare)
- Uppsala universitet,Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för matematiska vetenskaper,Department of Mathematical Sciences,University of Gothenburg,Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology,Analys och tillämpad matematik
-
- Funa, Keiko, 1949 (författare)
- Göteborgs universitet,University of Gothenburg
-
- Nilsson, Björn (författare)
- Lund University,Lunds universitet,Avdelningen för hematologi och transfusionsmedicin,Institutionen för laboratoriemedicin,Medicinska fakulteten,Division of Hematology and Transfusion Medicine,Department of Laboratory Medicine,Faculty of Medicine
-
- Lindahl, Linda, 1972 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för medicin,Institute of Medicine,University of Gothenburg
-
- Nelander, Sven, 1974 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för medicin,Institute of Medicine,University of Gothenburg
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2011-04-26
- 2011
- Engelska.
-
Ingår i: Molecular Systems Biology. - : EMBO. - 1744-4292. ; 7
- Relaterad länk:
-
https://gup.ub.gu.se... (primary) (free)
-
visa fler...
-
https://doi.org/10.1...
-
http://dx.doi.org/10... (free)
-
http://publications.... (primary) (free)
-
https://gup.ub.gu.se...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://lup.lub.lu.s...
-
https://research.cha...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://urn.kb.se/re...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- DNA copy number aberrations (CNAs) are a hallmark of cancer genomes. However, little is known about how such changes affect global gene expression. We develop a modeling framework, EPoC (Endogenous Perturbation analysis of Cancer), to (1) detect disease-driving CNAs and their effect on target mRNA expression, and to (2) stratify cancer patients into long- and short-term survivors. Our method constructs causal network models of gene expression by combining genome-wide DNA- and RNA-level data. Prognostic scores are obtained from a singular value decomposition of the networks. By applying EPoC to glioblastoma data from The Cancer Genome Atlas consortium, we demonstrate that the resulting network models contain known disease-relevant hub genes, reveal interesting candidate hubs, and uncover predictors of patient survival. Targeted validations in four glioblastoma cell lines support selected predictions, and implicate the p53-interacting protein Necdin in suppressing glioblastoma cell growth. We conclude that large-scale network modeling of the effects of CNAs on gene expression may provide insights into the biology of human cancer. Free software in MATLAB and R is provided.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Cell- och molekylärbiologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Cell and Molecular Biology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Matematik -- Sannolikhetsteori och statistik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Mathematics -- Probability Theory and Statistics (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Annan biologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Other Biological Topics (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin -- Hematologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine -- Hematology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Biokemi och molekylärbiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Biochemistry and Molecular Biology (hsv//eng)
Nyckelord
- Cell Line
- Tumor
- Chromosome Aberrations
- Databases
- Factual
- Gene Dosage
- Gene Expression Profiling
- Gene Expression Regulation
- Neoplastic
- Gene Regulatory Networks
- Genome
- Human
- Genome-Wide Association Study
- Glioblastoma
- genetics
- metabolism
- mortality
- pathology
- Humans
- Models
- Genetic
- Nerve Tissue Proteins
- genetics
- metabolism
- Nervous System Neoplasms
- genetics
- metabolism
- mortality
- pathology
- Nuclear Proteins
- genetics
- metabolism
- Prognosis
- Software
- Transcriptional Activation
- genetics
- Tumor Suppressor Protein p53
- genetics
- metabolism
- cancer biology
- cancer genomics
- glioblastoma
- metabolism
- Biochemistry
- Molecular biology
- MEDICINE
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Jörnsten, Rebeck ...
-
Abenius, Tobias, ...
-
Kling, Teresia, ...
-
Schmidt, Linnéa, ...
-
Johansson, Erik
-
Nordling, Torbjo ...
-
visa fler...
-
Nordlander, Bodi ...
-
Sander, Chris
-
Gennemark, Peter ...
-
Funa, Keiko, 194 ...
-
Nilsson, Björn
-
Lindahl, Linda, ...
-
Nelander, Sven, ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Cell och molekyl ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Bioinformatik oc ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Matematik
-
och Sannolikhetsteor ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Annan biologi
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Hematologi
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Biokemi och mole ...
- Artiklar i publikationen
-
Molecular System ...
- Av lärosätet
-
Göteborgs universitet
-
Lunds universitet
-
Chalmers tekniska högskola
-
Kungliga Tekniska Högskolan
-
Uppsala universitet