| 1. |
- Abdellah, Tebani, et al.
(författare)
-
Integration of molecular profiles in a longitudinal wellness profiling cohort.
- 2020
-
Ingår i: Nature communications. - : Springer Science and Business Media LLC. - 2041-1723. ; 11:1
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- An important aspect of precision medicine is to probe the stability in molecular profiles among healthy individuals over time. Here, we sample a longitudinal wellness cohort with 100 healthy individuals and analyze blood molecular profiles including proteomics, transcriptomics, lipidomics, metabolomics, autoantibodies andimmune cell profiling, complementedwith gut microbiota composition and routine clinical chemistry. Overall, our results show high variation between individuals across different molecular readouts, while the intra-individual baseline variation is low. The analyses show that each individual has a unique and stable plasma protein profile throughout the study period and that many individuals also show distinct profiles with regards to the other omics datasets, with strong underlying connections between the blood proteome and the clinical chemistry parameters. In conclusion, the results support an individual-based definition of health and show that comprehensive omics profiling in a longitudinal manner is a path forward for precision medicine.
|
|
| 2. |
- Bjurhager, Ingela, et al.
(författare)
-
Ultrastructure and Mechanical Properties of Populus Wood with Reduced Lignin Content Caused by Transgenic Down-Regulation of Cinnamate 4-Hydroxylase
- 2010
-
Ingår i: Biomacromolecules. - : American Chemical Society (ACS). - 1525-7797 .- 1526-4602. ; 11:9, s. 2359-2365
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Several key enzymes in lignin biosynthesis of Populus have been down-regulated by transgenie approaches to investigate their role in wood lignification and to explore their potential for lignin modification. Cinnamate 4-hydroxylase is an enzyme in the early phenylpropanoid pathway that has not yet been functionally analyzed in Populus. This study shows that down-regulation of cinnamate 4-hydroxylase reduced Klason lignin content by 30% with no significant change in syringyl to guaiacyl ratio. The lignin reduction resulted in ultrastructural differences of the wood and a 10% decrease in wood density. Mechanical properties investigated by tensile tests and dynamic mechanical analysis showed a decrease in stiffness, which could be explained by the lower density. The study demonstrates that a large modification in lignin content only has minor influences on tensile properties of wood in its axial direction and highlights the usefulness of wood modified beyond its natural variation by transgene technology in exploring the impact of wood biopolymer composition and ultrastructure on its material properties.
|
|
| 3. |
- Johansson, Håkan, 1972-, et al.
(författare)
-
Characterization of Campylobacter spp. isolated from wild birds in the Antarctic and Sub-Antarctic
- 2018
-
Ingår i: PLOS ONE. - : Public Library of Science. - 1932-6203. ; 13:11
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- A lack of knowledge of naturally occurring pathogens is limiting our ability to use the Antarctic to study the impact human-mediated introduction of infectious microorganisms have on this relatively uncontaminated environment. As no large-scale coordinated effort to remedy this lack of knowledge has taken place, we rely on smaller targeted efforts to both study present microorganisms and monitor the environment for introductions. In one such effort, we isolated Campylobacter species from fecal samples collected from wild birds in the Antarctic Peninsula and the sub-Antarctic island of South Georgia. Indeed, in South Georgia, we found Campylobacter lari and the closely related Campylobacter peloridis, but also distantly related human-associated multilocus sequence types of Campylobacter jejuni. In contrast, in the Antarctic Peninsula, we found C. tart and two closely related species, Campylobacter subantarcticus and Campylobacter volucris, but no signs of human introduction. In fact, our finding of human-associated sequence types of C. jejuni in South Georgia, but not in the Antarctic Peninsula, suggests that efforts to limit the spread of infectious microorganisms to the Antarctic have so far been successful in preventing the introduction of C. jejuni. However, we do not know how it came to South Georgia and whether the same mode of introduction could spread it from there to the Antarctic Peninsula.
|
|
| 4. |
- Jönsson, Mari, et al.
(författare)
-
A spatially explicit decision support system for assessment of tree stump harvest using biodiversity and economic criteria
- 2020
-
Ingår i: Sustainability. - : MDPI AG. - 2071-1050. ; 12:21
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Stump harvesting is predicted to increase with future increasing demands for renewable energy. This may affect deadwood affiliate biodiversity negatively, given that stumps constitute a large proportion of the deadwood in young managed forests. Spatial decision support for evaluating the integrated effects on biodiversity and production of stump harvesting is needed. We developed a spatially explicit decision support system (called MapStump-DSS), for assessment of tree stump harvesting using biodiversity and economic criteria together with different scenarios for biodiversity conservation and bioenergy market prices. Two novel key aspects of the MAPStump-DSS is that it (1) merges and utilizes georeferenced stump-level data (e.g., tree species and diameter) directly from the harvester with stand data that are increasingly available to forest managers and (2) is flexible toward incorporating both quantitative and qualitative criteria based on emerging knowledge (here biodiversity criteria) or underlying societal drivers and end-user preferences. We tested the MAPStump-DSS on a 45 ha study forest, utilizing harvester data on characteristics and geographical positions for >26,000 stumps. The MAPStump-DSS produced relevant spatially explicit information on the biodiversity and economic values of individual stumps, where amounts of “conflict stumps” (with both high biodiversity and economical value) increased with bioenergy price levels and strengthened biodiversity conservation measures. The MAPStump-DSS can be applied in practice for any forest site, allowing the user to examine the spatial distribution of stumps and to obtain summaries for whole forest stands. Information depicted by the MAPStump-DSS includes amounts, characteristics, biodiversity values and costs of stumps in relation to different scenarios, which also allow the user to explore and optimize biodiversity and economy trade-offs prior to stump harvest.
|
|
| 5. |
|
|
| 6. |
- Lindgren, Nils, et al.
(författare)
-
Metodutveckling för datainsamling i NILS landskapsruta : skattningar med laserdata och optiska satellitbilder
- 2014
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- NILS är en stickprovsbaserad inventering som syftar till att producera information om miljön i Sverige. Resultaten används bland annat för nationell statistik och internationell rapportering liksom för forskning. Inventeringen baseras på åter-kommande inventering av 631 systematiskt utlagda samplingsenheter eller ”rutor” där varje ruta består av: en 1 km stor ruta som tolkas i detalj i IR-flygbilder, 12 provytor som besöks i fält, samt en 5 * 5 km stor ruta som skall ge information om omgivande landskap. Projektet har haft som syfte att undersöka möjligheter för att kartera NILS 5 km ruta med automatiska metoder som kan utföras med en begrän-sad tidståtgång. I denna rapport rapporteras försök med att använda optiska satellitdata från Landsat TM och SPOT HRG sensorerna, samt laserskannerdata från lantmäteriets nationella skanning för en ny nationell höjdmodell (NH). Viss förhandstolkning av ägoslagsgränser har gjorts i fotogrammetrisk arbetsstation. För att minska mängden manuellt arbete har möjligheterna att använda referensdata från NILS inventering-ens fältytor eller 1 km ruta, samt från Riksskogstaxeringen också undersökts. De väsentligaste resultaten redovisas nedan: Krontäckning och trädvegetationens höjd kan skattas från laserdata om re-ferensdata beräknas från Riksskogstaxeringens klavträd, eller bedöms i fo-togrammetrisk arbetsstation; däremot så var Riksskogstaxeringens fältbe-dömda krontäckningar inte lika bra referensdata. Busktäckning kunde inte skattas med laserskannerdata från Lantmäteriets nationella laserskanning, men har kunnat skattas i andra studier som gjorts med mera specialiserade skanningar, De referensytor som täcker en satellitregistrering sammanfaller i regel end-ast delvis med de referensytor som täcker lämpliga laserskannerdata för samma skattningsområde, ett stratifierat arbetssätt är därför att föredra. Lantmäteriets laserskanning i kombination med referensdata från Riks-skogstaxeringen lämpade sig därvid väl för att dela in landskapet i öppna och trädtäckta marker (i detta projekt definierades trädtäckta områden som områden med mer än 10% krontäckning och mer än 3 m trädhöjd). Inom trädtäckta områden kan en klassning i grova trädslagsklasser göras från kombinationen av satellitbilder och Riksskogstaxeringens ytor. För det öppna landskapet undersöktes om befintliga fältdata kunde använ-das för en grov markvegetationsklassning, men datamaterialet, både från NILS och Riksskogstaxeringen, blev för litet. Flygbildstolkningen från NILS 1 km ruta var inte heller lämplig för detta ändamål. Istället kan en speciell flygbildstolkning användas, där ytor subjektivt väljs speciellt för denna klassning. Ett klassningsschema utvecklades, där ett antal grova klasser blev slutresultatet
|
|
| 7. |
- Lindgren, Nils, et al.
(författare)
-
Using Optical Satellite Data and Airborne Lidar Data for a Nationwide Sampling Survey
- 2015
-
Ingår i: Remote Sensing. - : MDPI AG. - 2072-4292. ; 7, s. 4253-4267
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- A workflow for combining airborne lidar, optical satellite data and National Forest Inventory (NFI) plots for cost efficient operational mapping of a nationwide sample of 5x 5 km squares in the National Inventory of Landscapes in Sweden (NILS) landscape inventory in Sweden is presented. Since the areas where both satellite data and lidar data have a common data quality are limited, and impose a constraint on the number of available NFI plots, it is not feasible to perform classifications in a single step. Instead a stratified approach where canopy cover and canopy height are first predicted from lidar data trained with NFI plots is proposed. From the lidar predictions a forest stratum is defined as grid cells with more than 3m mean tree height and more than 10% vertical canopy cover, the remaining grid cells are defined as open land. Both forest and open land are then classified into broad vegetation classes using optical satellite data. The classification of open land is trained with aerial photo interpretation and the classification of the forest stratum is trained with a new set of NFI plots. The result is a rational procedure for nationwide sample based vegetation characterization.
|
|
| 8. |
- Nilsson, Björn, et al.
(författare)
-
Punktgittertolkning av brandområdet i Västmanland : redovisning av uppdrag från Skogsstyrelsen
- 2014
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Efter branden i Västmanland i augusti 2014 uppdrog Skogsstyrelsen åt SLU att utföra en punktgittertolkning för att ta fram statistik över den brandskadade skogen. Arbetet har utförts vid institutionen för skoglig resurshushållning vid SLU i Umeå under oktober månad 2014. Sammantaget, så har 2062 provytor med 10 m radie och 300 m mellanrum tolkats i flygbilder från strax före och efter branden. Arbetet har utförts i fotogrammetrisk arbetsstation. Denna rapport redovisar använda metoder samt en första sammanställning av statistik. Från den levererade databasen kan sedan ytterligare analyser göras. Databasen lämpar sig även för framtida uppföljning samt kombination med andra datakällor. Resultaten enligt denna undersökning visar bland annat att ca 13 100 ha berördes av branden, varav 9576 ha bedömdes som produktiv skogsmark. Av den produktiva skogsmarken var marken brandskadad på 98 % av ytan. Skadorna i trädkronorna fördelade sig enligt följande: 4 % av arealen hade inga tolkade skador i trädkronorna; för 23 % av arealen bedömdes mindre än hälften av trädkronornas barr eller löv vara döda; för 52 % av arealen bedömdes mer än hälften av trädkronornas barr/löv vara döda men fortfarande ha delar av kronan kvar. Resterande 25 % av skogsmarksarealen omfattades av kronbrand (viss del grenar kan finnas kvar men inga barr/löv). Virkesförrådet i de två kraftigaste skadeklasserna (> 50 % av kronan skadad, eller kronbrand) uppskattades till ca 917 400 m3sk, medan virkesförrådet i områden med högst 50 % kronskador omfattade ca 344 100 m3sk. Den talldominerade skogen är mest skadad och den lövdominerade skogen och blandskogarna är mindre skadad. Resultaten i denna rapport bygger helt på mätning och bedömning i flygbilder och ingen efterföljande kontrollinventering har gjorts. Av tidsskäl har heller inga referensytor innan bildtolkningen varit möjliga att få fram. Det finns därför risk att det kan förekomma systematiska fel, t.ex. i uppskattningen av virkesförråden. Dessa uppgifter bör därför användas med viss försiktighet. Eventuell kontrollinventering kan bara utföras i den buffertzon utanför brandområdet som också inventerats. Det har även gjorts en kartering av yttergränsen för det område som bedömts som brandpåverkat på uppdrag från Myndigheten för samhällsskydd och beredskap (MSB). Denna gräns bygger på både bildtolkning och fältbesök. Skogsstyrelsen beslutade att bara punkter inom denna gräns ska ingå i beräkningarna
|
|
| 9. |
- Nordin, Annika, et al.
(författare)
-
Urea for sanitization of anaerobically digested dewatered sewage sludge
- 2015
-
Ingår i: Environmental Engineering Science. - : Mary Ann Liebert Inc. - 1092-8758 .- 1557-9018. ; 32:2, s. 86-94
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- When recycling sewage sludge to agriculture, the risk of disease transmission must be taken into account. Sanitizing treatment prevents disease transmission by reducing dissemination of pathogens early in the reuse chain. Sanitization is commonly achieved by heat treatment of sludge, for example, by prepasteurization before anaerobic digestion or by thermophilic anaerobic digestion. This study evaluated ammonia treatment of anaerobically digested dewatered sewage sludge at pilot scale (65 ton) by urea addition at 0.85% and 1.6% wet weight compared with storage without ammonia addition over 145 days of treatment during the Swedish winter, with ambient temperatures below 0 C. Addition of 1.6% urea reduced indicator organisms Enterococcus spp. and Escherichia coli to below the detection limit of 100 and 10cfu/g, respectively, within 3 months of treatment, whereas the 0.85% urea treatment did inactivate E. coli but not Enterococcus spp. within the study period (145 days). In the control, both indicator bacteria were still present at the end of the study period. Thus, 1.6% treatment with urea is a promising low cost on-demand option for sludge sanitization and can be performed at considerably lower cost than heat treatment.
|
|
| 10. |
- Olsson, Anne-Mari, et al.
(författare)
-
Ultra-structural organisation of cell wall polymers in normal and tension wood of aspen revealed by polarisation FTIR microspectroscopy
- 2011
-
Ingår i: Planta. - : Springer Science and Business Media LLC. - 0032-0935 .- 1432-2048. ; 233:6, s. 1277-1286
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Polarisation Fourier transform infra-red (FTIR) microspectroscopy was used to characterize the organisation and orientation of wood polymers in normal wood and tension wood from hybrid aspen (Populus tremula x Populus tremuloides). It is shown that both xylan and lignin in normal wood are highly oriented in the fibre wall. Their orientation is parallel with the cellulose microfibrils and hence in the direction of the fibre axis. In tension wood a similar orientation of lignin was found. However, in tension wood absorption peaks normally assigned to xylan exhibited a 90A degrees change in the orientation dependence of the vibrations as compared with normal wood. The molecular origin of these vibrations are not known, but they are abundant enough to mask the orientation dependence of the xylan signal from the S-2 layer in tension wood and could possibly come from other pentose sugars present in, or associated with, the gelatinous layer of tension wood fibres.
|
|
