| 1. |
- Christophersen, Mikael K., et al.
(författare)
-
SMIM1 variants rs1175550 and rs143702418 independently modulate Vel blood group antigen expression
- 2017
-
Ingår i: Scientific Reports. - : Springer Science and Business Media LLC. - 2045-2322. ; 7
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- The Vel blood group antigen is expressed on the red blood cells of most individuals. Recently, we described that homozygosity for inactivating mutations in SMIM1 defines the rare Vel-negative phenotype. Still, Vel-positive individuals show great variability in Vel antigen expression, creating a risk for Vel blood typing errors and transfusion reactions. We fine-mapped the regulatory region located in SMIM1 intron 2 in Swedish blood donors, and observed a strong correlation between expression and rs1175550 as well as with a previously unreported tri-nucleotide insertion (rs143702418; C > CGCA). While the two variants are tightly linked in Caucasians, we separated their effects in African Americans, and found that rs1175550G and to a lesser extent rs143702418C independently increase SMIM1 and Vel antigen expression. Gel shift and luciferase assays indicate that both variants are transcriptionally active, and we identified binding of the transcription factor TAL1 as a potential mediator of the increased expression associated with rs1175550G. Our results provide insight into the regulatory logic of Vel antigen expression, and extend the set of markers for genetic Vel blood group typing.
|
|
| 2. |
|
|
| 3. |
- Heiskanen, Janne, et al.
(författare)
-
Aerial photo interpretation for change detection of treeline ecotones in the Swedish mountains
- 2008
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- It is expected that the ongoing climate change will have a strong influence on the Earth’s vegetation and cause the advancement of treelines towards the poles and up to higher elevations. In the Swedish mountains, changes in the positions of alpine treelines have already been reported, and major changes due to changing climate are predicted for the near future. Remote sensing techniques have considerable potential to improve the monitoring of spatially complex treeline ecotones, which are likely to show site dependent responses to changing climate. Aerial photos provide the longest temporal record of remote sensing data for studying the historical treeline changes. High spatial resolution and the possibility of interpreting photos in three-dimensions are the main strengths of aerial photos. The National Inventory of Landscapes in Sweden (NILS) is a nationwide environmental monitoring program, which provides sampling infrastructure for monitoring treelines over the Swedish mountains using high spatial resolution remote sensing data.
|
|
| 4. |
- Lindgren, Nils, et al.
(författare)
-
Metodutveckling för datainsamling i NILS landskapsruta : skattningar med laserdata och optiska satellitbilder
- 2014
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- NILS är en stickprovsbaserad inventering som syftar till att producera information om miljön i Sverige. Resultaten används bland annat för nationell statistik och internationell rapportering liksom för forskning. Inventeringen baseras på åter-kommande inventering av 631 systematiskt utlagda samplingsenheter eller ”rutor” där varje ruta består av: en 1 km stor ruta som tolkas i detalj i IR-flygbilder, 12 provytor som besöks i fält, samt en 5 * 5 km stor ruta som skall ge information om omgivande landskap. Projektet har haft som syfte att undersöka möjligheter för att kartera NILS 5 km ruta med automatiska metoder som kan utföras med en begrän-sad tidståtgång. I denna rapport rapporteras försök med att använda optiska satellitdata från Landsat TM och SPOT HRG sensorerna, samt laserskannerdata från lantmäteriets nationella skanning för en ny nationell höjdmodell (NH). Viss förhandstolkning av ägoslagsgränser har gjorts i fotogrammetrisk arbetsstation. För att minska mängden manuellt arbete har möjligheterna att använda referensdata från NILS inventering-ens fältytor eller 1 km ruta, samt från Riksskogstaxeringen också undersökts. De väsentligaste resultaten redovisas nedan: Krontäckning och trädvegetationens höjd kan skattas från laserdata om re-ferensdata beräknas från Riksskogstaxeringens klavträd, eller bedöms i fo-togrammetrisk arbetsstation; däremot så var Riksskogstaxeringens fältbe-dömda krontäckningar inte lika bra referensdata. Busktäckning kunde inte skattas med laserskannerdata från Lantmäteriets nationella laserskanning, men har kunnat skattas i andra studier som gjorts med mera specialiserade skanningar, De referensytor som täcker en satellitregistrering sammanfaller i regel end-ast delvis med de referensytor som täcker lämpliga laserskannerdata för samma skattningsområde, ett stratifierat arbetssätt är därför att föredra. Lantmäteriets laserskanning i kombination med referensdata från Riks-skogstaxeringen lämpade sig därvid väl för att dela in landskapet i öppna och trädtäckta marker (i detta projekt definierades trädtäckta områden som områden med mer än 10% krontäckning och mer än 3 m trädhöjd). Inom trädtäckta områden kan en klassning i grova trädslagsklasser göras från kombinationen av satellitbilder och Riksskogstaxeringens ytor. För det öppna landskapet undersöktes om befintliga fältdata kunde använ-das för en grov markvegetationsklassning, men datamaterialet, både från NILS och Riksskogstaxeringen, blev för litet. Flygbildstolkningen från NILS 1 km ruta var inte heller lämplig för detta ändamål. Istället kan en speciell flygbildstolkning användas, där ytor subjektivt väljs speciellt för denna klassning. Ett klassningsschema utvecklades, där ett antal grova klasser blev slutresultatet
|
|
| 5. |
- Lindgren, Nils, et al.
(författare)
-
Using Optical Satellite Data and Airborne Lidar Data for a Nationwide Sampling Survey
- 2015
-
Ingår i: Remote Sensing. - : MDPI AG. - 2072-4292. ; 7, s. 4253-4267
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- A workflow for combining airborne lidar, optical satellite data and National Forest Inventory (NFI) plots for cost efficient operational mapping of a nationwide sample of 5x 5 km squares in the National Inventory of Landscapes in Sweden (NILS) landscape inventory in Sweden is presented. Since the areas where both satellite data and lidar data have a common data quality are limited, and impose a constraint on the number of available NFI plots, it is not feasible to perform classifications in a single step. Instead a stratified approach where canopy cover and canopy height are first predicted from lidar data trained with NFI plots is proposed. From the lidar predictions a forest stratum is defined as grid cells with more than 3m mean tree height and more than 10% vertical canopy cover, the remaining grid cells are defined as open land. Both forest and open land are then classified into broad vegetation classes using optical satellite data. The classification of open land is trained with aerial photo interpretation and the classification of the forest stratum is trained with a new set of NFI plots. The result is a rational procedure for nationwide sample based vegetation characterization.
|
|
| 6. |
- Marklund, Liselott, et al.
(författare)
-
Utveckling av metodik för flygbildstolkning inom NILS landskapsrutor (5x5 km)
- 2007
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Miljöövervakningsprogrammet Nationell Inventering av Landskapet i Sverige (NILS) bygger på en kombination av fältinventering och flygbildstolkning och ger ett dataunderlag för att skatta tillstånd och förändringar i det svenska landskapets alla naturtyper. För att utföra landskapsanalyser krävs data från ett större område än den centrala kilometerruta (1 km 2) som utgör basen inom NILS. Den omgivande landskapsrutan (25 km2) är där ett viktigt komplement för att kunna beskriva den rumsliga fördelningen av olika typer av landskapselement, och landskapets fragmenteringsgrad, med mera.Projektet har syftat till att ta fram ett beslutsunderlag som ska ligga till grund för beslut om hur flygbildstolkningen av landskapsrutan ska utföras.Utgångspunkten i projektet har varit att ta hänsyn till så många användarbehov som möjligt vid förslaget på tolkningsmetodik. Undersökningen av användarbehov har till stor del baserats på den informationsanalys (Esseen et al . 2004) som legat till grund för designen av NILS. Genomgången visar att de största användarbehoven är att kunna följa landskapets sammansättning och struktur. För att detta ska vara möjligt krävs uppgifter om storlek, form och rumslig fördelning av en mängd marktäcketyper och markanvändning. Användarnas behov av detaljeringsgrad varierar och inom urban miljö och inom odlingslandskapet är kraven på detaljeringsnivå är högre jämfört med skogsmark och våtmarker, där en högre generaliseringsgrad kan tolereras.Metodtester och en genomgång av nya tekniker och metoder för datafångst och tolkning har genomförts med utgångspunkt från de användarbehov som påtalats i informationsanalysen (Esseen et al . 2004). Ett förslag på möjlig klassificering har framarbetats för att visa på den detaljeringsgrad som krävs vid tolkningen för att skapa vissa typer av markslagsklasser.Förslaget baseras i första hand på användarbehoven varför vissa avvikelser från ett vanligt hierarkiskt klassificeringssystem förekommer.De metoder som testat har varit manuell flygbildstolkning med stöd av befintliga GIS-data och tolkning med stöd av segmenteringsprocesser. Metodtesterna har utmynnat i förslag på tolkningskoncept för landskapsrutan indelat på 3 scenarier.I scenario 1 redovisas en manuell lösning som bygger på en kombination av manuell flygbildstolkning och nyttjande av befintliga eller kommande GIS-data.I scenario 2 redovisas en kombination av manuella och semiautomatiska metoder som bygger på manuell flygbildstolkning, nyttjade av befintliga GIS-data som kNN-Sverige och segmentering, där segmenteringen utnyttjas för polygonavgränsning, framförallt i skog.I scenario 3 redovisas ett framtidsscenario där det är möjligt att kombinera data från flygbilder och laserskanning med segmenteringsprocesser, semiautomatisk klassning av segment och manuell flygbildstolkning kontroll och tolkning.Slutsatsen är att scenario 1 är den mest kostsamma lösningen och scenarion 3 är inte möjligt att genomföra inom den närmaste framtiden varför scenario 2 bedöms vara det alternativ som har högst potential att vara kostnadseffektivt. Slutsatsen blir att förslaget i scenario 2 behöver avgränsas ytterligare och att det krävs utförliga metodtester för att kunna bedöma den totala kostnadsbilden för förslaget.
|
|
| 7. |
- Nilsson, Björn Mikael, et al.
(författare)
-
Differences in resting energy expenditure and body composition between patients with schizophrenia and healthy controls
- 2006
-
Ingår i: Acta Psychiatrica Scandinavica. - : Wiley. - 0001-690X .- 1600-0447. ; 114, s. 27-35
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Objective: A lowered energy metabolism in schizophrenia was reported already in the 1920s. However, these early investigations were case studies without control groups or statistical analysis. In this study the resting energy expenditure (REE) and relevant body composition variables were measured in patients with schizophrenia and healthy controls. Method: REE was determined in 30 patients and 17 controls. The difference between the measured and the expected level for each individual was calculated as ΔREE. Body composition was assessed with bioelectrical impedance and calliper measurements. Results: ΔREE was significantly lower in the patients than in the controls. A decrease was also seen in the non-medicated patients. The patients showed significantly lower percentages of water in fat free-mass and intracellular water. Conclusion: The lowering of REE and body water fractions may suggest a homeostatic aberration in schizophrenia that may be of importance for the understanding of metabolic disturbances observed in the disease.
|
|
| 8. |
- Nilsson, Björn Mikael, et al.
(författare)
-
Physical capacity, respiratory quotient and energy expenditure during exercise in male patients with schizophrenia compared with healthy controls
- 2012
-
Ingår i: European psychiatry. - : Cambridge University Press (CUP). - 0924-9338 .- 1778-3585. ; 27:3, s. 206-212
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- BACKGROUND Despite massive research on weight gain and metabolic complications in schizophrenia there are few studies on energy expenditure and no current data on physical capacity. AIM: To determine oxygen uptake capacity, respiratory quotient (RQ) and energy expenditure during a submaximal exercise test in patients with schizophrenia and healthy controls. METHOD Ten male patients and 10 controls were included. RQ and energy expenditure were investigated with indirect calorimetry during a cycle ergometer test. The submaximal work level was defined by heart rate and perceived exhaustion. Physical capacity was determined from predicted maximal oxygen uptake capacity (VO(2-max)). RESULTS The patients exhibited significantly higher RQ on submaximal workloads and lower physical capacity. A significant lower calculated VO(2-max) remained after correction for body weight and fat free mass (FFM). Energy expenditure did not differ on fixed workloads. CONCLUSION RQ was rapidly increasing in the patients during exercise indicating a faster transition to carbohydrate oxidation and anaerobic metabolism that also implies a performance closer to maximal oxygen uptake even at submaximal loads. This may restrict the capacity for everyday activity and exercise and thus contribute to the risk for weight gain. Physical capacity was consequently significantly lower in the patients.
|
|
| 9. |
- Nilsson, Björn, et al.
(författare)
-
Punktgittertolkning av brandområdet i Västmanland : redovisning av uppdrag från Skogsstyrelsen
- 2014
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Efter branden i Västmanland i augusti 2014 uppdrog Skogsstyrelsen åt SLU att utföra en punktgittertolkning för att ta fram statistik över den brandskadade skogen. Arbetet har utförts vid institutionen för skoglig resurshushållning vid SLU i Umeå under oktober månad 2014. Sammantaget, så har 2062 provytor med 10 m radie och 300 m mellanrum tolkats i flygbilder från strax före och efter branden. Arbetet har utförts i fotogrammetrisk arbetsstation. Denna rapport redovisar använda metoder samt en första sammanställning av statistik. Från den levererade databasen kan sedan ytterligare analyser göras. Databasen lämpar sig även för framtida uppföljning samt kombination med andra datakällor. Resultaten enligt denna undersökning visar bland annat att ca 13 100 ha berördes av branden, varav 9576 ha bedömdes som produktiv skogsmark. Av den produktiva skogsmarken var marken brandskadad på 98 % av ytan. Skadorna i trädkronorna fördelade sig enligt följande: 4 % av arealen hade inga tolkade skador i trädkronorna; för 23 % av arealen bedömdes mindre än hälften av trädkronornas barr eller löv vara döda; för 52 % av arealen bedömdes mer än hälften av trädkronornas barr/löv vara döda men fortfarande ha delar av kronan kvar. Resterande 25 % av skogsmarksarealen omfattades av kronbrand (viss del grenar kan finnas kvar men inga barr/löv). Virkesförrådet i de två kraftigaste skadeklasserna (> 50 % av kronan skadad, eller kronbrand) uppskattades till ca 917 400 m3sk, medan virkesförrådet i områden med högst 50 % kronskador omfattade ca 344 100 m3sk. Den talldominerade skogen är mest skadad och den lövdominerade skogen och blandskogarna är mindre skadad. Resultaten i denna rapport bygger helt på mätning och bedömning i flygbilder och ingen efterföljande kontrollinventering har gjorts. Av tidsskäl har heller inga referensytor innan bildtolkningen varit möjliga att få fram. Det finns därför risk att det kan förekomma systematiska fel, t.ex. i uppskattningen av virkesförråden. Dessa uppgifter bör därför användas med viss försiktighet. Eventuell kontrollinventering kan bara utföras i den buffertzon utanför brandområdet som också inventerats. Det har även gjorts en kartering av yttergränsen för det område som bedömts som brandpåverkat på uppdrag från Myndigheten för samhällsskydd och beredskap (MSB). Denna gräns bygger på både bildtolkning och fältbesök. Skogsstyrelsen beslutade att bara punkter inom denna gräns ska ingå i beräkningarna
|
|
| 10. |
- Storry, Jill, et al.
(författare)
-
Homozygosity for a null allele of SMIM1 defines the Vel-negative blood group phenotype
- 2013
-
Ingår i: Nature Genetics. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1061-4036 .- 1546-1718. ; 45:5, s. 537-U109
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- The Vel antigen is present on red blood cells (RBCs) from all humans except rare Vel-negative individuals who can form antibodies to Vel in response to transfusion or pregnancy. These antibodies may cause severe hemolytic reactions in blood recipients. We combined SNP profiling and transcriptional network modeling to link the Vel-negative phenotype to SMIM1, located in a 97-kb haplotype block on chromosome 1p36. This gene encodes a previously undiscovered, evolutionarily conserved transmembrane protein expressed on RBCs. Notably, 35 of 35 Vel-negative individuals were homozygous for a frameshift deletion of 17 bp in exon 3. Functional studies using antibodies raised against SMIM1 peptides confirmed a null phenotype in RBC membranes, and SMIM1 overexpression induced Vel expression. Genotype screening estimated that similar to 1 of 17 Swedish blood donors is a heterozygous deletion carrier and similar to 1 of 1,200 is a homozygous deletion knockout and enabled identification of Vel-negative donors. Our results establish SMIM1 as a new erythroid gene and Vel as a new blood group system.
|
|
