| 1. |
- Ericsson, Olle, et al.
(författare)
-
Clinical validation of a novel automated cell-free DNA screening assay for trisomies 21, 13, and 18 in maternal plasma.
- 2019
-
Ingår i: Prenatal diagnosis. - : Wiley. - 1097-0223 .- 0197-3851. ; 39:11, s. 1011-1015
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- To evaluate clinical performance of a new automated cell-free (cf)DNA assay in maternal plasma screening for trisomies 21, 18, and 13, and to determine fetal sex.Maternal plasma samples from 1200 singleton pregnancies were analyzed with a new non-sequencing cfDNA method, which is based on imaging and counting specific chromosome targets. Reference outcomes were determined by either cytogenetic testing, of amniotic fluid or chorionic villi, or clinical examination of neonates.The samples examined included 158 fetal aneuploidies. Sensitivity was 100% (112/112) for trisomy 21, 89% (32/36) for trisomy 18, and 100% (10/10) for trisomy 13. The respective specificities were 100%, 99.5%, and 99.9%. There were five first pass failures (0.4%), all in unaffected pregnancies. Sex classification was performed on 979 of the samples and 99.6% (975/979) provided a concordant result.The new automated cfDNA assay has high sensitivity and specificity for trisomies 21, 18, and 13 and accurate classification of fetal sex, while maintaining a low failure rate. The study demonstrated that cfDNA testing can be simplified and automated to reduce cost and thereby enabling wider population-based screening.
|
|
| 2. |
- Persson, Fredrik, et al.
(författare)
-
USING SIMULATION TO DETERMINE THE SAFETY STOCK LEVEL FOR INTERMITTENT DEMAND
- 2017
-
Ingår i: 2017 WINTER SIMULATION CONFERENCE (WSC). - : IEEE. - 9781538634288 ; , s. 3768-3779
-
Konferensbidrag (refereegranskat)abstract
- Safety stock calculations are difficult for products with intermittent demand, long production lead times, and high monetary values. Theoretically, forecasts can be used to reduce the need for safety stocks. A high precision forecast minimizes the need for safety stock and forecast evaluation measurements can be used to calculate the safety stock level. However, a more realistic determination of safety stock levels can he obtained by simulation. In this paper, simulation is used to model and experiment on a case with three end products in order to determine the relationship between safety stock levels and service levels. Also, a comparison is made with theoretically calculated safety stocks to see how well basic theoretical models for safety stock calculations fulfill the requirements of service level. The result is that simulation can provide a much more accurate determination of safety stock levels for intermittent demands than theoretical calculations.
|
|
| 3. |
- Alizadehheidari, Mohammadreza, 1987, et al.
(författare)
-
Nanoconfined Circular and Linear DNA: Equilibrium Conformations and Unfolding Kinetics
- 2015
-
Ingår i: Macromolecules. - : American Chemical Society (ACS). - 0024-9297 .- 1520-5835. ; 48:3, s. 871-878
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Studies of circular DNA confined to nanofluidic channels are relevant both from a fundamental polymer-physics perspective and due to the importance of circular DNA molecules in vivo. We here observe the unfolding of confined DNA from the circular to linear configuration as a light-induced double-strand break occurs, characterize the dynamics, and compare the equilibrium conformational statistics of linear and circular configurations. This is important because it allows us to determine to what extent existing statistical theories describe the extension of confined circular DNA. We find that the ratio of the extensions of confined linear and circular DNA configurations increases as the buffer concentration decreases. The experimental results fall between theoretical predictions for the extended de Gennes regime at weaker confinement and the Odijk regime at stronger confinement. We show that it is possible to directly distinguish between circular and linear DNA molecules by measuring the emission intensity from the DNA. Finally, we determine the rate of unfolding and show that this rate is larger for more confined DNA, possibly reflecting the corresponding larger difference in entropy between the circular and linear configurations.
|
|
| 4. |
- Alizadehheidari, Mohammadreza, 1987, et al.
(författare)
-
Unfolding of nanoconfined circular DNA
- 2015
-
Ingår i: BIOPHYSICAL JOURNAL. - : Elsevier BV. - 0006-3495 .- 1542-0086. ; 108:2 Supplement 1, s. 231A-231A
-
Tidskriftsartikel (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)
|
|
| 5. |
- Fornander, Louise, 1984, et al.
(författare)
-
Visualizing the Nonhomogeneous Structure of RAD51 Filaments Using Nanofluidic Channels
- 2016
-
Ingår i: Langmuir. - : American Chemical Society (ACS). - 0743-7463 .- 1520-5827. ; 32:33, s. 8403-8412
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- RAD51 is the key component of the homologous recombination pathway in eukaryotic cells and performs its task by forming filaments on DNA. In this study we investigate the physical properties of RAD51 filaments formed on DNA using nanofluidic channels and fluorescence microscopy. Contrary to the bacterial ortholog RecA, RAD51 forms inhomogeneous filaments on long DNA in vitro, consisting of several protein patches. We demonstrate that a permanent "kink" in the filament is formed where two patches meet if the stretch of naked DNA between the patches is short. The kinks are readily seen in the present microscopy approach but would be hard to identify using conventional single DNA molecule techniques where the DNA is more stretched. We also demonstrate that protein patches separated by longer stretches of bare DNA roll up on each other and this is visualized as transiently overlapping filaments. RAD51 filaments can be formed at several different conditions, varying the cation (Mg2+ or Ca2+), the DNA substrate (single-stranded or double-stranded), and the RAD51 concentration during filament nucleation, and we compare the properties of the different filaments formed. The results provide important information regarding the physical properties of RAD51 filaments but also demonstrate that nanofluidic channels are perfectly suited to study protein-DNA complexes.
|
|
| 6. |
- Sehlstedt-Persson, Margot, et al.
(författare)
-
Robust processtyrning av vandringstorkar för jämnare torkningskvalitet
- 2015
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Under 2000-talet har vandringstorkarna genomgått något av en renässans och alltfler verk har investerat i nya vandringstorkar med stor kapacitet och helt nya möjligheter. Kunskapen om att styra dessa vandringstorkar för att få en jämn löpande torkningskvalitet har dock hamnat på efterkälken. Det finns ett stort kunskapsbehov att fylla för att förstå processen, kunna hantera avvikelser, tolka och hantera processparametrar, att ha en plan när något ”går snett” för att våga röra styrparametrar och tolka konsekvenserna i dessa trögstyrda system. Syftet med denna förstudie är identifiera de problemställningar som dagens ansvariga för styrning av vandringstorkar måste hantera. Målet är att få en jämnare torkningskvalitet samt en fördjupad förståelse av hur torkningsprocessen ska styras och göras mer robust. Förstudien inleddes med en entusiastisk workshop med god uppslutning från industrin där en gemensam prioritering gjordes av ett antal punkter som förstudien har fokuserat på nämligen medelvärdesstyrning i zon 1 och 2, tryckfallsmätning över batteri samt test av en ny typ av lufthastighetsgivare. Övriga frågor som prioriterades högt har på grund av förstudiens begränsade resurser ej kunnat genomföras i förstudien utan finns med i framtida arbete. • Inledande försök med medelvärdesstyrning i zon 1, samt i både zon 1 och zon 2, visar fördelar med förbättrad målfuktkvotsträff, mindre fuktkvotsspridning och färre ändringar i satsningstider. • Inledande mätningar av differenstryck över batteri som signal för att indikera när värmebatterier behöver rengöras från spånlimning bedöms vara en lovande metod med tydliga signaler. Fortsatt arbete med att få en kontinuerlig mätning över en hel vintersäsong fortgår. Förhoppningsvis kommer faktiska effekter på cirkulationsfläktarnas elförbrukning och/eller lufthastigheten genom virket kunna påvisas.• Den nya lufthastighetsgivaren som kopplades till en datalogger och kördes igenom kanalen flera gånger fungerade väl. Ytterligare tester genomförda av Valutec med liknande givare har slagit väl ut och har varit ett bra hjälpmedel vid t.ex. felsökning.
|
|
| 7. |
- Sehlstedt-Persson, Margot, et al.
(författare)
-
Virkestorkningens inverkan på impregnerbarhet i furusplint - Del III : Inverkan av hyveldjup
- 2015
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Projektets målsättning var att undersöka om och hur virkestorkning påverkar impregnerbarhet med vattenbaserat kopparmedel, samt att ge rekommendationer om hur torkningsbetingelserna kan göras så gynnsamma som möjligt för ett bra impregneringsresultat. I den studie som avrapporteras här har huvudfrågan varit hur olika hyveldjup påverkar impregneringsresultatet i centrumsågat furuvirke 50x125 mm. Virket torkades i labtork med målfuktkvoten 18 % med max torrtemperatur 75°C. Torkprocessen avslutades med en kombinerad vatten- och ångbasningskonditionering. Jämförelse gjordes mellan ohyvlat och följande tre olika hyveldjup: 0,7; 2,4 och 4,3 mm. Försöksvirket impregnerades industriellt med kopparbaserat medel enligt Nordiska Trä-skyddsföreningen (NTR) klass AB.Studien visar att hyvlat virke har bättre impregneringsresultat jämfört med ohyvlat virke. Det bästa resultatet erhålls vid det största hyveldjupet. Produktionsmässigt är det dock knappast ekonomiskt försvarbart med så stort hyveldjup runt om på virkesstyckets samtliga sidor. Ingen skillnad kunde ses mellan hyveldjupen 0,7 och 2,4 mm. Detta indikerar att även en ”lätt” hyvling ger ett signifikant bättre impregneringsresultat för konditionerat virke jämfört med ohyvlat.Om inga andra kvalitetskrav finns som motiverar en konditionering i slutet på torkprocessen är rekommendationen att ohyvlat virke som skall impregneras inte bör konditioneras. En konditioneringsfas kostar även tid, dvs. produktionskapacitet, vilket leder till en dubbel förlust om inga kvalitetskrav finns som motiverar konditionering av virket.
|
|
| 8. |
- Westerlund, Fredrik, 1978, et al.
(författare)
-
Fluorescence microscopy of nanochannel-confined DNA
- 2018
-
Ingår i: Methods in Molecular Biology. - New York, NY : Springer New York. - 1064-3745 .- 1940-6029. ; 1665, s. 173-198
-
Bokkapitel (refereegranskat)abstract
- Stretching of DNA in nanoscale confinement allows for several important studies. The genetic contents of the DNA can be visualized on the single DNA molecule level and both the polymer physics of confined DNA and also DNA/protein and other DNA/DNA-binding molecule interactions can be explored. This chapter describes the basic steps to fabricate the nanostructures, perform the experiments and analyze the data.
|
|
| 9. |
|
|
| 10. |
- Andhill, Carl Johan, et al.
(författare)
-
ViPCity
- 2016
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Today simulation studies in ViP are mainly carried out in countryside driving environments. There is a lack of city environments. This is probably due to the fact that creating and running countryside environments in some aspects are easier than creating and running city environments. Another reason might be that countryside driving is very relevant in Swedish studies.As projects, and markets, become more international the need for city simulator studies becomes more important. Many drivers around the world do most of their driving in cities.In the ViPCity project software has been developed which facilitates the generation of driving environments for city simulations on the ViP platform. The project result is a number of assets (software, file formats and 3D components) which integrates well with the ViP platform. These assets together give simulator users the possibility to design city environments in a fast and easy way. The software has been implemented and tested successfully in Scania’s truck simulator.
|
|
