| 1. |
- Cahill, Nicola, et al.
(författare)
-
450K-array analysis of chronic lymphocytic leukemia cells reveals global DNA methylation to be relatively stable over time and similar in resting and proliferative compartments
- 2013
-
Ingår i: Leukemia. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1476-5551 .- 0887-6924. ; 27:1, s. 150-158
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- In chronic lymphocytic leukemia (CLL), the microenvironment influences gene expression patterns; however, knowledge is limited regarding the extent to which methylation changes with time and exposure to specific microenvironments. Using high-resolution 450K arrays, we provide the most comprehensive DNA methylation study of CLL to date, analyzing paired diagnostic/follow-up samples from IGHV-mutated/untreated and IGHV-unmutated/treated patients (n = 36) and patient-matched peripheral blood and lymph node samples (n = 20). On an unprecedented scale, we revealed 2239 differentially methylated CpG sites between IGHV-mutated and unmutated patients, with the majority of sites positioned outside annotated CpG islands. Intriguingly, CLL prognostic genes (for example, CLLU1, LPL, ZAP70 and NOTCH1), epigenetic regulator (for example, HDAC9, HDAC4 and DNMT3B), B-cell signaling (for example, IBTK) and numerous TGF-beta and NF-kappa B/TNF pathway genes were alternatively methylated between subgroups. Contrary, DNA methylation over time was deemed rather stable with few recurrent changes noted within subgroups. Although a larger number of non-recurrent changes were identified among IGHV-unmutated relative to mutated cases over time, these equated to a low global change. Similarly, few changes were identified between compartment cases. Altogether, we reveal CLL subgroups to display unique methylation profiles and unveil methylation as relatively stable over time and similar within different CLL compartments, implying aberrant methylation as an early leukemogenic event. Leukemia (2013) 27, 150-158; doi:10.1038/leu.2012.245
|
|
| 2. |
- Eckersten, Henrik, et al.
(författare)
-
Framtida risker och hot mot svensk spannmåls- respektive mjölkproduktion : en analys av forskningsbehov för att bedöma risker
- 2015
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Vad är syftet med denna Riskanalys? Svensk spannmåls- och mjölkproduktion beror på många faktorer av vilka flera är så kallade biofysiska, dvs i allt väsentligt är de av naturvetenskaplig karaktär (t ex väder, sjukdomar mm). En del förändringar i dessa förutsättningar utgör hot. Vår studie avser att identifiera några av dessa hot och utvärdera, utifrån vetenskapligt testade metodiker, sannolikheten för att de orsakar en skada på produktionen. Detta kräver dock ett mycket omfattande arbete och i denna studie har vi därför begränsat oss till att (i) strukturera hur en vetenskapligt baserad riskanalys bör gå till, och (ii) göra ett antal preliminära riskanalyser för att (iii) identifiera kunskapsluckor som behöver forskas på för att analysen ska kunna antas vila på en vetenskaplig grund. Vad menar vi med Risk? Vi har definierat risk som sannolikheten att ett hot orsakar en viss negativ konsekvens för den skyddsvärda tillgången. Av dessa termer är kanske den sistnämnda den mest centrala. Vad är det vi vill skydda? Vi har valt ut två tillgångar, Sveriges nationella spannmåls- respektive mjölkproduktion och avser då den produktion som lämnar gården, eller används inom gården, och att de skyddas så att de förblir ungefär av den omfattningen de har i dagsläget. Hoten mot denna produktion har valts utifrån förslag från tidigare studier, workshop, tillgången på experter och att hoten ska vara av biofysisk karaktär. Vilket hot som verkligen utgör en stor risk vet vi ju dock inte förrän efter riskanalysen är utförd och valen av hot bygger därför på en preliminär uppskattning. Biofysisk karaktär innebär att vi främst analyserat naturvetenskapliga hot. Hoten orsakar effekter på produktionen i mätbara termer som sedan översätts till en mer abstrakt skala från ingen till extremt negativ konsekvens. Beroende på olika osäkerhetsfaktorer erhåller vi flera konsekvensvärden för ett givet hot, och fördelningen av dessa på konsekvensskalan utgör ett mått på sannolikheten. Risken anges alltså som ett förhållande mellan konsekvens och sannolikhet. Varför har vi gjort denna systemavgränsning? Riskanalysen har två huvudaktörer; riskhanteraren som definierar vad som ska anlyseras och analysfunktionen som utför analysen. Riskhanteraren är i vårt fall styrgruppen för SLUs forskningsprogram Framtidens lantbruk (FA, 2015) som har definierat typen av hot och de skyddsvärda tillgångarna som ska analyseras. Vi som utfört denna studie är analysfunktionen, och har alltså dessa definitioner som en utgångspunkt. Om vi ändå tillåter oss att spekulera kring valet av spannmåls- respektive mjölkproduktionen så kan det motiveras av SLU's nationella ansvar vad avser den vetenskapliga kompetensen inom de areella näringarna. Ett fokus på biofysiska hot motiveras av att dessa är potentiellt stora och växande, såsom t ex är fallet vad avser klimatförändringar. Riskanalyser av denna typ bildar centrala underlag för att formulera olika strategier, t ex angående livsmedelsförsörjning. Hur har arbetet gått till? Riskanalyserna har utförts för ett antal "krisscenarier"; fyra avseende hot mot spannmålsproduktionen (Radioaktivt-nedfall, Virus-i-spannmål, Herbicidresistens och Extremt-sommarväder) och tre avseende mjölkproduktionen (Leptospiros-utbrott, Foderimport-stopp och Värmebölja). Analysen tar sin utgångspunkt i ett omvärldsscenario som definierar de yttre förutsättningarna för vad som antas inträffa. Detta ligger till grund för att identifiera troliga hot mot produktionen och vilka åtgärder som förväntas vidtas. Vi har sedan utgått från att dessa hot och åtgärder verkligen har hänt när vi mha våra förklaringsmodeller bestämt effekterna på produktionen i termer av mätbara enheter ("metrics"; t ex procentuell minskning av lokal eller regional veteproduktion). Dessa effekter tolkas/integreras sedan till en konsekvens för, helst den nationella, men i realiteten främst den regionala produktionen i fem nivåer (ingen, liten, måttlig, stor respektive extrem). Osäkerheter i bedömningarna innebär att flera alternativa konsekvenser erhålls, för ett givet hot, och som ligger till grund för en sannolikhetsbedömning. Analyserna har gjorts av experter inom respektive hots vetenskapliga område, men som haft begränsade förutsättningar (av tidsskäl) att göra tillräckligt många bedömningar för att erhålla ett tillförlitligt mått på sannolikhetsfördelningen (osäkerheten). Istället har vi, vilket också är ett huvudsyfte med studien, huvudsakligen försökt identifiera de kunskapsluckor i förklaringsmodellerna som begränsat våra möjligheter att kunna göra vetenskapligt baserade bedömningar av effekterna (se vidare Appendix 3). Vad är resultatet? Vi har gjort vissa grova skattningar av sannolikheten trots det bristfälliga antalet bedömningar av konsekvenser. Om ett radioaktivt nedfall sker i en region får det extrema konsekvenser för dess spannmålsproduktion på regional nivå. Ett omfattande angrepp av jordburna virus orsakar en måttlig eller stor konsekvens. En utvecklad herbicidresistens hos ogräsen orsakar i huvudsak en liten till måttlig konsekvens. En extremt torr sommar kan ett år orsaka en stor konsekvens och ett annat år ingen alls. Likaledes orsakar en Regnig-sensommar i ca hälften av fallen ingen konsekvens, men för de resterande åren kan alla grader av konsekvenser uppstå på spannmålsproduktionen. För mjölkproduktionen orsakar samtliga tre hot (Leptospiros-utbrott, Foderimport-stopp och Värmebölja) en liten till måttlig konsekvens. Vad avser ett importsopp för foder är detta under förutsättning att olika åtgärdsprogram kombineras. Om fokus läggs på endast ett åtgärdsprogram ökar risken väsentligt. Dessa skattningar ska alltså inte betraktas som en vetenskapligt baserad analys i nuläget, utan demonstrerar främst exempel på resultat från sådana analyser. Skattningarna har hjälpt oss att identifiera vilka kunskaper vi saknar för att analyserna ska kunna betraktas som vetenskapligt baserade (se vidare Tabell 4.3a; sammanfattningar av respektive scenario finns i Resultatdelen). Analyserna har ibland också lett till att vi identifierat följdhändelser som faller utanför systemavgränsningen för vår studie och som andra studier har till uppgift att utreda. Många av de hot vi analyserat kan leda till betydande ekonomiska konsekvenser för enskilda företag, vilket i sin tur utgör hot mot produktionen. För denna analys krävs dock socioekonomiska analyser. Vi ser här också kopplingar mellan krisscenarier som är av biofysisk karaktär, t ex kan foder kontaminerat med radioaktivt cesium utgöra ett hot mot mjölkproduktionen. Vår studie har dock bara analyserat ett krisscenarios inverkan på antigen spannmåls- eller mjölkproduktionen.Vilka är de viktigaste slutsatserna? En central fråga är: Hur trovärdiga/säkra är dessa förutsägelser? Risk avser en förutsägelse om något som ännu inte hänt. Det första som behövs är alltså någon form av modell. Dessa modeller kan vara av olika sort i termer av vilken empirisk kunskap de använder för extrapolering (t ex funktioner, behandlingseffekter, mm), om de är objektiva och om de är transparenta. Alla modeller är osäkra i någon mening. Dock saknas i alla de fall vi undersökt mått på modellernas förutsägelseförmåga (med något enstaka undantag). En allmän slutsats blir att forskningen behöver inriktas mot att testa modellernas förutsägelseförmåga mot observationer för att kunna bidra till en vetenskapligt baserad riskanalys av spannmåls- respektive mjölkproduktionen. Detta innebär att experiment- och försöksupplägg behöver göras utifrån hypoteser (modeller) om hur de dynamiska förloppen beror på varierande förutsättningar och omgivningsförhållanden. T ex behöver de statistiska relationerna för hur Extremt-sommarväder påverkar spannmålsproduktionen, som används i vår studie, kompletteras med tester av grödmodeller som kan beakta flera vädervariablers samtida variationer i både tid och rum. För kunskapsluckor som är specifika för respektive hot, se Tabell 4.4Sammanfattningsvis behövs (i) fler förutsägelser av respektive potentiellt hots konsekvenser på produktionen, med modeller som har någon form av graderad tillförlitlighet, för att erhålla mått på osäkerheter. Dessutom behövs det (ii) tester av hypoteser för uppskalningar från kontrollerade experiment och försök (på en liten skala i tid och rum) till regional och nationell skala över flera år, och (iii) utveckling av metodiker för hur sannolikheter för hot, åtgärder respektive konsekvenser kan kombineras till en sannolikhetsfördelning som inbegriper bedömningsosäkerheter för alla dessa faktorer. Troligtvis behövs också att fler potentiella biofysiska hot analyseras. Hur går vi vidare? En mer fullständig riskanalys som inkluderar alla potentiellt stora hot mot produktionen, och samtidigt är vetenskapligt baserad, kräver att potentiella hot utreds kontinuerligt inom respektive produktionsrelaterat ämnesområde vid SLU. Detta kräver troligen att verksamheter som testar hypoteser för att förutsäga effekter av hot knyts nära den experimentella forskningen och experter inom respektive ämnesområde. Det krävs troligen också att en syntesverksamhet etableras på en ämnesövergripande nivå där metodiker kan standardardiseras, och olika hot och dess konsekvenser kan jämföras och kombineras. En sådan fungerande verksamhet behöver utvidga systemgränserna jämfört med vår studie, genom att sannolikheter för att hot uppkommer och att åtgärder faktiskt vidtas, också bedöms. Dessa sannolikheter behöver sedan integreras med sannolikheterna för konsekvenserna på produktionen. Därefter kan riskanalysen utökas till att inbegripa en mer a
|
|
| 3. |
|
|
| 4. |
- Ihse, Ingemar, et al.
(författare)
-
Riktlinjer för handläggning av patienter med pankreascancer [Guidelines for management of patients with pancreatic cancer]
- 2002
-
Ingår i: Läkartidningen. - 0023-7205 .- 1652-7518. ; 99:15, s. 1676-1685
-
Tidskriftsartikel (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Transabdominellt ultraljud är förstahandsundersökning vid misstänkt pankreascancer, följt av spiral-DT eller MR för mer definitiv diagnos. Tumörmarkörer har ingen plats i rutindiagnostiken. Spiral-DT är basen i resektabilitetsbedömningen. Resektion av tumören är en förutsättning för bot. Ett samband har påvisats mellan antalet resektioner som görs vid ett sjukhus årligen och postoperativ mortalitet. Långtidsöverlevnaden efter resektion är oförändrat kort medan postoperativ mortalitet minskat dramatiskt vid enheter som rapporterat sina resultat. Adjuvant behandling efter resektion bör endast ges inom ramen för kliniska studier. Det palliativa omhändertagandet har förbättrats främst genom utveckling inom endoskopi, interventionell radiologi, smärt- och nutritionsbehandling. Palliativ cytostatikabehandling bör endast ges selektivt utanför kliniska studier. Radioterapi har ingen dokumenterad effekt på överlevnaden vid icke-resektabel pankreascancer. Internationellt rekommenderas speciella behandlingsteam för pankreascancer med tillräckliga upptagningsområden (2–4 miljoner invånare).
|
|
| 5. |
|
|
| 6. |
- Abdiu, Avni, 1963-, et al.
(författare)
-
Thioredoxin blood level increases after severe burn injury
- 2000
-
Ingår i: Antioxidants and Redox Signaling. - 1523-0864 .- 1557-7716. ; 2:4, s. 707-716
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- We have investigated the thioredoxin (TRX) levels in severely burned patients and the possible origin of TRX, based on the recent understanding that TRX is a potent antioxidant with cytoprotective functions. Serum and plasma samples from burns patients and healthy blood donors were collected during the first 10 post-bum days and analyzed in a sandwich TRX enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). The TRX levels found were correlated to a panel of blood tests. The presence of TRX in platelets was investigated by immunoelectron microscopy and Western blotting. TRX serum levels of the severely burned patients showed a significant increase, with a mean serum TRX concentration on the day of injury of 76.5 ▒ 19.5 ng/ml (mean ▒ SD) and on post-burn day one 122.6 ▒ 66.9 ng/ml, compared to control blood donor levels of 22.7 ▒ 12.2 ng/ml (p = 0.0041 and 0.0117, respectively). A second peak of increase was found on post-burn days 7 to 9 with a four- to five-fold rise in concentration compared to controls. TRX elevation correlated well with increased platelet (p = 0.007) and leukocyte counts (p = 0.002). We also demonstrated by immunoelectron microscopy and Western blotting the presence of TRX in platelets. In conclusion, our demonstration of TRX release in burn injuries indicates that the TRX system is involved in a rapid antioxidant defense, coagulation processes, cell growth, and control of the extracellular peroxide tone intimately linked to cytoprotection and wound healing in burns. One of the cell types that delivers TRX promptly and efficiently into the blood may be the platelet.
|
|
| 7. |
- Alehagen, Urban, et al.
(författare)
-
Cardiovascular mortality and N-terminal-proBNP reduced after combined selenium and coenzyme Q10 supplementation : a 5-year prospective randomized double-blind placebo-controlled trial among elderly Swedish citizens
- 2013
-
Ingår i: International Journal of Cardiology. - : Elsevier BV. - 0167-5273 .- 1874-1754. ; 167:5, s. 1860-1866
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- BackgroundSelenium and coenzyme Q10 are essential for the cell. Low cardiac contents of selenium and coenzyme Q10 have been shown in patients with cardiomyopathy, but inconsistent results are published on the effect of supplementation of the two components separately. A vital relationship exists between the two substances to obtain optimal function of the cell. However, reports on combined supplements are lacking.MethodsA 5-year prospective randomized double-blind placebo-controlled trial among Swedish citizens aged 70 to 88 was performed in 443 participants given combined supplementation of selenium and coenzyme Q10 or a placebo. Clinical examinations, echocardiography and biomarker measurements were performed. Participants were monitored every 6th month throughout the intervention.The cardiac biomarker N-terminal proBNP (NT-proBNP) and echocardiographic changes were monitored and mortalities were registered. End-points of mortality were evaluated by Kaplan–Meier plots and Cox proportional hazard ratios were adjusted for potential confounding factors. Intention-to-treat and per-protocol analyses were applied.ResultsDuring a follow up time of 5.2 years a significant reduction of cardiovascular mortality was found in the active treatment group vs. the placebo group (5.9% vs. 12.6%; P = 0.015). NT-proBNP levels were significantly lower in the active group compared with the placebo group (mean values: 214 ng/L vs. 302 ng/L at 48 months; P = 0.014). In echocardiography a significant better cardiac function score was found in the active supplementation compared to the placebo group (P = 0.03).ConclusionLong-term supplementation of selenium/coenzyme Q10 reduces cardiovascular mortality. The positive effects could also be seen in NT-proBNP levels and on echocardiography.
|
|
| 8. |
- Alehagen, Urban, et al.
(författare)
-
Relatively high mortality risk in elderly Swedish subjects with low selenium status
- 2016
-
Ingår i: European Journal of Clinical Nutrition. - : Nature Publishing Group. - 0954-3007 .- 1476-5640. ; 70:1, s. 91-96
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Background/Objectives: The daily dietary intake of selenium (Se), an essential trace element, is still low in Sweden in spite of decades of nutritional information campaigns and the effect of this on the public health is presently not well known. The objective of this study was to determine the serum Se levels in an elderly Swedish population and to analyze whether a low Se status had any influence on mortality.Subjects/Methods: Six-hundred sixty-eight (n=668) elderly participants were invited from a municipality and evaluated in an observational study. Individuals were followed for 6.8 years and Se levels were re-evaluated in 98 individuals after 48 months. Clinical examination of all individuals included functional classification, echocardiography, electrocardiogram and serum Se measurement. All mortality was registered and endpoints of mortality were assessed by Kaplan–Meier plots, and Cox proportional hazard ratios adjusted for potential confounding factors were calculated.Results: The mean serum Se level of the study population (n=668) was 67.1 μg/l, corresponding to relatively low Se intake. After adjustment for male gender, smoking, ischemic heart disease, diabetes, chronic obstructive pulmonary disease and impaired heart function, persons with serum Se in the lowest quartile had 43% (95% confidence interval (CI): 1.02–2.00) and 56% (95% CI: 1.03–2.36) increased risk for all-cause and cardiovascular mortality, respectively. The result was not driven by inflammatory effects on Se concentration in serum.Conclusion: The mean serum Se concentration in an elderly Swedish population was 67.1 μg/l, which is below the physiological saturation level for several selenoprotein enzymes. This result may suggest the value of modest Se supplementation in order to improve the health of the Swedish population.
|
|
| 9. |
- Anders, Andre, et al.
(författare)
-
High quality ZnO:Al transparent conducting oxide films synthesized by pulsed filtered cathodic arc deposition
- 2010
-
Ingår i: Thin Solid Films. - : Elsevier BV. - 0040-6090 .- 1879-2731. ; 518:12, s. 3313-3319
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Aluminum-doped zinc oxide, ZnO:Al or AZO, is a well-known n-type transparent conducting oxide with great potential in a number of applications currently dominated by indium tin oxide. In this study, the optical and electrical properties of AZO thin films deposited on glass and silicon by pulsed filtered cathodic arc deposition are systematically studied. In contrast to magnetron sputtering, this technique does not produce energetic negative ions, and therefore ion damage can be minimized. The quality of the AZO films strongly depends on growth temperature while only marginal improvements are obtained with post-deposition annealing. The best films, grown at a temperature of about 200 degrees C, have resistivities in the low to mid 10(-4) Omega cm range with a transmittance better than 85% in the visible part of the spectrum. It is remarkable that relatively good films of small thickness (60 nm) can be fabricated using this method.
|
|
| 10. |
- Apostolou, Eirini, et al.
(författare)
-
Epigenetic reprograming in myalgic encephalomyelitis/chronic fatigue syndrome: A narrative of latent viruses
- 2024
-
Ingår i: Journal of Internal Medicine. - : WILEY. - 0954-6820 .- 1365-2796.
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Myalgic encephalomyelitis/chronic fatigue syndrome (ME/CFS) is a chronic disease presenting with severe fatigue, post-exertional malaise, and cognitive disturbances-among a spectrum of symptoms-that collectively render the patient housebound or bedbound. Epigenetic studies in ME/CFS collectively confirm alterations and/or malfunctions in cellular and organismal physiology associated with immune responses, cellular metabolism, cell death and proliferation, and neuronal and endothelial cell function. The sudden onset of ME/CFS follows a major stress factor that, in approximately 70% of cases, involves viral infection, and ME/CFS symptoms overlap with those of long COVID. Viruses primarily linked to ME/CFS pathology are the symbiotic herpesviruses, which follow a bivalent latent-lytic lifecycle. The complex interaction between viruses and hosts involves strategies from both sides: immune evasion and persistence by the viruses, and immune activation and viral clearance by the host. This dynamic interaction is imperative for herpesviruses that facilitate their persistence through epigenetic regulation of their own and the host genome. In the current article, we provide an overview of the epigenetic signatures demonstrated in ME/CFS and focus on the potential strategies that latent viruses-particularly Epstein-Barr virus-may employ in long-term epigenetic reprograming in ME/CFS. Epigenetic studies could aid in elucidating relevant biological pathways impacted in ME/CFS and reflect the physiological variations among the patients that stem from environmental triggers, including exogenous viruses and/or altered viral activity. image
|
|
