Sökning: WFRF:(Sharpe Ted)
> Linköpings universitet >
Whole genome resequ...
Whole genome resequencing reveals loci under selection during chicken domestication
-
- Rubin, Carl-Johan (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Uppsala University
-
- Zody, Michael C. (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Uppsala University, Broad Institute of Harvard
-
- Eriksson, Jonas (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi
-
visa fler...
-
- Meadows, Jennifer (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Uppsala University
-
- Sherwood, Ellen (författare)
- Karolinska Institutet
-
- Webster, Matthew T. (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Uppsala University
-
- Jiang, Lin (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Uppsala University
-
- Ingman, Max (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för genetik och patologi,The Rudbeck Laboratory, Uppsala University
-
- Sharpe, Ted (författare)
- Broad Institute of Harvard and MIT
-
- Besnier, Francois (författare)
- Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för husdjursgenetik (HGEN),Department of Animal Breeding and Genetics
-
- Ka, Sojeong (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för neurovetenskap,Department of Neurosceince, Uppsala University
-
- Hallböök, Finn (författare)
- Uppsala universitet,Medicinsk utvecklingsbiologi,Department of Neurosceince, Uppsala University
-
- Carlborg, Örjan (författare)
- Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för kliniska vetenskaper (KV),Department of Clinical Sciences
-
- Bed'hom, Bertrand (författare)
- INRA, AgroParisTech, Animal Genetics and Integrative Biology
-
- Tixier-Boichard, Michèle (författare)
- INRA, AgroParisTech, Animal Genetics and Integrative Biology
-
- Jensen, Per (författare)
- Linköpings universitet,Zoologi,Tekniska högskolan
-
- Siegel, Paul (författare)
- Virginia Polytechnic Institute and State University, Department of Animal and Poultry Sciences
-
- Lindblad-Toh, Kerstin (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Uppsala University, Broad Institute of Harvard and MIT
-
- Andersson, Leif (författare)
- Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Institutionen för husdjursgenetik (HGEN),Department of Animal Breeding and Genetics,Uppsala University, Swedish University of Agricultural Sciences
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
-
- 2010-03-10
- 2010
- Engelska.
-
Ingår i: Nature. - London : Springer Science and Business Media LLC. - 0028-0836 .- 1476-4687. ; 464:7288, s. 587-591
- Relaterad länk:
-
https://www.nature.c...
-
visa fler...
-
https://liu.diva-por... (primary) (Raw object)
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
http://kipublication...
-
https://res.slu.se/i...
-
https://urn.kb.se/re...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Domestic animals are excellent models for genetic studies of phenotypic evolution. They have evolved genetic adaptations to a new environment, the farm, and have been subjected to strong human-driven selection leading to remarkable phenotypic changes in morphology, physiology and behaviour. Identifying the genetic changes underlying these developments provides new insight into general mechanisms by which genetic variation shapes phenotypic diversity. Here we describe the use of massively parallel sequencing to identify selective sweeps of favourable alleles and candidate mutations that have had a prominent role in the domestication of chickens (Gallus gallus domesticus) and their subsequent specialization into broiler (meat-producing) and layer (egg-producing) chickens. We have generated 44.5-fold coverage of the chicken genome using pools of genomic DNA representing eight different populations of domestic chickens as well as red jungle fowl (Gallus gallus), the major wild ancestor. We report more than 7,000,000 single nucleotide polymorphisms, almost 1,300 deletions and a number of putative selective sweeps. One of the most striking selective sweeps found in all domestic chickens occurred at the locus for thyroid stimulating hormone receptor (TSHR), which has a pivotal role in metabolic regulation and photoperiod control of reproduction in vertebrates. Several of the selective sweeps detected in broilers overlapped genes associated with growth, appetite and metabolic regulation. We found little evidence that selection for loss-of-function mutations had a prominent role in chicken domestication, but we detected two deletions in coding sequences that we suggest are functionally important. This study has direct application to animal breeding and enhances the importance of the domestic chicken as a model organism for biomedical research.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Genetik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Genetics (hsv//eng)
Nyckelord
- Genetics
- Genetik
- Genetics
- Genetik
- NATURAL SCIENCES
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
-
Nature
(Sök värdpublikationen i LIBRIS)
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Rubin, Carl-Joha ...
-
Zody, Michael C.
-
Eriksson, Jonas
-
Meadows, Jennife ...
-
Sherwood, Ellen
-
Webster, Matthew ...
-
visa fler...
-
Jiang, Lin
-
Ingman, Max
-
Sharpe, Ted
-
Besnier, Francoi ...
-
Ka, Sojeong
-
Hallböök, Finn
-
Carlborg, Örjan
-
Bed'hom, Bertran ...
-
Tixier-Boichard, ...
-
Jensen, Per
-
Siegel, Paul
-
Lindblad-Toh, Ke ...
-
Andersson, Leif
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Genetik
- Artiklar i publikationen
-
Nature
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet
-
Karolinska Institutet
-
Sveriges Lantbruksuniversitet
-
Linköpings universitet