| 1. |
|
|
| 2. |
|
|
| 3. |
- Albrecht, Inka, et al.
(författare)
-
Development of autoantibodies against muscle-specific FHL1 in severe inflammatory myopathies
- 2015
-
Ingår i: Journal of Clinical Investigation. - : AMER SOC CLINICAL INVESTIGATION INC. - 0021-9738 .- 1558-8238. ; 125:12, s. 4612-4624
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Mutations of the gene encoding four-and-a-half LIM domain 1 (FHL1) are the causative factor of several X-linked hereditary myopathies that are collectively termed FHL1-related myopathies. These disorders are characterized by severe muscle dysfunction and damage. Here, we have shown that patients with idiopathic inflammatory myopathies (IIMs) develop autoimmunity to FHL1, which is a muscle-specific protein. Anti-FHL1 autoantibodies were detected in 25% of IIM patients, while patients with other autoimmune diseases or muscular dystrophies were largely anti-FHL1 negative. Anti-FHL1 reactivity was predictive for muscle atrophy, dysphagia, pronounced muscle fiber damage, and vasculitis. FHL1 showed an altered expression pattern, with focal accumulation in the muscle fibers of autoantibody-positive patients compared with a homogeneous expression in anti-FHL1-negative patients and healthy controls. We determined that FHL1 is a target of the cytotoxic protease granzyme B, indicating that the generation of FHL1 fragments may initiate FHL1 autoimmunity. Moreover, immunization of myositis-prone mice with FHL1 aggravated muscle weakness and increased mortality, suggesting a direct link between anti-FHL1 responses and muscle damage. Together, our findings provide evidence that FHL1 may be involved in the pathogenesis not only of genetic FHL1-related myopathies but also of autoimmune IIM. Importantly, these results indicate that anti-FHL1 autoantibodies in peripheral blood have promising potential as a biomarker to identify a subset of severe IIM.
|
|
| 4. |
- Allard, Anna, et al.
(författare)
-
Fångst av vegetationsdata och Natura 2000-habitat i fjällen genom flygbildstolkning i IRF med punktgittermetodik
- 2007
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- I denna rapport visas att flygbildstolkning med punktgittermetodik har stor potential för att ta fram tillförlitliga och kostnadseffektiva data på tillstånd och förändringar i fjällens vegetation. Projektet är finansierat av Naturvårdsverkets svenska miljöövervakning.Inom denna studie har följande delmål nåtts1) Utprovning av försöksdesign har gjorts med antal och fördelning av punkter, samt design och val av tolkningsvariabler.2) Ett operativt tolkningssystem för punktgittertolkning har tagits fram.3) Tolkningsprecisionen för olika variabler och Natura 2000-habitat är utvärderade mot fältdata.4) Metodens kvaliteter är utvärderade.5) Beräkning av tidsåtgång och kostnadsberäkningar är gjorda och ställda mot en polygonbaserad metod för översiktlig tolkning av NILS 5x5 km ruta.Förutom dessa delmål har även säkerheten ytterligare undersökts via ett personvariationstest av tolkade data.Resultaten från de tolkade fältpunkterna visar att överensstämmelsen med fältinventeringen är mycket god. Ett gott resultat fanns från testet med personvariation, med några få problemområden. Metoden har några begränsningar. För flygbildstolkning i punktgitter med den metodik som föreslås här förutsätts att det finns välutbildade tolkare. För en van vegetationstolkare krävs det i storleksordning en tilläggsutbildning på minst 1 månad i tolkning av fjällvegetation, inklusive fältbesök. En exempelsamling av bilder och ett antal nycklar för tolkning bör tas fram.Punktgittermetoden är operativt användbar, vissa kompletterande fältstudier behövs. Metoden har följande generella kvaliteter.Metoden är enkel att implementera.Punktgittermetoden är en kostnadseffektiv metod för att fånga landskapsdata. Den är snabbare än polygontolkning.Datafångst från en 5 x 5 km ruta kan göras på 1-3 dagar, beroende på antal punkter i gittret.Det är enkelt att bearbeta och analysera punktgitterdata.Precisionen i arealskattningarna kommer att kunna enkelt beräknas.Tolkningen i punktgitter kan verifieras genom jämförelse med NILS fältdata.Metoden är lämplig för förändringsstudier. Exempelvis kan den utgöra ett snabbt och effektivt sätt att statistiskt uppdatera information om area av vegetationstyper från vegetationskartorna över de svenska fjällen.Metoden kan fånga upp ovanligare naturtyper i 5 x 5 km ytan förutsatt att många punkter tolkas.Metoden kan användas för urval av objekt för riktade fältinventeringar till ovanligare habitat.Resultaten från metoden kan utgöra viktiga data för annan forskning, exempelvis som träningsdata till satellitbildsklassificeringar.
|
|
| 5. |
- Bergholtz, E. J., et al.
(författare)
-
Pfaffian quantum Hall state made simple : Multiple vacua and domain walls on a thin torus
- 2006
-
Ingår i: Physical Review B. Condensed Matter and Materials Physics. - 1098-0121 .- 1550-235X. ; 74:8, s. 081308-
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- We analyze the Moore-Read Pfaffian state on a thin torus. The known sixfold degeneracy is realized by two inequivalent crystalline states with a four- and twofold degeneracy, respectively. The fundamental quasihole and quasiparticle excitations are domain walls between these vacua, and simple counting arguments give a Hilbert space of dimension 2n−1 for 2n−k holes and k particles at fixed positions and assign each a charge ±e∕4. This generalizes the known properties of the hole excitations in the Pfaffian state as deduced using conformal field theory techniques. Numerical calculations using a model Hamiltonian and a small number of particles support the presence of a stable phase with degenerate vacua and quarter-charged domain walls also away from the thin-torus limit. A spin-chain Hamiltonian encodes the degenerate vacua and the various domain walls.
|
|
| 6. |
|
|
| 7. |
- Ekholm, Anders, et al.
(författare)
-
Design with architectural objects in industrialised house-building
- 2009
-
Ingår i: eWork and eBusiness in Architecture, Engineering and Construction. - 9780415482455 ; , s. 213-222
-
Konferensbidrag (refereegranskat)abstract
- This paper introduces a research project with the aim to develop concepts and tools for architectural design, taking the ideas of "behaviour settings" as a starting point, to enable a more relevant holistic view in object oriented design of buildings. In this paper we introduce the concept of "architectural object" as a representation of a real "situation" involving people, behaviour, experience and environment, based on our idea that architectural design results in "situations" similar to but not identical to "behaviour settings". The purpose is to define a selection of possible configurable architectural objects that reflect the variability of situations possible to achieve using an industrialised building system. As architectural objects they shall be able to manage comprehensive information to be used in process tools for building design, production and facilities management. This paper presents a theoretical foundation for the use of architectural objects in a BIM environment. It also presents an analysis of the object structure that is applied to configure building projects in a company with off site production of volume elements, and proposes how these objects could be developed into architectural objects. The conclusion of the case study is that the company architects' view of the volume elements and their constituent design modules implicitly includes a conceptual model of user activities and phenomenal properties of the built environment. By fomalising these concepts and making them explicit as part of the architectural object, the related information can be accessible to all parties in the processes, design, production and facilities management. The information can be used for gaining experience of the building in use, for simulation, as input to brief development, and other analyses of interest. In an industrialized building process including volume elements, architectural objects could be developed during the product development phase and applied during building project design as configurable design units. Future research will investigate further possible application of the idea of architectural objects, specifically to support the architectural design process in industrialized house-building.
|
|
| 8. |
- Eklöf, Vincy, 1984-, et al.
(författare)
-
The prognostic role of KRAS, BRAF, PIK3CA and PTEN in colorectal cancer
- 2013
-
Ingår i: British Journal of Cancer. - : Nature Publishing Group. - 0007-0920 .- 1532-1827. ; 108:10, s. 2153-2163
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Background Mutations in KRAS, BRAF, PIK3CA and PTEN expression have been in focus to predict the effect of epidermal growth factor receptor-blocking therapy in colorectal cancer (CRC). Here, information on these four aberrations was collected and combined to a Quadruple index and used to evaluate the prognostic role of these factors in CRC. Patients We analysed the mutation status in KRAS, BRAF and PIK3CA and PTEN expression in two separate CRC cohorts, Northern Sweden Health Disease Study (NSHDS; n = 197) and Colorectal Cancer in Umea Study (CRUMS; n = 414). A Quadruple index was created, where Quadruple index positivity specifies cases with any aberration in KRAS, BRAF, PIK3CA or PTEN expression. Results Quadruple index positive tumours had a worse prognosis, significant in the NSHDS but not in the CRUMS cohort (NSHDS; P = 0.003 and CRUMS; P = 0.230) in univariate analyses but significance was lost in multivariate analyses. When analysing each gene separately, only BRAF was of prognostic significance in the NSHDS cohort (multivariate HR 2.00, 95% CI: 1.16-3.43) and KRAS was of prognostic significance in the CRUMS cohort (multivariate HR 1.48, 95% CI: 1.02-2.16). Aberrations in PIK3CA and PTEN did not add significant prognostic information. Conclusions Our results suggest that establishment of molecular subgroups based on KRAS and BRAF mutation status is important and should be considered in future prognostic studies in CRC.
|
|
| 9. |
- Esseen, Per-Anders, et al.
(författare)
-
Från datafångst till datavärdskap – översyn av datahanteringen i Nationell Inventering av Landskapet i Sverige (NILS)
- 2008
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Syftet med denna utredning har varit att se över hela datahanteringen i NILS för att kunna identifiera särskilt kritiska processer och för att få en bild av helheten. I rapporten presenteras en kravspecifikation för de nya system (datahantering, statistik/redovisning och datavärdskap) som behöver byggas upp, de resurser som behövs för detta samt ges ett förslag på hur och i vilken tidsordning som systemen bör byggas upp.I rapporten presenteras den rekommenderade framtida datahanteringen inom NILS, från datafångst till datavärdskap. Data som idag ingår i datahanteringen för NILS är fältdata, tolkningsdata samt medföljande metadata, stöddata och annan nödvändig dokumentation. I denna rapport föreslås att datahantering i NILS skall delas in i fyra olika huvudprocesser.Den första processen ärDatafångstprocessen som samlar in rådata, samt kvalitetssäkrar och levererar detta. I NILS datafångstprocess ingår i dagsläget två delar, dels fältinventering, dels flygbildstolkning av 1 km x 1 km rutan. Det är nödvändigt att uppbyggnaden av fältdatabas och tolkningsdatabas samordnas vad gäller såväl systemstruktur, variabelnamn mm för att underlätta samkörningar av data. Den största kraften och resurserna skall läggas på att effektivisera datahanteringen inom datafångsten för då uppnås den största nyttan med insatserna.Den andra processen ärDatabasprocessen som tar emot rådata, metadata och stöddata från fält- och flygbildsprocessen i datafångsten och lagrar detta i ett databassystem. I systemet lagras även beräknade data, alternativt beräkningsfunktioner (script) som utför beräkningar direkt beroende på olika användares behov. För både flygbildstolkning och fältinventering skall normaliserade databaser upprättas. Detta är en absolut nödvändighet och ett krav för att Databas och Datavärdskap skall vara genomförbart.Den tredje processen ärStatistikprocessen som producerar skattningar, bearbetningar, sammanställningar och resultatrapporter från NILS grunddata i databasen.Den fjärde processen utgörs av självaDatavärdskapet där det ingår att ta emot och kontrolleradata, tillgängliggöra data för externa användare (via webb-portal bl.a.) samt att permanent arkivera kvalitetssäkrade data. I datavärdskapet ingår grunddata från NILS rådatabas samt bearbetade data, resultatrapporter, sammanställningar av data, tabeller, figurer mm som producerats i Statistikprocessen.Denna rapport ger följande övergripande förslag till hur huvudprocesserna i NILS datahantering skall genomföras och byggas upp:Beställarens uppdrag skall vara klart definierat för utförarenTydligt uppsatta mål för arbetetUtförlig planering - baserat på tillräckligt kunskapsunderlagTydligt definierade roller för personalenAtt personalen har de personella, ekonomiska och materiella resurser som behövs för genomförandet (kompetens, tid, verktyg, utrustning mm)Planera helheten, men bygg från litet till stort, undvik onödig komplexitetDelleveranser till avnämare ska ske tidigt och fortlöpandeKvalitetssäkring ska finnas i alla processerI samtliga huvudprocesser skall det ingå tillräcklig säkerhetskopiering av data, anpassad till varje process särskilda kravTillräcklig dokumentation av alla ingående delprocesserTydlig strategi för att minimera riskerFortlöpande dialog och adaptiv utveckling – för att säkerställa att målen nåsKostnadseffektivitet i alla led – beakta möjligheter till intern och extern samordningSamverkan – såväl inom som utom SLU.Under arbetets gång har särskilt kritiska moment i utvecklingsarbetet identifierats bl.a. lednings- och organisationsstrukturen, val av programvara för databaserna samt kvalitetssäkring av rådata. Dessa bör lyftas fram i det fortsatta arbetet.Rapporten ger ett förslag till en 5-årsplan för uppbyggnad av huvudprocesserna. De mest kritiska processerna är uppbyggnaden av kvalitetsäkrade rådatabaser för fältinventeringen och flygbildstolkning. Fokus de första åren ligger därför på NILSbasen och statistikdelen. Uppbyggnaden av själva datavärdskapet senareläggs.Utifrån 5-årsplanen har en kostnadsberäkning gjorts att utveckla och ta i drift samtliga huvudprocesser och komponenter i datahanteringen. Den beräknade kostnaden för 2008 är 4415 kkr, 2009 5230 kkr, 2010 7147 kkr, 2011 7760 kkr och 2012 8406 kkr.
|
|
| 10. |
|
|
