| 1. |
- Satizabal, Claudia L., et al.
(författare)
-
Genetic architecture of subcortical brain structures in 38,851 individuals
- 2019
-
Ingår i: Nature Genetics. - : Nature Publishing Group. - 1061-4036 .- 1546-1718. ; 51:11, s. 1624-
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Subcortical brain structures are integral to motion, consciousness, emotions and learning. We identified common genetic variation related to the volumes of the nucleus accumbens, amygdala, brainstem, caudate nucleus, globus pallidus, putamen and thalamus, using genome-wide association analyses in almost 40,000 individuals from CHARGE, ENIGMA and UK Biobank. We show that variability in subcortical volumes is heritable, and identify 48 significantly associated loci (40 novel at the time of analysis). Annotation of these loci by utilizing gene expression, methylation and neuropathological data identified 199 genes putatively implicated in neurodevelopment, synaptic signaling, axonal transport, apoptosis, inflammation/infection and susceptibility to neurological disorders. This set of genes is significantly enriched for Drosophila orthologs associated with neurodevelopmental phenotypes, suggesting evolutionarily conserved mechanisms. Our findings uncover novel biology and potential drug targets underlying brain development and disease.
|
|
| 2. |
- Abolfathi, Bela, et al.
(författare)
-
The Fourteenth Data Release of the Sloan Digital Sky Survey : First Spectroscopic Data from the Extended Baryon Oscillation Spectroscopic Survey and from the Second Phase of the Apache Point Observatory Galactic Evolution Experiment
- 2018
-
Ingår i: Astrophysical Journal Supplement Series. - : IOP Publishing Ltd. - 0067-0049 .- 1538-4365. ; 235:2
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- The fourth generation of the Sloan Digital Sky Survey (SDSS-IV) has been in operation since 2014 July. This paper describes the second data release from this phase, and the 14th from SDSS overall (making this Data Release Fourteen or DR14). This release makes the data taken by SDSS-IV in its first two years of operation (2014-2016 July) public. Like all previous SDSS releases, DR14 is cumulative, including the most recent reductions and calibrations of all data taken by SDSS since the first phase began operations in 2000. New in DR14 is the first public release of data from the extended Baryon Oscillation Spectroscopic Survey; the first data from the second phase of the Apache Point Observatory (APO) Galactic Evolution Experiment (APOGEE-2), including stellar parameter estimates from an innovative data-driven machine-learning algorithm known as "The Cannon"; and almost twice as many data cubes from the Mapping Nearby Galaxies at APO (MaNGA) survey as were in the previous release (N = 2812 in total). This paper describes the location and format of the publicly available data from the SDSS-IV surveys. We provide references to the important technical papers describing how these data have been taken (both targeting and observation details) and processed for scientific use. The SDSS web site (www.sdss.org) has been updated for this release and provides links to data downloads, as well as tutorials and examples of data use. SDSS-IV is planning to continue to collect astronomical data until 2020 and will be followed by SDSS-V.
|
|
| 3. |
- Blanton, Michael R., et al.
(författare)
-
Sloan Digital Sky Survey IV : Mapping the Milky Way, Nearby Galaxies, and the Distant Universe
- 2017
-
Ingår i: Astronomical Journal. - : IOP Publishing Ltd. - 0004-6256 .- 1538-3881. ; 154:1
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- We describe the Sloan Digital Sky Survey IV (SDSS-IV), a project encompassing three major spectroscopic programs. The Apache Point Observatory Galactic Evolution Experiment 2 (APOGEE-2) is observing hundreds of thousands of Milky Way stars at high resolution and. high signal-to-noise ratios in the near-infrared. The Mapping Nearby Galaxies at Apache Point Observatory (MaNGA) survey is obtaining spatially resolved spectroscopy for thousands of nearby galaxies (median z similar to 0.03). The extended Baryon Oscillation Spectroscopic Survey (eBOSS) is mapping the galaxy, quasar, and neutral gas distributions between z similar to 0.6 and 3.5 to constrain cosmology using baryon acoustic oscillations, redshift space distortions, and the shape of the power spectrum. Within eBOSS, we are conducting two major subprograms: the SPectroscopic IDentification of eROSITA Sources (SPIDERS), investigating X-ray AGNs. and galaxies in X-ray clusters, and the Time Domain Spectroscopic Survey (TDSS), obtaining spectra of variable sources. All programs use the 2.5 m Sloan Foundation Telescope at the. Apache Point Observatory; observations there began in Summer 2014. APOGEE-2 also operates a second near-infrared spectrograph at the 2.5 m du Pont Telescope at Las Campanas Observatory, with observations beginning in early 2017. Observations at both facilities are scheduled to continue through 2020. In keeping with previous SDSS policy, SDSS-IV provides regularly scheduled public data releases; the first one, Data Release 13, was made available in 2016 July.
|
|
| 4. |
- de Zwarte, Sonja M. C., et al.
(författare)
-
The association between familial risk and brain abnormalities is disease specific : an ENIGMA-relatives study of schizophrenia and bipolar disorder
- 2019
-
Ingår i: Biological Psychiatry. - : Elsevier. - 0006-3223 .- 1873-2402. ; 86:7, s. 545-556
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- BACKGROUND: Schizophrenia and bipolar disorder share genetic liability, and some structural brain abnormalities are common to both conditions. First-degree relatives of patients with schizophrenia (FDRs-SZ) show similar brain abnormalities to patients, albeit with smaller effect sizes. Imaging findings in first-degree relatives of patients with bipolar disorder (FDRs-BD) have been inconsistent in the past, but recent studies report regionally greater volumes compared with control subjects.METHODS: We performed a meta-analysis of global and subcortical brain measures of 6008 individuals (1228 FDRs-SZ, 852 FDRs-BD, 2246 control subjects, 1016 patients with schizophrenia, 666 patients with bipolar disorder) from 34 schizophrenia and/or bipolar disorder family cohorts with standardized methods. Analyses were repeated with a correction for intracranial volume (ICV) and for the presence of any psychopathology in the relatives and control subjects.RESULTS: FDRs-BD had significantly larger ICV (d = +0.16, q < .05 corrected), whereas FDRs-SZ showed smaller thalamic volumes than control subjects (d = -0.12, q < .05 corrected). ICV explained the enlargements in the brain measures in FDRs-BD. In FDRs-SZ, after correction for ICV, total brain, cortical gray matter, cerebral white matter, cerebellar gray and white matter, and thalamus volumes were significantly smaller; the cortex was thinner (d < -0.09, q < .05 corrected); and third ventricle was larger (d = +0.15, q < .05 corrected). The findings were not explained by psychopathology in the relatives or control subjects.CONCLUSIONS: Despite shared genetic liability, FDRs-SZ and FDRs-BD show a differential pattern of structural brain abnormalities, specifically a divergent effect in ICV. This may imply that the neurodevelopmental trajectories leading to brain anomalies in schizophrenia or bipolar disorder are distinct.
|
|
| 5. |
- Aguado, D. S., et al.
(författare)
-
The Fifteenth Data Release of the Sloan Digital Sky Surveys : First Release of MaNGA-derived Quantities, Data Visualization Tools, and Stellar Library
- 2019
-
Ingår i: Astrophysical Journal Supplement Series. - : Institute of Physics Publishing (IOPP). - 0067-0049 .- 1538-4365. ; 240:2
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Twenty years have passed since first light for the Sloan Digital Sky Survey (SDSS). Here, we release data taken by the fourth phase of SDSS (SDSS-IV) across its first three years of operation (2014 July-2017 July). This is the third data release for SDSS-IV, and the 15th from SDSS (Data Release Fifteen; DR15). New data come from MaNGA-we release 4824 data cubes, as well as the first stellar spectra in the MaNGA Stellar Library (MaStar), the first set of survey-supported analysis products (e.g., stellar and gas kinematics, emission-line and other maps) from the MaNGA Data Analysis Pipeline, and a new data visualization and access tool we call "Marvin." The next data release, DR16, will include new data from both APOGEE-2 and eBOSS; those surveys release no new data here, but we document updates and corrections to their data processing pipelines. The release is cumulative; it also includes the most recent reductions and calibrations of all data taken by SDSS since first light. In this paper, we describe the location and format of the data and tools and cite technical references describing how it was obtained and processed. The SDSS website (www.sdss.org) has also been updated, providing links to data downloads, tutorials, and examples of data use. Although SDSS-IV will continue to collect astronomical data until 2020, and will be followed by SDSS-V (2020-2025), we end this paper by describing plans to ensure the sustainability of the SDSS data archive for many years beyond the collection of data.
|
|
| 6. |
- Comasco, Erika, 1982-, et al.
(författare)
-
Genetic and Functional Study of L-Type Amino Acid Transporter 1 in Schizophrenia
- 2017
-
Ingår i: Neuropsychobiology. - Basel : S. Karger. - 0302-282X .- 1423-0224. ; 74:2, s. 96-103
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Schizophrenia involves neural catecholaminergic dysregulation. Tyrosine is the precursor of catecholamines, and its major transporter, according to studies on fibroblasts, in the brain is the L-type amino acid transporter 1 (LAT1). The present study assessed haplotype tag single-nucleotide polymorphisms (SNPs) of the SLC7A5/LAT1 gene in 315 patients with psychosis within the schizophrenia spectrum and 233 healthy controls to investigate genetic vulnerability to the disorder as well as genetic relationships to homovanillic acid (HVA) and 3-methoxy-4-hydroxyphenylglycol (MHPG), the major catecholamine metabolites in the cerebrospinal fluid (CSF). Moreover, the involvement of the different isoforms of the system L in tyrosine uptake and LAT1 tyrosine kinetics were studied in fibroblast cell lines of 10 patients with schizophrenia and 10 healthy controls. The results provide suggestive evidence of individual vulnerability to schizophrenia related to the LAT1 SNP rs9936204 genotype. A number of SNPs were nominally associated with CSF HVA and MHPG concentrations but did not survive correction for multiple testing. The LAT1 isoform was confirmed as the major tyrosine transporter in patients with schizophrenia. However, the kinetic parameters (maximal transport capacity, affinity of the binding sites, and diffusion constant of tyrosine transport through the LAT1 isoform) did not differ between patients with schizophrenia and controls. The present genetic findings call for independent replication in larger samples, while the functional study seems to exclude a role of LAT1 in the aberrant transport of tyrosine in fibroblasts of patients with schizophrenia.
|
|
| 7. |
- Smith, Henrik G., et al.
(författare)
-
Slututvärdering av det svenska landsbygdsprogrammet 2007–2013 : Delrapport II: Utvärdering av åtgärder för bättre miljö
- 2016
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- SammanfattningRapporten är en del av slututvärderingen av Landsbygdsprogram för Sverige 2007-2013 och har tagits fram på uppdrag av Jordbruksverket. Den redovisar resultat och effekter som uppnåddes genom miljö- och klimatåtgärderna inom landsbygdsprogrammet, vilket omfattar samtliga insatser och ersättningar i axel 2, samt miljö- och klimatrelaterade utvärderingsfrågor för en del åtgärder i axel 1 och 3.Med hjälp av vetenskapliga analyser, kunskapsbaserade resonemang och de för varje insats i landsbygdsprogrammet specificerade indikatorerna har bland annat följande EU-gemensamma (QEC) och programspecifika (PSEQ) utvärderingsfrågor besvarats:• QEC 16: I vilken utsträckning har åtgärden bidragit till att förbättra miljösituationen?• CEQ 20: Vilka andra effekter, bl.a. de som rör andra mål/axlar, är kopplade tillgenomförandet av denna åtgärd?• PSEQ 16A: Hur ändamålsenlig och effektiv har den geografiska styrningen avmiljöåtgärden i programmet varit?• PSEQ 20A: I vilken utsträckning har kompetensutvecklingsåtgärderna bidragittill programmets miljömål?• PSEQ 20B: Vad kan man lära sig av hur klimatåtgärderna fungerat när det gällerutformningen och utvärderingen av klimatåtgärder i framtida program?• PSEQ 20C: Vilka sysselsättningseffekter ger miljöåtgärderna?Utredarnas generella slutsats är att landsbygdsprogrammet spelat en stor och i många fall avgörande roll för miljön, t.ex. genom att förhindra nedläggning av jordbruk i områden med svåra förutsättningar för jordbruk, bevara betes- och slåttermarker av värde för biologisk mångfald och skapa och restaurera våtmarker för biologisk mångfald och näringsretention. Detta bidrar till uppfyllelsen av de svenska miljömålen och internationella åtaganden. Även de klimatrelaterade åtgärderna bidrar i viss mån till att uppfylla miljömålen, men en låg anslutning till vissa åtgärder och programmets ensidiga fokus på produktion av förnybar energi (som bortser från ur klimatsynvinkel mycket större biogena utsläppskällor) gör att effekten på miljömålen bedöms som relativt små. Bedömningen av kompetensutvecklingens effekter på miljömålen har försvårats av brist på tillämpningsbart underlag, men utvärderingen av rådgivningsprogrammet Greppa näringen visar att det bidragit till att reducerakvävetillförseln till Östersjön. För en del andra åtgärder är det empiriska underlaget för vilken effekt de har mycket svagt. Detta behöver i sig inte innebära att dessa åtgärder saknar effekt, men gör det svårt att bedöma deras bidrag till uppfyllelsen av miljömålen och begränsar kunskapen om huruvida alternativa utformningar av insatserna skulle ge större effekt.Den explicita geografiska styrningen som förekommer i programmet bedöms generellt som relevant, men dess effekt varierar stort mellan olika åtgärder/insatser och är i vissa fall svårt att utreda. Det finns dock en del åtgärder/insatser som idag saknar explicit geografisk styrning, men där vi bedömer att kostnadseffektiviteten skulle kunna öka markant om man införde en sådan (t.ex. Certifierad ekologisk produktion).Miljöåtgärdernas sysselsättningseffekter har endast kunnat bedömas för ett fåtalåtgärder/insatser (kompensationsbidraget samt ersättningarna för Extensiv vallodling och Skötsel av betesmarker och slåtterängar) och anses generellt vara marginellt positiv. Detta bör dock tolkas med stor försiktighet eftersom bedömningen gjordes enbart via dessa åtgärders effekt på markanvändningen.Miljö- och klimatåtgärders effekterUnder programperioden 2007-2013 innehöll landsbygdsprogrammet en mängd olika åtgärder med syfte att gynna miljö och klimat. Utvärderingen visar att det finns en stor variation i såväl upptaget av de olika åtgärderna som deras effekt. Miljöåtgärdernas syften fokuserar huvudsakligen på att gynna bevarandet av biologisk mångfald, minskat växtnäringsläckage och giftfri miljö. De flesta miljöåtgärder bidrar generellt till att uppnå sitt syfte, men om de gör det på ett kostnadseffektivt sätt har ofta varit svårt och ibland omöjligt att utvärdera. För syftet giftfri miljö har det inte funnits resurser till en djupare utvärdering.Ersättningarna för Skötsel av betesmarker och slåtterängar samt för Certifieradekologisk och kretsloppsinriktad produktion är exempel på insatser med konstaterad positiv effekt på biologisk mångfald. Andra ersättningar, såsom ersättningen för Värdefulla natur- och kulturmiljöer, adresserar visserligen för biologisk mångfald viktiga livsmiljöer, men deras utformning och skötselvillkor har visat sig inte vara anpassade till detta syfte med insatsen. För en del ersättningar saknas tillräckligt kunskap eller dataunderlag för att kunna göra tillfredställande utvärderingar av effekterna på biologisk mångfald. Bland dessa finns exempelvis ersättningarna för Extensiv vallodling och Skötsel av våtmarker.Minskat näringsämnesläckage och miljömålet Ingen övergödning fanns som syfte för flera insatser inom åtgärden Miljövänligt jordbruk och den generella bedömningen är att insatserna bidrar till att uppfylla detta syfte. Det finns dock stor skillnad i hur effektiva insatserna är. Minskat kväveläckage anses ha en god kostnadseffektivitet, särskilt efter att ersättningsnivåerna anpassades under senare delen av programperioden. Även reduceringen av fosfor genom skyddszoner bedöms ha en högre kostnadseffektivitet jämfört med förra programperioden på grund av regionala skillnader i anslutning. När det gäller Extensiv vallodling visar utvärderingen stora regionala skillnader, och för andra insatser, såsom Restaurering och anläggning av våtmarker och Certifierad ekologisk odling, har det varit svårt att bedöma om de på ett kostnadseffektivt sätt bidragit till att uppfylla miljömålen.Miljöåtgärdernas effekter på miljömålet Giftfri miljö har inom ramen för dennautvärdering inte kunnat analyseras specifikt på grund av bristande underlag ochbegränsade resurser. Eftersom det generellt är svårt att utvärdera det specifika bidraget av de berörda ersättningarna till en giftfri miljö, kan utvärderingen därför inte på ett tillfredställande sätt svara på hur stor deras bidrag till detta miljökvalitetsmål har varit.När det gäller klimatåtgärder har programmet ett tydligt fokus på produktion ochanvändning av energi och relaterade emissioner av växthusgaser. Samtidigt konstateras det att emissionerna av växthusgaser från jordbrukssektorn primärt härrör från biogena processer i form av metan från idisslarnas matsmältning och lustgas från det kväve som tillförs åkermarken. För en fortsatt reduktion av jordbrukssektorns emissioner av växthusgaser bör satsningarna på en minskad användning av fossila bränslen fortsätta, men det är samtidigt nödvändigt att lägga ett större fokus på de biogena emissionerna. För att tydliggöra vikten av klimatåtgärder och satsningar på förnybar energi bör dessa insatser också lyftas fram som egna åtgärder istället för att finnas insprängda bland åtgärder som har annat huvudfokus.För ett fåtal åtgärder och ersättningar har det gått att härleda möjliga sysselsättningseffekter via de markanvändningseffekter som estimerats med modeller. Även om dessa resultat bör tolkas med stor försiktighet, bedöms sysselsättningseffekten av miljöåtgärderna generellt vara marginellt positiv. Ersättningen Skötsel av betesmarker och slåtterängar har i beräkningar som bygger på kontrafaktiska markanvändningsscenarier lett till en märkbar förändring av markanvändningen (ökad areal betesmarker med stöd) vilket, eftersom animalieproduktion generellt anses vara mer tidskrävande än spannmålsproduktion, bedöms leda till högre sysselsättning. Extensiv vallodling och kompensationsbidrag har däremot en mycket begränsad påverkanpå markanvändningen, varför sysselsättningseffekten bedöms som marginell.Generella förbättringsförslag inför utformningen av kommande programÄven om utvärderarnas samlade bedömning är att landsbygdsprogrammets upplägg, d.v.s. dess syften och motiv, ingående medel och val av åtgärder, är relevant och generellt bidrar till att förbättra situationen för miljö och klimat, så finns det en hel del som kan och bör förbättras för att möjliggöra kostnadseffektiva program i framtiden. De enstaka insatsernas syften och mål bör preciseras och kopplas till tydliga indikatorer som på ett relevant sätt kan mäta måluppfyllandet. Detta är avgörande för att man ska kunna utforma ett kostnadseffektivt landsbygdsprogram och utvärdera det på ett adekvat sätt. Dessutom behöver beskrivningarna för syften och motiv för många av ersättningarna ses över och anpassas till det aktuella kunskapsläget. Exempelvis skulle syftet ”bevara biologisk mångfald” leda till helt olika åtgärder beroende på om man vill bevara sällsynta arter eller ekosystemtjänstgynnare.Det empiriska underlaget för utvärdering behöver stärkas inför utvärderingen avframtida landsbygdsprogram. Detta kan exempelvis göras genom systematiskaöversikter och empirisk primärforskning som undersöker konsekvenser av olikaåtgärder. För att optimera detta bör utvärderingen byggas in som en organisk del av landsbygdsprogrammet. Utredarna föreslår att en procent av programmets budget används till att utforma och implementera relevanta metoder för kontinuerlig insamling av lämplig data under hela programperioden.För att i högre grad kunna utvärdera landsbygdsprogrammets kostnadseffektivitetkrävs en fortsatt utveckling av metoder för att studera konsekvenserna för målet av att åtgärden/insatsen/delinsatsen finns eller inte finns (eller var annorlunda utformad) (kontrafaktiska scenarier) och modeller som föruts
|
|
| 8. |
- Moberg, Tomas, et al.
(författare)
-
Psychiatric and neurological disorders in late adolescence and risk of convictions for violent crime in men
- 2015
-
Ingår i: BMC Psychiatry. - : BioMed Central (BMC). - 1471-244X. ; 15
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Background: The relationship between mental illness and violent crime is complex because of the involvement of many other confounding risk factors. In the present study, we analysed psychiatric and neurological disorders in relation to the risk of convictions for violent crime, taking into account early behavioural and socio-economic risk factors. Methods: The study population consisted of 49,398 Swedish men, who were thoroughly assessed at conscription for compulsory military service during the years 1969-1970 and followed in national crime registers up to 2006. Five diagnostic groups were analysed: anxiety-depression/neuroses, personality disorders, substance-related disorders, mental retardation and neurological conditions. In addition, eight confounders measured at conscription and based on the literature on violence risk assessment, were added to the analyses. The relative risks of convictions for violent crime during 35 years after conscription were examined in relation to psychiatric diagnoses and other risk factors at conscription, as measured by odds ratios (ORs) and confidence intervals (CIs) from bivariate and multivariate logistic regression analyses. Results: In the bivariate analyses there was a significant association between receiving a psychiatric diagnosis at conscription and a future conviction for violent crime (OR = 3.83, 95 % CI = 3.47-4.22), whereas no significant association between neurological conditions and future violent crime (OR = 1.03, 95 % CI = 0.48-2.21) was found. In the fully adjusted multivariate logistic regression model, mental retardation had the strongest association with future violent crime (OR = 3.60, 95 % CI = 2.73-4.75), followed by substance-related disorders (OR = 2.81, 95 % CI = 2.18-3.62), personality disorders (OR = 2.66, 95 % CI = 2.21-3.19) and anxiety-depression (OR = 1.29, 95 % CI = 1.07-1.55). Among the other risk factors, early behavioural problem had the strongest association with convictions for violent crime. Conclusions: Mental retardation, substance-related disorders, personality disorders and early behavioural problems are important predictors of convictions for violent crime in men.
|
|
| 9. |
- Reutfors, Johan, et al.
(författare)
-
Suicide risk and antipsychotic side effects in schizophrenia : nested case-control study.
- 2016
-
Ingår i: Human Psychopharmacology. - : Wiley. - 0885-6222 .- 1099-1077. ; 31:4, s. 341-345
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- OBJECTIVE: This study explores suicide risk in schizophrenia in relation to side effects from antipsychotic medication.METHODS: Among patients with a first clinical discharge diagnosis of schizophrenia or schizoaffective disorder in Stockholm County between 1984 and 2000 (n = 4000), those who died by suicide within 5 years from diagnosis were defined as cases (n = 84; 54% male). For each case, one individually matched control was identified from the same population. Information on antipsychotic side effects, including extrapyramidal symptoms (EPS) and akathisia, as well as prescriptions of anticholinergic medication, was retrieved from clinical records in a blinded fashion. Adjusted odds ratios (aORs) with 95% confidence intervals (CIs) of the association between suicide and side effects as well as anticholinergic medication were estimated using conditional logistic regression.RESULTS: A lower suicide risk was found in patients with a history of EPS (aOR 0.33, 95% CI 0.12-0.94). There was no statistically significant association between akathisia or anticholinergic medication use and the suicide risk.CONCLUSIONS: A lower suicide risk identified among patients with EPS could potentially reflect higher antipsychotic adherence, exposure to higher dosage, or polypharmacy among these patients.
|
|
| 10. |
|
|
