SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Zaghlool Ammar)
 

Sökning: WFRF:(Zaghlool Ammar) > (2020-2021) > Characterization of...

Characterization of the nuclear and cytosolic transcriptomes in human brain tissue reveals new insights into the subcellular distribution of RNA transcripts

Zaghlool, Ammar, 1980- (författare)
Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Medicinsk genetik och genomik
Niazi, Adnan (författare)
Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Institutionen för immunologi, genetik och patologi
Björklund, Åsa K. (författare)
Uppsala universitet,Molekylär evolution,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
visa fler...
Orzechowski Westholm, Jakub (författare)
Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Stockholm Univ, Natl Bioinformat Infrastruct Sweden, Dept Biochem & Biophys, Sci Life Lab, Box 1031, S-17121 Solna, Sweden
Ameur, Adam (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för immunologi, genetik och patologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Feuk, Lars (författare)
Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Medicinsk genetik och genomik
visa färre...
 (creator_code:org_t)
2021-02-18
2021
Engelska.
Ingår i: Scientific Reports. - : Springer Nature. - 2045-2322. ; 11:1
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • Transcriptome analysis has mainly relied on analyzing RNA sequencing data from whole cells, overlooking the impact of subcellular RNA localization and its influence on our understanding of gene function, and interpretation of gene expression signatures in cells. Here, we separated cytosolic and nuclear RNA from human fetal and adult brain samples and performed a comprehensive analysis of cytosolic and nuclear transcriptomes. There are significant differences in RNA expression for protein-coding and lncRNA genes between cytosol and nucleus. We show that transcripts encoding the nuclear-encoded mitochondrial proteins are significantly enriched in the cytosol compared to the rest of protein-coding genes. Differential expression analysis between fetal and adult frontal cortex show that results obtained from the cytosolic RNA differ from results using nuclear RNA both at the level of transcript types and the number of differentially expressed genes. Our data provide a resource for the subcellular localization of thousands of RNA transcripts in the human brain and highlight differences in using the cytosolic or the nuclear transcriptomes for expression analysis.

Ämnesord

NATURVETENSKAP  -- Biologi -- Cellbiologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Cell Biology (hsv//eng)
NATURVETENSKAP  -- Biologi -- Genetik (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Genetics (hsv//eng)
NATURVETENSKAP  -- Biologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences (hsv//eng)

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Sök utanför SwePub

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy